# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03842.fasta.huge -Q ../query/KIAA1960.ptfa ./tmplib.25089 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1960, 871 aa vs ./tmplib.25089 library 1986634 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0046+/-0.00922; mu= -12.0189+/- 0.624 mean_var=361.5611+/-87.665, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.067450 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1481 ( 1380 res) fj05724 (1380) 422 55.5 4.7e-08 KIAA1202 ( 1502 res) fg03353 (1502) 367 50.2 2.1e-06 >>KIAA1481 ( 1380 res) fj05724 (1380 aa) initn: 640 init1: 352 opt: 422 Z-score: 236.4 bits: 55.5 E(): 4.7e-08 Smith-Waterman score: 493; 23.307% identity (50.055% similar) in 901 aa overlap (8-862:497-1362) 10 20 30 KIAA19 PGRGSDPRSHPASALICAAMEALGPGGDRASPASSTS : . :: . . :: :. :: ::: : KIAA14 QSALADYIQRKTGKRPTSAAGCSLQEPGPLRERAQSAYLQPGPAAL-EGSGLAS-ASSLS 470 480 490 500 510 520 40 50 60 70 80 KIAA19 SLDLWHLSMRADSAYSSFSAASGGPEPRTQSP----GTDLLPYLDWDYVRVVWGGP---- :: :. : ... ..: :: .: : : : . . :: KIAA14 SLREPSLQPRREATLLPATVAETQQAPRDRSSSFAGGRRLGERRRGDLLSGANGGTRGTQ 530 540 550 560 570 580 90 100 110 120 130 140 KIAA19 -GPAPPDAALCTSPRPRPAVAARSGPQPTEVPGTPGPLNRQATPLLYALAAEAEAAAQAA : : . : ...:.. . ..: . : . ...: : : . . . . 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