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研究内容

ゲノム情報解析グループ

わたしたちの活動

わたしたちの活動の目的

 近年、次世代シークエンサーの技術は急速に発展しています。そこで、わたしたちは、得られた塩基配列に対してコンピュータを用いることで、生物のゲノム塩基配列を推定し、個体間の配列の違いを明らかにしています。例えば植物(作物)では、これらの情報は、病害や環境ストレスに対して抵抗性がある個体の選抜に利用できるため、基礎研究から産業分野に応用されることが期待されています。これらの活動を通じて得られたゲノム情報はデータベースを通じて公開しています。

わたしたちの活動の特徴

 わたしたちはこれまでにマメ科のモデル植物であるミヤコグサをはじめ、トマトやユーカリといった作物のゲノム配列を解読してきました。一般に実用作物では高倍数性や数ギガベースといった長さがあるものが多いため、それらのゲノム配列はほとんど解読されていません。そこで、わたしたちは八倍体であるイチゴなど解析が困難と考えられている実用作物を対象としてゲノム配列の解読を行っています。また、研究開発を進めているポータルサイトPGDBj(Plant Genome DataBase Japan, http://pgdbj.jp)では、多様な植物種を対象としてDNAマーカー情報を収集しています。植物の多様性に着目したこれらの活動は世界的にも類を見ません。

社会への貢献、産業への支援

 わたしたちの研究において得られた実用作物のゲノム配列や多型情報は論文やデータベースを通じて公表しており、品種識別や育種選抜などの産業分野で利用されています。また、PGDBjでは、利用者が欲しい情報を効率良く得ることができるよう植物関連の各種データベースに対する横断検索システムを作っています。これらの活動を通じて、ゲノム情報が基礎研究から産業分野まで幅広く利用されるようになることを目指しています。

活動実績

  1. イチゴゲノム配列の解読:八倍体であるイチゴのドラフトゲノム配列を決定し、その結果をデータベース「Strawberry GARDEN」にて公開しました(http://strawberry-garden.kazusa.or.jp)。
  2. ポータルサイトPGDBjの公開:植物のオルソログ遺伝子やリソース、DNAマーカー情報を整備し、それらを元に植物ゲノム関連データベースを統合したポータルサイトPGDBjを公開しました(http://pgdbj.jp)。
  3. トマトの多型解析
  4.  トマト40系統間の一塩基多型を調べ、その多型が遺伝子機能に及ぼす影響を調べました。その結果を「Tomato Functional SNP DataBase」にて公開しました(http://plant1.kazusa.or.jp/tomato/)。

ゲノム解析技術研究室

研究室メンバー

平川 英樹 グループ長 hh at kazusa.or.jp
(兼)田畑 哲之 主席研究員 tabata at kazusa.or.jp
市原 寿子 プロジェクト研究員 ichihara at kazusa.or.jp
駒井 多恵子 特任研究員 komai at kazusa.or.jp
長崎 英樹 特任研究員 nagasaki at kazusa.or.jp