seq1 = pF1KA1492.tfa, 2367 bp
seq2 = pF1KA1492/gi568815596f_115062234.tfa (gi568815596f:115062234_115942342), 880109 bp

>pF1KA1492 2367
>gi568815596f:115062234_115942342 (Chr2)

38-154  (247004-247120)   100% ->
155-250  (281584-281679)   100% ==
418-473  (627451-627506)   100% ->
474-555  (627607-627688)   100% ->
556-676  (665583-665703)   100% ->
677-831  (677506-677660)   100% ->
832-929  (683853-683950)   100% ->
930-1053  (690941-691064)   99% ->
1054-1092  (700339-700377)   100% ->
1093-1200  (706064-706171)   99% ->
1201-1292  (714975-715066)   100% ->
1293-1340  (715554-715601)   100% ->
1341-1462  (718641-718762)   100% ->
1463-1510  (720119-720166)   100% ->
1511-1609  (728848-728946)   100% ->
1610-1679  (729054-729123)   100% ->
1680-1874  (752560-752754)   100% ->
1875-1929  (753442-753496)   100% ->
1930-2029  (773924-774023)   100% ->
2030-2088  (774274-774332)   100% ->
2089-2161  (774441-774513)   100% ->
2162-2235  (778517-778590)   100% ->
2236-2367  (779978-780109)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     38 AGGAACTGGGAAGTAACAGCCCTCCACAGAGAAACTGGAAGGGAATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247004 AGGAACTGGGAAGTAACAGCCCTCCACAGAGAAACTGGAAGGGAATTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88 ATTGCTCTGCTGGTGATTTTAGTTGTATGCTCACTCATCACTATGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247054 ATTGCTCTGCTGGTGATTTTAGTTGTATGCTCACTCATCACTATGTCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    138 CATCCTCTTAACCCCAG         ATGAACTCACAAATTCGTCAGAAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 247104 CATCCTCTTAACCCCAGGTA...TAGATGAACTCACAAATTCGTCAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179 CCAGATTGTCTTTGGAAGACCTCTTTAGGAAAGACTTTGTGCTTCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281608 CCAGATTGTCTTTGGAAGACCTCTTTAGGAAAGACTTTGTGCTTCACGAT

    200     .    :    .    :
    229 CCAGAGGCTCGGTGGATCAATG
        ||||||||||||||||||||||
 281658 CCAGAGGCTCGGTGGATCAATG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418 CAGATTTTTCATTATTCGTATACTGCTTCATATGTGATTTACAACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627451 CAGATTTTTCATTATTCGTATACTGCTTCATATGTGATTTACAACATACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    468 CACTAG         GGAAGTTTGGGAGTTAAATCCTCCAGAAGTAGAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627501 CACTAGGTA...AAGGGAAGTTTGGGAGTTAAATCCTCCAGAAGTAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509 ACTCCGTCTTGCAGTACGCGGCCTGGGGTGTCCAAGGGCAGCAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 627642 ACTCCGTCTTGCAGTACGCGGCCTGGGGTGTCCAAGGGCAGCAGCTGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556       ATTTATATTTTTGAAAATAATATCTACTATCAACCTGATATAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 627692 ...CAGATTTATATTTTTGAAAATAATATCTACTATCAACCTGATATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 GAGCAGTTCATTGCGACTGACATCTTCTGGAAAAGAAGAAATAATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665627 GAGCAGTTCATTGCGACTGACATCTTCTGGAAAAGAAGAAATAATTTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 ATGGGATTGCTGACTGGTTATATGAAG         AGGAACTCCTGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 665677 ATGGGATTGCTGACTGGTTATATGAAGGTG...TAGAGGAACTCCTGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 TCTCACATCGCCCACTGGTGGTCACCAGATGGAGAAAGACTTGCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677520 TCTCACATCGCCCACTGGTGGTCACCAGATGGAGAAAGACTTGCCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 GATGATAAATGACTCTTTGGTACCCACCATGGTTATCCCTCGGTTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 677570 GATGATAAATGACTCTTTGGTACCCACCATGGTTATCCCTCGGTTTACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 GAGCGTTGTATCCCAAAGGAAAGCAGTATCCGTATCCTAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 677620 GAGCGTTGTATCCCAAAGGAAAGCAGTATCCGTATCCTAAGGTA...AAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 GCAGGTCAAGTGAACCCAACAATAAAATTATATGTTGTAAACCTGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 683853 GCAGGTCAAGTGAACCCAACAATAAAATTATATGTTGTAAACCTGTATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 ACCAACTCACACTTTGGAGCTCATGCCACCTGACAGCTTTAAATCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 683903 ACCAACTCACACTTTGGAGCTCATGCCACCTGACAGCTTTAAATCAAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930        AGAATACTATATCACTATGGTTAAATGGGTAAGCAATACCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 683953 A...TAGAGAATACTATATCACTATGGTTAAATGGGTAAGCAATACCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 ACTGTGGTAAGATGGTTAAACCGACCTCAGAACATCTCCATCCTCACAGT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 690984 ACTGTGGTAAGATGGTTAAACCGAGCTCAGAACATCTCCATCCTCACAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 CTGTGAGACCACTACAGGTGCTTGTAGTAAA         AAATATGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 691034 CTGTGAGACCACTACAGGTGCTTGTAGTAAAGTG...CAGAAATATGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1064 TGACATCAGATACGTGGCTCTCTCAGCAG         AATGAGGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 700349 TGACATCAGATACGTGGCTCTCTCAGCAGGTA...TAGAATGAGGAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105 GTGTTTTCTAGAGACGGCAGCAAATTCTTTATGACAGTGCCTGTTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 706076 GTGTTTTCTAGAGACGGCAGCAAATTCTTTATGACAGTGCCTGTTAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155 AGGGGGACGTGGAGAATTTCACCACATAGCTATGTTCCTCATCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||>>>.
 706126 AGGGGGACGTGGAGAATTTCACCACGTAGCTATGTTCCTCATCCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201      AGTAAAAGTGAGCAAATTACCGTGCGGCATCTGACATCAGGAAAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 706176 ..CAGAGTAAAAGTGAGCAAATTACCGTGCGGCATCTGACATCAGGAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1246 TGGGAAGTGATAAAGATCTTGGCATACGATGAAACTACTCAAAAAAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 715020 TGGGAAGTGATAAAGATCTTGGCATACGATGAAACTACTCAAAAAATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293       TTACTTTCTGAGCACTGAATCTTCTCCCAGAGGAAGGCAGCTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 715070 ...CAGTTACTTTCTGAGCACTGAATCTTCTCCCAGAGGAAGGCAGCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1337 ACAG         TGCTTCTACTGAAGGATTATTGAATCGCCAATGCATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 715598 ACAGGTA...CAGTGCTTCTACTGAAGGATTATTGAATCGCCAATGCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 TCATGTAATTTCATGAAAGAACAATGTACATATTTTGATGCCAGTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 718678 TCATGTAATTTCATGAAAGAACAATGTACATATTTTGATGCCAGTTTTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1428 TCCCATGAATCAACATTTCTTATTATTCTGTGAAG         GTCCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 718728 TCCCATGAATCAACATTTCTTATTATTCTGTGAAGGTA...CAGGTCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 GGGTCCCAGTGGTCAGCCTACATAGTACGGACAACCCAGCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 720125 GGGTCCCAGTGGTCAGCCTACATAGTACGGACAACCCAGCAAGTG...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511  AATATTTTATATTGGAAAGCAATTCTATGCTGAAGGAAGCTATCCTGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 728847 GAATATTTTATATTGGAAAGCAATTCTATGCTGAAGGAAGCTATCCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1560 GAAGAAGATAGGAAAGCCAGAAATTAAAATCCTTCATATTGACGACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 728897 GAAGAAGATAGGAAAGCCAGAAATTAAAATCCTTCATATTGACGACTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610          AACTTCCTTTACAGTTGTCCCTTCCCAAAGATTTTATGGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 728947 GTA...AAGAACTTCCTTTACAGTTGTCCCTTCCCAAAGATTTTATGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 CGAAACCAGTATGCTCTTCTGTTAATAAT         GGATGAAGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 729095 CGAAACCAGTATGCTCTTCTGTTAATAATGTA...CAGGGATGAAGAACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 AGGAGGCCAGCTGGTTACAGATAAGTTCCATATTGACTGGGATTCCGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752572 AGGAGGCCAGCTGGTTACAGATAAGTTCCATATTGACTGGGATTCCGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TCATTGACATGGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752622 TCATTGACATGGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GGATTCCAGGGTCTGAAAATTTTGCAGGAGATTCATCGAAGATTAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 752672 GGATTCCAGGGTCTGAAAATTTTGCAGGAGATTCATCGAAGATTAGGTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 AGTAGAAGTAAAGGACCAAATAACAGCTGTGAA         ATTTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 752722 AGTAGAAGTAAAGGACCAAATAACAGCTGTGAAGTA...CAGATTTTTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TGAAACTGCCTTACATTGACTCCAAAAGATTAAGCATTTTTGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 753450 TGAAACTGCCTTACATTGACTCCAAAAGATTAAGCATTTTTGGAAAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930       GGTTATGGTGGCTATATTGCATCAATGATCTTAAAATCAGATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 753500 ...CAGGGTTATGGTGGCTATATTGCATCAATGATCTTAAAATCAGATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 AAAGCTTTTTAAATGTGGATCCGTGGTTGCACCTATCACAGACTTGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 773968 AAAGCTTTTTAAATGTGGATCCGTGGTTGCACCTATCACAGACTTGAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TGTATG         CCTCAGCTTTCTCTGAAAGATACCTTGGGATGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774018 TGTATGGTG...CAGCCTCAGCTTTCTCTGAAAGATACCTTGGGATGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 TCTAAGGAAGAAAGCACTTACCAG         GCAGCCAGTGTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 774309 TCTAAGGAAGAAAGCACTTACCAGGTA...TAGGCAGCCAGTGTGCTACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 TAATGTTCATGGCTTGAAAGAAGAAAATATATTAATAATTCATGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774458 TAATGTTCATGGCTTGAAAGAAGAAAATATATTAATAATTCATGGAACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CTGACA         CAAAAGTTCATTTCCAACACTCAGCAGAATTAATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774508 CTGACAGTA...CAGCAAAAGTTCATTTCCAACACTCAGCAGAATTAATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2197 AAGCACCTAATAAAAGCTGGAGTGAATTATACTATGCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 778552 AAGCACCTAATAAAAGCTGGAGTGAATTATACTATGCAGGTA...TAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 CTACCCAGATGAAGGTCATAACGTATCTGAGAAGAGCAAGTATCATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 779980 CTACCCAGATGAAGGTCATAACGTATCTGAGAAGAGCAAGTATCATCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 ACAGCACAATCCTCAAATTCTTCAGTGATTGTTTGAAGGAAGAAATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 780030 ACAGCACAATCCTCAAATTCTTCAGTGATTGTTTGAAGGAAGAAATATCT

   2100     .    :    .    :    .    :
   2338 GTGCTACCACAGGAACCAGAAGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 780080 GTGCTACCACAGGAACCAGAAGAAGATGAA