# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh01800.fasta.nr -Q ../query/KIAA1869.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1869, 935 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7807421 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1180+/-0.000203; mu= 10.8335+/- 0.011 mean_var=126.4237+/-24.032, 0's: 43 Z-trim: 80 B-trim: 59 in 1/64 Lambda= 0.114067 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|55960948|emb|CAI16378.1| sema domain, transmemb ( 930) 6452 1073.7 0 gi|12081909|dbj|BAB20670.1| semaphorin Y [Homo sap ( 930) 6448 1073.0 0 gi|20532413|sp|Q9H3T2.3|SEM6C_HUMAN RecName: Full= ( 930) 6446 1072.7 0 gi|109016115|ref|XP_001104082.1| PREDICTED: semaph ( 930) 6323 1052.4 0 gi|194036253|ref|XP_001929695.1| PREDICTED: simila ( 934) 5806 967.4 0 gi|4521231|dbj|BAA76295.1| semaphorin Y short isof ( 928) 5661 943.5 0 gi|8134721|sp|Q9WTM3.1|SEM6C_MOUSE RecName: Full=S ( 931) 5619 936.6 0 gi|114559366|ref|XP_001170564.1| PREDICTED: semaph ( 930) 5464 911.1 0 gi|194210828|ref|XP_001916108.1| PREDICTED: simila ( 852) 4948 826.1 0 gi|74145448|dbj|BAE36165.1| unnamed protein produc ( 777) 4469 747.3 6.4e-213 gi|126313713|ref|XP_001366206.1| PREDICTED: simila ( 941) 4448 743.9 8.1e-212 gi|55960947|emb|CAI16377.1| sema domain, transmemb ( 962) 4029 674.9 4.7e-191 gi|18462034|gb|AAL72100.1|AF339154_1 semaphorin Y ( 962) 4023 674.0 9.3e-191 gi|114559364|ref|XP_001170541.1| PREDICTED: semaph ( 962) 4011 672.0 3.6e-190 gi|194380956|dbj|BAG64046.1| unnamed protein produ ( 683) 4003 670.5 7.2e-190 gi|109016112|ref|XP_001103998.1| PREDICTED: semaph ( 962) 3977 666.4 1.8e-188 gi|163781010|gb|ABY40786.1| sema domain, transmemb ( 962) 3977 666.4 1.8e-188 gi|169410916|gb|ACA57926.1| Sema domain, transmemb ( 962) 3969 665.1 4.4e-188 gi|217030846|gb|ACJ74008.1| Sema domain, transmemb ( 961) 3812 639.2 2.6e-180 gi|183637581|gb|ACC64583.1| Sema domain, transmemb ( 959) 3805 638.1 5.8e-180 gi|148706835|gb|EDL38782.1| sema domain, transmemb ( 968) 3788 635.3 4.1e-179 gi|8134706|sp|Q9WTL3.1|SEM6C_RAT RecName: Full=Sem ( 960) 3765 631.5 5.6e-178 gi|14010605|gb|AAK52051.1|AF363973_1 semaphorin 6C ( 963) 3751 629.2 2.8e-177 gi|73981571|ref|XP_540309.2| PREDICTED: similar to (1045) 3675 616.7 1.7e-173 gi|3005748|gb|AAC09365.1| unknown [Homo sapiens] ( 446) 3176 534.2 4.9e-149 gi|148706836|gb|EDL38783.1| sema domain, transmemb ( 858) 3047 513.3 1.9e-142 gi|114559362|ref|XP_001170440.1| PREDICTED: semaph ( 474) 2648 447.4 7.4e-123 gi|89365929|gb|AAI14522.1| SEMA6C protein [Homo sa ( 474) 2637 445.6 2.6e-122 gi|92058719|gb|AAI14624.1| SEMA6C protein [Homo sa ( 537) 2546 430.6 9.1e-118 gi|114559358|ref|XP_001170461.1| PREDICTED: semaph ( 537) 2546 430.6 9.1e-118 gi|55960946|emb|CAI16376.1| sema domain, transmemb ( 922) 2538 429.6 3.3e-117 gi|114559360|ref|XP_001170483.1| PREDICTED: semaph ( 538) 2534 428.7 3.6e-117 gi|18462032|gb|AAL72099.1|AF339153_1 semaphorin Y ( 922) 2532 428.6 6.6e-117 gi|119573856|gb|EAW53471.1| sema domain, transmemb ( 922) 2532 428.6 6.6e-117 gi|114559370|ref|XP_001170512.1| PREDICTED: semaph ( 922) 2520 426.6 2.6e-116 gi|109016118|ref|XP_001103822.1| PREDICTED: semaph ( 922) 2505 424.1 1.4e-115 gi|19850863|gb|AAL99669.1|AF363971_1 semaphorin 6C ( 920) 2363 400.8 1.5e-108 gi|19850865|gb|AAL99670.1|AF363972_1 semaphorin 6C ( 923) 2348 398.3 8.6e-108 gi|148706833|gb|EDL38780.1| sema domain, transmemb ( 923) 2348 398.3 8.6e-108 gi|68534777|gb|AAH98887.1| Sema domain, transmembr ( 880) 2256 383.1 3e-103 gi|220672922|emb|CAX13645.1| sema domain, transmem ( 898) 2251 382.3 5.4e-103 gi|119902564|ref|XP_001249832.1| PREDICTED: simila (1017) 2177 370.2 2.7e-99 gi|119902566|ref|XP_596649.3| PREDICTED: similar t (1011) 2159 367.2 2.1e-98 gi|73999994|ref|XP_861397.1| PREDICTED: similar to (1017) 2159 367.2 2.1e-98 gi|118095756|ref|XP_001231890.1| PREDICTED: simila (1022) 2156 366.7 3e-98 gi|114656842|ref|XP_001164699.1| PREDICTED: semaph (1017) 2154 366.4 3.7e-98 gi|109080995|ref|XP_001112381.1| PREDICTED: simila (1011) 2148 365.4 7.4e-98 gi|118095760|ref|XP_001231947.1| PREDICTED: simila (1016) 2148 365.4 7.4e-98 gi|21634827|gb|AAM69453.1|AF389430_1 semaphorin 6D (1011) 2147 365.3 8.3e-98 gi|73999992|ref|XP_861366.1| PREDICTED: similar to (1011) 2147 365.3 8.3e-98 >>gi|55960948|emb|CAI16378.1| sema domain, transmembrane (930 aa) initn: 6452 init1: 6452 opt: 6452 Z-score: 5741.4 bits: 1073.7 E(): 0 Smith-Waterman score: 6452; 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