# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh26241.fasta.huge -Q ../query/KIAA1791.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1791, 653 aa vs ./tmplib.25089 library 1986852 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4261+/-0.00911; mu= -11.3355+/- 0.616 mean_var=341.4468+/-81.712, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.069409 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0904 ( 1535 res) ha00554 (1535) 1338 148.2 4.9e-36 KIAA0834 ( 453 res) hj05353 ( 453) 302 44.0 3.4e-05 KIAA0936 ( 640 res) hh04647 ( 640) 284 42.3 0.00015 >>KIAA0904 ( 1535 res) ha00554 (1535 aa) initn: 1475 init1: 1079 opt: 1338 Z-score: 738.8 bits: 148.2 E(): 4.9e-36 Smith-Waterman score: 1530; 43.994% identity (65.315% similar) in 666 aa overlap (1-653:936-1535) 10 20 30 KIAA17 RLFSVFFSRPYTNKVITLWYRPPELLLGEE ::.. ::::::::::::::::::::::: KIAA09 KKNFLHRDIKCSNILLNNSGQIKLADFGLARLYNSEESRPYTNKVITLWYRPPELLLGEE 910 920 930 940 950 960 40 50 60 70 80 90 KIAA17 RYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNT :::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::.:::::::::::::::::::: KIAA09 RYTPAIDVWSCGCILGELFTKKPIFQANLELAQLELISRLCGSPCPAVWPDVIKLPYFNT 970 980 990 1000 1010 1020 100 110 120 130 140 150 KIAA17 MKPKKQYRRKLREEFVFIPAAALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPSKMPPP :::::::::.::::: :::.:::::.:.::.:::::::::::.:: .::.::: ::: :: KIAA09 MKPKKQYRRRLREEFSFIPSAALDLLDHMLTLDPSKRCTAEQTLQSDFLKDVELSKMAPP 1030 1040 1050 1060 1070 1080 160 170 180 190 200 KIAA17 DLPLWQDCHELWSKKRRRQKQMGMT-DDVSTIKAPRKDLSLGL--DDSRTNTPQGVLPSS ::: :::::::::::::::.: :.. .. :. ::. . : . ....: :. KIAA09 DLPHWQDCHELWSKKRRRQRQSGVVVEEPPPSKTSRKETTSGTSTEPVKNSSPAPPQPAP 1090 1100 1110 1120 1130 1140 210 220 230 240 250 260 KIAA17 QLKSQGSSNVAPVKTGPGQHLNHSELAILLNLLQSKTSVNMADFVQVLNIKVNSETQQQL .:.... . . :.::.::::.:::::::.:.... ...:.:::. : : :::: KIAA09 GKVESGAGDAIGL-ADITQQLNQSELAVLLNLLQSQTDLSIPQMAQLLNIHSNPEMQQQL 1150 1160 1170 1180 1190 1200 270 280 290 300 310 320 KIAA17 NKINLPAGIL--ATGEKQTDPSTPQQESSKPLGG---IQPSSQTIQPKVETDAAQAAVQS . .: . : ::...: . . .:: : . : ::.. : .:.... : .:. KIAA09 EALNQSISALTEATSQQQDSETMAPEESLKEAPSAPVILPSAE--QMTLEASSTPADMQN 1210 1220 1230 1240 1250 1260 330 340 350 360 370 380 KIAA17 AFAVLLTQLIKAQQSKQKDVLLEERENGSGHEASLQLRPPPEPSTPVSGQDDLIQHQDMR .::::.::.:.:. . ::: :.: .... : : :. : :.. ... KIAA09 ILAVLLSQLMKTQEPAGS---LEE--NNSDKNSGPQ-GPRRTPTMP---QEEAAEKR--- 1270 1280 1290 1300 1310 390 400 410 420 430 440 KIAA17 ILELTPEPDRPRILPPDQRPPEPPEPPPVTEEDLDYRTENQHVPTTSSSLTDPHAGVKAA :: :: :: :: :::..: :: ::. . . .: :: KIAA09 ----PPE-------PPG--PPPPPPPPPLVEGDL------------SSAPQELNPAVTAA 1320 1330 1340 450 460 470 480 490 500 KIAA17 LLQLLAQHQPQDDPKREGGIDYQAGDTYVSTSDYKDNFGSSSFSSAPYVSNDGLGSSSAP :::::. ::. .: . ..:: . .:. : : :....: KIAA09 LLQLLS--QPEAEPPGHLPHEHQA-------------LRPMEYSTRPR-PNRTYGNTDGP 1350 1360 1370 1380 510 520 530 540 550 560 KIAA17 PLERRSFIGNSDIQSLDNYSTASSHSGGPPQPSAFSESFPSSVAGYGDI--YLNAGPMLF : : :.. :. ... . . . : . ...: .:.. :. : ..: . : KIAA09 E------TGFSAIDT-DERNSGPALTESLVQTLVKNRTFSGSLSHLGESSSYQGTGSVQF 1390 1400 1410 1420 1430 1440 570 580 590 600 610 KIAA17 SGDKDHRFEYSHGPIAVLANSSDPSTGPE--STHPLPAKMHNYNYGGNLQENPSGPSLMH ::.: :: .. :.:. ..: : :. . :. . ::: .: . .: : KIAA09 PGDQDLRF--ARVPLALHPVVGQPFLKAEGSSNSVVHAETKLQNYG-ELGPGTTGASSSG 1450 1460 1470 1480 1490 620 630 640 650 KIAA17 -GQTWTSPAQGPGYSQGYRGHISTSTGRGRGRGLPY : : .:.:. .:.. ::: . :::::.:: KIAA09 AGLHWGGPTQSSAYGKLYRGPTRVPPRGGRGRGVPY 1500 1510 1520 1530 >>KIAA0834 ( 453 res) hj05353 (453 aa) initn: 216 init1: 144 opt: 302 Z-score: 185.1 bits: 44.0 E(): 3.4e-05 Smith-Waterman score: 302; 34.286% identity (64.286% similar) in 140 aa overlap (8-144:269-408) 10 20 30 KIAA17 RLFSVFFSRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAID :. :.:.:.:::::::..::: .:. .: KIAA08 RDLKPQNLLISDTGELKLADFGLARAKSVPSHTYSNEVVTLWYRPPDVLLGSTEYSTCLD 240 250 260 270 280 290 40 50 60 70 80 90 KIAA17 VWSCGCILGELFTKKPIFQANQELA-QLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQ .:. :::. :.. : . ... ::: : . :.: .:: : .::.:. . KIAA08 MWGVGCIFVEMIQGVAAFPGMKDIQDQLERIFLVLGTPNEDTWPGVHSLPHFKPERFTLY 300 310 320 330 340 350 100 110 120 130 140 150 KIAA17 YRRKLREEFVFIPAA--ALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEFLRDVEPSKMPPPDLPL ..::. . . . : :: . .: .:..: .:. ::. :.. :. : KIAA08 SSKNLRQAWNKLSYVNHAEDLASKLLQCSPKNRLSAQAALSHEYFSDLPPRLWELTDMSS 360 370 380 390 400 410 160 170 180 190 200 210 KIAA17 WQDCHELWSKKRRRQKQMGMTDDVSTIKAPRKDLSLGLDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGS KIAA08 IFTVPNVRLQPEAGESMRAFGKNNSYGKSLSNSKH 420 430 440 450 >>KIAA0936 ( 640 res) hh04647 (640 aa) initn: 325 init1: 281 opt: 284 Z-score: 173.4 bits: 42.3 E(): 0.00015 Smith-Waterman score: 298; 26.195% identity (50.312% similar) in 481 aa overlap (10-411:163-626) 10 20 30 KIAA17 RLFSVFFSRPYTNKVITLWYRPPELLLGEERYTPAIDVW :::. : : ::: ::.:: :. :::: KIAA09 DLKPENLLCMGPELVKIADFGLAREIRSKPPYTDYVSTRWYRAPEVLLRSTNYSSPIDVW 140 150 160 170 180 190 40 50 60 70 80 90 KIAA17 SCGCILGELFTKKPIFQANQELAQLELISRICGSPCPAVWPDVIKLPYFNTMKPKKQYRR . :::..:..: .:.: . .:. . : .. :.: . ::. .: ... . KIAA09 AVGCIMAEVYTLRPLFPGASEIDTIFKICQVLGTPKKTDWPEGYQLSSAMNFRWPQCVPN 200 210 220 230 240 250 100 110 120 130 140 KIAA17 KLREEFVFIPAA---ALDLFDYMLALDPSKRCTAEQALQCEF-------------LRDVE .:. ..:: : :..:. :: ::.:: :: :::. . :.: : KIAA09 NLK---TLIPNASSEAVQLLRDMLQWDPKKRPTASQALRYPYFQVGHPLGSTTQNLQDSE 260 270 280 290 300 150 160 170 180 KIAA17 -PSKM------PPP---DLPLWQDCHELWSKKRRRQKQMGMTDDVSTI--KAP--RKDLS :.: ::: .: : . .. ::.: .. : :: : : KIAA09 KPQKGILEKAGPPPYIKPVPPAQPPAKPHTRISSRQHQASQPPLHLTYPYKAEVSRTDHP 310 320 330 340 350 360 190 200 210 220 230 240 KIAA17 LGLDDSRTNTPQGVLPSSQLKSQGSSNVAPVKTGPGQHLNHSELAILLNLLQSKTSVNMA :.... .: ..:: . : :. .: .. :. .:. : ..: : . : KIAA09 SHLQEDKP-SPL-LFPSLHNKHPQSKITAGLEHKNGEIKPKSRRRWGLISRSTKDSDDWA 370 380 390 400 410 420 250 260 270 280 KIAA17 DF-----------VQVLNIKVNSET-----QQQLN-KINLPAGILATGEKQTDPS---TP :. ... : : .:. .. :. : . :.: .. ::. . :: KIAA09 DLDDLDFSPSLSRIDLKNKKRQSDDTLCRFESVLDLKPSEPVGTGNSAPTQTSYQRRDTP 430 440 450 460 470 480 290 300 310 320 330 KIAA17 QQES---------SKPLGGIQ--------PSSQTIQPKVETDAAQAAVQSAFAVLLTQLI .: :. : ::. :... : :. .... .. .:. ..... KIAA09 TLRSAAKQHYLKHSRYLPGISIRNGILSNPGKEFIPPNPWSSSGLSGKSSGTMSVISKVN 490 500 510 520 530 540 340 350 360 370 380 KIAA17 KAQQSKQKDVLLE--------ERENGSGHEASLQLRPPPEPSTPVSGQDDLIQHQDMRIL .. .:. .. : ..: ::. . ..: : :.:: : : ..: . :: KIAA09 SVGSSSTSSSGLTGNYVPSFLKKEIGSAMQ-RVHLAPIPDPS-P--GYSSL---KAMR-- 550 560 570 580 590 390 400 410 420 430 440 KIAA17 ELTPEPDRPRI-LPPDQRP---PEPPEPPPVTEEDLDYRTENQHVPTTSSSLTDPHAGVK :.: :: . : . : :.:: :: KIAA09 ---PHPGRPFFHTQPRSTPGLIPRPPAAQPVHGRTDWASKYASRR 600 610 620 630 640 450 460 470 480 490 500 KIAA17 AALLQLLAQHQPQDDPKREGGIDYQAGDTYVSTSDYKDNFGSSSFSSAPYVSNDGLGSSS 653 residues in 1 query sequences 1986852 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:11 2008 done: Thu Dec 18 15:17:11 2008 Total Scan time: 0.530 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]