# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg02852mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1832.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1832, 694 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986811 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8890+/-0.00713; mu= 9.6702+/- 0.487
 mean_var=183.4917+/-42.909, 0's: 0 Z-trim: 1  B-trim: 5 in 1/39
 Lambda= 0.094682

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1135  ( 789 res)   hj05037                     ( 789) 1516 219.4   1e-57


>>KIAA1135  ( 789 res)   hj05037                          (789 aa)
 initn: 1457 init1: 639 opt: 1516  Z-score: 1128.1  bits: 219.4 E(): 1e-57
Smith-Waterman score: 1554;  42.239% identity (66.119% similar) in 670 aa overlap (55-685:133-771)

           30        40        50        60           70        80 
KIAA18 FIRSMSCLCLGLLWTDSCCLPGRVLGPLHPPAAFSPPHPPAVPPS---DRAPVPQTVQSL
                                     ::: .  .:: :  .   ..    ....::
KIAA11 RAAARRRQPRHRVRSAAQIRVWRDGAVTLAPAADDAGEPPPVAGKLGYSQCMETEVIESL
            110       120       130       140       150       160  

              90       100       110           120       130       
KIAA18 GFAIYRALDWGLDESEERELSPQLERLIDLMAN----NDSEDSGCGAADEGYGGPEEEEE
       :. ::.:::.:: :.::::::: ::.::: :::    . :.: :  ::.:: :  .:...
KIAA11 GIIIYKALDYGLKENEERELSPPLEQLIDHMANTVEADGSNDEGYEAAEEGLGDEDEKRK
            170       180       190       200       210       220  

       140       150       160       170       180       190       
KIAA18 AEGVPRSVRTFAQAMRLCAARLTDPRGAQAHYQAVCRALFVETLELRAFLARVREAKEML
             ..:.. ..:.::::.:     :  ::::::::::.::.::..::.... ::: :
KIAA11 IS----AIRSYRDVMKLCAAHLPTESDAPNHYQAVCRALFAETMELHTFLTKIKSAKENL
                230       240       250       260       270        

       200       210       220       230       240       250       
KIAA18 QKLREDEPHLETPRAELDSLGHTDWARLWVQLMRELRRGVKLKKVQEQEFNPLPTEFQLT
       .:..: :   :.  ..:. : ..::::.:::.::.:: :::::::::...:::: :.:::
KIAA11 KKIQEMEKSDESS-TDLEELKNADWARFWVQVMRDLRNGVKLKKVQERQYNPLPIEYQLT
      280       290        300       310       320       330       

       260       270       280       290       300       310       
KIAA18 PFEMLMQDIRARNYKLRKVMVDGDIPPRVEKDAHELILDFIRSRPPLKQVSERRLRPLPP
       :.::::.::: . : ::::::.::::::..:.:::.:::::::::::. :: :.:.: ::
KIAA11 PYEMLMDDIRCKRYTLRKVMVNGDIPPRLKKSAHEIILDFIRSRPPLNPVSARKLKPTPP
       340       350       360       370       380       390       

       320       330       340            350        360       370 
KIAA18 KQRSLHEKILEEIKQERRLRPVRGEG-----WAARGFG-SLPCILNACSGDAKSTSCINL
       . :::::.:::::: ::.::::  :       : : .. :    :.  .   .. . .. 
KIAA11 RPRSLHERILEEIKAERKLRPVSPEEIRRSRLAMRPLSMSYSFDLSDVTTPESTKNLVES
       400       410       420       430       440       450       

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KIAA18 SVTDAG--------G---SAQRPRPRV-LLKAPTLAEMEEMNTSEEEESPCGEVTLKRDR
       :....:        :   : : :  :  ::.::::::..   .:: ::      ::... 
KIAA11 SMVNGGLTSQTKENGLSTSQQVPAQRKKLLRAPTLAELD---SSESEEE-----TLHKST
       460       470       480       490          500              

     420       430       440          450       460       470      
KIAA18 SFSEHDLAQLRSEVASGLQSATHPPGG---TEPPRPRAGSAHVWRPGSRDQGTCPASVSD
       : :  . .  .  :  ....  .::     .  :.:.       .: .: ..    . ..
KIAA11 SSSSVSPSFPEEPVLEAVSTRKKPPKFLPISSTPQPERR-----QPPQRRHSIEKETPTN
     510       520       530       540            550       560    

        480       490       500       510       520       530      
KIAA18 PSHPLLSNRGSSGDRPEASMTPDAKHLWLEFSHPVESLALTVEEVMDVRRVLVKAEMEKF
         . :  .: ::      :.         :: .::: ::::::::: .:.::::::.::.
KIAA11 VRQFLPPSRQSS-----RSLE--------EFCYPVECLALTVEEVMHIRQVLVKAELEKY
          570            580               590       600       610 

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        : :.....:::::.: :::.. : .:.:  .: :::: ::..:  ::..::: .. .:.
KIAA11 QQYKDIYTALKKGKLCFCCRTRRFSFFTWSYTCQFCKRPVCSQCCKKMRLPSKPYSTLPI
             620       630       640       650       660       670 

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       ..::  . ::          :.:.  :..    :.: .  . .: ::  ::.   .    
KIAA11 FSLGPSALQRGESSMRSEKPSTAHHRPLRSIARFSSKSKSMDKSDEELQFPKELMEDWST
             680       690       700       710       720       730 

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KIAA18 KDVCSECTSFVADVVRSSRKSVDVLNTTPRRSRQTQSLYIPNTRTLDFK         
        .:: .: .:..... :::.:. . :   : .:.:::.:.                  
KIAA11 MEVCVDCKKFISEIISSSRRSLVLANKRARLKRKTQSFYMSSPGPSEYCPSERTISEI
             740       750       760       770       780         




694 residues in 1 query   sequences
1986811 residues in 2037 library sequences
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]