FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0143, 821 aa 1>>>pF1KA0143 821 - 821 aa - 821 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4242+/-0.00091; mu= 19.4429+/- 0.055 mean_var=62.6674+/-12.367, 0's: 0 Z-trim(104.5): 21 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.162014 statistics sampled from 7918 (7924) to 7918 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.603), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16 Scan time: 2.370 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34942.2 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 ( 821) 5377 1266.0 0 CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 ( 785) 5108 1203.1 0 CCDS46231.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 ( 817) 3449 815.3 0 CCDS82425.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 ( 782) 3241 766.7 0 >>CCDS34942.2 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 (821 aa) initn: 5377 init1: 5377 opt: 5377 Z-score: 6782.8 bits: 1266.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5377; 100.0% identity (100.0% similar) in 821 aa overlap (1-821:1-821) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MPTRVCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 MPTRVCCCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 RLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 RLSRDVVRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 NSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 NSFVKFANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 NDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKEENPAVLAENCFRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 NDELRATIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKEENPAVLAENCFRE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 LLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LLGRATFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGHL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 DARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 DARKKDAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGS 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 VGSVNLNTSSKDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTHTLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 VGSVNLNTSSKDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTHTLD 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 ISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 ISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 EVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 EVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKE 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KA0 EDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 EDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMAL 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 VAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 VAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYF 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KA0 LTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 LTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVV 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KA0 SNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 SNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQ 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KA0 ILELTIRPPPSPSGTLTITSGHAQYQSVPVYEMKFPDLCVY ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 ILELTIRPPPSPSGTLTITSGHAQYQSVPVYEMKFPDLCVY 790 800 810 820 >>CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 (785 aa) initn: 5108 init1: 5108 opt: 5108 Z-score: 6443.3 bits: 1203.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5108; 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CCDS46 LDANSRSAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYA---LTGS 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 SVGSVNLNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTH- :.:.:.:. :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.::: : : CCDS46 YDGAVSLGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVP--RPSLHQ 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 TLDISQLGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQ ..: .. :. .: :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: .:::: :.: CCDS46 AVDTGRTGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRL 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KA0 LVLEVMHNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLG .:::.. ...::: :: :. : . :.. ::.: .: :::: ::::..:::::::::. CCDS46 FVLEILISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLS 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KA0 CKEEDNVQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGI :::: ::::.:: :: ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.:::...::.. CCDS46 CKEETNVQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCAL 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 MALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKD .:: :::::..::. .:::::::. .::: : ::::.::: .: .. : ..:. . CCDS46 YALGAAYLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIE 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 LYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSD : : .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : : CCDS46 LLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEK 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KA0 DVVSNTEEITFEALKKAI-DTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHD . .::::.:.::::: :. ..::::.:.:: :.:::::::::::::.: ..:.::.. CCDS46 EERVPAEEITYETLKKAIVDSVAVEEQERERRRQVVEKFQKAPFEEIAAHCGARASLLQS 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KA0 RLAQILELTIRPPPSPSGTLTITSGHAQYQSVPVYEMKFPDLCVY .: ::.:.:::::::::::.: . :. : .:.::::::::::::: CCDS46 KLNQIFEITIRPPPSPSGTITAAYGQPQNHSIPVYEMKFPDLCVY 780 790 800 810 >>CCDS82425.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 (782 aa) initn: 2266 init1: 1154 opt: 3241 Z-score: 4084.9 bits: 766.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3241; 62.6% identity (85.2% similar) in 789 aa overlap (37-821:1-782) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 CCCSALRPRYKRLVDNIFPEDPKDGLVKTDMEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAERLSRDV ::::::::.::::::::::.::.::: ::: CCDS82 MEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSERLIRDV 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 VRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGTNSFVKF ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: .:.::.::::::::: CCDS82 GRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTNSFVKF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 ANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTVNDELRA :::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::.:.::::::::::::.: CCDS82 ANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVNDELQA 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 TIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-ENPAVLAENCFRELLGRA .::.::::::::::::::.:..::..:: :: .: .:: :.:: ::: :.::::::: CCDS82 NIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELLGRA 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 TFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGHLDARKK .:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.:: :::..:::::: .. CCDS82 AFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDANSR 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 DAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGSVGSVN .: :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::... : :. :.:. CCDS82 SAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYA---LTGSYDGAVS 270 280 290 300 310 320 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 LNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTH-TLDISQ :.:. :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.::: : : ..: .. CCDS82 LGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVP--RPSLHQAVDTGR 330 340 350 360 370 380 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 LGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVLEVM :. .: :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: .:::: :.: .:::.. CCDS82 TGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEIL 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 HNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKEEDN ...::: :: :. : . :.. ::.: .: :::: ::::..:::::::::.:::: : CCDS82 ISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETN 450 460 470 480 490 500 550 560 570 580 590 600 pF1KA0 VQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMALVAA :::.:: :: ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.:::...::...:: :: CCDS82 VQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAA 510 520 530 540 550 560 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 YLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYFLTN :::..::. .:::::::. .::: : ::::.::: .: .. : ..:. .: : . CCDS82 YLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQS 570 580 590 600 610 620 670 680 690 700 710 720 pF1KA0 KIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVVSNT ::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : : . . CCDS82 KISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEERVPA 630 640 650 660 670 680 730 740 750 760 770 780 pF1KA0 EEITFEALKKAI-DTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQIL ::::.:.::::: :. ..::::.:.:: :.:::::::::::::.: ..:.::...: ::. CCDS82 EEITYETLKKAIVDSVAVEEQERERRRQVVEKFQKAPFEEIAAHCGARASLLQSKLNQIF 690 700 710 720 730 740 790 800 810 820 pF1KA0 ELTIRPPPSPSGTLTITSGHAQYQSVPVYEMKFPDLCVY :.:::::::::::.: . :. : .:.::::::::::::: CCDS82 EITIRPPPSPSGTITAAYGQPQNHSIPVYEMKFPDLCVY 750 760 770 780 821 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Wed Nov 2 18:14:16 2016 done: Wed Nov 2 18:14:17 2016 Total Scan time: 2.370 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]