FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0178, 1233 aa 1>>>pF1KA0178 1233 - 1233 aa - 1233 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7555+/-0.00185; mu= -26.1162+/- 0.108 mean_var=615.4922+/-131.177, 0's: 0 Z-trim(106.5): 138 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.051697 statistics sampled from 8919 (9008) to 8919 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.277), width: 16 Scan time: 5.510 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14352.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX (1233) 7874 604.1 7.1e-172 CCDS75985.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX (1211) 7635 586.2 1.6e-166 CCDS43027.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22 (1235) 4454 349.0 4.3e-95 CCDS74876.1 SMC1B gene_id:27127|Hs108|chr22 (1161) 3741 295.8 4.2e-79 >>CCDS14352.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX (1233 aa) initn: 7874 init1: 7874 opt: 7874 Z-score: 3199.2 bits: 604.1 E(32554): 7.1e-172 Smith-Waterman score: 7874; 100.0% identity (100.0% similar) in 1233 aa overlap (1-1233:1-1233) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 MGFLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 LFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDNTNIGKVANYIKEQSTCNFQAIVISLKEEFYTKAESL 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KA0 IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ ::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS14 IGVYPEQGDCVISKVLTFDLTKYPDANPNPNEQ 1210 1220 1230 >>CCDS75985.1 SMC1A gene_id:8243|Hs108|chrX (1211 aa) initn: 7635 init1: 7635 opt: 7635 Z-score: 3103.0 bits: 586.2 E(32554): 1.6e-166 Smith-Waterman score: 7635; 100.0% identity (100.0% similar) in 1197 aa overlap (37-1233:15-1211) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 IEIENFKSYKGRQIIGPFQRFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKTLRDLIH :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 MLEVSIPTPHRYVRGKSNLMDAISFVLGEKTSNLRVKTLRDLIH 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 GAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS75 GAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEELEKLGI 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 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CCDS43 MAHLELLLVENFKSWRGRQVIGPFRRFTCIIGPNGSGKSNVMDALSFVMGEKIANLRVKN 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 LRDLIHGAPVGKPAANRAFVSMVYSEEGAEDRTFARVIVGGSSEYKINNKVVQLHEYSEE ...::::: .::: .. : :...: ::..:..::::.: :: ::...:...:. : : CCDS43 IQELIHGAHIGKPISSSASVKIIYVEESGEEKTFARIIRGGCSEFRFNDNLVSRSVYIAE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 LEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDKRKKEMVKAEE :::.::..::.: :::::.::::..:.::::: .::::: :::: ::...:... :::: CCDS43 LEKIGIIVKAQNCLVFQGTVESISVKKPKERTQFFEEISTSGELIGEYEEKKRKLQKAEE 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 DTQFNYHRKKNIAAERKEAKQEKEEADRYQRLKDEVVRAQVQLQLFKLYHNEVEIEKLNK :.:::...::::::::..:: :::::.::: : .:. ..:::::.::::: .:. :: CCDS43 DAQFNFNKKKNIAAERRQAKLEKEEAERYQSLLEELKMNKIQLQLFQLYHNEKKIHLLNT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 ELASKNKEIEKDKKRMDKVEDELKEKKKELGKMMREQQQIEKEIKEKDSELNQKRPQYIK .: :... .. ... :. .: .::: : . :. :: :::.: .. :::::::::: CCDS43 KLEHVNRDLSVKRESLSHHENIVKARKKEHGMLTRQLQQTEKELKSVETLLNQKRPQYIK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 AKENTSHKIKKLEAAKKSLQNAQKHYKKRKGDMDELEKEMLSVEKARQEFEERMEEESQS :::::::..:::..::::.....:. .:.. :. :: :. ... : . ::...::: CCDS43 AKENTSHHLKKLDVAKKSIKDSEKQCSKQEDDIKALETELADLDAAWRSFEKQIEEEILH 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 QGRDLTLEENQVKKYHRLKEEASKRAATLAQELEKFNRDQKADQDRLDLEERKKVETEAK . ::. :: .:. .:..:::.. :..::..:.:::.. .::.:..:: .:.:.. :.... CCDS43 KKRDIELEASQLDRYKELKEQVRKKVATMTQQLEKLQWEQKTDEERLAFEKRRHGEVQGN 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 IKQKLREIEENQKRIEKLEEYITTSKQSLEEQKKLEGELTEEVEMAKRRIDEINKELNQV .:: ..::...::::::::: : . :.:.:. : :..:.: .: :..:.:.::: . CCDS43 LKQIKEQIEDHKKRIEKLEEYTKTCMDCLKEKKQQEETLVDEIEKTKSRMSEVNEELNLI 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 MEQLGDARIDRQESSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKVLGK .: .: :: .:..:::..::..: .::::: ::.:::.:::.: .::::.:::::.:. CCDS43 RSELQNAGIDTHEGKRQQKRAEVLEHLKRLYPDSVFGRLFDLCHPIHKKYQLAVTKVFGR 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KA0 NMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPETFLPLDYLEVKPTDEKLRELKGAKLVIDVIRY . ::.: :::...:::...::.:.:::::: ::::..:: .:.:::::: :.:::::. 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CCDS43 CEEIGVENIREFENKHVKRQQEIDQKRLEFEKQKTRLNVQLEYSRSHLKKKLNKINTLKE 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 pF1KA0 TVKKDENEIEKLKKEEQRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLAKKSEVNDKNHEMEEIRKKLGG :..: ..:..::: :. .. ..: ::. :.::. .....: .. . ..:: :::. . CCDS43 TIQKGSEDIDHLKKAEENCLQTVNELMAKQQQLKDIRVTQNSSAEKVQTQIEEERKKFLA 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 pF1KA0 ANKEMTHLQKEVTAIETKLEQKRSDRHNLLQACKMQDIKLPLSKGTMDDISQEEGSSQGE ...:. .:::::..:.:.::::: ..:::: ::.:::.. : .:..::: . : ....: CCDS43 VDREVGKLQKEVVSIQTSLEQKRLEKHNLLLDCKVQDIEIILLSGSLDDIIEVEMGTEAE 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KA0 DSVSGSQRISSIYAREALIEIDYGDLCEDLKDAQAEEEIKQEMNTLQQKLNEQQSVLQRI . .: .:: .: .::::..: :::: :...::. .. : :.. :...: . CCDS43 S----TQATIDIYEKEEAFEIDYSSLKEDLKALQSDQEIEAHLRLLLQQVASQEDILLKT 970 980 990 1000 1010 1030 1040 1050 1060 1070 1080 pF1KA0 AAPNMKAMEKLESVRDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATN ::::..:.:.:..:::::::..: :::.::.:. .: :::.::.:.: :. ::: :. . 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