Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0356
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0356, 1056 aa
1>>>pF1KA0356 1056 - 1056 aa - 1056 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7884+/-0.00102; mu= 11.0592+/- 0.061
mean_var=137.3421+/-26.888, 0's: 0 Z-trim(109.6): 47 B-trim: 44 in 2/49
Lambda= 0.109439
statistics sampled from 10945 (10988) to 10945 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 5.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32671.1 PLEKHM1 gene_id:9842|Hs108|chr17 (1056) 7127 1137.4 0
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CCDS10989.1 DEF8 gene_id:54849|Hs108|chr16 ( 512) 575 102.8 2e-21
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CCDS31970.2 RUBCNL gene_id:80183|Hs108|chr13 ( 662) 557 100.0 1.8e-20
CCDS46987.1 RUBCN gene_id:9711|Hs108|chr3 ( 927) 485 88.7 6.2e-17
CCDS43195.1 RUBCN gene_id:9711|Hs108|chr3 ( 972) 485 88.7 6.5e-17
>>CCDS32671.1 PLEKHM1 gene_id:9842|Hs108|chr17 (1056 aa)
initn: 7127 init1: 7127 opt: 7127 Z-score: 6084.2 bits: 1137.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7127; 100.0% identity (100.0% similar) in 1056 aa overlap (1-1056:1-1056)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MLSVVENGLDPQAAIPVIKKKLVGSVKALQKQYVSLDTVVTSEDGDANTMCSALEAVFIH
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CCDS32 MLSVVENGLDPQAAIPVIKKKLVGSVKALQKQYVSLDTVVTSEDGDANTMCSALEAVFIH
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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CCDS32 GLHAKHIRAEAGGKRKKSAHQKPLPQPVFWPLLKAVTHKHIISELEHLTFVNTDVGRCRA
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 WLRLALNDGLMECYLKLLLQEQARLHEYYQPTALLRDAEEGEFLLSFLQGLTSLSFELSY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 KSAILNEWTLTPLALSGLCPLSELDPLSTSGAELQRKESLDSISHSSGSEDIEVHHSGHK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KSAILNEWTLTPLALSGLCPLSELDPLSTSGAELQRKESLDSISHSSGSEDIEVHHSGHK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 IRRNQKLTASSLSLDTASSSQLSCSLNSDSCLLQENGSKSPDHCEEPMSCDSDLGTANAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IRRNQKLTASSLSLDTASSSQLSCSLNSDSCLLQENGSKSPDHCEEPMSCDSDLGTANAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 DSDRSLQEVLLEFSKAQVNSVPTNGLSQETEIPTPQASLSLHGLNTSTYLHCEAPAEPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DSDRSLQEVLLEFSKAQVNSVPTNGLSQETEIPTPQASLSLHGLNTSTYLHCEAPAEPLP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 AQAASGTQDGVHVQEPRPQAPSPLDLQQPVESTSGQQPSSTVSETAREVGQGNGLQKAQA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 AQAASGTQDGVHVQEPRPQAPSPLDLQQPVESTSGQQPSSTVSETAREVGQGNGLQKAQA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 HDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDDFYRPSREQPLESASDHPIASYRGTPGSRPGLHRH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDDFYRPSREQPLESASDHPIASYRGTPGSRPGLHRH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 FSQEPRKNCSLGALDQACVPSPGRRQAQAAPSQGHKSFRVVHRRQMGLSNPFRGLMKLGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FSQEPRKNCSLGALDQACVPSPGRRQAQAAPSQGHKSFRVVHRRQMGLSNPFRGLMKLGT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 VERRGAMGIWKELFCELSPLEFRLYLSNEEHTCVENCSLLRCESVGPAHSDGRFELVFSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VERRGAMGIWKELFCELSPLEFRLYLSNEEHTCVENCSLLRCESVGPAHSDGRFELVFSG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 KKLALRASSQDEAEDWLDRVREALQKVRPQQEDEWVNVQYPDQPEEPPEAPQGCLSPSDL
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CCDS32 KKLALRASSQDEAEDWLDRVREALQKVRPQQEDEWVNVQYPDQPEEPPEAPQGCLSPSDL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 LSEPAALQGTQFDWSSAQVPEPDAIKESLLYLYMDRTWMPYIFSLSLEALKCFRIRNNEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LSEPAALQGTQFDWSSAQVPEPDAIKESLLYLYMDRTWMPYIFSLSLEALKCFRIRNNEK
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 MLSDSHGVETIRDILPDTSLGGPSFFKIITAKAVLKLQAGNAEEAALWRDLVRKVLASYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MLSDSHGVETIRDILPDTSLGGPSFFKIITAKAVLKLQAGNAEEAALWRDLVRKVLASYL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 ETAEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLDSQGCFCAGCSRQIGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ETAEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLDSQGCFCAGCSRQIGF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 SFVRPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SFVRPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLIN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 LQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLNHRNYLLESPHRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLNHRNYLLESPHRF
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 SVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTVR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050
pF1KA0 CAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
1030 1040 1050
>>CCDS42808.1 PLEKHM3 gene_id:389072|Hs108|chr2 (761 aa)
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Smith-Waterman score: 948; 30.6% identity (58.5% similar) in 677 aa overlap (417-1055:84-737)
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 QQPVESTSGQQPSSTVSETAREVGQGNGLQKAQAHDGAGLKLVVSSPTSPKNKSWISEDD
::: : ...:. :.: : ::. . .
CCDS42 ITDNGAMRNVTSLGKGGMIWDHCKSRLLETKAQNVFPAKEQFMVQRGTTPDNLSWMEQKE
60 70 80 90 100 110
450 460 470 480 490 500
pF1KA0 FYRPSREQPLESASDHPIAS---YRGTPGSRPGLHRHFSQEPRKNCSLGALDQACV--PS
. . . :.: . : .:: : :. .. .: : .
CCDS42 ASTFNFFNICQRRRDRPRSVNDLLDETSTFKPG---H----ARSRSDITQVDWRVVLKTT
120 130 140 150 160
510 520 530 540
pF1KA0 PGRRQAQAAPS-QG-H---KSFRV-----VHRRQMGLSNP--FRGLMKLGTVE-RRGAMG
: ..: : : :: : :: . .. : . . : ...: : .: :. .
CCDS42 PLQQQQQQQPLLQGPHVTRPSFLLPSPNKIEDAQGNTEHKQTFPNILKKGYLEIRKDHDS
170 180 190 200 210 220
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 IWKELFCELSPLEFRLYL--SNEEHTCVENCSLLRCESVGP-AHSDGRF--ELVFSGKKL
:. . :::: .. .: :. ... . .: . .:.. .. ..:. ..... .:
CCDS42 YWQSCYAELSPYNLYFYSLDSSGNQNLYATYQLSHFQSISVLGNLEARMVDTVLYDNTQL
230 240 250 260 270 280
610 620 630 640 650
pF1KA0 ALRASSQDEAEDWLDRVREALQKVRP----QQEDEWVN--VQYPD---QPEEPPEAPQGC
:.: : :: :: ... :... . : .:.. .. . . : : . . .:
CCDS42 QLKAESPWEALDWGQKLWEVVHAAVPGYMGRQNELTISPGLGHHDDYTQNHSFQKKTSGL
290 300 310 320 330 340
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 LSPSDLLSEPAALQGTQFDWSSAQVPEPDAIKESLLY-LYMDRTWMPYIFSLSLEALKCF
: :: .:. :: : . .: . :: : .. .: . : :: : :
CCDS42 LPPSPVLD------------SSKQYQ--NILKSGTLYRLTVQNNWKAFTFVLSRAYLMAF
350 360 370 380 390
720 730 740 750 760 770
pF1KA0 RIRNNEKMLSDSHGVETIRDILPDTSLGGPSFFKIITAKAVLKLQAGNAEEAALWRDLVR
. . .. :..:.. . :. : : :..: . ::.:.: . ..: : . .
CCDS42 QPGKLDEDPLLSYNVDVCLAVQMDNLDGCDSCFQVIFPQDVLRLRAETRQRAQEWMEAL-
400 410 420 430 440 450
780 790 800 810 820
pF1KA0 KVLASYLETAEEA--VTLGGS-LDENCQEVLKFATREN--GFLLQYLVAIPMEKGLDSQG
:. :. ...:. ::: .. :. . :. :.. .:. :... .:.:: .:.
CCDS42 KIAANVARSSEQNLQVTLRNKPKDQMGGHELRKNKRQSVTTSFLSILTTLSLERGLTAQS
460 470 480 490 500 510
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 CFCAGCSRQIGFSFVRPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALK
::::.:.::.: . :.: .:: :::. :: ::. .:::::.:::: .: . .:: .
CCDS42 FKCAGCQRSIGLSNGKAKVCNYSGWYYCSSCHVDDSFLIPARIVHNWDTSKYKVSKQAKE
520 530 540 550 560 570
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 FLTQIRAQPLINLQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLN
:: . .:::..:. :: ::.:.: . . : :..:: : :: ::... ..: .:.
CCDS42 FLEYVYEEPLIDIQQENAMLYHHAEPLAAVLRLRQRLKSLRAYLFSCRAAVAEDLRRRIF
580 590 600 610 620 630
950 960 970 980 990 1000
pF1KA0 HRNYLLESPHRFSVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQICQHHD
:.:::.. : .:.:::::. .: :: .:.::..::: :.::.:.::::.::.. .
CCDS42 PREYLLQQIHLYSLADLQQVIEGKLAPFLGKVIKFATSHVYSCSLCSQKGFICEICNNGE
640 650 660 670 680 690
1010 1020 1030 1040 1050
pF1KA0 IIFPFEFDTTVRCAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
:..::: .: :: : .:::. :. . ::::.::. ..:. :
CCDS42 ILYPFEDISTSRCESCGAVFHSECKEK-SVPCPRCVRRELQKKQKSFWQRLNMDESLEEA
700 710 720 730 740 750
CCDS42 CTMFELSYQNT
760
>>CCDS58496.1 DEF8 gene_id:54849|Hs108|chr16 (391 aa)
initn: 439 init1: 368 opt: 575 Z-score: 500.0 bits: 102.8 E(32554): 1.6e-21
Smith-Waterman score: 575; 33.3% identity (65.0% similar) in 246 aa overlap (813-1055:139-382)
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 AEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLDSQGCFCAGCSRQIGFSF
.: . : : ::::: :: : :..
CCDS58 TCTGCYYRCHSKCLNLISKPCVSSKVSHQAEYELNICPETGLDSQDYRCAECRAPISLRG
110 120 130 140 150 160
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 V--RPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLIN
: . . : ..: :::. :: .: .:::::..::::. : . : ....:. . ..:..
CCDS58 VPSEARQCDYTGQYYCSHCHWNDLAVIPARVVHNWDFEPRKVSRCSMRYLALMVSRPVLR
170 180 190 200 210 220
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 LQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLNHRNYLLESPHRF
:. .: :. .::.. : . :... :. :. :: . .: .:. :....:. . .
CCDS58 LREINPLLFSYVEELVEIRKLRQDILLMKPYFITCREAMEARLLLQLQDRQHFVENDEMY
230 240 250 260 270 280
970 980 990 1000 1010
pF1KA0 SVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHV-YHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTV
:: :: .. : : . . ..:. :. : .::.:..:.. :..:::. :.:
CCDS58 SVQDLLDVHAGRLGCSLTEIHTLFAKHIKLDCERCQAKGFVCELCREGDVLFPFDSHTSV
290 300 310 320 330 340
1020 1030 1040 1050
pF1KA0 RCAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
::.:..:::..: . ::.::: . ..:..:
CCDS58 -CADCSAVFHRDCYYDNSTTCPKCARL-SLRKQSLFQEPGPDVEA
350 360 370 380 390
>>CCDS58495.1 DEF8 gene_id:54849|Hs108|chr16 (441 aa)
initn: 439 init1: 368 opt: 575 Z-score: 499.2 bits: 102.8 E(32554): 1.7e-21
Smith-Waterman score: 575; 33.3% identity (65.0% similar) in 246 aa overlap (813-1055:189-432)
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 AEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLDSQGCFCAGCSRQIGFSF
.: . : : ::::: :: : :..
CCDS58 TCTGCYYRCHSKCLNLISKPCVSSKVSHQAEYELNICPETGLDSQDYRCAECRAPISLRG
160 170 180 190 200 210
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 V--RPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLIN
: . . : ..: :::. :: .: .:::::..::::. : . : ....:. . ..:..
CCDS58 VPSEARQCDYTGQYYCSHCHWNDLAVIPARVVHNWDFEPRKVSRCSMRYLALMVSRPVLR
220 230 240 250 260 270
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 LQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLNHRNYLLESPHRF
:. .: :. .::.. : . :... :. :. :: . .: .:. :....:. . .
CCDS58 LREINPLLFSYVEELVEIRKLRQDILLMKPYFITCREAMEARLLLQLQDRQHFVENDEMY
280 290 300 310 320 330
970 980 990 1000 1010
pF1KA0 SVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHV-YHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTV
:: :: .. : : . . ..:. :. : .::.:..:.. :..:::. :.:
CCDS58 SVQDLLDVHAGRLGCSLTEIHTLFAKHIKLDCERCQAKGFVCELCREGDVLFPFDSHTSV
340 350 360 370 380 390
1020 1030 1040 1050
pF1KA0 RCAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
::.:..:::..: . ::.::: . ..:..:
CCDS58 -CADCSAVFHRDCYYDNSTTCPKCARL-SLRKQSLFQEPGPDVEA
400 410 420 430 440
>>CCDS58493.1 DEF8 gene_id:54849|Hs108|chr16 (451 aa)
initn: 439 init1: 368 opt: 575 Z-score: 499.1 bits: 102.8 E(32554): 1.8e-21
Smith-Waterman score: 575; 33.3% identity (65.0% similar) in 246 aa overlap (813-1055:199-442)
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 AEEAVTLGGSLDENCQEVLKFATRENGFLLQYLVAIPMEKGLDSQGCFCAGCSRQIGFSF
.: . : : ::::: :: : :..
CCDS58 TCTGCYYRCHSKCLNLISKPCVSSKVSHQAEYELNICPETGLDSQDYRCAECRAPISLRG
170 180 190 200 210 220
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 V--RPKLCAFSGLYYCDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLIN
: . . : ..: :::. :: .: .:::::..::::. : . : ....:. . ..:..
CCDS58 VPSEARQCDYTGQYYCSHCHWNDLAVIPARVVHNWDFEPRKVSRCSMRYLALMVSRPVLR
230 240 250 260 270 280
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 LQMVNASLYEHVERMHLIGRRREQLKLLGDYLGLCRSGALKELSKRLNHRNYLLESPHRF
:. .: :. .::.. : . :... :. :. :: . .: .:. :....:. . .
CCDS58 LREINPLLFSYVEELVEIRKLRQDILLMKPYFITCREAMEARLLLQLQDRQHFVENDEMY
290 300 310 320 330 340
970 980 990 1000 1010
pF1KA0 SVADLQQIADGVYEGFLKALIEFASQHV-YHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTV
:: :: .. : : . . ..:. :. : .::.:..:.. :..:::. :.:
CCDS58 SVQDLLDVHAGRLGCSLTEIHTLFAKHIKLDCERCQAKGFVCELCREGDVLFPFDSHTSV
350 360 370 380 390 400
1020 1030 1040 1050
pF1KA0 RCAECKTVFHQSCQAVVKKGCPRCARRRKYQEQNIFA
::.:..:::..: . ::.::: . ..:..:
CCDS58 -CADCSAVFHRDCYYDNSTTCPKCARL-SLRKQSLFQEPGPDVEA
410 420 430 440 450
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: . . : ..: :::. :: .: .:::::..::::. : . : ....:. . ..:..
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:. .: :. .::.. : . :... :. :. :: . .: .:. :....:. . .
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:: :: .. : : . . ..:. :. : .::.:..:.. :..:::. :.:
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. . .::: . : :: ..::::. . .: : . : ::. :: .: :.
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.. :::::: ::: :
CCDS73 -FQSSECPRCARITARRKLLESVASAAT
430 440
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:. . . :: : . : . .:: .:
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CCDS66 DRVKEIQEQLFHIKKLLKTCRFANSALKEFEQVPGH---LTDELHLFSLEDLVRIKKGLL
370 380 390 400 410
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420 430 440 450 460 470
1040 1050
pF1KA0 AVVKKGCPRCAR---RRKYQEQNIFA
.. :::::: ::: :
CCDS66 -FQSSECPRCARITARRKLLESVASAAT
480 490 500
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pF1KA0 ENG--------FLLQYLVAIPMEKGL--DSQGCFCAGCSRQIGFSFV-RPKLCAFSGLYY
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CCDS66 IRGTEDWAPPRFQIIFNIHPPLKRDLVVAAQNFFCAGCGTPVEPKFVKRLRYCEYLGKYF
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1040 1050
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280 290 300 310 320 330
810 820 830 840 850
pF1KA0 ENG--------FLLQYLVAIPMEKGL--DSQGCFCAGCSRQIGFSFV-RPKLCAFSGLYY
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CCDS66 IRGTEDWAPPRFQIIFNIHPPLKRDLVVAAQNFFCAGCGTPVEPKFVKRLRYCEYLGKYF
340 350 360 370 380 390
860 870 880 890 900 910
pF1KA0 CDICHQDDASVIPARIIHNWDLTKRPICRQALKFLTQIRAQPLINLQMVNASLYEHVERM
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400 410 420 430 440 450
920 930 940 950 960 970
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CCDS66 DRVKEIQEQLFHIKKLLKTCRFANSALKEFEQVPGH---LTDELHLFSLEDLVRIKKGLL
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pF1KA0 EGFLKALIEFASQHVYHCDLCTQRGFICQICQHHDIIFPFEFDTTVRCAECKTVFHQSCQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]