Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0255
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0255, 625 aa
1>>>pF1KA0255 625 - 625 aa - 625 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9028+/-0.00108; mu= 16.3220+/- 0.064
mean_var=73.6424+/-14.884, 0's: 0 Z-trim(103.4): 32 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.149455
statistics sampled from 7378 (7392) to 7378 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.574), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 2.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13196.2 TM9SF4 gene_id:9777|Hs108|chr20 ( 642) 4250 926.2 0
CCDS9493.1 TM9SF2 gene_id:9375|Hs108|chr13 ( 663) 1827 403.8 3.8e-112
CCDS7450.1 TM9SF3 gene_id:56889|Hs108|chr10 ( 589) 1187 265.8 1.2e-70
CCDS73623.1 TM9SF1 gene_id:10548|Hs108|chr14 ( 519) 961 217.0 5e-56
CCDS9617.1 TM9SF1 gene_id:10548|Hs108|chr14 ( 606) 961 217.0 5.7e-56
CCDS41934.1 TM9SF1 gene_id:10548|Hs108|chr14 ( 489) 561 130.8 4.3e-30
>>CCDS13196.2 TM9SF4 gene_id:9777|Hs108|chr20 (642 aa)
initn: 4250 init1: 4250 opt: 4250 Z-score: 4950.6 bits: 926.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4250; 100.0% identity (100.0% similar) in 625 aa overlap (1-625:18-642)
10 20 30 40
pF1KA0 MCETSAFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYS
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CCDS13 MATAMDWLPWSLLLFSLMCETSAFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYS
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 LPFCQPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LPFCQPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 VAERITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VAERITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLH
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 NHLSFILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NHLSFILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEI
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 DPTKENQLYFTYSVHWEESDIKWASRWDTYLTMSDVQIHWFSIINSVVVVFFLSGILSMI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 DPTKENQLYFTYSVHWEESDIKWASRWDTYLTMSDVQIHWFSIINSVVVVFFLSGILSMI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 IIRTLRKDIANYNKEDDIEDTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IIRTLRKDIANYNKEDDIEDTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 VIFVAMLGMLSPSSRGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VIFVAMLGMLSPSSRGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLY
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 PGVVFGICFVLNCFIWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFGFRKQPYDNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PGVVFGICFVLNCFIWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFGFRKQPYDNP
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 VRTNQIPRQIPEQRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 VRTNQIPRQIPEQRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLV
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 FIILVVSCSQISIVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FIILVVSCSQISIVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFI
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620
pF1KA0 PSLLYFGYTALMVLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PSLLYFGYTALMVLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
610 620 630 640
>>CCDS9493.1 TM9SF2 gene_id:9375|Hs108|chr13 (663 aa)
initn: 1801 init1: 1496 opt: 1827 Z-score: 2126.8 bits: 403.8 E(32554): 3.8e-112
Smith-Waterman score: 1881; 44.3% identity (73.7% similar) in 646 aa overlap (4-625:33-663)
10 20
pF1KA0 MCETSAFYVPGVAPINF----HQNDP----VEI
..:::.::.::.:: ...: .:.
CCDS94 ARLPVLSPPRWPRLLLLSLLLLGAVPGPRRSGAFYLPGLAPVNFCDEEKKSDECKAEIEL
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 KAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEV
. .: : .. ::::: .. ::: :. .::::.:: :.:: .:.. .:... :..
CCDS94 FVNRLDSVESVLPYEYTAFDFCQASEGKRPSENLGQVLFGERIEPSPYKFTFNKKETCKL
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KA0 LCSQSNKPVTLTVEQS-RLVAERITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDS---------
.:... . .:. ... . . .: : :.::.::. .. ...
CCDS94 VCTKTYHTEKAEDKQKLEFLKKSMLLNYQHHWIVDNMPVTWCYDVEDGQRFCNPGFPIGC
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 --DDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVI
:: . ::. . : . . .:. ::... .::: . : :.: ..
CCDS94 YITDKGHAKDACVISS---DFHERDTFYIFNHVDIKIYYH---VVETGSMGARLVAAKLE
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 PQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEID--PTKENQLYFTYSVHWEESD-IKWASRW
:.:.. . .: .:. : :..:. . : .. .:::: .::.: :.:::::
CCDS94 PKSFKHTHI---DKPDCSGP------PMDISNKASGEIKIAYTYSVSFEEDDKIRWASRW
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KA0 DTYL-TMSDVQIHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKEDDIEDTMEESG
: : .: ..:.::::.::.:.:.::::...::..:::.:::: ::. :. ::..:: :
CCDS94 DYILESMPHTHIQWFSIMNSLVIVLFLSGMVAMIMLRTLHKDIARYNQMDSTEDAQEEFG
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 WKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSSRGALMTTACFLF
:::::::.::::. :.:: .:::: :.. : ....: : ::.:::..:::::: : :.
CCDS94 WKLVHGDIFRPPRKGMLLSVFLGSGTQILIMTFVTLFFACLGFLSPANRGALMTCAVVLW
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 MFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCFIWGKHSSGAVPF
...:. .:. :.:.:... :..:: ... :. : ::.::. :..: ..::. ::.:.::
CCDS94 VLLGTPAGYVAARFYKSFGGEKWKTNVLLTSFLCPGIVFADFFIMNLILWGEGSSAAIPF
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 PTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFGFRKQPYDNPVRTNQIPRQIPEQRWYMNRFVGILMA
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CCDS94 GTLVAILALWFCISVPLTFIGAYFGFKKNAIEHPVRTNQIPRQIPEQSFYTKPLPGIIMG
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 GILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQISIVMVYFQLCAEDYR
:::::: .::.::::...:: .:.::.::::::::::::..::. .:.. ::.::::::.
CCDS94 GILPFGCIFIQLFFILNSIWSHQMYYMFGFLFLVFIILVITCSEATILLCYFHLCAEDYH
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 WWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALMVLSFWLLTGTIGFY
: ::.::.:: .: : :.::. :: .::.:. ..:::::: .::: :.:.::::::.
CCDS94 WQWRSFLTSGFTAVYFLIYAVHYFFSKLQITGTASTILYFGYTMIMVLIFFLFTGTIGFF
590 600 610 620 630 640
610 620
pF1KA0 AAYMFVRKIYAAVKID
: . :: :::..::.:
CCDS94 ACFWFVTKIYSVVKVD
650 660
>>CCDS7450.1 TM9SF3 gene_id:56889|Hs108|chr10 (589 aa)
initn: 959 init1: 656 opt: 1187 Z-score: 1381.9 bits: 265.8 E(32554): 1.2e-70
Smith-Waterman score: 1197; 36.3% identity (62.5% similar) in 600 aa overlap (36-625:55-589)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 AFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSK--ITYKAENLGEVL
: :.:.::::: :: :.. :.:::.:
CCDS74 RTRADEHEHTYQDKEEVVLWMNTVGPYHNRQETYKYFSLPFCVGSKKSISHYHETLGEAL
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRLVAERITEDYYVHLIADNLPV
.: .. . ... .... . : . : :. . : . :. .. :.::.
CCDS74 QGVELEFSGLDIKFKDDVMPATYCE-----IDLDKEKRDAFVYAIKNHYWYQMYIDDLPI
90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEH
: .: .: :. :.
CCDS74 W------------------------GI-VGEAD------------------ENGEDYYLW
140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEIDPTKENQLYFTYSVHWEESD
::. ..:. .. :. :.. :. . .. :. . :. .:::.:..::
CCDS74 TYK--KLEIGFNGNRIVDVNL-----------TSEGKVKLVPNTKIQM--SYSVKWKKSD
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KA0 IKWASRWDTYLTMSDVQ--IHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKE---
.:. .:.: :: : : ::::::.:: ..:.:: :..:::..:::::: : :.::
CCDS74 VKFEDRFDKYLDPSFFQHRIHWFSIFNSFMMVIFLVGLVSMILMRTLRKDYARYSKEEEM
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 DDIE-DTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSS
::.. : .: ::: :::::::: ..:.:.:::.::: :.: . ::::.:::. : .
CCDS74 DDMDRDLGDEYGWKQVHGDVFRPSSHPLIFSSLIGSGCQIFAVSLIVIIVAMIEDLY-TE
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 RGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCF
::....:: :.. . .:. .: :: :.:: : : : : :..: : : .: .
CCDS74 RGSMLSTAIFVYAATSPVNGYFGGSLYARQGGRRWIKQMFIGAFLIPAMVCGTAFFINFI
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFG--FRKQPYDNPVRTNQIPRQIPE
:.: :.:: ::::. :. : . ::: .: .: . :: . : :.: .:: :::
CCDS74 AIYYHASRAIPFGTMVAVCCICFFVILPLNLVGTILGRNLSGQP-NFPCRVNAVPRPIPE
390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 QRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQIS
..:.:. : . ..::::::..:::..:::...: ..::..::..::..:: . ..
CCDS74 KKWFMEPAVIVCLGGILPFGSIFIEMYFIFTSFWAYKIYYVYGFMMLVLVILCIVTVCVT
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 IVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALM
:: .:: : :::::: : .:: ....:.:: .:...:. : . .. . .:::: :..
CCDS74 IVCTYFLLNAEDYRWQWTSFLSAASTAIYVYMYSFYYYFFKTKMYGLFQTSFYFGYMAVF
500 510 520 530 540 550
600 610 620
pF1KA0 VLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
.. .. :.::.... ::::::. ::::
CCDS74 STALGIMCGAIGYMGTSAFVRKIYTNVKID
560 570 580
>>CCDS73623.1 TM9SF1 gene_id:10548|Hs108|chr14 (519 aa)
initn: 944 init1: 498 opt: 961 Z-score: 1119.4 bits: 217.0 E(32554): 5e-56
Smith-Waterman score: 1002; 32.1% identity (63.0% similar) in 560 aa overlap (78-625:13-519)
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 QPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRLVAER
: ::. .:: . . . ::: : .
CCDS73 MAESLYEIRFRENVEKR--ILCHM--QLSSAQVEQLR---QA
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 ITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLS
: : :: ....:.::. . . :.. . :....: : .::.
CCDS73 IEELYYFEFVVDDLPIRGFVGYM----------EESGFLPHSHKIG--------LWTHLD
40 50 60 70
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 FILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEIDPTK
: : .: . :.. .: :.: :.: :.. .. . : .
CCDS73 FHLEFHGD----------RIIFANV---SVR--DVK---------PHSLDG----LRPDE
80 90 100
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 ENQLYFTYSVHWEESDIKWAS---RWDTY-LTMSDVQIHWFSIINSVVVVFFLSGILSMI
: ::::.: :.... : : : . ..:::.:::::.:.::.: :....:
CCDS73 FLGLTHTYSVRWSETSVERRSDRRRGDDGGFFPRTLEIHWLSIINSMVLVFLLVGFVAVI
110 120 130 140 150 160
290 300 310 320 330
pF1KA0 IIRTLRKDIANYNKEDDIE-----DTMEE--SGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQ
..:.::.:.: :: ... : ... .:::..: :::: : : .: ..:: : :
CCDS73 LMRVLRNDLARYNLDEETTSAGSGDDFDQGDNGWKIIHTDVFRFPPYRGLLCAVLGVGAQ
170 180 190 200 210 220
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 LFCMILIVIFVAMLGMLSPSSRGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGA
.. . .: .:.:::.. .::. ..: .:. . ..:. ....:: . :.:: .
CCDS73 FLALGTGIIVMALLGMFNVHRHGAINSAAILLYALTCCISGYVSSHFYRQIGGERWVWNI
230 240 250 260 270 280
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 FCTATLYPGVVFGICFVLNCFIWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFGFR
. :..:. : :.: :.. :. :.: :.. :: .:. ...::. .: ::
CCDS73 ILTTSLFSVPFFLTWSVVNSVHWANGSTQALPATTILLLLTVWLLVGFPLTVIGGIFGKN
290 300 310 320 330 340
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 K-QPYDNPVRTNQIPRQIPEQRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYY
. .:.: : ::..: :.:: : :: . . . ..:.:::.:. .::..::...: . :
CCDS73 NASPFDAPCRTKNIAREIPPQPWYKSTVIHMTVGGFLPFSAISVELYYIFATVWGREQYT
350 360 370 380 390 400
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 LFGFLFLVFIILVVSCSQISIVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVN
:.:.::.:: ::. . :::...:::: .::::::::. : :........:..::..
CCDS73 LYGILFFVFAILLSVGACISIALTYFQLSGEDYRWWWRSVLSVGSTGLFIFLYSVFYYAR
410 420 430 440 450 460
580 590 600 610 620
pF1KA0 KLDIVEFIPSLLYFGYTALMVLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
. .. . .. .:::. : :.:. :::.:... :.: ::. .:.:
CCDS73 RSNMSGAVQTVEFFGYSLLTGYVFFLMLGTISFFSSLKFIRYIYVNLKMD
470 480 490 500 510
>>CCDS9617.1 TM9SF1 gene_id:10548|Hs108|chr14 (606 aa)
initn: 1112 init1: 498 opt: 961 Z-score: 1118.3 bits: 217.0 E(32554): 5.7e-56
Smith-Waterman score: 1145; 32.1% identity (63.7% similar) in 630 aa overlap (10-625:28-606)
10 20 30 40
pF1KA0 MCETSAFYVPGVAPI-NFHQNDPVEIKAVKLTSSRT-QLPYE
::: . ... .::: . . :. .. : :.
CCDS96 MTVVGNPRSWSCQWLPILILLLGTGHGPGVEGVTHYKAGDPVILYVNKVGPYHNPQETYH
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 YYSLPFCQPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQ
::.:: : : :: .:. .::::: :::.... ... . . . ..:: .. . . :::
CCDS96 YYQLPVCCPEKIRHKSLSLGEVLDGDRMAESLYEIRFRENVEKRILCHMQLS--SAQVEQ
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 SRLVAERITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKI
: . : : :: ....:.::. . . :.. . :....:
CCDS96 LR---QAIEELYYFEFVVDDLPIRGFVGYM----------EESGFLPHSHKIG-------
120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 YLHNHLSFILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSP
: .::.: : .: . :.. .: :.: :.: :.. ..
CCDS96 -LWTHLDFHLEFHGD----------RIIFANV---SVR--DVK---------PHSLDG--
160 170 180 190
230 240 250 260 270
pF1KA0 QEIDPTKENQLYFTYSVHWEESDIKWASRW----DTYLTMSDVQIHWFSIINSVVVVFFL
. : . : ::::.: :.... : : . ..:::.:::::.:.::.:
CCDS96 --LRPDEFLGLTHTYSVRWSETSVERRSDRRRGDDGGFFPRTLEIHWLSIINSMVLVFLL
200 210 220 230 240
280 290 300 310 320
pF1KA0 SGILSMIIIRTLRKDIANYNKEDDIE-----DTMEE--SGWKLVHGDVFRPPQYPMILSS
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