# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/ph00819b.fasta.huge -Q ../query/KIAA1813.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1813, 673 aa vs ./tmplib.25089 library 1986832 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.4178+/-0.0114; mu= -30.0272+/- 0.771 mean_var=573.0398+/-135.111, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.053577 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0552 ( 709 res) hh00869 ( 709) 994 91.5 2.7e-19 KIAA0341 ( 546 res) hg01438 ( 546) 321 39.4 0.001 >>KIAA0552 ( 709 res) hh00869 (709 aa) initn: 847 init1: 537 opt: 994 Z-score: 438.2 bits: 91.5 E(): 2.7e-19 Smith-Waterman score: 1114; 38.937% identity (59.483% similar) in 696 aa overlap (5-641:37-675) 10 20 KIAA18 ASATMAIVQTLPVPLEPA--PEAATAPQ----AP :: ..:::: .:. : : ::. .: KIAA05 VDLAGVVGIGVGSYLSLPSHLCPQCPPGLVMAKLETLPVRADPGRDPLLAFAPRPSELGP 10 20 30 40 50 60 30 40 50 60 70 KIAA18 -----VMGSVSSLIS----------GRPCPGGPAPPRHHGPPGPTFFRQQDGLLR---GG .::::.: .. : :: . :: : . .: : : KIAA05 PDPRLAMGSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTGGGGSQGSFPGPRG-----SGSGASRERPGR 70 80 90 100 110 120 80 90 100 110 120 KIAA18 YEAQEP-LCPAVPPRKAVPVTSFTYINEDFRTESPPSPSSDVED-AREQRAHNAHLRGPP : ... : .. . .. : . . : : :: : : : . .: : KIAA05 YPSEDKGLANSLYLNGELRGSDHTDVCGNVVGSSGGSSSSGGSDKAPPQYREPSH----P 130 140 150 160 170 130 140 150 160 170 180 KIAA18 PKLIPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPKPRGAPSLPSFMGPRATGLS-GSQGSLTQLF :::. .::::.. : :.::.:::::.:: . :. .. :...: : :: KIAA05 PKLLATSGKLDQCSEP-LVRPSAFKPVVPK--NFHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGP----- 180 190 200 210 220 190 200 210 220 230 240 KIAA18 GGPASSSSSSSSSSAADKPLAFSGWASGCPSGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGGAE---PTT :: .. ..: . . : :.: :: :::::::::.::::::.. .. : . 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KIAA05 ERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKAWTPSRLERIESTEI 670 680 690 700 >>KIAA0341 ( 546 res) hg01438 (546 aa) initn: 742 init1: 238 opt: 321 Z-score: 158.7 bits: 39.4 E(): 0.001 Smith-Waterman score: 699; 32.376% identity (52.951% similar) in 627 aa overlap (22-642:6-530) 10 20 30 40 50 60 KIAA18 ASATMAIVQTLPVPLEPAPEAATAPQAPVMGSVSSLISGRPCPGGPAPPRHHGPPGPTFF : .: . .::::.::. . .: :: . : KIAA03 NFMATAPGPAGIAMGSVGSLLERQDF--SPEEPRA-ALAGSRGS 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA18 RQQDGLLRGGYEAQEPLCPAVPPRKAVPVTSFTYINEDFRTESPPSPSSDVEDAREQRAH :: ::::: : .: : :.: :. : .. :. . . ...:: KIAA03 RQPDGLLRKGLGQREFLSYLHLPKKDSKSTK----NTKRAPRNEPADYATLYYREHSRA- 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 KIAA18 NAHLRGPPPKL-IPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPKPRGAPSLPSFMGPRATGLSGS : : .: :...: :::..:::. . .: :. :. . .. : : KIAA03 -----GDFSKTSLPERGRFDKCR----IRPSVFKPTAGNGKGFLSMQSLASHKGQKLWRS 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 KIAA18 QGSLTQLFGGPASSSSSSSSSSAADKPLAFSGWASGCPSGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGG .::: : : ::. : : ....: .: . . :: KIAA03 NGSLHTLACHP---------------PLS--------P-GPRASQARAQLLHALSLDEGG 150 160 170 180 240 250 260 270 280 290 KIAA18 AEPTTSSPGGHLPSHGSGRGALPGPARGVPTGPSHSDSGRSSSSKSTGSLGGRVAGGLLG :: :. : :.. : :: :::: ::: . ::: . . : KIAA03 PEPE---PSLSDSSSGGSFGRSPG------TGPS----PFSSSLGHLNHLGGSLDRASQG 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 KIAA18 SGTRASPDSSSCGERSPPPPPPPPSDEALLHCVLEGKLRDREAELQQLRDSLDENEAT-- . : :: : :::: . . : . . : .:. .: ..... 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