# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pj02581mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1771.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1771, 1302 aa vs ./tmplib.25089 library 1986203 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8558+/-0.00544; mu= 5.9770+/- 0.370 mean_var=110.5065+/-26.156, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.122006 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1395 ( 2051 res) hj07927s1 (2051) 5540 987.1 0 KIAA1058 ( 2095 res) hh12146s1 (2095) 727 139.9 4.3e-33 KIAA0299 ( 1907 res) hf00368 (1907) 283 61.7 1.3e-09 KIAA0716 ( 1388 res) ah04178 (1388) 256 56.9 2.7e-08 >>KIAA1395 ( 2051 res) hj07927s1 (2051 aa) initn: 5264 init1: 3733 opt: 5540 Z-score: 5264.6 bits: 987.1 E(): 0 Smith-Waterman score: 5661; 66.334% identity (84.969% similar) in 1304 aa overlap (1-1302:821-2051) 10 20 30 KIAA17 KNLEGNHDQHGRNSLLASYIHYVFRLPNTY ..::. .: .:. ::.:.::.::::.: KIAA13 VIRPPIISGQIVNLGRGAFEAMAHVVSLVHRSLEAAQDARGHCPQLAAYVHYAFRLPGTE 800 810 820 830 840 850 40 50 60 70 80 90 KIAA17 PNSSSPGPGGLGGSVHYATMARSAVRPASLNLNRSRSLSNSNPDISGTPTSPDDEVRSII :. . .: .:. ::.::.. ::::: : ::.:.:.::::.. .: : :::: :. 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KIAA10 SEYKTVHEELTKSMTTILKPSADFLTSNKLLKYSWFFFDVLIKSMAQHLIENSKVKLLRN 960 970 980 990 1000 1010 210 220 230 240 250 260 KIAA17 SRFPERFMDDIAALVSTIASDIVSRFQKDTEMVERLNTSLAFFLNDLLSVMDRGFVFSLI .::: . . ..:. . :...:. . : . : ::: :.. .. :::::::. : KIAA10 QRFPASYHHAVETVVNMLMPHITQKFRDNPEASKNANHSLAVFIKRCFTFMDRGFVFKQI 1020 1030 1040 1050 1060 1070 270 280 290 300 310 320 KIAA17 KSCYKQVSSKLYSLPNPSVLVSLRLDFLRIICSHEHYVTLNLPCSLLTPPASPSPSVSSA .. .: .. .:..: ...:::..:.::::. :::: . KIAA10 NN---YISC--FAPGDPKTLFEYKFEFLRVVCNHEHYIPLNLPMPF-------------- 1080 1090 1100 1110 330 340 350 360 370 380 KIAA17 TSQSSGFSTNVQDQKIANMFELSVPFRQQHYLAGLVLTELAVILDPDAEGLFGLHKKVIN ..: :: .. . :. : ..:.:.::.: :... :. : .. .:. KIAA10 ---GKGRIQRYQDLQLD--YSLTDEFCRNHFLVGLLLREVGTALQEFRE----VRLIAIS 1120 1130 1140 1150 1160 390 400 410 420 430 440 KIAA17 MVHNLLSSHDSDPRYSDPQIKARVAMLYLPLIGIIMETVPQL--YDFTETHNQRGRPI-- ...::: .:. : ::.. . .::.: :::::.:...:.: .. : . . : . KIAA10 VLKNLLIKHSFDDRYASRSHQARIATLYLPLFGLLIENVQRINVRDVSPFPVNAGMTVKD 1170 1180 1190 1200 1210 1220 450 460 470 480 KIAA17 -CIATDDYES----ESGSMISQTVAM----AIAGTSVPQLTR-P-----------GSFLL .: . ..:: ..... ::.: . : : : :: :. KIAA10 ESLALPAVNPLVTPQKGSTLDNSLHKDLLGAISGIASPYTTSTPNINSVRNADSRGS-LI 1230 1240 1250 1260 1270 1280 490 500 510 KIAA17 TSTSGRQHTTFSAESS---------------------------RSLLICLLWVLKNADET .. :: . ..:.: .:::.:.:..::. .. KIAA10 STDSGNSLPERNSEKSNSLDKHQQSSTLGNSVVRCDKLDQSEIKSLLMCFLYILKSMSDD 1290 1300 1310 1320 1330 1340 520 530 540 550 560 570 KIAA17 VLQKWFTDLSVLQLNRLLDLLYLCVSCFEYKGKKVFERMNSLTFKKSKDMRAKLEEAILG .: ... :. .: .. . .:. :.: ::. . : . :.:.:.. :: KIAA10 ALFTYWNKASTSELMDFFTISEVCLHQFQYMGKRYIARTGM--------MHARLQQ--LG 1350 1360 1370 1380 1390 580 590 600 610 620 630 KIAA17 SIGARQEMVRRSRGQLERSPSGSAFGSQENLRWRKDMTHWRQNTEKLDKSRAEIEHEALI :. ...: . ... : : :.. :..:. KIAA10 SL-------------------------DNSLTFNHSYGH----------SDADVLHQSLL 1400 1410 640 650 660 670 680 KIAA17 DGNLATEANLIILDTLEIVVQTVS----VTESKESILGGVLKVLLHSMACNQSAVYLQHC ..:.:::. : :::: . . . . . .... .. :. : : . .:: . :.. KIAA10 EANIATEVCLTALDTLSLFTLAFKNQLLADHGHNPLMKKVFDVYLCFLQKHQSETALKNV 1420 1430 1440 1450 1460 1470 690 700 710 720 730 740 KIAA17 FATQRALVSKFPELLFEEETEQCADLCLRLLRHCSSSIGTIRSHASASLYLLMRQNFEIG :.. :.:. ::: ..: ....:: :: ..:. :.:....::..:: ::.:::.::. KIAA10 FTALRSLIYKFPSTFYEGRADMCAALCYEILKCCNSKLSSIRTEASQLLYFLMRNNFDYT 1480 1490 1500 1510 1520 1530 750 760 770 780 790 800 KIAA17 N--NFARVKMQVTMSLSSLVGTSQNFNEEFLRRSLKTILTYAEEDLELRETTFPDQVQDL . .:.:...:: .:.:.:.. ... ...::. : . :. : ...:.: ..:.:: KIAA10 GKKSFVRTHLQVIISVSQLIADVVGIGGTRFQQSLSIINNCANSDRLIKHTSFSSDVKDL 1540 1550 1560 1570 1580 1590 810 820 830 840 850 860 KIAA17 VFNLHMILSDTVKMKEHQEDPEMLIDLMYRIAKGYQTSPDLRLTWLQNMAGKHSERSNHA . .. .: :..::::..:::::.::.: .::.: ..:.:: :::..:: : . .. . KIAA10 TKRIRTVLMATAQMKEHENDPEMLVDLQYSLAKSYASTPELRKTWLDSMARIHVKNGDLS 1600 1610 1620 1630 1640 1650 870 880 890 900 KIAA17 EAAQCLVHSAALVAEYLSMLEDRKYLPV--------------------GCVTFQNISSNV :::.: :: .:::::::. : .. : ::..:. :. :. KIAA10 EAAMCYVHVTALVAEYLTRKEAVQWEPPLLPHSHSACLRRSRGGVFRQGCTAFRVITPNI 1660 1670 1680 1690 1700 1710 910 920 930 940 950 960 KIAA17 LEESAVSDDVVSPDEEGICSGKYFTESGLVGLLEQAAASFSMAGMYEAVNEVYKVLIPIH ::... .:: : .:.:. :. :::: : .. : :: . ..::..:::. 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KIAA10 HCFPYVKKRIPVMYQHHTDLNPIEVAIDEMSKKVAELRQLCSSAEVDMIKLQLKLQGSVS 1960 1970 1980 1990 2000 2010 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA17 TTVNQGPLEVAQVFLSEIPSDPKLFRHHNKLRL---CFKDFTKRCEDALRKNKSLIGPDQ . :: ::: :..::.. .. : . ::..: :..:.. : .:: :. :: :: KIAA10 VQVNAGPLAYARAFLDD--TNTKRY-PDNKVKLLKEVFRQFVEACGQALAVNERLIKEDQ 2020 2030 2040 2050 2060 1250 1260 1270 1280 1290 1300 KIAA17 KEYQRELERNYHRLKEALQPLINRKIPQLYKAVLPVTCHRDSFSRMSLRKMDL :::.:.. ::... . :. ...... KIAA10 LEYQEEMKANYREMAKELSEIMHEQLG 2070 2080 2090 >>KIAA0299 ( 1907 res) hf00368 (1907 aa) initn: 197 init1: 69 opt: 283 Z-score: 264.3 bits: 61.7 E(): 1.3e-09 Smith-Waterman score: 299; 23.925% identity (55.645% similar) in 372 aa overlap (938-1294:1169-1524) 910 920 930 940 950 960 KIAA17 LEESAVSDDVVSPDEEGICSGKYFTESGLVGLLEQAAASFSMAGMYEAVNEVYKVLIPIH :: .. :. . .: . . : . 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