FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0473, 913 aa 1>>>pF1KA0473 913 - 913 aa - 913 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3518+/-0.00104; mu= -0.4639+/- 0.062 mean_var=327.8559+/-68.555, 0's: 0 Z-trim(113.2): 38 B-trim: 254 in 2/51 Lambda= 0.070833 statistics sampled from 13813 (13841) to 13813 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.425), width: 16 Scan time: 4.850 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30739.1 DNAJC6 gene_id:9829|Hs108|chr1 ( 913) 6291 657.4 3.3e-188 CCDS58004.1 DNAJC6 gene_id:9829|Hs108|chr1 ( 970) 6249 653.2 6.8e-187 CCDS58005.1 DNAJC6 gene_id:9829|Hs108|chr1 ( 900) 6205 648.7 1.5e-185 CCDS82902.1 GAK gene_id:2580|Hs108|chr4 (1232) 1589 177.1 1.8e-43 CCDS3340.1 GAK gene_id:2580|Hs108|chr4 (1311) 1589 177.1 1.9e-43 >>CCDS30739.1 DNAJC6 gene_id:9829|Hs108|chr1 (913 aa) initn: 6291 init1: 6291 opt: 6291 Z-score: 3492.3 bits: 657.4 E(32554): 3.3e-188 Smith-Waterman score: 6291; 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44.2% identity (69.6% similar) in 960 aa overlap (8-891:282-1210) 10 20 30 pF1KA0 MKDSENKGASSPDMEPSYGGGLFDMVKGGAGRLFSNL : . ... ::: ..:...::. :::.:: CCDS82 LLEQNGGYGSATLSRGPPPPVGPAGSGYSGGLALAEYDQPYGG-FLDILRGGTERLFTNL 260 270 280 290 300 310 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 KDNLKDTLKDTSSRVIQSVTSYTKGDLDFTYVTSRIIVMSFPLDNVDIGFRNQVDDIRSF :: :::.:::::..:.:::::..:.:::: ::::: ..:. ...:...:.: : CCDS82 KD--------TSSKVIQSVANYAKGDLDISYITSRIAVMSFPAEGVESALKNNIEDVRLF 320 330 340 350 360 100 110 120 130 140 150 pF1KA0 LDSRHLDHYTVYNLSPKSYRTAKFHSRVSECSWPIRQAPSLHNLFAVCRNMYNWLLQNPK :::.: ::.::::::..:: ..::.:::::.: :.:: ::.:. .::::. :: :. : CCDS82 LDSKHPGHYAVYNLSPRTYRPSRFHNRVSECGWAARRAPHLHTLYNICRNMHAWLRQDHK 370 380 390 400 410 420 160 170 180 190 200 210 pF1KA0 NVCVVHCLDGRAASSILVGAMFIFCNLYSTPGPAIRLLYAKRPGIGLSPSHRRYLGYMCD :::::::.::::::.. : ... :: :.:: :. .. :: :. :::.::. :::: CCDS82 NVCVVHCMDGRAASAVAVCSFLCFCRLFSTAEAAVYMFSMKRCPPGIWPSHKRYIEYMCD 430 440 450 460 470 480 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 LLADKPYRPHFKPLTIKSITVSPIPFFNKQRNGCRPYCDVLIGETKIYSTCTDFERMKEY ..:..: :: ::. .......:.:.:.:::.::::.:.: .:. .. :: ....:... CCDS82 MVAEEPITPHSKPILVRAVVMTPVPLFSKQRSGCRPFCEVYVGDERVASTSQEYDKMRDF 490 500 510 520 530 540 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 RVQDGKIFIPLNITVQGDVVVSMYHLRSTIGSRLQAKVTNTQIFQLQFHTGFIPLDTTVL ...::: :::..::::::.. .:: :::.:.:::::... ..::.::::::.: ..:.. CCDS82 KIEDGKAVIPLGVTVQGDVLIVIYHARSTLGGRLQAKMASMKMFQIQFHTGFVPRNATTV 550 560 570 580 590 600 340 350 360 370 380 390 pF1KA0 KFTKPELDACDVPEKYPQLFQVTLDVELQPHDKVIDLTPPWEHYCTKDVNPSILFSSHQE ::.: .:::::. ::::.::::.:.::..:.:. .::::. . .::.:::::..: CCDS82 KFAKYDLDACDIQEKYPDLFQVNLEVEVEPRDRPSREAPPWENSSMRGLNPKILFSSREE 610 620 630 640 650 660 400 410 420 430 pF1KA0 HQDTLALGGQAPIDIPPDNPRHYGQ----------------------SGFFASLCWQDQK .:: :. :. . : . .: : :. .: ::..: CCDS82 QQDILSKFGKPELPRQPGSTAQYDAGAGSPEAEPTDSDSPPSSSADASRFLHTLDWQEEK 670 680 690 700 710 720 440 450 460 470 480 pF1KA0 -----SEKSFCEEDHAALVNQ--ESEQSDDELLTLSSPHGNANGD-KPHGVKKPSKKQ-- .:.. .:...::... ::: ::. .:: . .: .: :. .: CCDS82 EAETGAENASSKESESALMEDRDESEVSDEGGSPISSEGQEPRADPEPPGLAAGLVQQDL 730 740 750 760 770 780 490 500 510 520 530 pF1KA0 ----QEPAA---PPPPED-VDLLGLEGSAMSNSFSPPAA---PPTNSELLSDLFGGGGAA . ::. : : :: ::::::.. . .. :: : : .:..::: :.: :: CCDS82 VFEVETPAVLPEPVPQEDGVDLLGLHSEVGAGPAVPPQACKAPSSNTDLLSCLLGPPEAA 790 800 810 820 830 840 540 550 560 570 580 pF1KA0 --GPTQAGQSGVEDVF---HPSGPASTQSTPRRSATSTSASPTLRVGEGATFDPFGAPSK :: . : :: . :. : :.::::: .. ..:.: : . : :. CCDS82 SQGPPEDLLS--EDPLLLASPAPPLSVQSTPR-GGPPAAADPF-----GPLLPSSGNNSQ 850 860 870 880 890 590 600 610 620 630 pF1KA0 P-SGQDLLGSFLNTSSASSDPFLQPTRS-PSPT-----VHASSTP-------AVNIQPDV : :. ::.: :::..:.. : . ..: : :. .: .. : : . .::. CCDS82 PCSNPDLFGEFLNSDSVTVPPSFPSAHSAPPPSCSADFLHLGDLPGEPSKMTASSSNPDL 900 910 920 930 940 950 640 650 660 670 680 pF1KA0 SGGWDWHAKPGGFGMGSKSAATSPTGSSHGTPT------HQSKPQTLDPFADLGTLGSSS ::: .. .. ... :. .: : : :. .: :. ::::::: : ::. CCDS82 LGGWAAWTETAASAVAPTPATEGPLFSPGGQPAPCGSQASWTKSQNPDPFADLGDL-SSG 960 970 980 990 1000 1010 690 700 710 720 730 740 pF1KA0 FASKPTTPTGLGGGFPPLSSPQKASPQPMGGG-WQQG-----GAYNWQQPQPKPQPSMPH . ..:. :::: . :.. : :.. :: . :: .: :: :: : :. CCDS82 LQGSPA-------GFPPGGFIPKTATTPKGSSSWQTSRPPAQGA-SWP-PQAKP-P--PK 1020 1030 1040 1050 1060 750 760 770 780 790 800 pF1KA0 SSPQNRPNYNVSFSAMPGGQNERGKGSSNLEGKQKAA--DFEDLLSGQGFNAHKDKKGPR . : :::: .::.. :...::: . .. : :.. :::::::.:::....:::::. 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CCDS33 MVAEEPITPHSKPILVRAVVMTPVPLFSKQRSGCRPFCEVYVGDERVASTSQEYDKMRDF 570 580 590 600 610 620 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 RVQDGKIFIPLNITVQGDVVVSMYHLRSTIGSRLQAKVTNTQIFQLQFHTGFIPLDTTVL ...::: :::..::::::.. .:: :::.:.:::::... ..::.::::::.: ..:.. 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CCDS33 SQGPPEDLLS--EDPLLLASPAPPLSVQSTPR-GGPPAAADPF-----GPLLPSSGNNSQ 930 940 950 960 970 590 600 610 620 630 pF1KA0 P-SGQDLLGSFLNTSSASSDPFLQPTRS-PSPT-----VHASSTP-------AVNIQPDV : :. ::.: :::..:.. : . ..: : :. .: .. : : . .::. CCDS33 PCSNPDLFGEFLNSDSVTVPPSFPSAHSAPPPSCSADFLHLGDLPGEPSKMTASSSNPDL 980 990 1000 1010 1020 1030 640 650 660 670 680 pF1KA0 SGGWDWHAKPGGFGMGSKSAATSPTGSSHGTPT------HQSKPQTLDPFADLGTLGSSS ::: .. .. ... :. .: : : :. .: :. ::::::: : ::. CCDS33 LGGWAAWTETAASAVAPTPATEGPLFSPGGQPAPCGSQASWTKSQNPDPFADLGDL-SSG 1040 1050 1060 1070 1080 1090 690 700 710 720 730 740 pF1KA0 FASKPTTPTGLGGGFPPLSSPQKASPQPMGGG-WQQG-----GAYNWQQPQPKPQPSMPH . ..:. :::: . :.. : :.. :: . :: .: :: :: : :. CCDS33 LQGSPA-------GFPPGGFIPKTATTPKGSSSWQTSRPPAQGA-SWP-PQAKP-P--PK 1100 1110 1120 1130 1140 750 760 770 780 790 800 pF1KA0 SSPQNRPNYNVSFSAMPGGQNERGKGSSNLEGKQKAA--DFEDLLSGQGFNAHKDKKGPR . : :::: .::.. :...::: . .. : :.. :::::::.:::....:::::. 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