Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0343
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0343, 1180 aa
1>>>pF1KA0343 1180 - 1180 aa - 1180 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4815+/-0.00121; mu= 1.0520+/- 0.072
mean_var=221.3625+/-45.907, 0's: 0 Z-trim(106.9): 209 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.086203
statistics sampled from 9030 (9245) to 9030 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16
Scan time: 3.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS55153.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1192) 6928 876.2 0
CCDS75652.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1211) 5297 673.4 9.3e-193
CCDS47686.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1304) 5297 673.4 9.9e-193
CCDS5751.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1183) 3772 483.7 1.1e-135
CCDS53460.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1240) 3062 395.4 4.5e-109
CCDS48192.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1248) 2669 346.5 2.3e-94
CCDS14734.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1253) 2659 345.3 5.5e-94
CCDS14733.1 L1CAM gene_id:3897|Hs108|chrX (1257) 2659 345.3 5.5e-94
CCDS74887.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1171) 2487 323.9 1.4e-87
CCDS58812.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1208) 2461 320.7 1.4e-86
CCDS53461.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 ( 619) 2290 299.2 2e-80
CCDS2556.1 CHL1 gene_id:10752|Hs108|chr3 (1224) 1948 256.9 2.2e-67
CCDS53462.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1174) 1566 209.3 4.3e-53
CCDS30982.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1169) 1412 190.2 2.5e-47
CCDS33790.1 CNTN3 gene_id:5067|Hs108|chr3 (1028) 1338 181.0 1.3e-44
CCDS1449.1 CNTN2 gene_id:6900|Hs108|chr1 (1040) 1325 179.3 4.1e-44
CCDS43041.1 CNTN4 gene_id:152330|Hs108|chr3 (1026) 1311 177.6 1.4e-43
CCDS2557.1 CNTN6 gene_id:27255|Hs108|chr3 (1028) 1270 172.5 4.7e-42
CCDS53697.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 (1026) 1223 166.6 2.7e-40
CCDS53696.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 (1100) 1221 166.4 3.4e-40
CCDS58168.1 CNTN5 gene_id:53942|Hs108|chr11 ( 911) 1100 151.3 9.8e-36
CCDS2558.1 CNTN4 gene_id:152330|Hs108|chr3 ( 698) 946 132.1 4.6e-30
CCDS42929.1 DSCAM gene_id:1826|Hs108|chr21 (2012) 798 114.0 3.8e-24
CCDS8738.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1007) 790 112.8 4.3e-24
CCDS8737.1 CNTN1 gene_id:1272|Hs108|chr12 (1018) 790 112.8 4.3e-24
CCDS11952.1 DCC gene_id:1630|Hs108|chr18 (1447) 759 109.0 8.4e-23
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1 (5635) 588 88.1 6.4e-16
CCDS43786.1 PTPRD gene_id:5789|Hs108|chr9 (1912) 572 85.9 1.1e-15
CCDS4884.1 PTK7 gene_id:5754|Hs108|chr6 (1070) 528 80.2 2.9e-14
CCDS59021.1 PTK7 gene_id:5754|Hs108|chr6 (1078) 528 80.2 2.9e-14
CCDS73386.1 NCAM1 gene_id:4684|Hs108|chr11 ( 761) 502 76.9 2.1e-13
CCDS73387.1 NCAM1 gene_id:4684|Hs108|chr11 ( 726) 497 76.3 3.1e-13
CCDS73388.1 NCAM1 gene_id:4684|Hs108|chr11 ( 848) 494 75.9 4.5e-13
CCDS77788.1 BOC gene_id:91653|Hs108|chr3 (1115) 491 75.6 7.3e-13
CCDS2971.1 BOC gene_id:91653|Hs108|chr3 (1114) 490 75.5 8e-13
CCDS10206.1 IGDCC4 gene_id:57722|Hs108|chr15 (1250) 469 72.9 5.3e-12
CCDS54610.1 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1551) 455 71.2 2.1e-11
CCDS46872.2 ROBO1 gene_id:6091|Hs108|chr3 (1606) 455 71.3 2.2e-11
>>CCDS55153.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1192 aa)
initn: 6928 init1: 6928 opt: 6928 Z-score: 4670.4 bits: 876.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7888; 98.8% identity (98.9% similar) in 1192 aa overlap (1-1180:1-1192)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
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CCDS55 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 AKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTPIIYWAKEDGMLPKNRTVYK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTPIIYWAKEDGMLPKNRTVYK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 NFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAAPYWITAPQNLVLSPGEDGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAAPYWITAPQNLVLSPGEDGT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFSNVQERSSAVYQCNASNEYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFSNVQERSSAVYQCNASNEYG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 YLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFGSPLPTIEWFKGAKGSALHE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 YLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFGSPLPTIEWFKGAKGSALHE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 DIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHLEIKDATWIVKQPEYAVVQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS55 DIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHLEIKDPTWIVKQPEYAVVQR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 GSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDHLVVADVSDDDSGTYTCVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDHLVVADVSDDDSGTYTCVAN
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610 620 630 640 650 660
pF1KA0 TTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDVPNPPFDLELTDQLDKSVQLSWTPGDDNNSPITK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDVPNPPFDLELTDQLDKSVQLSWTPGDDNNSPITK
610 620 630 640 650 660
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pF1KA0 FIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLNLSPYVNYSFRVMAVNSIGKSLPSEASEQY
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CCDS55 FIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLKLSPYVNYSFRVMAVNSIGKSLPSEASEQY
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 LTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGLQYKVSWRQKDGDDEWTSVV
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CCDS55 LTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGLQYKVSWRQKDGDDEWTSVV
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790 800 810 820 830 840
pF1KA0 VANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHSGEDLPMVAPGNVRVNVVNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHSGEDLPMVAPGNVRVNVVNS
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 TLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIEKKILTFQGSKTHGMLPGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIEKKILTFQGSKTHGMLPGLE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 PFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKIVNPTLDSLTLEWDPPSHPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 PFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKIVNPTLDSLTLEWDPPSHPN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 GILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNFSTRYKFYFYAQTSAGSGSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 GILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNFSTRYKFYFYAQTSAGSGSQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KA0 ITEEAVTTVDEA------------MASRQVDIATQGWFIGLMCAVALLILILLIVCFIRR
:::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 ITEEAVTTVDEAGILPPDVGAGKAMASRQVDIATQGWFIGLMCAVALLILILLIVCFIRR
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1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA0 NKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRTVKKEDSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRTVKKEDSD
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA0 DSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 DSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
1150 1160 1170 1180 1190
>>CCDS75652.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1211 aa)
initn: 6914 init1: 5297 opt: 5297 Z-score: 3574.1 bits: 673.4 E(32554): 9.3e-193
Smith-Waterman score: 7840; 97.3% identity (97.4% similar) in 1211 aa overlap (1-1180:1-1211)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280
pF1KA0 -------------------AKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VDELNDTIAANLSDTEFYGAKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 IIYWAKEDGMLPKNRTVYKNFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 IIYWAKEDGMLPKNRTVYKNFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAA
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 PYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 PYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFS
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 NVQERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 NVQERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFG
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 SPLPTIEWFKGAKGSALHEDIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SPLPTIEWFKGAKGSALHEDIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHL
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pF1KA0 EIKDATWIVKQPEYAVVQRGSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDH
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 EIKDPTWIVKQPEYAVVQRGSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDH
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590 600 610 620 630 640
pF1KA0 LVVADVSDDDSGTYTCVANTTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDVPNPPFDLELTDQLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LVVADVSDDDSGTYTCVANTTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDVPNPPFDLELTDQLD
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 KSVQLSWTPGDDNNSPITKFIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLNLSPYVNYSFR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS75 KSVQLSWTPGDDNNSPITKFIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLKLSPYVNYSFR
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 VMAVNSIGKSLPSEASEQYLTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VMAVNSIGKSLPSEASEQYLTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGL
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 QYKVSWRQKDGDDEWTSVVVANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 QYKVSWRQKDGDDEWTSVVVANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHS
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 GEDLPMVAPGNVRVNVVNSTLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 GEDLPMVAPGNVRVNVVNSTLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIE
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 KKILTFQGSKTHGMLPGLEPFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KKILTFQGSKTHGMLPGLEPFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKI
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KA0 VNPTLDSLTLEWDPPSHPNGILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 VNPTLDSLTLEWDPPSHPNGILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNF
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040
pF1KA0 STRYKFYFYAQTSAGSGSQITEEAVTTVDEA------------MASRQVDIATQGWFIGL
::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::
CCDS75 STRYKFYFYAQTSAGSGSQITEEAVTTVDEAGILPPDVGAGKAMASRQVDIATQGWFIGL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KA0 MCAVALLILILLIVCFIRRNKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MCAVALLILILLIVCFIRRNKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKP
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA0 LKKGSRTPSDRTVKKEDSDDSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 LKKGSRTPSDRTVKKEDSDDSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1170 1180
pF1KA0 PSPVNAMNSFV
:::::::::::
CCDS75 PSPVNAMNSFV
1210
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10 20 30 40 50 60
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CCDS47 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
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CCDS47 VDELNDTIAANLSDTEFYGAKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 IIYWAKEDGMLPKNRTVYKNFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAA
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350 360 370 380 390 400
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NVQERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPLPTIEWFKGAKGSALHEDIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHL
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CCDS47 EIKDPTWIVKQPEYAVVQRGSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDH
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LVVADVSDDDSGTYTCVANTTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDVPNPPFDLELTDQLD
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS47 KSVQLSWTPGDDNNSPITKFIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLKLSPYVNYSFR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VMAVNSIGKSLPSEASEQYLTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGL
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QYKVSWRQKDGDDEWTSVVVANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GEDLPMVAPGNVRVNVVNSTLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KKILTFQGSKTHGMLPGLEPFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKI
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950 960 970 980 990 1000
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VNPTLDSLTLEWDPPSHPNGILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNF
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1010 1020 1030
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:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 STRYKFYFYAQTSAGSGSQITEEAVTTVDEAGILPPDVGAGKVQAVNPRISNLTAAAAET
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pF1KA0 ------------------------------------------------------------
CCDS47 YANISWEYEGPEHVNFYVEYGVAGSKEEWRKEIVNGSRSFFGLKGLMPGTAYKVRVGAVG
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1040 1050 1060 1070
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DSGFVSSEDVFETGPAMASRQVDIATQGWFIGLMCAVALLILILLIVCFIRRNKGGKYPV
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:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRTVKKEDSDDSLVDYGE
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1140 1150 1160 1170 1180
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CCDS47 GVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
1270 1280 1290 1300
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pF1KA0 EKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRTVKKEDSDDSLVDYGEG
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRTVKKEDSDDSLVDYGEG
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1140 1150 1160 1170 1180
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
1270 1280 1290 1300
>>CCDS5751.1 NRCAM gene_id:4897|Hs108|chr7 (1183 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS57 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLD------LVQPPTITQQSPKDYIIDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
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pF1KA0 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KA0 -------------------AKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VDELNDTIAANLSDTEFYGAKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP
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pF1KA0 IIYWAKEDGMLPKNRTVYKNFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IIYWAKEDGMLPKNRTVYKNFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAA
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pF1KA0 PYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFS
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410 420 430 440 450 460
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 NVQERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFG
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 SPLPTIEWFKGAKGSALHEDIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHL
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530 540 550 560 570 580
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:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 EIKDPTWIVKQPEYAVVQRGSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDH
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:::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS57 LVVADVSDDDSGTYTCVANTTLDSVSASAVLSVV----------DVPNPPFDLELTDQLD
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::
CCDS57 KSVQLSWTPGDDNNSPITKFIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLKLSPYVNYSFR
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VMAVNSIGKSLPSEASEQYLTKASEPDKNPTAVEGLGSEPDNLVITWKPLNGFESNGPGL
710 720 730 740 750 760
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 QYKVSWRQKDGDDEWTSVVVANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 QYKVSWRQKDGDDEWTSVVVANVSKYIVSGTPTFVPYLIKVQALNDMGFAPEPAVVMGHS
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 GEDLPMVAPGNVRVNVVNSTLAEVHWDPVPLKSIRGHLQGYRIYYWKTQSSSKRNRRHIE
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 KKILTFQGSKTHGMLPGLEPFSHYTLNVRVVNGKGEGPASPDRVFNTPEGVPSAPSSLKI
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VNPTLDSLTLEWDPPSHPNGILTEYTLKYQPINSTHELGPLVDLKIPANKTRWTLKNLNF
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pF1KA0 STRYKFYFYAQTSAGSGSQITEEAVTTVDEAMASRQVDIATQGWFIGLMCAVALLILILL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 STRYKFYFYAQTSAGSGSQITEEAVTTVDEAMASRQVDIATQGWFIGLMCAVALLILILL
1010 1020 1030 1040 1050 1060
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pF1KA0 IVCFIRRNKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 IVCFIRRNKGGKYPVKEKEDAHADPEIQPMKEDDGTFGEYSDAEDHKPLKKGSRTPSDRT
1070 1080 1090 1100 1110 1120
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pF1KA0 VKKEDSDDSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 VKKEDSDDSLVDYGEGVNGQFNEDGSFIGQYSGKKEKEPAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
1130 1140 1150 1160 1170 1180
>>CCDS53460.1 NFASC gene_id:23114|Hs108|chr1 (1240 aa)
initn: 3748 init1: 2300 opt: 3062 Z-score: 2071.8 bits: 395.4 E(32554): 4.5e-109
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MQLKIMPKKKRLSAGRVPLILFLCQMISALEVPLDPKLLEDLVQPPTITQQSPKDYIIDP
..: : .. .:.:.:.::.. ..:.::::::.:: ::.:.::
CCDS53 MARQPPPPWVHAAFLLCLLSLGGAIEIPMDPSIQNELTQPPTITKQSAKDHIVDP
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 RENIVIQCEAKGKPPPSFSWTRNGTHFDIDKDPLVTMKPGTGTLIINIMSEGKAETYEGV
:.::.:.:::::.: ::: ::::. :.: ::: :.:. .:::.:.. : :. : :::
CCDS53 RDNILIECEAKGNPAPSFHWTRNSRFFNIAKDPRVSMRRRSGTLVIDFRSGGRPEEYEGE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 YQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPIIFW
::: :::. :.:.:: : .. :.:::: ::.:.:...: : :.: : :: ::: :.:::
CCDS53 YQCFARNKFGTALSNRIRLQVSKSPLWPKENLDPVVVQEGAPLTLQCNPPPGLPSPVIFW
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 MDNSFQRLPQSERVSQGLNGDLYFSNVLPEDTREDYICYARFNHTQTIQQKQPISVKVIS
:..:.. . :..::::: :::::::::. .: . :: : :::. :.:::::.:...::..
CCDS53 MSSSMEPITQDKRVSQGHNGDLYFSNVMLQDMQTDYSCNARFHFTHTIQQKNPFTLKVLT
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 AKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTPIIYWAKEDGMLPKNRTVYK
... :: :.:. :.:.::.. ::: : ::::: :.::: : : :. : ::.... ..
CCDS53 TRGVAERTPSFMYPQGTASSQMVLRGMDLLLECIASGVPTPDIAWYKKGGDLPSDKAKFE
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 NFEKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVRVKAAPYWITAPQNLVLSPGEDGT
::.:.:.: .::: :::.: :.:.: .:.:.:::::::::::::. :.::.:.:::::
CCDS53 NFNKALRITNVSEEDSGEYFCLASNKMGSIRHTISVRVKAAPYWLDEPKNLILAPGEDGR
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDPSRKIDGDTIIFSNVQERSSAVYQCNASNEYG
:.::::::::: ..:..:: :.. :: .:.:.. :::::: ..: : ::::::.:::.:
CCDS53 LVCRANGNPKPTVQWMVNGEPLQSAPPNPNREVAGDTIIFRDTQISSRAVYQCNTSNEHG
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 YLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLDCAFFGSPLPTIEWFKGAKGSALHE
::::::::.:: :::.:.: : : .:: . ::: :::::.::..:::...:: :
CCDS53 YLLANAFVSVLDVPPRMLSPRNQLIRVILYNRTRLDCPFFGSPIPTLRWFKNGQGSNLDG
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 DIYVLHENGTLEIPVAQKDSTGTYTCVARNKLGMAKNEVHLEIKDATWIVKQPEYAVVQR
: ..:::.::: . .:.. : ::::: : :: :.:.:.::.:: : : ..:: :..:
CCDS53 GNYHVYENGSLEIKMIRKEDQGIYTCVATNILGKAENQVRLEVKDPTRIYRMPEDQVARR
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 GSMVSFECKVKHDHTLSLTVLWLKDNRELPSDERFTVDKDHLVVADVSDDDSGTYTCVAN
:. :..::.:::: .:.::: ::::.. : .:. . : :.. :.. :.:.:::::.
CCDS53 GTTVQLECRVKHDPSLKLTVSWLKDDEPLYIGNRMKKEDDSLTIFGVAERDQGSYTCVAS
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650
pF1KA0 TTLDSVSASAVLSVVAPTPTPAPVYDV-----PNPPFDLELTDQLDKSVQLSWTPGDDNN
: ::. :.: :.:.: ::. . :. : :::::: ..::.:.: ::: ::
CCDS53 TELDQDLAKAYLTVLADQATPTNRLAALPKGRPDRPRDLELTDLAERSVRLTWIPGDANN
600 610 620 630 640 650
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 SPITKFIIEYEDAMHKPGLWHHQTEVSGTQTTAQLNLSPYVNYSFRVMAVNSIGKSLPSE
:::: .....:. . .::.:: ... :. ..: : :::::::.:::.:.: .:.: ::
CCDS53 SPITDYVVQFEEDQFQPGVWHDHSKYPGSVNSAVLRLSPYVNYQFRVIAINEVGSSHPSL
660 670 680 690 700 710
720 730 740 750 760 770
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:..:.: . :.:.:. ::..::: :.::: ::.: .::: :.:.:::::: :: ::
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: ...:: : . : . :: . : ...: ... .: .:. ..:.
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::... .. : . : .::. .:
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: .. :. :. :..:: .:. : .:.:. : : .
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CCDS53 ILLIVCFIKRSRGGKYPVREKKDVPLGPE-DP-KEEDGSF-DYSD-EDNKPLQ-GSQTSL
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1120 1130 1140 1150 1160 1170
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pF1KA0 PAEGNESSEAPSPVNAMNSFV
CCDS14 AAGGNDSSGATSPINPAVALE
1240 1250
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pF1KA0 GVYQCTARNERGAAVSNNIVVRPSRSPLWTKEKLEPITLQSGQSLVLPCRPPIGLPPPII
:.:.: : :. :.:.:..: . .: : :: ..:. .. :.:.:::: :: . : :
CCDS14 GIYRCFASNKLGTAMSHEIRLMAEGAPKWPKETVKPVEVEEGESVVLPCNPPPSAEPLRI
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...: .: : .: : ...:. :.:. : :::::::.::: : : . .: .: .:..
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.:::.: :: : . : : :: .: :.: : . ::.: : ..:..::.:..:.
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....::. . :.: :: : ...:::.:: . ::. :. :...:::.: .. .. :
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1040
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CCDS74 TATFPLRA
1170
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CCDS58 WMNIELEHIEQDERVYMSQKGDLYFANVEEKDSRNDYCCFAAFPRLRTIVQKMPMKLTVN
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