# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh22040s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1837.ptfa ./tmplib.25089 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1837, 639 aa
 vs ./tmplib.25089 library

1986866 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6817+/-0.0052; mu= 10.1775+/- 0.353
 mean_var=110.0721+/-25.725, 0's: 0 Z-trim: 3  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.122246

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA0319  ( 1109 res)   hg00378                    (1109) 2595 469.1 8.8e-133


>>KIAA0319  ( 1109 res)   hg00378                         (1109 aa)
 initn: 2533 init1: 2533 opt: 2595  Z-score: 2475.8  bits: 469.1 E(): 8.8e-133
Smith-Waterman score: 2595;  61.958% identity (84.430% similar) in 623 aa overlap (6-626:426-1048)

                                        10        20        30     
KIAA18                          VMEGKHSQILKLSKLTPGLYEFKVIVEGQNAHGEG
                                     :.: :.::.:. ::: ::: : ..:: :::
KIAA03 APAPPVETTYNYEWNLISHPTDYQGEIKQGHKQTLNLSQLSVGLYVFKVTVSSENAFGEG
         400       410       420       430       440       450     

          40        50        60        70        80        90     
KIAA18 YVNVTVKPEPRKNRPPIAIVSPQFQEISLPTTSTVIDGSQSTDDDKIVQYHWEELKGPLR
       .:::::::  : : ::.:.::::.::..:: ::..::::::::: .::.:::::..::. 
KIAA03 FVNVTVKPARRVNLPPVAVVSPQLQELTLPLTSALIDGSQSTDDTEIVSYHWEEINGPFI
         460       470       480       490       500       510     

         100       110       120       130       140       150     
KIAA18 EEKISEDTAILKLSKLVPGNYTFSLTVVDSDGATNSTTANLTVNKAVDYPPVANAGPNQV
       ::: : :. .:.::.: ::::.: :::.::::::::::: : ::.:::::::::::::..
KIAA03 EEKTSVDSPVLRLSNLDPGNYSFRLTVTDSDGATNSTTAALIVNNAVDYPPVANAGPNHT
         520       530       540       550       560       570     

         160       170       180       190       200       210     
KIAA18 ITLPQNSITLFGNQSTDDHGITSYEWSLSPSSKGKVVEMQGVRTPTLQLSAMQEGDYTYQ
       :::::::::: ::::.::: :. :::::.:.:.:: : ::::.:: :.::::::::::.:
KIAA03 ITLPQNSITLNGNQSSDDHQIVLYEWSLGPGSEGKHVVMQGVQTPYLHLSAMQEGDYTFQ
         580       590       600       610       620       630     

         220       230       240       250       260       270     
KIAA18 LTVTDTIGQQATAQVTVIVQPENNKPPQADAGPDKELTLPVDSTTLDGSKSSDDQKIISY
       : :::.  ::.:: ::::::::::.:: : ::::::: .::.:.:::::.::::. :. :
KIAA03 LKVTDSSRQQSTAVVTVIVQPENNRPPVAVAGPDKELIFPVESATLDGSSSSDDHGIVFY
         640       650       660       670       680       690     

         280       290       300       310       320       330     
KIAA18 LWEKTQGPDGVQLENANSSVATVTGLQVGTYVFTLTVKDERNLQSQSSVNVIVKEEINKP
        ::...::..:..:: ....::::::::::: : :::::...:.: :...: ::.: :.:
KIAA03 HWEHVRGPSAVEMENIDKAIATVTGLQVGTYHFRLTVKDQQGLSSTSTLTVAVKKENNSP
         700       710       720       730       740       750     

         340       350       360       370       380       390     
KIAA18 PIAKITGNVVITLPTSTAELDGSKSSDDKGIVSYLWTRDEGSPAAGEVLNHSDHHPILFL
       : :.  :  :..::...  ::::.:.::. :::::: ::  :::::.:.. :::   : :
KIAA03 PRARAGGRHVLVLPNNSITLDGSRSTDDQRIVSYLWIRDGQSPAAGDVIDGSDHSVALQL
         760       770       780       790       800       810     

         400       410       420       430       440       450     
KIAA18 SNLVEGTYTFHLKVTDAKGESDTDRTTVEVKPDPRKNNLVEIILDINVSQLTERLKGMFI
       .:::::.:::::.:::..: :::: .::::.:::::..:::. :...:.::::. :  ..
KIAA03 TNLVEGVYTFHLRVTDSQGASDTDTATVEVQPDPRKSGLVELTLQVGVGQLTEQRKDTLV
         820       830       840       850       860       870     

         460       470       480       490       500       510     
KIAA18 RQIGVLLGVLDSDIIVQKIQPYTEQSTKMVFFVQNEPPHQIFKGHEVAAMLKSELRKQKA
       ::..:::.:::::: ::::. ... :: .::.::..:: ...:. :::  :. .: :.::
KIAA03 RQLAVLLNVLDSDIKVQKIRAHSDLSTVIVFYVQSRPPFKVLKAAEVARNLHMRLSKEKA
         880       890       900       910       920       930     

         520       530       540       550       560       570     
KIAA18 DFLIFRALEVNTVTCQLNCSDHGHCDSFTKRCICDPFWMENFIKVQLRDGDSNCEWSVLY
       :::.:..:.:.:. : :.:: ::::: .::::::. .::::.:.  . ::.::::::..:
KIAA03 DFLLFKVLRVDTAGCLLKCSGHGHCDPLTKRCICSHLWMENLIQRYIWDGESNCEWSIFY
         940       950       960       970       980       990     

         580       590       600        610        620       630   
KIAA18 VIIATFVIVVALGILSWTVICCCKRQK-GKPKRKSKYKILDATD-QESLELKPTSRAGRG
       : . .:...:  : ..:  ::::::::  : ..:.:: :::  : :: .::.:       
KIAA03 VTVLAFTLIVLTGGFTWLCICCCKRQKRTKIRKKTKYTILDNMDEQERMELRPKYGIKHR
        1000      1010      1020      1030      1040      1050     

                                                             
KIAA18 PGCQSF                                                
                                                             
KIAA03 STEHNSSLMVSESEFDSDQDTIFSREKMERGNPKVSMNGSIRNGASFSYCSKDR
        1060      1070      1080      1090      1100         




639 residues in 1 query   sequences
1986866 residues in 2037 library sequences
 Scomplib [34.26]
 start: Thu Dec 18 15:18:55 2008 done: Thu Dec 18 15:18:56 2008
 Total Scan time:  0.510 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]