Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0010
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0010, 1083 aa
1>>>pF1KA0010 1083 - 1083 aa - 1083 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1413+/-0.00105; mu= 17.5202+/- 0.064
mean_var=76.2408+/-14.642, 0's: 0 Z-trim(104.1): 56 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.146886
statistics sampled from 7672 (7726) to 7672 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16
Scan time: 4.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 7132 1521.6 0
CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 944 210.3 1.9e-53
CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 653 148.6 5.4e-35
CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 653 148.6 5.5e-35
CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 653 148.6 5.9e-35
CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 653 148.6 6.1e-35
CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 653 148.6 6.1e-35
CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 653 148.6 6.2e-35
CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 653 148.6 6.2e-35
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 648 147.5 1.2e-34
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 648 147.6 1.2e-34
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 648 147.6 1.2e-34
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 657 149.7 1.3e-34
CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 634 144.5 4.9e-34
CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 634 144.6 8.1e-34
CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 634 144.6 9.2e-34
CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 633 144.4 1.1e-33
CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 633 144.4 1.5e-33
CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 633 144.4 1.5e-33
CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 633 144.4 1.5e-33
CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 626 142.9 2.5e-33
CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 626 142.9 2.6e-33
CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 605 138.4 6.8e-32
CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 606 138.7 7.6e-32
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 604 138.2 7.8e-32
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 602 137.8 8.8e-32
CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 606 138.7 9.6e-32
CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 592 135.7 3.8e-31
CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 592 135.7 4.3e-31
CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 592 135.7 4.5e-31
CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 571 131.3 1.6e-29
CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 571 131.3 1.7e-29
CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 550 126.8 2.5e-28
CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 550 126.8 2.5e-28
CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 532 123.0 2.8e-27
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 487 113.5 2.6e-24
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 483 112.6 3.6e-24
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 483 112.6 3.6e-24
CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 404 95.9 4.8e-19
CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 376 90.1 7.1e-17
CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1 ( 861) 349 84.2 1.4e-15
CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 349 84.2 1.6e-15
CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 348 84.1 3e-15
CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 348 84.1 3.4e-15
CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 348 84.1 3.5e-15
CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 338 81.9 8.1e-15
CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 336 81.5 1.1e-14
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 344 83.4 1.4e-14
CCDS64946.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2798) 338 82.0 2e-14
CCDS34933.1 UBR5 gene_id:51366|Hs108|chr8 (2799) 338 82.0 2e-14
>>CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083 aa)
initn: 7132 init1: 7132 opt: 7132 Z-score: 8160.0 bits: 1521.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7132; 99.9% identity (100.0% similar) in 1083 aa overlap (1-1083:1-1083)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MFSFEGDFKTRPKVSLGGASRKEEKASLLHRTQEERRKREEERRRLKNAIIIQSFIRGYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MFSFEGDFKTRPKVSLGGASRKEEKASLLHRTQEERRKREEERRRLKNAIIIQSFIRGYR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 DRKQQYSIQRSAFDRCATLSQSGGAFPIANGPNLTLLVRQLLFFYKQNEDSKRLIWLYQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DRKQQYSIQRSAFDRCATLSQSGGAFPIANGPNLTLLVRQLLFFYKQNEDSKRLIWLYQN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 LIKHSSLFVKQLDGSERLTCLFQIKRLMSLCCRLLQNCNDDSLNVALPMRMLEVFSSENT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LIKHSSLFVKQLDGSERLTCLFQIKRLMSLCCRLLQNCNDDSLNVALPMRMLEVFSSENT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 YLPVLQDASYVVSVIEQILHYMIHNGYYRSLYLLINSKLPSSIEYSDLSRVPIAKILLEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YLPVLQDASYVVSVIEQILHYMIHNGYYRSLYLLINSKLPSSIEYSDLSRVPIAKILLEN
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VLKPLHFTYNSCPEGARQQVFTAFTEEFLAAPFTDQIFHFIIPALADAQTVFPYEPFLNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VLKPLHFTYNSCPEGARQQVFTAFTEEFLAAPFTDQIFHFIIPALADAQTVFPYEPFLNA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 LLLIESRCSRKSGGAPWLFYFVLTVGENYLGALSEEGLLVYLRVLQTFLSQLPVSPASAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLLIESRCSRKSGGAPWLFYFVLTVGENYLGALSEEGLLVYLRVLQTFLSQLPVSPASAS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 CHDSASDSEEESEEADKPSSPEDGRLSVSYITEECLKKLDTKQQTNTLLNLVWRDSASEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CHDSASDSEEESEEADKPSSPEDGRLSVSYITEECLKKLDTKQQTNTLLNLVWRDSASEE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 VFTTMASVCHTLMVQHRMMVPKVRLLYSLAFNARFLRHLWFLISSMSTRMITGSMVPLLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VFTTMASVCHTLMVQHRMMVPKVRLLYSLAFNARFLRHLWFLISSMSTRMITGSMVPLLQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VISRGSPMSFEDSSRIIPLFYLFSSLFSHSLISIHDNEFFGDPIEVVGQRQSSMMPFTLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VISRGSPMSFEDSSRIIPLFYLFSSLFSHSLISIHDNEFFGDPIEVVGQRQSSMMPFTLE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 ELIMLSRCLRDACLGIIKLAYPETKPEVREEYITAFQSIGVTTSSEMQQCIQMEQKRWIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ELIMLSRCLRDACLGIIKLAYPETKPEVREEYITAFQSIGVTTSSEMQQCIQMEQKRWIQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 LFKVITNLVKMLKSRDTRRNFCPPNHWLSEQEDIKADKVTQLYVPASRHVWRFRRMGRIG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LFKVITNLVKMLKSRDTRRNFCPPNHWLSEQEDIKADKVTQLYVPASRHVWRFRRMGRIG
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 PLQSTLDVGLESPPLSVSEERQLAVLTELPFVVPFEERVKIFQRLIYADKQEVQGDGPFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PLQSTLDVGLESPPLSVSEERQLAVLTELPFVVPFEERVKIFQRLIYADKQEVQGDGPFL
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 DGINVTIRRNYIYEDAYDKLSPENEPDLKKRIRVHLLNAHGLDEAGIDGGGIFREFLNEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DGINVTIRRNYIYEDAYDKLSPENEPDLKKRIRVHLLNAHGLDEAGIDGGGIFREFLNEL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LKSGFNPNQGFFKTTNEGLLYPNPAAQMLVGDSFARHYYFLARMLGKALYENMLVELPFA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS34 LKSGFNPNQGFFKTTNEGLLYPNPAAQMLVGDSFARHYYFLGRMLGKALYENMLVELPFA
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 GFFLSKLLGTSADVDIHHLASLDPEVYKNLLFLKSYEDDVEELGLNFTVVNNDLGEAQVV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 GFFLSKLLGTSADVDIHHLASLDPEVYKNLLFLKSYEDDVEELGLNFTVVNNDLGEAQVV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 ELKFGGKDIPVTSANRIAYIHLVADYRLNRQIRQHCLAFRQGLANVVSLEWLRMFDQQEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ELKFGGKDIPVTSANRIAYIHLVADYRLNRQIRQHCLAFRQGLANVVSLEWLRMFDQQEI
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 QVLISGAQVPISLEDLKSFTNYSGGYSADHPVIKVFWRVVEGFTDEEKRKLLKFVTSCSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 QVLISGAQVPISLEDLKSFTNYSGGYSADHPVIKVFWRVVEGFTDEEKRKLLKFVTSCSR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 PPLLGFKELYPAFCIHNGGSDLERLPTASTCMNLLKLPEFYDETLLRSKLLYAIECAAGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 PPLLGFKELYPAFCIHNGGSDLERLPTASTCMNLLKLPEFYDETLLRSKLLYAIECAAGF
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 ELS
:::
CCDS34 ELS
>>CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068 aa)
initn: 1117 init1: 390 opt: 944 Z-score: 1073.2 bits: 210.3 E(32554): 1.9e-53
Smith-Waterman score: 1219; 28.6% identity (56.4% similar) in 1164 aa overlap (25-1083:9-1068)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MFSFEGDFKTRPKVSLGGASRKEEKASLLHRTQEERRKREEERRRLKNAIIIQSFIRGYR
.: .. :... :..: ...: . :..::. .:..
CCDS91 MFTLSQTSRAWFIDRARQAREERLVQKERERAAVVIQAHVRSFL
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KA0 DRKQ-QYSIQRSAFDRCATLSQSGGAFPIANGPNLTLLVRQLLFFYKQNEDSKRLIWLYQ
:.. : .:.: : .. . .. . ..:.:::... .::..:. : .
CCDS91 CRSRLQRDIRREIDD---FFKADDPESTKRSALCIFKIARKLLFLFRIKEDNERFEKLCR
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KA0 NLIK------HSSLFVKQLDGSERLTCLF--QIKRLMSLCCRLLQNCN----DDSLNVAL
.... . ... .: :. :: :. ::: .. :: .:.. . .:: ..:
CCDS91 SILSSMDAENEPKVWYVSLACSKDLTLLWIQQIKNILWYCCDFLKQLKPEILQDSRLITL
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210
pF1KA0 PMRMLEVFSSENTYLPVLQDASYVVS-----VIEQILHYMIHNGYYRSLYLLIN------
. :: .:.. .:. .:. . . . .:. .. ..:.: : .:..
CCDS91 YLTMLVTFTDTSTW-KILRGKGESLRPAMNHICANIMGHLNQHGFYSVLQILLTRGLARP
170 180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 ----SKLPSSIEYSDLSRVPIAKILLENVLKPLHFTYNSCPEGARQQVFTAFTEEFLAAP
:: . .: : :: . .:...:. . : : . .. :. :.. .
CCDS91 RPCLSKGTLTAAFSLALRPVIAAQFSDNLIRPFLIHIMSVP-ALVTHLSTVTPERLTVLE
230 240 250 260 270
280 290 300
pF1KA0 FTDQIFHFII------------PALADAQTVFPYEPFLN----------------ALLLI
:.. .::: .: .:. . .:. . ::
CCDS91 SHDMLRKFIIFLRDQDRCRDVCESLEGCHTLCLMGNLLHLGSLSPRVLEEETDGFVSLLT
280 290 300 310 320 330
310 320 330 340 350
pF1KA0 ESRC-------SRKSGGAPW---LFYFVLTVGENYLGALSEEGLLVYLRVLQTFLSQLPV
.. : ..::. . : : .: .: .: .:.: :. . :: :: .:.
CCDS91 QTLCYCRKYVSQKKSNLTHWHPVLGWFSQSV--DY--GLNESMHLI-TKQLQ-FLWGVPL
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 SPASASCHDSASDSEEESEEAD--KPSSPEDGRLSVSYITEECLKKLDTKQQTNTLLNLV
: : : . ::.: .:.::.. : :. . .. ..: . . : : .
CCDS91 IRIFF-C-DILSKKLLESQEPAHAQPASPQN-VLPVKSLLKRAFQK--SASVRNILRPVG
400 410 420 430 440
420 430 440 450 460
pF1KA0 WRDSASEEVFTTMASVCHTLMVQHRMM-VPKVRL--LYSLAFNARFLRHLWFLISSMSTR
. : :: . ..: .. : . . ..:: : .:.. .: .:: .: .. .
CCDS91 GKRVDSAEV-QKVCNIC--VLYQTSLTTLTQIRLQILTGLTYLDDLLPKLWAFICELGPH
450 460 470 480 490 500
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 MITGSMVPLLQVISRGSPMSFEDSSRIIPLFYLFSSLFSHSLISIHDNEFFGDPIEVVGQ
:.. .:. .. . :.:.... ...:: . : ::.: :. ::: .
CCDS91 ---GGLKLFLECLNNDT----EESKQLLAMLMLFCDCSRH-LITILDD------IEVYEE
510 520 530 540 550
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 RQSSMMPFTLEELIMLSRCLRDACLGIIKLAYPETKPEVREEYITAFQSIGVTTSSEMQQ
. : : ::::. .: : . ..:. . ... : . :::.
CCDS91 QIS----FKLEELVTISSFLNSF---VFKMIWDGIVENAKGETLELFQSV----------
560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 CIQMEQKRWIQLFKVITNLVKMLKSRDTRRNFCPPNHWLSEQEDIKADKVTQLYVPASRH
. :... : :: :: : : .::: ..:.: . .
CCDS91 ------HGWLMV----------LYERDCRRRFTPEDHWL--RKDLKPSVL----------
600 610 620
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 VWRFRRMGRIGPLQSTLDVGLESPPLSVSEERQLAVLTELPFVVPFEERVKIFQRLIYAD
:... : ...: .: .: :.: ..:: .:. .. .
CCDS91 ---FQELDR-------------------DRKRAQLILQYIPHVIPHKNRVLLFRTMVTKE
630 640 650 660
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 KQ-----EVQGDGPFLDGINVTIRRNYIYEDAYDKLSPENEPDLKKRIRVHLLNAHGLDE
:. :... .: . ..::::. . ::.:..: .. .: :::...: :.::
CCDS91 KEKLGLVETSSASPHVT--HITIRRSRMLEDGYEQLRQLSQHAMKGVIRVKFVNDLGVDE
670 680 690 700 710 720
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 AGIDGGGIFREFLNELLKSGFNPNQGFFKTTN-EGLLYPNPAAQMLVGDSFARHYYFLAR
:::: :.:.:::.:..: :.: ..::::. . :::.:.. . ... . . :...
CCDS91 AGIDQDGVFKEFLEEIIKRVFDPALNLFKTTSGDERLYPSPTSY--IHENYLQLFEFVGK
730 740 750 760 770 780
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 MLGKALYENMLVELPFAGFFLSKLLGTSADV---DIHHLASLDPEVYKNLLFLKSYEDDV
:::::.::...:..:::.::::.::: .: .. .: ::: : :::: .: :. :.
CCDS91 MLGKAVYEGIVVDVPFASFFLSQLLGHHHSVFYSSVDELPSLDSEFYKNLTSIKRYDGDI
790 800 810 820 830 840
890 900 910 920 930 940
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.:::... .. .:. :: ::: ::::. :.:.::::.: .:.. ::... :.
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]