# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk05234s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA0845.ptfa ./tmplib.23663 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA0845, 1034 aa vs ./tmplib.23663 library 1986471 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 21.2546+/-0.0141; mu= -69.6302+/- 0.947 mean_var=944.5935+/-228.312, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.041730 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0353 ( 1614 res) hg01758y1 (1614) 440 42.7 0.00046 KIAA1802 ( 821 res) fj21631 ( 821) 387 39.4 0.0023 >>KIAA0353 ( 1614 res) hg01758y1 (1614 aa) initn: 378 init1: 191 opt: 440 Z-score: 164.7 bits: 42.7 E(): 0.00046 Smith-Waterman score: 496; 25.130% identity (52.659% similar) in 959 aa overlap (57-983:5-888) 30 40 50 60 70 80 KIAA08 HGGGSLHYALARKGGAGGTRSAAGSSSGFHSWTRTSV--SSVSASPSRFRGAGAASSTDS : .: :. :...: : : ::. ..: KIAA03 VPGLSRSRPSLRASGAAARPER-RGGEDETGTRP 10 20 30 90 100 110 120 130 KIAA08 LDTLSNGPE-----GCMVAVATSRS-EKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEAHNRSLEGEAA . .. :. : :.. . . :: .:: :: :. :. .::.:: .: :: : KIAA03 GQEGAGQPREPRTPGKMLSWRLQTGPEKAELQELNARLYDYVCRVRELERENLLLEEELR 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 KIAA08 ALRQQQAGRSAMGELY-EREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAHVRQRLDDE- . :. . : : :. .:.: .: . .:. : . . :.. : ... .. :::: : KIAA03 G-RRGREGLWAEGQARCAEEARSLRQQLDELSWATALAEGERDALRRELREL-QRLDAEE 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 KIAA08 --ARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGELLGQIQ :: : .:: .:. : ::: .::. :. :: : : :...: :: .. 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KIAA18 RKTAPTLSPEHWKAVPPVSPELRKPG---P-----PLSPEIRSP--AGSPELRKPSGSPD 410 420 430 440 450 830 840 850 860 870 KIAA08 --KEIPKKEEVKSPVKEE--EKPQEVKVKEPP--KKAE--EEKAPATPKTEEKKDSKKEE : : .... ::.. . :. . . : :.. : . :. :.:.. : : KIAA18 LWKLSPDQRKT-SPASLDFPESQKSSRGGSPDLWKSSFFIEPQKPVFPETRKPGPSGPSE 460 470 480 490 500 510 880 890 900 910 920 KIAA08 APKKEAP--KPKVE---EKKEPAVEKPKESKVEAKKEEAEDKKKVPTPEKEA-----PAK .:: . :: . : ..::. . . . ::. . : :.:.: : . KIAA18 SPKAASDIWKPVLSIDTEPRKPALFPEPAKTAPPASPEARKRALFPEPRKHALFPELPKS 520 530 540 550 560 570 930 940 950 960 970 980 KIAA08 VEVKEDAKPKE-KTEVAKKEPDDAKAKEPSKPAEKKEAAPEK--KDTKEEKAKKPEEKPK . .:. : : :. :: : . :. :.:.: .:: ..:: .. . KIAA18 ALFSESQKAVELGDELQIDAIDDQKCDILVQ--EELLASPKKLLEDTLFPSSKKLKKDNQ 580 590 600 610 620 630 990 1000 1010 1020 1030 KIAA08 TEAKAKEDDKTLSKEPSKPKAEKAEKSSST-DQKDSKPPEKATEDKAAKGK . :. ... : :...::: .: : . . . :.: KIAA18 ESSDAELSSSEYIKTDLDAMDIKGQESSSDQEQVDVESIDFSKENKMDMTSPEQSRNVLQ 640 650 660 670 680 690 KIAA18 FTEEKEAFISEEEIAKYMKRGKGKYYCKICCCRAMKKGAVLHHLVNKHNVHSPYKCTICG 700 710 720 730 740 750 1034 residues in 1 query sequences 1986471 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:18:28 2008 done: Thu Dec 18 15:18:29 2008 Total Scan time: 0.730 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]