# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fk02242.fasta.huge -Q ../query/KIAA1888.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1888, 737 aa vs ./tmplib.25089 library 1986768 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7932+/-0.00467; mu= 15.0097+/- 0.318 mean_var=90.2143+/-21.036, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.135032 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0822 ( 1591 res) hh02681 (1591) 1498 303.0 1.5e-82 KIAA1062 ( 1771 res) hj03579s1 (1771) 750 157.3 1.1e-38 KIAA1520 ( 810 res) ah05473 ( 810) 179 45.7 2.1e-05 >>KIAA0822 ( 1591 res) hh02681 (1591 aa) initn: 1779 init1: 740 opt: 1498 Z-score: 1574.1 bits: 303.0 E(): 1.5e-82 Smith-Waterman score: 1910; 41.927% identity (72.320% similar) in 737 aa overlap (2-733:877-1590) 10 20 30 KIAA18 DKPHKYKTSLLLQNSADSDISDLISFFTSQN .:: :.::. :.. ..:.:.:. :: KIAA08 LLVEYTMVKIYQNSYTWELSPHLYFLAPGQQPHDPLTQLLIINKTGASIDDFIQSVEHQN 850 860 870 880 890 900 40 50 60 70 80 KIAA18 IM--VTMINDSDYVSVAPHSAALNVVHSEKDYVFAAVFNSTMVYSLPILVNIISNYYLYH : : .. . .. ...:..: .::.: :. . :. . .:.:..:.:: : KIAA08 IALEVDAFGTRNGTDDPSYNGAITVCCNEKNYSFSLACNAKRLNCFPVLMDIVSNGLLGM 910 920 930 940 950 960 90 100 110 120 130 140 KIAA18 LNVTETIQIWSTPFFQEITDIVFKIELYFQAALLGIIVTAMPPYFAMENAENHKIKAYTQ .. . :. . :... : . . :.. : ..... :::.:: . ...: .: .: KIAA08 VKPSVHIRTERSTFLENGQDNPIGFLAYIMFWL--VLTSSCPPYIAMSSIDDYKNRARSQ 970 980 990 1000 1010 1020 150 160 170 180 190 200 KIAA18 LKLSGLLPSAYWIGQAVVDIPLFFIILILMLGSLLAFHYGLYFYTVKFLAVVFCLIGYVP :..::: :::::.:::.::. :.:...... .. .. :. . . : .:: KIAA08 LRISGLSPSAYWFGQALVDVSLYFLVFVFIYLMSYISNFEDMLLTIIHIIQIPCAVGYSF 1030 1040 1050 1060 1070 1080 210 220 230 240 250 260 KIAA18 SVILFTYIASFTFKKILNTKEFWSFIYSVAALACIAITEITFFMGYTIATILHYAFCIII :.:..::. :: :.: ... .::: . :... .: ...: . . . : ..: KIAA08 SLIFMTYVISFIFRKGRKNSGIWSFCFYVVTVFSVAGFAFSIF-----ESDIPFIFTFLI 1090 1100 1110 1120 1130 270 280 290 300 310 320 KIAA18 PIYPLLGCLI--SFIKISWKNVRKNVDTYNPWDRLSVAVISPYLQCVLWIFLLQYYEKKY : ..:::. : . .: .. .:. .:. .. . :.:. ....: :. : :. 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KIAA10 PKSKGNPAAYGITVTNHPMNKTSASLSLDYLLQGTDVVIAIFIIVAMSFVPASFVVFLVA 1100 1110 1120 1130 1140 1150 150 160 170 180 190 200 KIAA18 NHKIKAYTQLKLSGLLPSAYWIGQAVVDIPLFFIILILMLGSLLAFHYGLYFYTVKFLAV ... :: .:: : ::... : :. ... . :..: : ..: :: KIAA10 EKSTKAKHLQFVSGCNPIIYWLANYVWDMLNYLVPATCCVIILFVFDLPAYTSPTNFPAV 1160 1170 1180 1190 1200 1210 210 220 230 240 250 KIAA18 VFCLIGYVPSVILFTYIASFTFKKILNTKEFWSFIYSVAALACIAITEITFFMGY----- . .. : :. . : ::: :. . .. . :. . . :. : ::.. KIAA10 LSLFLLYGWSITPIMYPASFWFE--VPSSAY-VFLIVINLFIGITATVATFLLQLFEHDK 1220 1230 1240 1250 1260 260 270 280 290 300 KIAA18 ---TIATILHYAFCIIIPIYPLLGCLIS-----FIKISWKNVRKNVDTYNP--WDRLSVA .. . :. : .:.: : : :. .:. . .. . .: :: .. . KIAA10 DLKVVNSYLKSCF-LIFPNYNLGHGLMEMAYNEYINEYYAKIGQFDKMKSPFEWDIVTRG 1270 1280 1290 1300 1310 1320 310 320 330 340 350 360 KIAA18 VISPYLQCVLWIFLLQYYEKKYGGRSIRKDPFFRNLSTKSKNRKLPEPPDNEDEDEDVKA ... .. :. ::: . . :. :.: . ...: ..: :: . 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KIAA10 GLLGVNGAGKTSTFKMLTGDESTTGGEAFVNGHSV-LKELLQVQQSLGYCPQCDALFDEL 1420 1430 1440 1450 1460 1470 490 500 510 520 530 540 KIAA18 TLQEHFEIYGAVKGMSASDMKEVISRITHALDLKEHLQKTVKKLPAGIKRKLCFALSMLG : .::...: ..:.: .: .:.. . :.: .. .: . .: :::: :....: KIAA10 TAREHLQLYTRLRGISWKDEARVVKWALEKLELTKYADKPAGTYSGGNKRKLSTAIALIG 1480 1490 1500 1510 1520 1530 550 560 570 580 590 600 KIAA18 NPQITLLDEPSTGMDPKAKQHMWRAIRTAFKNRKRAAILTTHYMEEAEAVCDRVAIMVSG : . .::::.:::::::.. .: : .:. :...::.: ::: ::.: :.::::.: KIAA10 YPAFIFLDEPTTGMDPKARRFLWNLILDLIKT-GRSVVLTSHSMEECEALCTRLAIMVNG 1540 1550 1560 1570 1580 1590 610 620 630 640 650 660 KIAA18 QLRCIGTVQHLKSKFGKGYFLEIKLKDWIENLEVDRLQREIQYIFPNASRQESFSSILAY .:::.:..::::..:: ::.. .. :. . : . : .. ::.: .: . . : KIAA10 RLRCLGSIQHLKNRFGDGYMITVRTKS---SQSVKDVVRFFNRNFPEAMLKERHHTKVQY 1600 1610 1620 1630 1640 1650 670 680 690 700 710 720 KIAA18 KIPKEDVQSLSQSFFKLEEAKHAFAIEEYSFSQATLEQVFVELTKEQEEEDNSCGTLNST .. .: . ::.: : :.:... ...::.:: ::.::..:::...:.: . KIAA10 QLKSEHI-SLAQVFSKMEQVSGVLGIEDYSVSQTTLDNVFVNFAKKQSDNLEQQETEPPS 1660 1670 1680 1690 1700 1710 730 KIAA18 LWWERTQEDRVVF KIAA10 ALQSPLGCLLSLLRPRSAPTELRALVADEPEDLDTEDEGLISFEEERAQLSFNTDTLC 1720 1730 1740 1750 1760 1770 >>KIAA1520 ( 810 res) ah05473 (810 aa) initn: 207 init1: 102 opt: 179 Z-score: 188.9 bits: 45.7 E(): 2.1e-05 Smith-Waterman score: 179; 22.430% identity (59.346% similar) in 214 aa overlap (414-620:569-776) 390 400 410 420 430 440 KIAA18 SIMVSNLHKEYDDKKDFLLSRKVKKVATKYISFCVKKGEILGLLGPNGAGKSTIINILVG .:: .. :.. .:.::.:.:::. .::: KIAA15 LAPDHLEGRVDFENVTFTYRTRPHTQVLQNVSFSLSPGKVTALVGPSGSGKSSCVNILE- 540 550 560 570 580 590 450 460 470 480 490 500 KIAA18 DIEPTSGQVFLGDYSSETSEDDDSL-KCMGYCPQINPLWPDTTLQEHFEIYG--AVKGMS .. : : : : . .. : : . .. : .:. .. ... :: .: KIAA15 NFYPLEGGRVLLDGKPISAYDHKYLHRVISLVSQ-EPVLFARSITDNIS-YGLPTVPFEM 600 610 620 630 640 650 510 520 530 540 550 KIAA18 ASDMKEVISRITHALDLKE-HLQKTVKK---LPAGIKRKLCFALSMLGNPQITLLDEPST . . . . ..:.. . .: .: : .: :... .: ... :: . .::: .. 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