# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg04230mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1755.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1755, 1110 aa vs ./tmplib.25089 library 1986395 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3717+/-0.00845; mu= 2.7484+/- 0.575 mean_var=270.8357+/-66.089, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 136 in 1/39 Lambda= 0.077933 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1909 ( 1287 res) ff10210 (1287) 607 82.5 4.3e-16 KIAA0362 ( 1108 res) hh00083 (1108) 213 38.1 0.0085 >>KIAA1909 ( 1287 res) ff10210 (1287 aa) initn: 657 init1: 511 opt: 607 Z-score: 380.7 bits: 82.5 E(): 4.3e-16 Smith-Waterman score: 652; 31.238% identity (57.905% similar) in 525 aa overlap (243-762:1-490) 220 230 240 250 260 270 KIAA17 GALEEIAGTKETPLFQKILPLSEANEGPSLGNRACTNPESSEERPYNLGFRRKVNLKAPT :. .:..:. .. : ..: . : KIAA19 GDPTCVQPRRWFRESYMEALRNPM----PL 10 20 280 290 300 310 320 330 KIAA17 HNSERPPQGSYMNVLEDAL-DCASGLRAGVSQEPAASKMQGPLGNPENMVQLRPGPRQAS .::. . : : : ..: :. .:: .. :: :.:.. .:. .. 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