Result of FASTA (omim) for
pF1KA0440
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0440, 1803 aa
1>>>pF1KA0440 1803 - 1803 aa - 1803 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7521+/-0.000447; mu= 2.6621+/- 0.028
mean_var=183.9981+/-38.573, 0's: 0 Z-trim(116.5): 102 B-trim: 912 in 1/53
Lambda= 0.094551
statistics sampled from 27625 (27729) to 27625 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 14.950
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016857386 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 4126 576.6 7.2e-163
XP_016857387 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1704) 4126 576.6 7.2e-163
XP_005273268 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 4126 576.6 7.2e-163
XP_011542545 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 4126 576.6 7.2e-163
XP_005273270 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 4126 576.6 7.2e-163
XP_005273269 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 4126 576.6 7.2e-163
XP_016857385 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-indu (1722) 4126 576.6 7.2e-163
NP_065859 (OMIM: 611609) signal-induced proliferat (1722) 4126 576.6 7.2e-163
XP_016882007 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1780) 3504 491.7 2.6e-137
XP_011524959 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 3504 491.7 2.6e-137
XP_016882006 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 3504 491.7 2.6e-137
XP_005258728 (OMIM: 616655,616851) PREDICTED: sign (1781) 3504 491.7 2.6e-137
NP_055888 (OMIM: 616655,616851) signal-induced pro (1781) 3504 491.7 2.6e-137
NP_694985 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 1593 231.0 4.7e-59
XP_005274246 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 1593 231.0 4.7e-59
NP_006738 (OMIM: 602180) signal-induced proliferat (1042) 1593 231.0 4.7e-59
XP_011543516 (OMIM: 602180) PREDICTED: signal-indu (1042) 1593 231.0 4.7e-59
XP_016857466 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 617) 683 106.8 6.7e-22
XP_016857480 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625) 683 106.8 6.8e-22
XP_016857465 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 625) 683 106.8 6.8e-22
XP_016857463 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 651) 683 106.8 7.1e-22
XP_016857478 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 683 106.8 7.1e-22
XP_016857464 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 683 106.8 7.1e-22
XP_016857479 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 683 106.8 7.1e-22
XP_016857461 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 655) 683 106.8 7.1e-22
XP_016857462 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 683 106.8 7.2e-22
XP_016857475 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 683 106.8 7.2e-22
XP_016857477 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 683 106.8 7.2e-22
XP_016857476 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 663) 683 106.8 7.2e-22
NP_002876 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating pr ( 663) 683 106.8 7.2e-22
XP_016857473 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 683 106.8 7.4e-22
NP_001139129 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 681) 683 106.8 7.4e-22
XP_005246012 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 683 106.8 7.4e-22
XP_016857459 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 683 106.8 7.4e-22
XP_016857474 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 681) 683 106.8 7.4e-22
XP_016857471 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 683 106.8 7.5e-22
XP_016857472 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 683 106.8 7.5e-22
XP_016857457 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 683 106.8 7.5e-22
XP_016857470 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 683 106.8 7.5e-22
XP_016857458 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 689) 683 106.8 7.5e-22
XP_016857456 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 710) 683 106.8 7.7e-22
XP_016857469 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 719) 683 106.8 7.8e-22
NP_001139130 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 727) 683 106.8 7.8e-22
XP_006710868 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 683 106.8 8e-22
XP_016857468 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 683 106.8 8e-22
XP_016857455 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 740) 683 106.8 8e-22
XP_006710867 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748) 683 106.8 8e-22
NP_001317312 (OMIM: 600278) rap1 GTPase-activating ( 748) 683 106.8 8e-22
XP_016857454 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 748) 683 106.8 8e-22
XP_016857460 (OMIM: 600278) PREDICTED: rap1 GTPase ( 804) 683 106.8 8.6e-22
>>XP_016857386 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-induced (1704 aa)
initn: 3490 init1: 2161 opt: 4126 Z-score: 3045.0 bits: 576.6 E(85289): 7.2e-163
Smith-Waterman score: 5385; 51.5% identity (73.0% similar) in 1838 aa overlap (1-1801:1-1701)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MTSLKRSQTERPLATDRASVVGTDGTPKV-HTDDFYMRRFRSQNGSLG-SSVMAPVGPPR
:.. ..:: :. ::: : :.. ..::.. :.:.. ::..: .. . . .
XP_016 MSDPRQSQEEKH-KLGRASSKFKD-PPRIMQSDDYFARKFKAINGNMGPTTSLNASNSNE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 SEGSHHITSTPGVPKMGVRARIADWPPRKENIKE-SSRSSQEIETSSCLDSLSSKSSPVS
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XP_016 TGGGGPANGTPAVPKMGVRARVSEWPPKKDCSKELTCKALWESRSQTSYESITS----VL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 QGSSVSLNSNDSAMLKSIQNTLKNKTRPSENMDSRFLMPEAYPSSPRKALRRIRQRSNSD
:... :..: .. : : . ..... . . . ::...:. ::::::::
XP_016 QNGQ----SDQSEGQQDEQLDL-------DFVEAKYTIGDIFVHSPQRGLHPIRQRSNSD
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 ITISELDV-DSFDE-CISPTYKTGPSLHREYGSTSSIDKQGTSGESFFDLLKGYKDDKSD
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XP_016 VTISDIDAEDVLDQNAVNPN--TGAALHREYGSTSSIDRQGLSGENFFAMLRGYRVENYD
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KA0 -RGPTPTKLSDFL---------ITGGGKGSGFSLDVIDGPISQRENLRLFKEREKPLKRR
.. .: . .:. . .... : . :.: : . ..:.::.:::
XP_016 HKAMVPFGFPEFFRCDPAISPSLHAAAQISRGEFVRISGLDYVDSALLMGRDRDKPFKRR
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 SKSETGDSSIFRKLRNAKGE-ELGK-SSDLEDNRSEDSVRPWTCPKCFAHYDVQSILFDL
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XP_016 LKSESVETSLFRKLRTVKSEHETFKFTSELEESRLERGIRPWNCQRCFAHYDVQSILFNI
290 300 310 320 330 340
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 NEAIMNRHNVIKRRNTTTGASAAAVASLVSGPLSHSASFSSPMGSTEDLNSKGSLSMDQG
:::. .: :: ::.: :::::::. ... : ..... ::.:: :::::: .:. :.:
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350 360 370 380 390
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pF1KA0 DDKSNELVMSCPYFRNEIGGEGERKISLSKSNSGSFSGCESASFESTLSSHCTNAGVAVL
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XP_016 DGKSNDLVLSCPYFRNETGGEGDRRIALSRANSSSFSSGESCSFESSLSSHCTNAGVSVL
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 EVPKENLVLHLDRVKRYIVEHVDLGAYYYRKFFYQKEHWNYFGADENLGPVAVSIRREKP
:::.:: .: ..:::::.::.:::::::::::: ::: :::: :::::::::::::::
XP_016 EVPRENQPIHREKVKRYIIEHIDLGAYYYRKFFYGKEHQNYFGIDENLGPVAVSIRREKV
460 470 480 490 500 510
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pF1KA0 DEMKEN-GSPYNYRIIFRTSELMTLRGSVLEDAIPSTAKHSTARGLPLKEVLEHVVPELN
.. ::. :: .:::. :::::: ::::..:::::::::.:.::::::::::::.:.:::.
XP_016 EDAKEKEGSQFNYRVAFRTSELTTLRGAILEDAIPSTARHGTARGLPLKEVLEYVIPELS
520 530 540 550 560 570
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 VQCLRLAFNTPKVTEQLMKLDEQGLNYQQKVGIMYCKAGQSTEEEMYNNESAGPAFEEFL
.:::: : :.:::.:::.:::::::..:.:.::.::::::::::::::::.:::::::::
XP_016 IQCLRQASNSPKVSEQLLKLDEQGLSFQHKIGILYCKAGQSTEEEMYNNETAGPAFEEFL
580 590 600 610 620 630
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pF1KA0 QLLGERVRLKGFEKYRAQLDTKTDSTGTHSLYTTYKDYEIMFHVSTMLPYTPNNKQQLLR
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XP_016 DLLGQRVRLKGFSKYRAQLDNKTDSTGTHSLYTTYKDYELMFHVSTLLPYMPNNRQQLLR
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pF1KA0 KRHIGNDIVTIVFQEPGAQPFSPKNIRSHFQHVFVIVRVHNPCSDSVCYSVAVTRSRDVP
:::::::::::::::::: ::.::.::::::::::::.:::::...:::::.:.::.:::
XP_016 KRHIGNDIVTIVFQEPGALPFTPKSIRSHFQHVFVIVKVHNPCTENVCYSVGVSRSKDVP
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:::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::
XP_016 PFGPPIPKGVTFPKSAVFRDFLLAKVINAENAAHKSEKFRAMATRTRQEYLKDLAENFVT
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.. .: : :: ::.:..::::: :: :.: :.:::.: : :.:.... ...:::::::
XP_016 TATVDTSVKFSFITLGAKKKEKVKPRKDAHLFSIGAIMWHVIARDFGQSADIECLLGISN
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pF1KA0 EFIVLIEQETKSVVFNCSCRDVIGWTSTDTSLKIFYERGECVSVGSFIN-IEEIKEIVKR
:::.:::...:.::::::::::::::: .:.:.:::::::: ..: : :.:.:::.:
XP_016 EFIMLIEKDSKNVVFNCSCRDVIGWTSGLVSIKVFYERGECVLLSSVDNCAEDIREIVQR
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pF1KA0 LQFVSKGCESVEMTLRRNGLGQLGFHVNYEGIVADVEPYGYAWQAGLRQGSRLVEICKVA
: .:..:::.::::::::::::::::::.:::::::::.:.::.::::::::::::::::
XP_016 LVIVTRGCETVEMTLRRNGLGQLGFHVNFEGIVADVEPFGFAWKAGLRQGSRLVEICKVA
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pF1KA0 VATLSHEQMIDLLRTSVTVKVVIIPPHDDCTPRRSCSETYRMPVMEYKMN-EGVSYEFKF
::::.::::::::::::::::::: :::: .:::.::: :.:..:::.. ::. :.:
XP_016 VATLTHEQMIDLLRTSVTVKVVIIQPHDDGSPRRGCSELCRIPMVEYKLDSEGTPCEYKT
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::: :. :.: ::. . .:. :: . : : .. : ::::
XP_016 PFRRNTTWHR----------VPTPALQPL-SRASPIPGTPDRLPCQQLLQQAQAAIPRST
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: : :.: :. :.:::: ::::: : : : .: . .:
XP_016 SFD-----RKLPDGT----------------RSSPSNQSSSSDPGPGGSGPWRPQVGYDG
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pF1KA0 FGVSRRSPASIDRQNTQSDIGGSGKSTPSWQRSEDSIADQMAYSYRGPQDFNSFVLEQHE
.:: ...: ::: . : .. : : : : :
XP_016 C----QSPLLLEHQ-------GSGPLECDGARERE---DTMEAS-RHP------------
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pF1KA0 YTEPTCHLPAVSKVLPAFRESPSGRLMRQDPVVHLSPNKQGH-SDSHYSSHSSSNTLSSN
: : : :::: ...: : ...: . :::: .: .:. ::::::::::::
XP_016 --ETKWHGPP-SKVLGSYKE----RALQKDGSCKDSPNKLSHIGDKSCSSHSSSNTLSSN
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.:: .:... .:: . :: . .:..:.:.::::::. :. . :: :
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:... : :: .: . :: .. : : : . ..:. ... :. . :.:
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pF1KA0 FSINDAASHTSTMSSRHSASPVVFTSARS----SPKEELHPAAPSQLAPSFSSSSSSSSG
.... .::.: .:.::.:: . : : : : . . .: .:. : :
XP_016 GDLSEISSHSS--GSHHSGSPSAHCSKSSGSLDSSKVYIVSHSSGQQVPG------SMSK
1340 1350 1360 1370 1380
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pF1KA0 PRSFYPRQGATSKYLIGWKKPEGTINSVGFMDTRKRHQSDGNEIAHTRLRASTRDLRASP
: : ::::..::.::::: ::. :. . . .. : . .: :
XP_016 P---YHRQGAVNKYVIGWKKSEGSPPPEEPEVTECPGMYSEMDVMSTATQHQTVVGDAVA
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. :.. .::. ::. .:: . :....:.:.. :: ::.:.:::::::
XP_016 E-TQHVLSKEDFLKLMLPDSPLVEEGRRKFSFYGNLSP----------RRSLYRTLSDES
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pF1KA0 IYNSQR-EHFFTSRASLLDQALPNDVLFSSTYPSLPKSLPLR-RPSYTLGMKSLHGEFSA
: ...: : .::.:.::::::::.:::.: : ..:: : .:. ..: ::..::
XP_016 ICSNRRGSSFGSSRSSVLDQALPNDILFSTT-PPYHSTLPPRAHPAPSMG--SLRNEFWF
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pF1KA0 SDSSLTDIQETRRQPMPDPGLMPLPDTAADLDWSNLVDAAKAYEVQR-ASFFAASDENH-
::.::.: .. :::::::::::. :::..:::::.:.: :: ::: . .: .:
XP_016 SDGSLSD-----KSKCADPGLMPLPDTATGLDWTHLVDAARAFEDQRVASFCTLTDMQHG
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pF1KA0 RPLSAASNSDQLEDQALPQMKPYSSKDSSPT-LASKVDQLEGMLKMLREDLKKEKEDKAH
. : .:.. : . . .. . ::. :..::.::: .:..:. ::.:::.:::
XP_016 QDLEGAQELPLCVDPGSGKEFMDTTGERSPSPLTGKVNQLELILRQLQTDLRKEKQDKAV
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pF1KA0 LQAEVQHLREDNLRLQEESQNASDKLKKFTEWVFNTIDMS
:::::::::.::.:::::::.:. .:.::::: :.:::
XP_016 LQAEVQHLRQDNMRLQEESQTATAQLRKFTEWFFTTIDKKS
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>>XP_016857387 (OMIM: 611609) PREDICTED: signal-induced (1704 aa)
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.... .::.: .:.::.:: . : : : : . . .: .:. : :
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.. .: : :: ::.:..::::: :: :.: :.:::.: : :.:.... ...:::::::
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.:: ...: ::: . : .. : : : : :
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.... .::.: .:.::.:: . : : : : . . .: .:. : :
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