Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0327
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0327, 820 aa
1>>>pF1KA0327 820 - 820 aa - 820 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0512+/-0.00109; mu= 16.2770+/- 0.066
mean_var=72.2161+/-14.623, 0's: 0 Z-trim(103.0): 195 B-trim: 6 in 2/47
Lambda= 0.150924
statistics sampled from 7015 (7214) to 7015 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.579), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16
Scan time: 3.550
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 820) 5304 1164.9 0
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 ( 932) 5234 1149.6 0
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 828) 4052 892.3 0
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 ( 932) 4052 892.3 0
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 850) 3812 840.0 0
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 ( 936) 3812 840.0 0
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 817) 3790 835.2 0
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 ( 932) 3778 832.6 0
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 829) 3765 829.8 0
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 818) 3764 829.5 0
CCDS75331.1 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 851) 3755 827.6 0
CCDS58979.2 PCDHGA4 gene_id:56111|Hs108|chr5 ( 962) 3755 827.6 0
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 ( 932) 3753 827.2 0
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5 ( 932) 3740 824.3 0
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 813) 3718 819.5 0
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5 ( 931) 3713 818.5 0
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 820) 3671 809.3 0
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5 ( 932) 3668 808.7 0
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 837) 3653 805.4 0
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 935) 3653 805.4 0
CCDS54922.1 PCDHGA1 gene_id:56114|Hs108|chr5 ( 931) 3611 796.2 0
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5 ( 932) 3604 794.7 0
CCDS54930.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5 ( 750) 2818 623.6 3.9e-178
CCDS75332.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 811) 2205 490.1 6.4e-138
CCDS54924.1 PCDHGB2 gene_id:56103|Hs108|chr5 ( 931) 2205 490.1 7.2e-138
CCDS75342.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 820) 2190 486.8 6.2e-137
CCDS54929.1 PCDHGB6 gene_id:56100|Hs108|chr5 ( 930) 2190 486.8 6.9e-137
CCDS75340.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 818) 2187 486.2 9.7e-137
CCDS75339.1 PCDHGB5 gene_id:56101|Hs108|chr5 ( 923) 2187 486.2 1.1e-136
CCDS75344.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 808) 2169 482.3 1.5e-135
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5 ( 929) 2169 482.3 1.6e-135
CCDS75337.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 803) 2164 481.2 3.1e-135
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5 ( 923) 2164 481.2 3.5e-135
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 810) 2153 478.8 1.6e-134
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5 ( 927) 2150 478.1 2.9e-134
CCDS4242.1 PCDHAC2 gene_id:56134|Hs108|chr5 (1007) 2116 470.7 5.3e-132
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 814) 2112 469.8 8e-132
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5 ( 929) 2112 469.9 9e-132
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5 ( 787) 2101 467.4 4.1e-131
CCDS4249.1 PCDHB7 gene_id:56129|Hs108|chr5 ( 793) 2095 466.1 1e-130
CCDS75328.1 PCDHB9 gene_id:56127|Hs108|chr5 ( 797) 2095 466.1 1e-130
CCDS4250.1 PCDHB8 gene_id:56128|Hs108|chr5 ( 801) 2085 464.0 4.6e-130
CCDS4255.1 PCDHB13 gene_id:56123|Hs108|chr5 ( 798) 2079 462.7 1.1e-129
CCDS4251.1 PCDHB16 gene_id:57717|Hs108|chr5 ( 776) 2077 462.2 1.5e-129
CCDS4245.1 PCDHB3 gene_id:56132|Hs108|chr5 ( 796) 2075 461.8 2.1e-129
CCDS4252.1 PCDHB10 gene_id:56126|Hs108|chr5 ( 800) 2075 461.8 2.1e-129
CCDS4247.1 PCDHB5 gene_id:26167|Hs108|chr5 ( 795) 2063 459.2 1.3e-128
CCDS4248.1 PCDHB6 gene_id:56130|Hs108|chr5 ( 794) 2041 454.4 3.5e-127
CCDS4256.1 PCDHB14 gene_id:56122|Hs108|chr5 ( 798) 2040 454.2 4.1e-127
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5 ( 863) 2039 454.0 5.1e-127
>>CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 (820 aa)
initn: 5304 init1: 5304 opt: 5304 Z-score: 6236.3 bits: 1164.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5304; 100.0% identity (100.0% similar) in 820 aa overlap (1-820:1-820)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
790 800 810 820
>>CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5 (932 aa)
initn: 5234 init1: 5234 opt: 5234 Z-score: 6153.0 bits: 1149.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5234; 100.0% identity (100.0% similar) in 808 aa overlap (1-808:1-808)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
>>CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 (828 aa)
initn: 4052 init1: 4052 opt: 4052 Z-score: 4762.9 bits: 892.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4052; 78.8% identity (92.0% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:::: . ::.:.:::.::: ::: .::::::::::.:: .::::::::.:.::.::
CCDS75 MAAPTKCQLRGRLVLLCSLLGMLWEARASQIRYSVPEETEKGYIVGNISKDLALEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.. ::::::::::::.::::::.:.::::::::::::::::::.:...::::. ::.:.:
CCDS75 ERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLYGIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::. ::::. ::::.:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS75 IEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
.::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.: :::::::::::::::::::
CCDS75 NVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
:: . :::::::::.:::: :::.:::: :::::::::::: ::::::. ::::::::::
CCDS75 VFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQSLLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: :::::::::::::::::::: :.: : ::.:::::::::::::: :::::::: :..
CCDS75 ISTAKSLDYEECSFYEMEIQAEDGGGLKGWTKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFSPVREDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
:::: ....::.:::::::::: ..:: : ::.: .::::.: . ::::..: :::
CCDS75 PQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREKASEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: :::::::: .:.:.:.:::::::.: .::::.:. ::: ::.::::. :.:::
CCDS75 TVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSVIAYDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
:.::..: ::..:::.::.:::.:.:::::::::::: ::::::.::::. :::::::.:
CCDS75 SNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTASDSGSP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS75 PLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::.:::::..:..::::. .: . :.::::::::::..:::::.:: .::.::::.::
CCDS75 TVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLALRLRHWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
.:.::. .. :.:::.::::::. :.::::::::: :::::::::::::::::::: ::
CCDS75 SSHLLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQTYSQEFSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::..::::. : .:::
CCDS75 SQQSCEKNEPLCVSVDSKFPIEDTPLVPVSSFFFFLSFLFLFFVLFCF
790 800 810 820
>>CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5 (932 aa)
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Smith-Waterman score: 4052; 78.8% identity (92.0% similar) in 796 aa overlap (1-796:1-796)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:::: . ::.:.:::.::: ::: .::::::::::.:: .::::::::.:.::.::
CCDS58 MAAPTKCQLRGRLVLLCSLLGMLWEARASQIRYSVPEETEKGYIVGNISKDLALEPRELA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.. ::::::::::::.::::::.:.::::::::::::::::::.:...::::. ::.:.:
CCDS58 ERRVRIVSRGRTQLFSLNPRSGTLVTAGRIDREELCAQSPRCLVNFKVLVEDRVKLYGIE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
::. ::::. ::::.:.::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS58 IEVTDINDSAPKFQAESLEVKINEIAVPGARYPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
.::::::::::::::::::::::: .::::::::::::.: :::::::::::::::::::
CCDS58 NVQTGDNGAINPELVLERALDREEATAHHLVLTASDGGEPRRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
:: . :::::::::.:::: :::.:::: :::::::::::: ::::::. ::::::::::
CCDS58 VFAQRIYRVKVLENVPPGTWLLTATASDLDEGINGKVAYKFWKINEKQSLLFQLNENTGE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: :::::::::::::::::::: :.: : ::.:::::::::::::: :::::::: :..
CCDS58 ISTAKSLDYEECSFYEMEIQAEDGGGLKGWTKVLISVEDVNDNRPEVTITSLFSPVREDA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
:::: ....::.:::::::::: ..:: : ::.: .::::.: . ::::..: :::
CCDS58 PQGTVILLFNAHDRDSGKNGQVVCSIQENLSFTLENSEEDYYRLLTAQILDREKASEYNI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: :::::::: .:.:.:.:::::::.: .::::.:. ::: ::.::::. :.:::
CCDS58 TVTATDRGTPPLSTEIHITLQVTDINDNPPAFSQASYSVYLPENNARGTSIFSVIAYDPD
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
:.::..: ::..:::.::.:::.:.:::::::::::: ::::::.::::. :::::::.:
CCDS58 SNENSRVIYSLAEDTIQGSPLSTYVSINSDTGVLYALCSFDYEQFRDLQMQVTASDSGSP
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS58 PLSSNVSLRLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NAWLSYRLFKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::.:::::..:..::::. .: . :.::::::::::..:::::.:: .::.::::.::
CCDS58 TVAIADSIPDILADLGSLQIPADLEASDLTLYLVVAVAVVSCVFLTFVITLLALRLRHWH
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
.:.::. .. :.:::.::::::. :.::::::::: :::::::::::::::::::: ::
CCDS58 SSHLLRATSDGLAGVPTSHFVGVDGVRAFLQTYSQEFSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820
pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::..::::. : .:::
CCDS58 SQQSCEKNEPLCVSVDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWPN
790 800 810 820 830 840
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10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAPQSRPRRGE----LILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDP
::: ..: .... :.::: ..: :: : :: ::.::: .:::::::::::::: :
CCDS75 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
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60 70 80 90 100 110
pF1KA0 RKLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKL
:.::..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::: ::....: ::::. ::
CCDS75 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 FGVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNH
::.:::. ::::: ::::.:.:.::::: .. : :.:::::.:::::::::::::::::.
CCDS75 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
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180 190 200 210 220 230
pF1KA0 HFSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTN
:::: ::. ::. ::::::..::::::: ::::::::::: : ::.:: . :::.:.:
CCDS75 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 DNAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNE
:::::: : :::.: ::.: ::.::::::.: ::: ::.:.:.:::. . : ::::.
CCDS75 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPV
::::.:...::::: .:::.:::::: :: :. .:.::.::::::: ::. ::::::::
CCDS75 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 LENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVS
:.: :::.:.:.::: :: .::::.: ::::::::: .::::: .. ::::.::
CCDS75 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 IYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTA
::::: :.: :.::::::... :.::::::::::: ..:: .:: ::: :::::::.::
CCDS75 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 HDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASD
::::.::::. ::..:::.::.::::::::::::::::::.::::::...::. :::::
CCDS75 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 SGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDR
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS75 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
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pF1KA0 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 TVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRL
:::::::::::::.::..:::.. .. . :.:::::::::::.:::::::: :::. ::
CCDS75 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 RRWHKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
:::::::::: ::: :.:: .::::::. :.:::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS75 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820
pF1KA0 DMLISQEGCEKND--SLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
: :::::.::::: ::: . :
CCDS75 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPVSFIFIFTFVKKKKIGFYFEVCGMMVES
790 800 810 820 830 840
>>CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5 (936 aa)
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10 20 30 40 50
pF1KA0 MAAPQSRPRRGE----LILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDP
::: ..: .... :.::: ..: :: : :: ::.::: .:::::::::::::: :
CCDS47 MAAQRNRSKESKDCSGLVLLCLFFGIPWEAGARQISYSIPEELEKGSFVGNISKDLGLAP
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 RKLAKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKL
:.::..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::: ::....: ::::. ::
CCDS47 RELAERGVRIVSRGRTQLFSLNPRSGSLITAGRIDREELCAQSARCVVSFNILVEDRVKL
70 80 90 100 110 120
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pF1KA0 FGVEIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNH
::.:::. ::::: ::::.:.:.::::: .. : :.:::::.:::::::::::::::::.
CCDS47 FGIEIEVTDINDNAPKFQAENLDVKINENVAAGMRFPLPEAIDPDVGVNSLQSYQLSPNK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 HFSLDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTN
:::: ::. ::. ::::::..::::::: ::::::::::: : ::.:: . :::.:.:
CCDS47 HFSLRVQSRANGVKYPELVLEHSLDREEEAIHHLVLTASDGGDPLRSGTVLVSVTVFDAN
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 DNAPVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNE
:::::: : :::.: ::.: ::.::::::.: ::: ::.:.:.:::. . : ::::.
CCDS47 DNAPVFTLPEYRVSVPENLPVGTQLLTVTATDRDEGANGEVTYSFRKLPDTQLLKFQLNK
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 NTGEISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPV
::::.:...::::: .:::.:::::: :: :. .:.::.::::::: ::. ::::::::
CCDS47 YTGEIKISENLDYEETGFYEIEIQAEDGGAYLATAKVLITVEDVNDNSPELTITSLFSPV
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA0 LENSLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVS
:.: :::.:.:.::: :: .::::.: ::::::::: .::::: .. ::::.::
CCDS47 TEDSPLGTVVALLNVHDLDSEQNGQVTCSILAYLPFKLEKSIDSYYRLVIHRALDREQVS
370 380 390 400 410 420
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pF1KA0 IYNITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTA
::::: :.: :.::::::... :.::::::::::: ..:: .:: ::: :::::::.::
CCDS47 SYNITVTATDGGSPPLSTEAHFMLQVADINDNPPTFSQVSYFTYIPENNARGASIFSVTA
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA0 HDPDSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASD
::::.::::. ::..:::.::.::::::::::::::::::.::::::...::. :::::
CCDS47 LDPDSKENAQIIYSLAEDTIQGVPLSSYISINSDTGVLYALRSFDYEQFHELQMQVTASD
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 SGDPPLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDR
:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::
CCDS47 SGDPPLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDR
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA0 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
:::::::::::::::::::::.:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSGQNAWLSYRLLKASEPGLFAVGEHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSA
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 TVTLTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRL
:::::::::::::.::..:::.. .. . :.:::::::::::.:::::::: :::. ::
CCDS47 TVTLTVAVADSIPQVLADLGSFESPANSETSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLAHRL
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 RRWHKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
:::::::::: ::: :.:: .::::::. :.:::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS47 RRWHKSRLLQASGGGLTGVSGSHFVGVDGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYA
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820
pF1KA0 DMLISQEGCEKND--SLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
: :::::.::::: ::: . :
CCDS47 DTLISQESCEKNDPLSLLDDSKFPIEDTPLVPQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTG
790 800 810 820 830 840
>>CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5 (817 aa)
initn: 4208 init1: 3776 opt: 3790 Z-score: 4454.7 bits: 835.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3790; 73.1% identity (88.1% similar) in 817 aa overlap (1-816:1-816)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAA-PQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKL
::: :.. :: ..:: :::: :: :.: ::: ::::::::::.:.:::::.::.:
CCDS75 MAAQPRGGDYRG-FFLLSILLGTPWEAWAGRILYSVSEETDKGSFVGDIAKDLGLEPREL
10 20 30 40 50
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pF1KA0 AKHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGV
:..::::.::::::::::: :::::.:::::::::.:::: :::.:.: :.::: .:. .
CCDS75 AERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPI
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 EIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFS
..:::::::: :.: .:...::: : ..::.:.:: :: :::::.:::::::::::.:::
CCDS75 DVEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 LDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNA
: ::.::. . :::::::.:::::: .::::::::::: ::::::..:.:::.:.::..
CCDS75 LAVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
::: : :.: : ::.: ::::::: : : :::.::.:.:.::::. : .:.:: ::
CCDS75 PVFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
::: ..::::: .:::::.::.: . : ..:.::.: ::::: ::: .::: : . :.
CCDS75 EISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPED
300 310 320 330 340 350
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pF1KA0 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
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CCDS75 TPLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYN
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
::. :.: :::::: ::.: ..::: :::::::::.:::.:: ::: :::::: .::.:
CCDS75 ITLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDH
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::..:::.:::..:::.::::.:::.:::::::::::::::::::.:.::: ::: ::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:::::::: :::::::::::.:::
CCDS75 PPLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSG
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::::::: ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QNAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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pF1KA0 LTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRW
:::::::::::::..::::.:: : . .::::::::::..:::::::: :::.::::::
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::::::: : : :..::.:::::.. :::::::::.::::::::::::::::::::.:::
CCDS75 HKSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDML
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pF1KA0 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::.:::::::::::::.: :.. ::: .: :.
CCDS75 ISQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQVSPALPLFP
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::: :.. :: ..:: :::: :: :.: ::: ::::::::::.:.:::::.::.:
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10 20 30 40 50
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:..::::.::::::::::: :::::.:::::::::.:::: :::.:.: :.::: .:. .
CCDS54 AERGVRIISRGRTQLFALNQRSGSLVTAGRIDREEICAQSARCLVNFNILMEDKMNLYPI
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pF1KA0 EIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFS
..:::::::: :.: .:...::: : ..::.:.:: :: :::::.:::::::::::.:::
CCDS54 DVEIIDINDNVPRFLTEEINVKIMENTAPGVRFPLSEAGDPDVGTNSLQSYQLSPNRHFS
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: ::.::. . :::::::.:::::: .::::::::::: ::::::..:.:::.:.::..
CCDS54 LAVQSGDDETKYPELVLERVLDREEERVHHLVLTASDGGDPPRSSTAHIQVTVVDVNDHT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
::: : :.: : ::.: ::::::: : : :::.::.:.:.::::. : .:.:: ::
CCDS54 PVFSLPQYQVTVPENVPVGTRLLTVHAIDLDEGVNGEVTYSFRKITPKLPKMFHLNSLTG
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pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
::: ..::::: .:::::.::.: . : ..:.::.: ::::: ::: .::: : . :.
CCDS54 EISTLEGLDYEETAFYEMEVQAQDGPGSLTKAKVLITVLDVNDNAPEVTMTSLSSSIPED
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pF1KA0 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
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CCDS54 TPLGTVIALFYLQDRDSGKNGEVTCTIPENLPFKLEKSIDNYYRLVTTKNLDRETLSLYN
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pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
::. :.: :::::: ::.: ..::: :::::::::.:::.:: ::: :::::: .::.:
CCDS54 ITLKATDGGTPPLSRETHIFMQVADTNDNPPTFPHSSYSVYIAENNPRGASIFLVTAQDH
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::..:::.:::..:::.::::.:::.:::::::::::::::::::.:.::: ::: ::::
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::::::::::::::::::: :::::::::::::::.:::::::: :::::::::::.:::
CCDS54 PPLSSNMSLSLFVLDQNDNPPEILYPALPTDGSTGMELAPRSAEPGYLVTKVVAVDKDSG
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pF1KA0 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
::::::: ::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QNAWLSYLLLKASEPGLFAVGLYTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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pF1KA0 LTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRW
:::::::::::::..::::.:: : . .::::::::::..:::::::: :::.::::::
CCDS54 LTVAVADSIPEVLADLGSLEPSDGPYNYDLTLYLVVAVATVSCVFLAFVLVLLALRLRRW
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pF1KA0 HKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADML
::::::: : : :..::.:::::.. :::::::::.::::::::::::::::::::.:::
CCDS54 HKSRLLQASEGGLANVPTSHFVGMDGVQAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYVDML
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pF1KA0 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::.:::::::::::::.: :
CCDS54 ISQESCEKNDSLLTSVDFQECKENLPSIQQAPPNTDWRFSQAQRPGTSGSQNGDDTGTWP
780 790 800 810 820 830
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pF1KA0 EIEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFS
:::: ::::: :.: .:.::.::.:..:::.:.:. : :::::.::::.:.:::: .::
CCDS75 EIEIKDINDNAPNFPTEELEIKIGELTVPGTRFPIKTAFDPDVGINSLQNYKLSPNDYFS
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pF1KA0 LDVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNA
: :.. ..:: ::::::::::::.. :.:::.::::: : .:....:.: :::.:::
CCDS75 LAVNSVSEGAKYPELVLERALDREKKEIHQLVLVASDGGDPVHSGNLHIQVIVLDANDNP
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pF1KA0 PVFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTG
:.: .: :::.: ::.: :::::::.:.:::::.:..:.: . :. : . .:.:: .:
CCDS75 PMFTQPEYRVSVWENVPVGTRLLTVNATDPDEGFNAQVSYILDKMPGKIAEIFHLNSVSG
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pF1KA0 EISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLEN
:.:: ::::::. :::..:.:.: .::.:.:.:..: ::::: ::. :::: : : :.
CCDS75 EVSILKSLDYEDAMFYEIKIEAQDGPGLLSRAKILVTVLDVNDNAPEITITSLTSSVPEE
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pF1KA0 SLPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYN
. : ::...:::.:::.:::: .. :::::::::: .:::::: ::::..: ::
CCDS75 GTVGREIALIDVHDRDSGQNGQVEVFVLGNLPFKLEKSIDQYYRLVTATSLDREQISEYN
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pF1KA0 ITVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDP
:.. ::: :.:::::::.:.::: ::::::::::: :::::: ::: :::::::.::.::
CCDS75 ISLRASDGGSPPLSTETHITLHVIDINDNPPTFPHLSYSAYIPENNPRGASIFSVTAQDP
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pF1KA0 DSQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGD
::..::..::..::::::::::::..::::.:::::::.::::::.:::.:::::::::.
CCDS75 DSNNNARITYALTEDTLQGAPLSSFVSINSNTGVLYALRSFDYEQFRDLKLLVTASDSGN
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::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::
CCDS75 PPLSSNVSLNLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSG
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pF1KA0 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QNAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVT
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pF1KA0 LTVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRW
::::::: ::..:..::::.::. ::::.:::::::::::.:::::::: :::.::::::
CCDS75 LTVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLRRW
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pF1KA0 HKSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADML
::::::: ::: :...:.:::::.. :.:::::::.:::::::::::::::::::::: :
CCDS75 HKSRLLQASGGGLASTPGSHFVGADGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTL
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pF1KA0 ISQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
::::.:::.. :: . :. :.:.... :::: . :.. ..
CCDS75 ISQESCEKSEPLLITQDLLEMKGDSNLLQVSLFISLIIKNKYENVVIIKL
780 790 800 810 820
>>CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5 (818 aa)
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pF1KA0 MAAPQSRPRRGELILLCALLGTLWEIGRGQIRYSVPEETDKGSFVGNISKDLGLDPRKLA
:: :: .:.:.: .:: .:::::: . .:::::.::: .:::::::: :::::.:..::
CCDS75 MAPPQRHPQRSEQVLLLTLLGTLWGAAAAQIRYSIPEELEKGSFVGNIVKDLGLEPQELA
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pF1KA0 KHGVRIVSRGRTQLFALNPRSGSLITAGRIDREELCAQSPRCLININTLVEDKGKLFGVE
.:::::::::: :::.::::.:::.::::::::::::::::::...: ::::: .:. ::
CCDS75 EHGVRIVSRGRMQLFSLNPRNGSLVTAGRIDREELCAQSPRCLVSFNILVEDKLNLYPVE
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pF1KA0 IEIIDINDNNPKFQVEDLEVKINEIAVPGARYPLPEAVDPDVGVNSLQSYQLSPNHHFSL
.::.:::::.:.: :.::::: : :.:..:.:: :. :::::.::::...:: : :::.
CCDS75 VEIVDINDNTPRFLKEELEVKILENAAPSSRFPLMEVYDPDVGMNSLQGFKLSGNSHFSV
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pF1KA0 DVQTGDNGAINPELVLERALDREEEAAHHLVLTASDGGKPPRSSTVRIHVTVLDTNDNAP
:::. .: :::::: .:::: ::...::::: ::: : :::...: :::::.:::.:
CCDS75 DVQSEAHGPKYPELVLEGTLDREGEAVYRLVLTAMDGGDPVRSSVAQILVTVLDVNDNTP
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pF1KA0 VFPHPIYRVKVLENMPPGTRLLTVTASDPDEGINGKVAYKFRKINEKQTPLFQLNENTGE
.: .:.:::.: ::.: :: .:.:::.: :::..:.:.:.: ::.:: . .: :: :::
CCDS75 MFTQPVYRVSVPENLPVGTPVLAVTATDQDEGVHGEVTYSFVKITEKISQIFCLNVLTGE
250 260 270 280 290 300
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pF1KA0 ISIAKSLDYEECSFYEMEIQAEDVGALLGRTKLLISVEDVNDNRPEVIITSLFSPVLENS
:: . .::::. ::::. ..:.: .: :.:.::.. ::::: :::..:: . :..
CCDS75 ISTSANLDYEDSSFYELGVEARDGPGLRDRAKVLITILDVNDNVPEVVVTSGSRTIAESA
310 320 330 340 350 360
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pF1KA0 LPGTVIAFLSVHDQDSGKNGQVVCYTRDNLPFKLEKSIGNYYRLVTRKYLDRENVSIYNI
::::::...: :.::: :: :.: .:::.::::.:::::::: ::::.: .:::
CCDS75 PPGTVIALFQVFDRDSGLNGLVTCSIPRSLPFELEKSVGNYYRLVTNAALDREEVFLYNI
370 380 390 400 410 420
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pF1KA0 TVMASDLGTPPLSTETQIALHVADINDNPPTFPHASYSAYILENNLRGASIFSLTAHDPD
:: :.: ::::::::: :.:.::: :::::::::.:::.:.:::: :::::::..: :::
CCDS75 TVTATDKGTPPLSTETIISLNVADTNDNPPTFPHSSYSVYVLENNPRGASIFSVNALDPD
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pF1KA0 SQENAQVTYSVTEDTLQGAPLSSYISINSDTGVLYALQSFDYEQIRDLQLLVTASDSGDP
..::::.::..::::::::::::.:::::::.::::.::::::.::::: :::::::::
CCDS75 VDQNAQVSYSLAEDTLQGAPLSSYVSINSDTGILYALRSFDYEQLRDLQLWVTASDSGDP
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pF1KA0 PLSSNMSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAERGYLVTKVVAVDRDSGQ
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS75 PLSSNVSLSLFVLDQNDNAPEILYPALPTDGSTGVELAPRSAEPGYLVTKVVAVDRDSGQ
550 560 570 580 590 600
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pF1KA0 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NAWLSYRLLKASEPGLFSVGLHTGEVRTARALLDRDALKQSLVVAVQDHGQPPLSATVTL
610 620 630 640 650 660
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pF1KA0 TVAVADSIPEVLTELGSLKPSVDPNDSSLTLYLVVAVAAISCVFLAFVAVLLGLRLRRWH
:::::: ::..:..::::.::. ::::.:::::::::::.:::::::: :::.:::.:::
CCDS75 TVAVADRIPDILADLGSLEPSAKPNDSDLTLYLVVAVAAVSCVFLAFVIVLLALRLQRWH
670 680 690 700 710 720
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pF1KA0 KSRLLQDSGGRLVGVPASHFVGVEEVQAFLQTYSQEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADMLI
:::::: ::: :...:.::::::: :.:::::::.:::::::::::::::::::::: ::
CCDS75 KSRLLQASGGGLASMPGSHFVGVEGVRAFLQTYSHEVSLTADSRKSHLIFPQPNYADTLI
730 740 750 760 770 780
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pF1KA0 SQEGCEKNDSLLTSVDFHEYKNEADHGQVSLVLCLLLISR
.::. ::.. :: . :. : :.: . :::.
CCDS75 NQESYEKSEPLLITQDLLETKGEPRQLQVSFFPPKREE
790 800 810
820 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 18:35:14 2016 done: Wed Nov 2 18:35:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]