Result of FASTA (ccds) for pF1KA0374
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0374, 538 aa
  1>>>pF1KA0374 538 - 538 aa - 538 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3114+/-0.000809; mu= 1.9697+/- 0.049
 mean_var=208.4748+/-41.044, 0's: 0 Z-trim(115.5): 14  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.088827
 statistics sampled from 16023 (16035) to 16023 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.794), E-opt: 0.2 (0.493), width:  16
 Scan time:  3.820

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20          ( 538) 3626 476.9 2.6e-134
CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20          ( 494) 3305 435.8 5.8e-122
CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8          ( 533)  870 123.7 5.3e-28
CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8          ( 544)  870 123.7 5.4e-28
CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8          ( 660)  870 123.8 6.3e-28
CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8          ( 662)  870 123.8 6.3e-28
CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8          ( 663)  870 123.8 6.3e-28


>>CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20               (538 aa)
 initn: 3626 init1: 3626 opt: 3626  Z-score: 2524.9  bits: 476.9 E(32554): 2.6e-134
Smith-Waterman score: 3626; 100.0% identity (100.0% similar) in 538 aa overlap (1-538:1-538)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MPGSGPSERMTWPGPALSAGPPTRPLSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MPGSGPSERMTWPGPALSAGPPTRPLSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 RRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 TPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 EARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 TGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 ALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 ALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 DFVQYQPDLDTILEKVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DFVQYQPDLDTILEKVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 EPITRGPTPQRPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EPITRGPTPQRPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPA
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530        
pF1KA0 VPTVAWLCRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VPTVAWLCRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
              490       500       510       520       530        

>>CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20               (494 aa)
 initn: 3305 init1: 3305 opt: 3305  Z-score: 2303.2  bits: 435.8 E(32554): 5.8e-122
Smith-Waterman score: 3305; 100.0% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (45-538:1-494)

           20        30        40        50        60        70    
pF1KA0 PALSAGPPTRPLSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYG
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13                               MAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYG
                                             10        20        30

           80        90       100       110       120       130    
pF1KA0 TSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TSSLSSSSNSGSYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLK
               40        50        60        70        80        90

          140       150       160       170       180       190    
pF1KA0 ARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARLKDTQDRLQDRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVID
              100       110       120       130       140       150

          200       210       220       230       240       250    
pF1KA0 TVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TVKNNLIDKDKGLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLT
              160       170       180       190       200       210

          260       270       280       290       300       310    
pF1KA0 RSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RSSTYTKLSDPAVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDC
              220       230       240       250       260       270

          320       330       340       350       360       370    
pF1KA0 GTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GTEETSLHSSFGLGPRFPASNTYEKLLCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILE
              280       290       300       310       320       330

          380       390       400       410       420       430    
pF1KA0 KVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KVTQAQVCGTDPESGDRCPELDAHPSGPRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPGA
              340       350       360       370       380       390

          440       450       460       470       480       490    
pF1KA0 NPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRSQRRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 NPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEPKSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRSQRRQ
              400       410       420       430       440       450

          500       510       520       530        
pF1KA0 GQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 GQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
              460       470       480       490    

>>CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8               (533 aa)
 initn: 1181 init1: 808 opt: 870  Z-score: 616.2  bits: 123.7 E(32554): 5.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:28-530)

                                       10             20           
pF1KA0                         MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---LSS
                                  :.:  .:.  :   :.     ::  :     : 
CCDS83 MFAMKVYGAYLLSSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGASSH
               10        20        30        40        50        60

       30        40        50        60        70        80        
pF1KA0 APGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSGSYK
        ::  :  :  : ..:..:            : . :: :... .:. ::  :::::::::
CCDS83 KPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSGSYK
                 70                  80         90        100      

       90       100       110       120       130       140        
pF1KA0 GSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQDRD
       ::: ::  ::: .:  :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::..:.
CCDS83 GSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLHERE
        110       120       130       140       150       160      

      150       160       170       180       190       200        
pF1KA0 TEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDKGLQ
       .:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: :::::.:
CCDS83 SEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDKGIQ
        170       180       190       200       210       220      

      210       220       230       240       250       260        
pF1KA0 KYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDPAVC
       ::::::::::::::.::.:::.:..:  ...   .    :: .::: .     ..:    
CCDS83 KYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADGLSL
        230       240       250       260       270       280      

      270       280       290       300       310       320        
pF1KA0 GDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSFGLG
        ..  :.        :::  . ..:.  . :: ..   . .. .. :  :  .::.    
CCDS83 EEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST----
        290               300       310        320        330      

      330       340         350       360       370         380    
pF1KA0 PRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QVCGT
          :..:. : :  . :.: :   : . :::.::: : :.: .. ....: :   . : .
CCDS83 ---PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDPCPS
               340       350          360       370       380      

                  390        400         410       420       430   
pF1KA0 --------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQRPG
               .:.: .  :: :.:      ::.::::....    .:.:     . .  .  
CCDS83 SLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDAEVH
        390       400       410       420          430             

           440       450       460          470       480       490
pF1KA0 ANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWLCRS
       ::    .   ..: .::. ....   .    ..:::  ..::::::..:.:::: :   .
CCDS83 ANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWAFST
     440       450        460       470       480       490        

              500       510       520       530        
pF1KA0 QRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
       ::   .:.:::..::::::.:::::.:: . :                
CCDS83 QRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT             
      500       510       520       530                

>>CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8               (544 aa)
 initn: 1157 init1: 808 opt: 870  Z-score: 616.1  bits: 123.7 E(32554): 5.4e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:39-541)

                                          10             20        
pF1KA0                            MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
                                     :.:  .:.  :   :.     ::  :    
CCDS55 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
       10        20        30        40        50        60        

          30        40        50        60        70        80     
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
        :  ::  :  :  : ..:..:            : . :: :... .:. ::  ::::::
CCDS55 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
       70        80                    90        100        110    

          90       100       110       120       130       140     
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
       :::::: ::  ::: .:  :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS55 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
          120       130       140       150       160       170    

         150       160       170       180       190       200     
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
       .:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS55 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
          180       190       200       210       220       230    

         210       220       230       240       250       260     
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
       :.:::::::::::::::.::.:::.:..:  ...   .    :: .::: .     ..: 
CCDS55 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
          240       250       260       270       280       290    

         270       280       290       300       310       320     
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
           ..  :.        :::  . ..:.  . :: ..   . .. .. :  :  .::. 
CCDS55 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
          300               310       320        330        340    

         330       340         350       360       370         380 
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
             :..:. : :  . :.: :   : . :::.::: : :.: .. ....: :   . 
CCDS55 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
                 350       360          370       380       390    

                     390        400         410       420       430
pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
       : .        .:.: .  :: :.:      ::.::::....    .:.:     . .  
CCDS55 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
          400       410       420       430          440           

              440       450       460          470       480       
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
       .  ::    .   ..: .::. ....   .    ..:::  ..::::::..:.:::: : 
CCDS55 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
       450       460        470       480       490       500      

       490       500       510       520       530        
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
         .::   .:.:::..::::::.:::::.:: . :                
CCDS55 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT             
        510       520       530       540                 

>>CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8               (660 aa)
 initn: 1157 init1: 808 opt: 870  Z-score: 614.8  bits: 123.8 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:155-657)

                                          10             20        
pF1KA0                            MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
                                     :.:  .:.  :   :.     ::  :    
CCDS43 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
          130       140       150       160       170       180    

          30        40        50        60        70        80     
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
        :  ::  :  :  : ..:..:            : . :: :... .:. ::  ::::::
CCDS43 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
          190         200                 210        220        230

          90       100       110       120       130       140     
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
       :::::: ::  ::: .:  :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS43 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
              240       250       260       270       280       290

         150       160       170       180       190       200     
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
       .:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS43 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
              300       310       320       330       340       350

         210       220       230       240       250       260     
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
       :.:::::::::::::::.::.:::.:..:  ...   .    :: .::: .     ..: 
CCDS43 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
              360       370       380       390       400       410

         270       280       290       300       310       320     
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
           ..  :.        :::  . ..:.  . :: ..   . .. .. :  :  .::. 
CCDS43 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
              420               430       440        450           

         330       340         350       360       370         380 
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
             :..:. : :  . :.: :   : . :::.::: : :.: .. ....: :   . 
CCDS43 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
           460       470          480       490       500       510

                     390        400         410       420       430
pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
       : .        .:.: .  :: :.:      ::.::::....    .:.:     . .  
CCDS43 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
              520       530       540       550              560   

              440       450       460          470       480       
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
       .  ::    .   ..: .::. ....   .    ..:::  ..::::::..:.:::: : 
CCDS43 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
           570        580       590       600       610       620  

       490       500       510       520       530        
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
         .::   .:.:::..::::::.:::::.:: . :                
CCDS43 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT             
            630       640       650       660             

>>CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8               (662 aa)
 initn: 1157 init1: 808 opt: 870  Z-score: 614.8  bits: 123.8 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:157-659)

                                          10             20        
pF1KA0                            MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
                                     :.:  .:.  :   :.     ::  :    
CCDS43 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
        130       140       150       160       170       180      

          30        40        50        60        70        80     
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
        :  ::  :  :  : ..:..:            : . :: :... .:. ::  ::::::
CCDS43 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
        190         200                 210        220        230  

          90       100       110       120       130       140     
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
       :::::: ::  ::: .:  :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS43 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
            240       250       260       270       280       290  

         150       160       170       180       190       200     
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
       .:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS43 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
            300       310       320       330       340       350  

         210       220       230       240       250       260     
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
       :.:::::::::::::::.::.:::.:..:  ...   .    :: .::: .     ..: 
CCDS43 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
            360       370       380       390       400       410  

         270       280       290       300       310       320     
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
           ..  :.        :::  . ..:.  . :: ..   . .. .. :  :  .::. 
CCDS43 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
            420               430       440        450        460  

         330       340         350       360       370         380 
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
             :..:. : :  . :.: :   : . :::.::: : :.: .. ....: :   . 
CCDS43 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
                   470          480       490       500       510  

                     390        400         410       420       430
pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
       : .        .:.: .  :: :.:      ::.::::....    .:.:     . .  
CCDS43 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
            520       530       540       550              560     

              440       450       460          470       480       
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
       .  ::    .   ..: .::. ....   .    ..:::  ..::::::..:.:::: : 
CCDS43 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
         570       580        590       600       610       620    

       490       500       510       520       530        
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
         .::   .:.:::..::::::.:::::.:: . :                
CCDS43 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT             
          630       640       650       660               

>>CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8               (663 aa)
 initn: 1157 init1: 808 opt: 870  Z-score: 614.8  bits: 123.8 E(32554): 6.3e-28
Smith-Waterman score: 1171; 41.8% identity (64.8% similar) in 545 aa overlap (4-522:158-660)

                                          10             20        
pF1KA0                            MPGSGPSERMTWPGPALSA-----GPPTRP---
                                     :.:  .:.  :   :.     ::  :    
CCDS47 SSRYKKESKSGLVKPGSEADFSSSSSTGSISAPEVHMSTAGSKRSSSSRNRGPHGRSNGA
       130       140       150       160       170       180       

          30        40        50        60        70        80     
pF1KA0 LSSAPGIPPIPPLTRTHSLMAMSLPGSRRTSAGSRRRTSPPVSVRDAYGTSSLSSSSNSG
        :  ::  :  :  : ..:..:            : . :: :... .:. ::  ::::::
CCDS47 SSHKPGSSPSSP--REKDLLSML----------CRNQLSP-VNIHPSYAPSS-PSSSNSG
       190         200                 210        220        230   

          90       100       110       120       130       140     
pF1KA0 SYKGSDSSPTPRRSMKYTLCSDNHGIKPPTPEQYLTPLQQKEVCIRHLKARLKDTQDRLQ
       :::::: ::  ::: .:  :..:::..::.::::::::::::: .::::..::... ::.
CCDS47 SYKGSDCSPIMRRSGRYMSCGENHGVRPPNPEQYLTPLQQKEVTVRHLKTKLKESERRLH
           240       250       260       270       280       290   

         150       160       170       180       190       200     
pF1KA0 DRDTEIDDLKTQLSRMQEDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIDTVKNNLIDKDK
       .:..:: .::.::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::.:....: ::::
CCDS47 ERESEIVELKSQLARMREDWIEEECHRVEAQLALKEARKEIKQLKQVIETMRSSLADKDK
           300       310       320       330       340       350   

         210       220       230       240       250       260     
pF1KA0 GLQKYFVDINIQNKKLETLLHSMEVAQNGMAKEDGTGESAGGSPARSLTRSSTYTKLSDP
       :.:::::::::::::::.::.:::.:..:  ...   .    :: .::: .     ..: 
CCDS47 GIQKYFVDINIQNKKLESLLQSMEMAHSGSLRDELCLDFPCDSPEKSLTLNPPLDTMADG
           360       370       380       390       400       410   

         270       280       290       300       310       320     
pF1KA0 AVCGDRQPGDPSSGSAEDGADSGFAAADDTLSRTDALEASSLLSSGVDCGTEETSLHSSF
           ..  :.        :::  . ..:.  . :: ..   . .. .. :  :  .::. 
CCDS47 LSLEEQVTGE--------GADRELLVGDSIANSTDLFDEI-VTATTTESGDLEL-VHST-
           420               430       440        450        460   

         330       340         350       360       370         380 
pF1KA0 GLGPRFPASNTYEKL--LCGMEAGVQASCMQERAIQTDFVQYQPDLDTILEKVTQA--QV
             :..:. : :  . :.: :   : . :::.::: : :.: .. ....: :   . 
CCDS47 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP
                  470       480          490       500       510   

                     390        400         410       420       430
pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ
       : .        .:.: .  :: :.:      ::.::::....    .:.:     . .  
CCDS47 CPSSLASPDESEPDSMESFPESLSALVVDLTPRNPNSAILLS---PVETP----YANVDA
           520       530       540       550          560          

              440       450       460          470       480       
pF1KA0 RPGANPNPGQSVSVVCPMEEEEEAAVAEKEP---KSYWSRHYIVDLLAVVVPAVPTVAWL
       .  ::    .   ..: .::. ....   .    ..:::  ..::::::..:.:::: : 
CCDS47 EVHANRLMRELDFAAC-VEERLDGVIPLARGGVVRQYWSSSFLVDLLAVAAPVVPTVLWA
        570       580        590       600       610       620     

       490       500       510       520       530        
pF1KA0 CRSQRRQGQPIYNISSLLRGCCTVALHSIRRISCRSLSQPSPSPAGGGSQL
         .::   .:.:::..::::::.:::::.:: . :                
CCDS47 FSTQRGGTDPVYNIGALLRGCCVVALHSLRRTAFRIKT             
         630       640       650       660                




538 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 00:38:49 2016 done: Fri Nov  4 00:38:50 2016
 Total Scan time:  3.820 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com