# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj02353mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1925.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1925, 1147 aa vs ./tmplib.25089 library 1986358 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9589+/-0.00547; mu= 17.0441+/- 0.374 mean_var=102.5852+/-24.635, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 106 in 1/39 Lambda= 0.126629 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1353 ( 640 res) fj01443 ( 640) 1681 318.4 2.1e-87 KIAA0766 ( 640 res) hk04860 ( 640) 379 80.6 8.2e-16 KIAA1586 ( 739 res) fj08085 ( 739) 190 46.1 2.2e-05 KIAA1466 ( 505 res) fj01441 ( 505) 149 38.4 0.0032 >>KIAA1353 ( 640 res) fj01443 (640 aa) initn: 1351 init1: 572 opt: 1681 Z-score: 1661.2 bits: 318.4 E(): 2.1e-87 Smith-Waterman score: 1681; 41.277% identity (74.611% similar) in 642 aa overlap (506-1142:8-640) 480 490 500 510 520 530 KIAA19 KRKHDEIQRSLPVKPSKMLKPSGTPFSPDKVGDWMAKQASLDFFVKKRHAFSEHSSSNKR :: .. . : : :.: ::. 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KIAA07 CEKAFSYLT--RNQHTLSQPLTDEHLQALFRVATTEMEPGWDDLVRERNESNP 590 600 610 620 630 640 >>KIAA1586 ( 739 res) fj08085 (739 aa) initn: 178 init1: 106 opt: 190 Z-score: 188.4 bits: 46.1 E(): 2.2e-05 Smith-Waterman score: 223; 21.522% identity (54.565% similar) in 460 aa overlap (697-1121:240-681) 670 680 690 700 710 720 KIAA19 KDCIKEVCLEMLGESAAKKVAQVPLSNDTIARRIQE-LANDMEDQLIEQI-KLAKYFSLQ : :: : .:..:. .....: . . . KIAA15 KHNRPLSDIEGARELQEKNGEVNCLNTRYSATRIAEHIAKEMKMKIFKNIIEENAKICII 210 220 230 240 250 260 730 740 750 760 770 780 KIAA19 LDECRDIANMIILLVYVRFEHDDDIKEEFFFSASLPTNTTSSELYEAVKNYIVNKCGLEF .:: ... :..:.. .. ..: : .: .: . .: ::. KIAA15 IDEASTVSKKTTLVIYLQCTIQSAPAPVMLFVALKELVSTIAECIVNTLLTTLNDCGFTN 270 280 290 300 310 320 790 800 810 820 830 840 KIAA19 KFC----VGVCSDGAASMTGKHSEVVTQIKELAPECKTTHCFIHRESLAMKKISAELNSV .. .. ::::: .. :..: :.:.. : :: .:. :: .:.. .:.... KIAA15 EYLKANLIAFCSDGANTILGRKSGVATKLLENFPEIIIWNCLNHRLQLSLDDSISEIKQI 330 340 350 360 370 380 850 860 870 880 890 KIAA19 --LNDIV-KIVN-YIKSNSLNSRLFSLLCDNMEADHKQLLLHAEIRWLSRG-KVLSRMFE :. .. :: . : . :. ...:.. . ..:.. .. :: . . .. . ... KIAA15 NHLKIFIDKIYSIYHQPNKNQTKLLGTVAKELETEIIKIGRVMGPRWAACSLQAATAVWH 390 400 410 420 430 440 900 910 920 930 940 950 KIAA19 IRNELLVFLQGKKPMWSQLFKDVNWTARLAYLSDIFSIFNDLNASMQGKNATYFSMADKV : . .. . .. . ..:. :: . ::. :. :....:... : .. :.:. KIAA15 AYPILYMHFSHSYSGLAKRLANINFLQDLALMIDILEEFSVLSTALQSRS-TNIKKAQKL 450 460 470 480 490 500 960 970 980 990 1000 KIAA19 EGQKQKLEAWKN-RISTDCY----------DMFHNLTTIINEVGNDLDIAHLRKVISEHL :. ..: .: .:.: : : :... :. : : . : : .:. KIAA15 --IKRTIRALENLKIGTGKYESQIEDLIKSDKFKDIPFNKNNKFNALPRSILLDNIIQHM 510 520 530 540 550 560 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA19 T----------NLLECFEFYFPSKED-PRIGNLWI--QNPFLSSKDNLNLTVTLQDKLLK . .... :.. :: .: . :: .. .. :. : :.: .. 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