FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0374, 538 aa 1>>>pF1KA0374 538 - 538 aa - 538 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3114+/-0.000809; mu= 1.9697+/- 0.049 mean_var=208.4748+/-41.044, 0's: 0 Z-trim(115.5): 14 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.088827 statistics sampled from 16023 (16035) to 16023 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.794), E-opt: 0.2 (0.493), width: 16 Scan time: 3.820 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 ( 538) 3626 476.9 2.6e-134 CCDS13012.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 ( 494) 3305 435.8 5.8e-122 CCDS83315.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 533) 870 123.7 5.3e-28 CCDS55271.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 544) 870 123.7 5.4e-28 CCDS43764.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 660) 870 123.8 6.3e-28 CCDS43763.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 662) 870 123.8 6.3e-28 CCDS47912.1 SYBU gene_id:55638|Hs108|chr8 ( 663) 870 123.8 6.3e-28 >>CCDS82590.1 SNPH gene_id:9751|Hs108|chr20 (538 aa) initn: 3626 init1: 3626 opt: 3626 Z-score: 2524.9 bits: 476.9 E(32554): 2.6e-134 Smith-Waterman score: 3626; 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CCDS43 ------PGANVLELLPIVMGQEEG---SVVVERAVQTDVVPYSPAISELIQSVLQKLQDP 460 470 480 490 500 510 390 400 410 420 430 pF1KA0 CGT--------DPESGDRCPE-LDAHPSG--PRDPNSAVVVTVGDELEAPEPITRGPTPQ : . .:.: . :: :.: ::.::::.... .:.: . . 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