FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0439, 834 aa 1>>>pF1KA0439 834 - 834 aa - 834 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9334+/-0.000876; mu= 9.3966+/- 0.053 mean_var=149.9456+/-30.191, 0's: 0 Z-trim(112.4): 86 B-trim: 205 in 1/50 Lambda= 0.104739 statistics sampled from 13069 (13155) to 13069 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.404), width: 16 Scan time: 3.990 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 834) 5781 885.6 0 CCDS59323.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 947) 5781 885.6 0 CCDS45873.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 955) 5781 885.6 0 CCDS45875.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 854) 4208 647.9 2.1e-185 CCDS45874.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 967) 4208 648.0 2.3e-185 CCDS45872.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 975) 4208 648.0 2.3e-185 CCDS58632.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 ( 911) 3848 593.5 5.2e-169 CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 ( 900) 2827 439.3 1.4e-122 CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247) 2827 439.3 1.9e-122 CCDS61643.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1303) 2827 439.4 2e-122 CCDS61644.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1319) 2827 439.4 2e-122 CCDS58769.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 752) 1555 247.0 9e-65 CCDS13234.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 862) 1555 247.0 1e-64 CCDS58768.1 ITCH gene_id:83737|Hs108|chr20 ( 903) 1555 247.1 1e-64 CCDS77499.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1216) 1526 242.7 2.8e-63 CCDS33354.1 HECW2 gene_id:57520|Hs108|chr2 (1572) 1526 242.8 3.5e-63 CCDS6242.1 WWP1 gene_id:11059|Hs108|chr8 ( 922) 1501 238.9 3e-62 CCDS58477.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 431) 1477 235.1 2e-61 CCDS58476.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 754) 1477 235.2 3.2e-61 CCDS10885.1 WWP2 gene_id:11060|Hs108|chr16 ( 870) 1477 235.3 3.6e-61 CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17 ( 748) 1466 233.6 1e-60 CCDS69286.1 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1572) 1363 218.2 9e-56 CCDS5469.2 HECW1 gene_id:23072|Hs108|chr7 (1606) 1363 218.2 9.1e-56 CCDS34689.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 731) 1348 215.7 2.3e-55 CCDS34690.1 SMURF1 gene_id:57154|Hs108|chr7 ( 757) 1348 215.7 2.3e-55 CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX (4374) 1181 190.9 4e-47 CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6 ( 909) 992 162.0 4.3e-39 CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 852) 717 120.4 1.3e-26 CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 872) 717 120.4 1.3e-26 CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15 ( 875) 717 120.4 1.3e-26 CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7 (1083) 661 112.0 5.6e-24 CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4 (1050) 640 108.8 4.9e-23 CCDS7274.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1049) 609 104.1 1.3e-21 CCDS41533.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 (1057) 609 104.1 1.3e-21 CCDS41971.1 AREL1 gene_id:9870|Hs108|chr14 ( 823) 593 101.7 5.5e-21 CCDS3630.1 HERC5 gene_id:51191|Hs108|chr4 (1024) 586 100.7 1.4e-20 CCDS54777.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 ( 986) 528 91.9 5.8e-18 CCDS47098.1 HERC6 gene_id:55008|Hs108|chr4 (1022) 528 91.9 6e-18 CCDS9129.1 UBE3B gene_id:89910|Hs108|chr12 (1068) 513 89.6 3e-17 CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 776) 453 80.5 1.2e-14 CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10 ( 780) 453 80.5 1.2e-14 CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15 (4861) 449 80.3 8.6e-14 CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15 (4834) 436 78.4 3.3e-13 CCDS60541.1 HERC4 gene_id:26091|Hs108|chr10 ( 979) 394 71.6 7.2e-12 >>CCDS45876.1 NEDD4L gene_id:23327|Hs108|chr18 (834 aa) initn: 5781 init1: 5781 opt: 5781 Z-score: 4726.8 bits: 885.6 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5781; 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94.7% identity (94.7% similar) in 834 aa overlap (1-834:122-911) 10 20 30 pF1KA0 MERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMA :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 EVFDENRLTRDDFLGQVDVPLSHLPTEDPTMERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMA 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 YMPKNGGQDEENSDQRDDMEHGWEVVDSNDSASQHQEELPPPPLPPGWEEKVDNLGRTYY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 YMPKNGGQDEENSDQRDDMEHGWEVVDSNDSASQHQEELPPPPLPPGWEEKVDNLGRTYY 160 170 180 190 200 210 100 110 120 130 140 150 pF1KA0 VNHNNRTTQWHRPSLMDVSSESDNNIRQINQEAAHRRFRSRRHISEDLEPEPSEGGDVPE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 VNHNNRTTQWHRPSLMDVSSESDNNIRQINQEAAHRRFRSRRHISEDLEPEPSEGGDVPE 220 230 240 250 260 270 160 170 180 190 200 210 pF1KA0 PWETISEEVNIAGDSLGLALPPPPASPGSRTSPQELSEELSRRLQITPDSNGEQFSSLIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 PWETISEEVNIAGDSLGLALPPPPASPGSRTSPQELSEELSRRLQITPDSNGEQFSSLIQ 280 290 300 310 320 330 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 REPSSRLRSCSVTDAVAEQGHLPPPSVAYVHTTPGLPSGWEERKDAKGRTYYVNHNNRTT :::::::::::::::::::::::: CCDS58 REPSSRLRSCSVTDAVAEQGHLPP------------------------------------ 340 350 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 TWTRPIMQLAEDGASGSATNSNNHLIEPQIRRPRSLSSPTVTLSAPLEGAKDSPVRRAVK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 --------LAEDGASGSATNSNNHLIEPQIRRPRSLSSPTVTLSAPLEGAKDSPVRRAVK 360 370 380 390 400 340 350 360 370 380 390 pF1KA0 DTLSNPQSPQPSPYNSPKPQHKVTQSFLPPGWEMRIAPNGRPFFIDHNTKTTTWEDPRLK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 DTLSNPQSPQPSPYNSPKPQHKVTQSFLPPGWEMRIAPNGRPFFIDHNTKTTTWEDPRLK 410 420 430 440 450 460 400 410 420 430 440 450 pF1KA0 FPVHMRSKTSLNPNDLGPLPPGWEERIHLDGRTFYIDHNSKITQWEDPRLQNPAITGPAV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 FPVHMRSKTSLNPNDLGPLPPGWEERIHLDGRTFYIDHNSKITQWEDPRLQNPAITGPAV 470 480 490 500 510 520 460 470 480 490 500 510 pF1KA0 PYSREFKQKYDYFRKKLKKPADIPNRFEMKLHRNNIFEESYRRIMSVKRPDVLKARLWIE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 PYSREFKQKYDYFRKKLKKPADIPNRFEMKLHRNNIFEESYRRIMSVKRPDVLKARLWIE 530 540 550 560 570 580 520 530 540 550 560 570 pF1KA0 FESEKGLDYGGVAREWFFLLSKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 FESEKGLDYGGVAREWFFLLSKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLSYFT 590 600 610 620 630 640 580 590 600 610 620 630 pF1KA0 FIGRVAGLAVFHGKLLDGFFIRPFYKMMLGKQITLNDMESVDSEYYNSLKWILENDPTEL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 FIGRVAGLAVFHGKLLDGFFIRPFYKMMLGKQITLNDMESVDSEYYNSLKWILENDPTEL 650 660 670 680 690 700 640 650 660 670 680 690 pF1KA0 DLMFCIDEENFGQTYQVDLKPNGSEIMVTNENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFLEGF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 DLMFCIDEENFGQTYQVDLKPNGSEIMVTNENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFLEGF 710 720 730 740 750 760 700 710 720 730 740 750 pF1KA0 TELLPIDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWRQHSIYKNGYCPNHPVIQWFWKAVLLMD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 TELLPIDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWRQHSIYKNGYCPNHPVIQWFWKAVLLMD 770 780 790 800 810 820 760 770 780 790 800 810 pF1KA0 AEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYGSNGPQLFTIEQWGSPEKLPRAHTCFNRLDLPPY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 AEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYGSNGPQLFTIEQWGSPEKLPRAHTCFNRLDLPPY 830 840 850 860 870 880 820 830 pF1KA0 ETFEDLREKLLMAVENAQGFEGVD :::::::::::::::::::::::: CCDS58 ETFEDLREKLLMAVENAQGFEGVD 890 900 910 >>CCDS45265.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (900 aa) initn: 3217 init1: 2525 opt: 2827 Z-score: 2314.0 bits: 439.3 E(32554): 1.4e-122 Smith-Waterman score: 3561; 64.9% identity (80.4% similar) in 837 aa overlap (1-834:120-900) 10 20 30 pF1KA0 MERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMA .:::::::::.:.::::::::::.:::::. CCDS45 EVFDENRLTRDDFLGQVDVPLYPLPTENPRLERPYTFKDFVLHPRSHKSRVKGYLRLKMT 90 100 110 120 130 140 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 YMPKNGGQDEENSDQRDDMEHGWEVVDSNDSASQHQEELPPPPLPPGWEEKVDNLGRTYY :.::..:....:..: ...: :: :.:. :.: . :.. : ::::::::. : :::::: CCDS45 YLPKTSGSEDDNAEQAEELEPGWVVLDQPDAACHLQQQQEPSPLPPGWEERQDILGRTYY 150 160 170 180 190 200 100 110 120 130 140 150 pF1KA0 VNHNNRTTQWHRPSLMDVSSESDNNIRQINQEAAHRRFRSRRHISEDLEPEPSEGGDVPE :::..: :::.::. .: ....:. :.. :.: : .::.::: : : .. . : CCDS45 VNHESRRTQWKRPTPQDNLTDAENGNIQLQ---AQRAFTTRRQISE--ETESVDNRESSE 210 220 230 240 250 260 160 170 180 190 200 pF1KA0 PWETISE-EVNIAGDSLGLALPPPPASPGSRTS-PQELSEELSRRLQITPDSNGEQFSSL :: : : :... ... :.: :: :.: . : .:.:::. :: : .: : .: CCDS45 NWEIIREDEATMYSNQ---AFPSPP--PSSNLDVPTHLAEELNARLTIFGNSAVSQPAS- 270 280 290 300 310 210 220 230 240 250 260 pF1KA0 IQREPSSRLRSCSVTDAVAEQGHLPPPSVAYVHTTPGLPSGWEERKDAKGRTYYVNHNNR . . ::: :. . . :: :: . . :. ::: ::::..: .::.:::.::.: CCDS45 -SSNHSSR-RGSLQAYTFEEQPTLP----VLLPTSSGLPPGWEEKQDERGRSYYVDHNSR 320 330 340 350 360 370 270 280 290 300 310 320 pF1KA0 TTTWTRPIMQLAEDGASGSATNSNNHLIEPQIRRPRSLSSPTVTLSAPLEGAKDSPVRRA :::::.: .: :: ...: : :: ..: :. : CCDS45 TTTWTKPTVQ---------ATVETSQLTSSQ-------SS-----AGPQSQASTSD---- 380 390 400 330 340 350 360 370 380 pF1KA0 VKDTLSNPQSPQPSPYNSPKPQHKVTQSFLPPGWEMRIAPNGRPFFIDHNTKTTTWEDPR :. : ::: .. :.::: :::.: :::::::::::::::::::::: CCDS45 -----SGQQVTQPS---------EIEQGFLPKGWEVRHAPNGRPFFIDHNTKTTTWEDPR 410 420 430 440 450 390 400 410 420 430 440 pF1KA0 LKFPVHMRSKTSLNP-NDLGPLPPGWEERIHLDGRTFYIDHNSKITQWEDPRLQNPAITG ::.:.:.:.::::. ::::::::::::: : ::: :::.:: : ::::::::.: :::: CCDS45 LKIPAHLRGKTSLDTSNDLGPLPPGWEERTHTDGRIFYINHNIKRTQWEDPRLENVAITG 460 470 480 490 500 510 450 460 470 480 490 500 pF1KA0 PAVPYSREFKQKYDYFRKKLKKPADIPNRFEMKLHRNNIFEESYRRIMSVKRPDVLKARL :::::::..:.::..::.:::: ::::.:::::.: ...:.::::::.::: : ::::: CCDS45 PAVPYSRDYKRKYEFFRRKLKKQNDIPNKFEMKLRRATVLEDSYRRIMGVKRADFLKARL 520 530 540 550 560 570 510 520 530 540 550 560 pF1KA0 WIEFESEKGLDYGGVAREWFFLLSKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLS ::::..::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS45 WIEFDGEKGLDYGGVAREWFFLISKEMFNPYYGLFEYSATDNYTLQINPNSGLCNEDHLS 580 590 600 610 620 630 570 580 590 600 610 620 pF1KA0 YFTFIGRVAGLAVFHGKLLDGFFIRPFYKMMLGKQITLNDMESVDSEYYNSLKWILENDP :: :::::::.::.:::::::::::::::::: : :::.:::::::::::::.::::::: CCDS45 YFKFIGRVAGMAVYHGKLLDGFFIRPFYKMMLHKPITLHDMESVDSEYYNSLRWILENDP 640 650 660 670 680 690 630 640 650 660 670 680 pF1KA0 TELDLMFCIDEENFGQTYQVDLKPNGSEIMVTNENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFL ::::: : :::: ::::.: .:: .::::.:::.::.::: ::::::::::.:::: :: CCDS45 TELDLRFIIDEELFGQTHQHELKNGGSEIVVTNKNKKEYIYLVIQWRFVNRIQKQMAAFK 700 710 720 730 740 750 690 700 710 720 730 740 pF1KA0 EGFTELLPIDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWRQHSIYKNGYCPNHPVIQWFWKAVL ::: ::.: :::::::::::::::::::::::::::.:. ::::: :: :::::::::: CCDS45 EGFFELIPQDLIKIFDENELELLMCGLGDVDVNDWREHTKYKNGYSANHQVIQWFWKAVL 760 770 780 790 800 810 750 760 770 780 790 800 pF1KA0 LMDAEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYGSNGPQLFTIEQWGSPEKLPRAHTCFNRLDL .::.::::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::.:::::::::::::::: CCDS45 MMDSEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYGSNGPQSFTVEQWGTPEKLPRAHTCFNRLDL 820 830 840 850 860 870 810 820 830 pF1KA0 PPYETFEDLREKLLMAVENAQGFEGVD ::::.::.: .:: ::.::.:::.::: CCDS45 PPYESFEELWDKLQMAIENTQGFDGVD 880 890 900 >>CCDS10156.1 NEDD4 gene_id:4734|Hs108|chr15 (1247 aa) initn: 2972 init1: 2525 opt: 2827 Z-score: 2311.9 bits: 439.3 E(32554): 1.9e-122 Smith-Waterman score: 3324; 63.5% identity (78.8% similar) in 810 aa overlap (28-834:495-1247) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MERPYTFKDFLLRPRSHKSRVKGFLRLKMAYMPKNGGQDEENSDQRDDMEHGWEVVD :. . .....: : . .. . :: :.: CCDS10 NISCLSSLKHNCSKGGPSQLLIKFASGNEGKVDNLSRDSNRDCTN-ELSNSCKPGWVVLD 470 480 490 500 510 520 60 70 80 90 100 110 pF1KA0 SNDSASQHQEELPPPPLPPGWEEKVDNLGRTYYVNHNNRTTQWHRPSLMDVSSESDNNIR . :.: . :.. : ::::::::. : :::::::::..: :::.::. .: ....:. 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