Result of FASTA (omim) for
pF1KA0255
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0255, 625 aa
1>>>pF1KA0255 625 - 625 aa - 625 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3006+/-0.000449; mu= 20.0800+/- 0.028
mean_var=76.4536+/-16.013, 0's: 0 Z-trim(109.8): 35 B-trim: 0 in 0/55
Lambda= 0.146681
statistics sampled from 18036 (18054) to 18036 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.558), E-opt: 0.2 (0.212), width: 16
Scan time: 10.120
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_004791 (OMIM: 604678) transmembrane 9 superfami ( 663) 1827 396.8 1.2e-109
NP_064508 (OMIM: 616872) transmembrane 9 superfami ( 589) 1187 261.3 6.7e-69
XP_011538278 (OMIM: 616872) PREDICTED: transmembra ( 607) 1187 261.4 6.8e-69
XP_011538279 (OMIM: 616872) PREDICTED: transmembra ( 593) 983 218.2 6.6e-56
>>NP_004791 (OMIM: 604678) transmembrane 9 superfamily m (663 aa)
initn: 1801 init1: 1496 opt: 1827 Z-score: 2089.2 bits: 396.8 E(85289): 1.2e-109
Smith-Waterman score: 1881; 44.3% identity (73.7% similar) in 646 aa overlap (4-625:33-663)
10 20
pF1KA0 MCETSAFYVPGVAPINF----HQNDP----VEI
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NP_004 ARLPVLSPPRWPRLLLLSLLLLGAVPGPRRSGAFYLPGLAPVNFCDEEKKSDECKAEIEL
10 20 30 40 50 60
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 KAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSKITYKAENLGEVLRGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEV
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NP_004 FVNRLDSVESVLPYEYTAFDFCQASEGKRPSENLGQVLFGERIEPSPYKFTFNKKETCKL
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120 130
pF1KA0 LCSQSNKPVTLTVEQS-RLVAERITEDYYVHLIADNLPVATRLELYSNRDS---------
.:... . .:. ... . . .: : :.::.::. .. ...
NP_004 VCTKTYHTEKAEDKQKLEFLKKSMLLNYQHHWIVDNMPVTWCYDVEDGQRFCNPGFPIGC
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 --DDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEHTYRVVRFEVI
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NP_004 YITDKGHAKDACVISS---DFHERDTFYIFNHVDIKIYYH---VVETGSMGARLVAAKLE
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 PQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEID--PTKENQLYFTYSVHWEESD-IKWASRW
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NP_004 PKSFKHTHI---DKPDCSGP------PMDISNKASGEIKIAYTYSVSFEEDDKIRWASRW
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300
pF1KA0 DTYL-TMSDVQIHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKEDDIEDTMEESG
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NP_004 DYILESMPHTHIQWFSIMNSLVIVLFLSGMVAMIMLRTLHKDIARYNQMDSTEDAQEEFG
290 300 310 320 330 340
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 WKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSSRGALMTTACFLF
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NP_004 WKLVHGDIFRPPRKGMLLSVFLGSGTQILIMTFVTLFFACLGFLSPANRGALMTCAVVLW
350 360 370 380 390 400
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 MFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCFIWGKHSSGAVPF
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NP_004 VLLGTPAGYVAARFYKSFGGEKWKTNVLLTSFLCPGIVFADFFIMNLILWGEGSSAAIPF
410 420 430 440 450 460
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 PTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFGFRKQPYDNPVRTNQIPRQIPEQRWYMNRFVGILMA
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NP_004 GTLVAILALWFCISVPLTFIGAYFGFKKNAIEHPVRTNQIPRQIPEQSFYTKPLPGIIMG
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 GILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQISIVMVYFQLCAEDYR
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NP_004 GILPFGCIFIQLFFILNSIWSHQMYYMFGFLFLVFIILVITCSEATILLCYFHLCAEDYH
530 540 550 560 570 580
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 WWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALMVLSFWLLTGTIGFY
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NP_004 WQWRSFLTSGFTAVYFLIYAVHYFFSKLQITGTASTILYFGYTMIMVLIFFLFTGTIGFF
590 600 610 620 630 640
610 620
pF1KA0 AAYMFVRKIYAAVKID
: . :: :::..::.:
NP_004 ACFWFVTKIYSVVKVD
650 660
>>NP_064508 (OMIM: 616872) transmembrane 9 superfamily m (589 aa)
initn: 959 init1: 656 opt: 1187 Z-score: 1358.0 bits: 261.3 E(85289): 6.7e-69
Smith-Waterman score: 1197; 36.3% identity (62.5% similar) in 600 aa overlap (36-625:55-589)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 AFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSK--ITYKAENLGEVL
: :.:.::::: :: :.. :.:::.:
NP_064 RTRADEHEHTYQDKEEVVLWMNTVGPYHNRQETYKYFSLPFCVGSKKSISHYHETLGEAL
30 40 50 60 70 80
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRLVAERITEDYYVHLIADNLPV
.: .. . ... .... . : . : :. . : . :. .. :.::.
NP_064 QGVELEFSGLDIKFKDDVMPATYCE-----IDLDKEKRDAFVYAIKNHYWYQMYIDDLPI
90 100 110 120 130
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEH
: .: .: :. :.
NP_064 W------------------------GI-VGEAD------------------ENGEDYYLW
140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEIDPTKENQLYFTYSVHWEESD
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NP_064 TYK--KLEIGFNGNRIVDVNL-----------TSEGKVKLVPNTKIQM--SYSVKWKKSD
160 170 180 190 200
250 260 270 280 290
pF1KA0 IKWASRWDTYLTMSDVQ--IHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKE---
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NP_064 VKFEDRFDKYLDPSFFQHRIHWFSIFNSFMMVIFLVGLVSMILMRTLRKDYARYSKEEEM
210 220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 DDIE-DTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSS
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NP_064 DDMDRDLGDEYGWKQVHGDVFRPSSHPLIFSSLIGSGCQIFAVSLIVIIVAMIEDLY-TE
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 RGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCF
::....:: :.. . .:. .: :: :.:: : : : : :..: : : .: .
NP_064 RGSMLSTAIFVYAATSPVNGYFGGSLYARQGGRRWIKQMFIGAFLIPAMVCGTAFFINFI
330 340 350 360 370 380
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFG--FRKQPYDNPVRTNQIPRQIPE
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NP_064 AIYYHASRAIPFGTMVAVCCICFFVILPLNLVGTILGRNLSGQP-NFPCRVNAVPRPIPE
390 400 410 420 430
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 QRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQIS
..:.:. : . ..::::::..:::..:::...: ..::..::..::..:: . ..
NP_064 KKWFMEPAVIVCLGGILPFGSIFIEMYFIFTSFWAYKIYYVYGFMMLVLVILCIVTVCVT
440 450 460 470 480 490
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 IVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALM
:: .:: : :::::: : .:: ....:.:: .:...:. : . .. . .:::: :..
NP_064 IVCTYFLLNAEDYRWQWTSFLSAASTAIYVYMYSFYYYFFKTKMYGLFQTSFYFGYMAVF
500 510 520 530 540 550
600 610 620
pF1KA0 VLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
.. .. :.::.... ::::::. ::::
NP_064 STALGIMCGAIGYMGTSAFVRKIYTNVKID
560 570 580
>>XP_011538278 (OMIM: 616872) PREDICTED: transmembrane 9 (607 aa)
initn: 959 init1: 656 opt: 1187 Z-score: 1357.8 bits: 261.4 E(85289): 6.8e-69
Smith-Waterman score: 1197; 36.3% identity (62.5% similar) in 600 aa overlap (36-625:73-607)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 AFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSK--ITYKAENLGEVL
: :.:.::::: :: :.. :.:::.:
XP_011 LELKSSLYLLYQDKEEVVLWMNTVGPYHNRQETYKYFSLPFCVGSKKSISHYHETLGEAL
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRLVAERITEDYYVHLIADNLPV
.: .. . ... .... . : . : :. . : . :. .. :.::.
XP_011 QGVELEFSGLDIKFKDDVMPATYCE-----IDLDKEKRDAFVYAIKNHYWYQMYIDDLPI
110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEH
: .: .: :. :.
XP_011 W------------------------GI-VGEAD------------------ENGEDYYLW
160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEIDPTKENQLYFTYSVHWEESD
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XP_011 TYK--KLEIGFNGNRIVDVNL-----------TSEGKVKLVPNTKIQM--SYSVKWKKSD
180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KA0 IKWASRWDTYLTMSDVQ--IHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKE---
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XP_011 VKFEDRFDKYLDPSFFQHRIHWFSIFNSFMMVIFLVGLVSMILMRTLRKDYARYSKEEEM
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 DDIE-DTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSS
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XP_011 DDMDRDLGDEYGWKQVHGDVFRPSSHPLIFSSLIGSGCQIFAVSLIVIIVAMIEDLY-TE
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 RGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCF
::....:: :.. . .:. .: :: :.:: : : : : :..: : : .: .
XP_011 RGSMLSTAIFVYAATSPVNGYFGGSLYARQGGRRWIKQMFIGAFLIPAMVCGTAFFINFI
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFG--FRKQPYDNPVRTNQIPRQIPE
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XP_011 AIYYHASRAIPFGTMVAVCCICFFVILPLNLVGTILGRNLSGQP-NFPCRVNAVPRPIPE
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 QRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQIS
..:.:. : . ..::::::..:::..:::...: ..::..::..::..:: . ..
XP_011 KKWFMEPAVIVCLGGILPFGSIFIEMYFIFTSFWAYKIYYVYGFMMLVLVILCIVTVCVT
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 IVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALM
:: .:: : :::::: : .:: ....:.:: .:...:. : . .. . .:::: :..
XP_011 IVCTYFLLNAEDYRWQWTSFLSAASTAIYVYMYSFYYYFFKTKMYGLFQTSFYFGYMAVF
520 530 540 550 560 570
600 610 620
pF1KA0 VLSFWLLTGTIGFYAAYMFVRKIYAAVKID
.. .. :.::.... ::::::. ::::
XP_011 STALGIMCGAIGYMGTSAFVRKIYTNVKID
580 590 600
>>XP_011538279 (OMIM: 616872) PREDICTED: transmembrane 9 (593 aa)
initn: 755 init1: 452 opt: 983 Z-score: 1124.7 bits: 218.2 E(85289): 6.6e-56
Smith-Waterman score: 993; 36.3% identity (60.9% similar) in 524 aa overlap (36-549:73-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 AFYVPGVAPINFHQNDPVEIKAVKLTSSRTQLPYEYYSLPFCQPSK--ITYKAENLGEVL
: :.:.::::: :: :.. :.:::.:
XP_011 LELKSSLYLLYQDKEEVVLWMNTVGPYHNRQETYKYFSLPFCVGSKKSISHYHETLGEAL
50 60 70 80 90 100
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RGDRIVNTPFQVLMNSEKKCEVLCSQSNKPVTLTVEQSRLVAERITEDYYVHLIADNLPV
.: .. . ... .... . : . : :. . : . :. .. :.::.
XP_011 QGVELEFSGLDIKFKDDVMPATYCE-----IDLDKEKRDAFVYAIKNHYWYQMYIDDLPI
110 120 130 140 150
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 ATRLELYSNRDSDDKKKEKDVQFEHGYRLGFTDVNKIYLHNHLSFILYYHREDMEEDQEH
: .: .: :. :.
XP_011 W------------------------GI-VGEAD------------------ENGEDYYLW
160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TYRVVRFEVIPQSIRLEDLKADEKSSCTLPEGTNSSPQEIDPTKENQLYFTYSVHWEESD
::. ..:. .. :. :.. :. . .. :. . :. .:::.:..::
XP_011 TYK--KLEIGFNGNRIVDVNL-----------TSEGKVKLVPNTKIQM--SYSVKWKKSD
180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KA0 IKWASRWDTYLTMSDVQ--IHWFSIINSVVVVFFLSGILSMIIIRTLRKDIANYNKE---
.:. .:.: :: : : ::::::.:: ..:.:: :..:::..:::::: : :.::
XP_011 VKFEDRFDKYLDPSFFQHRIHWFSIFNSFMMVIFLVGLVSMILMRTLRKDYARYSKEEEM
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 DDIE-DTMEESGWKLVHGDVFRPPQYPMILSSLLGSGIQLFCMILIVIFVAMLGMLSPSS
::.. : .: ::: :::::::: ..:.:.:::.::: :.: . ::::.:::. : .
XP_011 DDMDRDLGDEYGWKQVHGDVFRPSSHPLIFSSLIGSGCQIFAVSLIVIIVAMIEDLY-TE
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 RGALMTTACFLFMFMGVFGGFSAGRLYRTLKGHRWKKGAFCTATLYPGVVFGICFVLNCF
::....:: :.. . .:. .: :: :.:: : : : : :..: : : .: .
XP_011 RGSMLSTAIFVYAATSPVNGYFGGSLYARQGGRRWIKQMFIGAFLIPAMVCGTAFFINFI
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IWGKHSSGAVPFPTMVALLCMWFGISLPLVYLGYYFG--FRKQPYDNPVRTNQIPRQIPE
:.: :.:: ::::. :. : . ::: .: .: . :: . : :.: .:: :::
XP_011 AIYYHASRAIPFGTMVAVCCICFFVILPLNLVGTILGRNLSGQP-NFPCRVNAVPRPIPE
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 QRWYMNRFVGILMAGILPFGAMFIELFFIFSAIWENQFYYLFGFLFLVFIILVVSCSQIS
..:.:. : . ..::::::..:::..:::...: ..::..::..::..:: . ..
XP_011 KKWFMEPAVIVCLGGILPFGSIFIEMYFIFTSFWAYKIYYVYGFMMLVLVILCIVTVCVT
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 IVMVYFQLCAEDYRWWWRNFLVSGGSAFYVLVYAIFYFVNKLDIVEFIPSLLYFGYTALM
:: .:: : :::::
XP_011 IVCTYFLLNAEDYRCAIHSKEIYLLSPSPHQAMDKFSLCCINCNLCLHVFLLLLFFQNKD
520 530 540 550 560 570
625 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 06:38:53 2016 done: Sat Nov 5 06:38:55 2016
Total Scan time: 10.120 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]