# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg05835mrp1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1833.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1833, 1166 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7827185 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1446+/-0.000183; mu= 14.7691+/- 0.010 mean_var=72.5406+/-14.307, 0's: 33 Z-trim: 35 B-trim: 0 in 0/64 Lambda= 0.150586 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|119602548|gb|EAW82142.1| hCG1993037, isoform CR (1147) 7506 1640.8 0 gi|194380848|dbj|BAG58577.1| unnamed protein produ (1147) 7496 1638.6 0 gi|119602547|gb|EAW82141.1| hCG1993037, isoform CR (1120) 7138 1560.8 0 gi|149066102|gb|EDM15975.1| rCG59505 [Rattus norve (1631) 6163 1349.1 0 gi|194215197|ref|XP_001917183.1| PREDICTED: simila (1637) 6103 1336.1 0 gi|148697617|gb|EDL29564.1| mCG134445, isoform CRA (1631) 6072 1329.4 0 gi|148697618|gb|EDL29565.1| mCG134445, isoform CRA (1694) 6070 1328.9 0 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hypothetical protein T (1569) 1839 409.7 6.6e-111 gi|149711665|ref|XP_001499498.1| PREDICTED: simila (1718) 1767 394.1 3.6e-106 gi|149234212|ref|XP_001475779.1| PREDICTED: simila (1679) 1753 391.1 2.9e-105 gi|205831145|sp|A6NES4.2|YB046_HUMAN RecName: Full (1706) 1744 389.1 1.1e-104 gi|169164538|ref|XP_001721292.1| PREDICTED: simila (1723) 1721 384.1 3.7e-103 gi|119591469|gb|EAW71063.1| hCG2012694, isoform CR (1714) 1720 383.9 4.3e-103 gi|169163339|ref|XP_291007.6| PREDICTED: similar t (1718) 1718 383.5 5.8e-103 gi|62204938|gb|AAH93388.1| LOC100125385 protein [R ( 343) 1583 353.6 1.1e-94 gi|26331714|dbj|BAC29587.1| unnamed protein produc ( 335) 1564 349.5 1.9e-93 gi|73954287|ref|XP_536489.2| PREDICTED: similar to (2211) 1392 312.7 1.5e-81 gi|119576414|gb|EAW56010.1| hypothetical protein F (1585) 1379 309.8 8e-81 gi|187661972|sp|Q7Z745.2|YE013_HUMAN RecName: Full (1585) 1379 309.8 8e-81 gi|154240671|ref|NP_775760.3| HEAT repeat family m (1585) 1376 309.1 1.3e-80 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gi|33411794|emb|CAD58802.1| hypothetical protein [ ( 169) 997 226.1 1.4e-56 gi|109077105|ref|XP_001085887.1| PREDICTED: simila (1562) 929 212.0 2.1e-51 gi|210117900|gb|EEA65635.1| hypothetical protein B (1170) 911 208.0 2.6e-50 gi|193785857|dbj|BAG54644.1| unnamed protein produ (1140) 896 204.8 2.4e-49 >>gi|119602548|gb|EAW82142.1| hCG1993037, isoform CRA_i (1147 aa) initn: 7506 init1: 7506 opt: 7506 Z-score: 8803.0 bits: 1640.8 E(): 0 Smith-Waterman score: 7506; 100.000% identity (100.000% similar) in 1147 aa overlap (20-1166:1-1147) 10 20 30 40 50 60 KIAA18 DGRRSCPCSHWVKEAETTDMTESSMKKLASTLLDAITDKDPLVQEQVCSALCSLGEVRPV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 MTESSMKKLASTLLDAITDKDPLVQEQVCSALCSLGEVRPV 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA18 ETLRACEEYLRQHDKLAHPYRAAVLRAMERVLSSRASELDKDTASTIILLASSEMTKTKD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|119 ETLRACEEYLRQHDKLAHPYRAAVLRAMERVLSSRASELDKDTASTIILLASSEMTKTKD 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA18 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