# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj21631.fasta.huge -Q ../query/KIAA1802.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1802, 821 aa vs ./tmplib.25089 library 1986684 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.2542+/-0.0136; mu= -26.5788+/- 0.921 mean_var=1009.0334+/-239.802, 0's: 0 Z-trim: 18 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.040376 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 394 39.0 0.0039 KIAA0845 ( 1034 res) hk05234s1 (1034) 387 38.5 0.0046 >>KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236 aa) initn: 160 init1: 160 opt: 394 Z-score: 148.2 bits: 39.0 E(): 0.0039 Smith-Waterman score: 533; 27.548% identity (45.860% similar) in 628 aa overlap (91-635:606-1202) 70 80 90 100 110 120 KIAA18 MIFYQKSAKLFHCHKCFFTSKMYSNVYYHITSKHASPDKWNDKPKNQLNKETDPVKSPPL :... :: : : ::: KIAA16 SSKARMESMNRPYTSLVPPLSPQPKIVTPYTASQPSPPLPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPL 580 590 600 610 620 630 130 140 150 160 170 KIAA18 PEHQKIPCNSAEP-----KSIPALSMETQKLGSVLSPESPKPTPLTPLEPQ---KPGSVV : .. .:: : ..: :. .:. :....: .: ..:: :..:: KIAA16 PSQSAPSAGSAAPMFVKYSTITRLQNASQHSGALFKPPTPPVMQSQSVKPQILVPPNGVV 640 650 660 670 680 690 180 190 200 210 KIAA18 SPELQTPLPSPEPS------KPA-------SVSSPEPPKSVPVCE--SQKLAPVPSPEPQ : : : : :. ::: . :.: :: .. . .: :.: : : KIAA16 PPPPPPP-PPPTPGSAMAQLKPAPCAPSLPQFSAPPPPLKIHQVQHITQVAPPTPPPPPP 700 710 720 730 740 750 220 230 240 250 260 270 KIAA18 KPAPVSPESVKATLSNPKPQKQSHFPETLGPPSASSPESPVL--AASPEPWGPSPAASPE :::. :.. ::: :. :.... .::. :: : : : : :. . 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