FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0481, 709 aa 1>>>pF1KA0481 709 - 709 aa - 709 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3892+/-0.000905; mu= 8.4435+/- 0.055 mean_var=191.1903+/-38.091, 0's: 0 Z-trim(113.9): 23 B-trim: 113 in 1/51 Lambda= 0.092756 statistics sampled from 14445 (14461) to 14445 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.444), width: 16 Scan time: 4.710 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS30984.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 709) 4609 629.2 6.3e-180 CCDS55676.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 631) 4079 558.3 1.3e-158 CCDS81418.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 514) 2960 408.4 1.3e-113 CCDS73010.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 469) 2942 406.0 6.5e-113 CCDS76257.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 ( 484) 2942 406.0 6.7e-113 CCDS33855.1 TMCC1 gene_id:23023|Hs108|chr3 ( 653) 1964 275.2 2.1e-73 CCDS31877.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 ( 477) 1574 222.9 8.5e-58 CCDS73506.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 ( 446) 1555 220.4 4.7e-57 >>CCDS30984.1 TMCC2 gene_id:9911|Hs108|chr1 (709 aa) initn: 4609 init1: 4609 opt: 4609 Z-score: 3343.7 bits: 629.2 E(32554): 6.3e-180 Smith-Waterman score: 4609; 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CCDS33 KLSKMTHNALENINVIGQGLKHLFQHQRRRSSVSPH----DVQQIQAD--------PE-- 40 50 60 70 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 ERSPEMHRVSYAMS--LHDLPARPTAFNRVLQQIRSRPSIKRGASLHSSSGGGSSGSSSR ::: : . .:..:::.:::::::: :..:::.:::: : CCDS33 ---PEMDLESQNACAEIDGVPTHPTALNRVLQQIRVPPKMKRGTSLHS-----------R 80 90 100 110 120 190 200 210 220 230 pF1KA0 RTKSSSLEPQRGSPHLLRKAPQDSSLAAILHQHQCRPRSSSTTD----TALL----LADG : : : .:::.. ::. :. ..:.... ::::::::: .:.. : . CCDS33 RGKP---EAPKGSPQINRKSGQE--MTAVMQSG--RPRSSSTTDAPTSSAMMEIACAAAA 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 SNVYLLAEEAEGIGDKVDKGDLVALSLPAGH--GDTDGPISLDVPDGAPDPQRTKAAIDH . . : : :: ...... .. .:. .. ..::: : : ::.:::::::::: : CCDS33 AAAACLPGE-EGTAERIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAH 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 LHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFEKKNQKSAQTIAQLH :.:::::.:::::: : ::::::::::::::.:::::..::::::::::::::::: ::. CCDS33 LQQKILKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQ 240 250 260 270 280 290 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 KKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDVLRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGGVVEGVKGSLS ::::::.:.:.:.:::: ::::::.:::.::::::::.: .::. :::..:::..: CCDS33 KKLEHYHRKLREVEQNGIPRQPKDVFRDMHQGLKDVGAKV----TGFSEGVVDSVKGGFS 300 310 320 330 340 350 420 430 440 450 460 pF1KA0 GLSQATHTA---VVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARALSGSATLV ..:::::.: :::::::.:::::::::::::: .::: ::.: ..:..::. ... CCDS33 SFSQATHSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQ 360 370 380 390 400 410 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 SSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLEELREIKE :::::::...::::...:.::.:..:. :: .: :.:.: ...::::.:..::.: CCDS33 SSPKYGSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGA-SSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRE 420 430 440 450 460 470 530 540 550 560 570 580 pF1KA0 GQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMTNLKQELA :..::.:.: :: . ::::. . : ::::::: :::::::::::::::::. ::::::: CCDS33 TQARLEESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELA 480 490 500 510 520 530 590 600 610 620 630 640 pF1KA0 SMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEGVENANARALLGKFIN :::::.::::::::::::::.:.: ::..:.::::::::::::::.:::.:: ::::.:: CCDS33 SMEEKIAYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLIN 540 550 560 570 580 590 650 660 670 680 690 700 pF1KA0 VILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWKHWDSLTYLLEHVLLP ..::.::::::::::.:: ..:::::: : :: .::. . .::::::.: .: CCDS33 ILLAVMAVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSS 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 S CCDS33 PR >>CCDS31877.1 TMCC3 gene_id:57458|Hs108|chr12 (477 aa) initn: 1522 init1: 516 opt: 1574 Z-score: 1151.1 bits: 222.9 E(32554): 8.5e-58 Smith-Waterman score: 1581; 55.6% identity (81.8% similar) in 466 aa overlap (249-708:26-476) 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 RSSSTTDTALLLADGSNVYLLAEEAEGIGDKVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVP .:.. :. .:::: . .: .: ...::: CCDS31 MPGSDTALTVDRTYSYPGRHHRCKSRVERHDMNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVP 10 20 30 40 50 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 DGAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVF :: : ...: . : :.:::::.:::::::: .:: ::::::::.:::::::..:::::: CCDS31 DGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVF 60 70 80 90 100 110 340 350 360 370 380 390 pF1KA0 EKKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVR ::::::::..::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. 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CCDS73 KLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAH 40 50 60 70 80 90 350 360 370 380 390 400 pF1KA0 TIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRAGISGFGGG .::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. : . CCDS73 SIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK---SRTAPH 100 110 120 130 140 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 VVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGPPEEAARAL .:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. :: .::: CCDS73 CMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAY 150 160 170 180 190 200 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 SGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAPGNLDALLE .::::.:..:::::::::::....:: ...:.. : ::: . . :.: ..:: CCDS73 GGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQGKLAVILE 210 220 230 240 250 260 530 540 550 560 570 580 pF1KA0 ELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLTELHQNEMT ::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.:::.:::.: . 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