FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0523, 575 aa
  1>>>pF1KA0523 575 - 575 aa - 575 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3554+/-0.000784; mu= 19.6022+/- 0.047
 mean_var=76.4059+/-15.333, 0's: 0 Z-trim(109.4): 17  B-trim: 558 in 1/49
 Lambda= 0.146727
 statistics sampled from 10849 (10859) to 10849 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.697), E-opt: 0.2 (0.334), width:  16
 Scan time:  3.440

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32538.1 WSCD1 gene_id:23302|Hs108|chr17        ( 575) 4011 858.5       0
CCDS41828.1 WSCD2 gene_id:9671|Hs108|chr12         ( 565) 1876 406.5 4.5e-113


>>CCDS32538.1 WSCD1 gene_id:23302|Hs108|chr17             (575 aa)
 initn: 4011 init1: 4011 opt: 4011  Z-score: 4585.9  bits: 858.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4011; 100.0% identity (100.0% similar) in 575 aa overlap (1-575:1-575)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MAKPFFRLQKFLRRTQFLLFFLTAAYLMTGSLLLLQRVRVALPQGPRAPGPLQTLPVAAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MAKPFFRLQKFLRRTQFLLFFLTAAYLMTGSLLLLQRVRVALPQGPRAPGPLQTLPVAAV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 ALGVGLLDSRALHDPRVSPELLLGVDMLQSPLTRPRPGPRWLRSRNSELRQLRRRWFHHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ALGVGLLDSRALHDPRVSPELLLGVDMLQSPLTRPRPGPRWLRSRNSELRQLRRRWFHHF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 MSDSQGPPALGPEAARPAIHSRGTYIGCFSDDGHERTLKGAVFYDLRKMTVSHCQDACAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MSDSQGPPALGPEAARPAIHSRGTYIGCFSDDGHERTLKGAVFYDLRKMTVSHCQDACAE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 RSYVYAGLEAGAECYCGNRLPAVSVGLEECNHECKGEKGSVCGAVDRLSVYRVDELQPGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RSYVYAGLEAGAECYCGNRLPAVSVGLEECNHECKGEKGSVCGAVDRLSVYRVDELQPGS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 RKRRTATYRGCFRLPENITHAFPSSLIQANVTVGTCSGFCSQKEFPLAILRGWECYCAYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RKRRTATYRGCFRLPENITHAFPSSLIQANVTVGTCSGFCSQKEFPLAILRGWECYCAYP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 TPRFNLRDAMDSSVCGQDPEAQRLAEYCEVYQTPVQDTRCTDRRFLPNKSKVFVALSSFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TPRFNLRDAMDSSVCGQDPEAQRLAEYCEVYQTPVQDTRCTDRRFLPNKSKVFVALSSFP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 GAGNTWARHLIEHATGFYTGSYYFDGTLYNKGFKGEKDHWRSRRTICVKTHESGRREIEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GAGNTWARHLIEHATGFYTGSYYFDGTLYNKGFKGEKDHWRSRRTICVKTHESGRREIEM
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 FDSAILLIRNPYRSLVAEFNRKCAGHLGYAADRNWKSKEWPDFVNSYASWWSSHVLDWLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FDSAILLIRNPYRSLVAEFNRKCAGHLGYAADRNWKSKEWPDFVNSYASWWSSHVLDWLK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 YGKRLLVVHYEELRRSLVPTLREMVAFLNVSVSEERLLCVENNKEGSFRRRGRRSHDPEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 YGKRLLVVHYEELRRSLVPTLREMVAFLNVSVSEERLLCVENNKEGSFRRRGRRSHDPEP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570     
pF1KA0 FTPEMKDLINGYIRTVDQALRDHNWTGLPREYVPR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FTPEMKDLINGYIRTVDQALRDHNWTGLPREYVPR
              550       560       570     

>>CCDS41828.1 WSCD2 gene_id:9671|Hs108|chr12              (565 aa)
 initn: 1302 init1: 1184 opt: 1876  Z-score: 2143.5  bits: 406.5 E(32554): 4.5e-113
Smith-Waterman score: 1941; 49.6% identity (74.5% similar) in 585 aa overlap (1-575:1-565)

               10        20        30        40          50        
pF1KA0 MAKPFFRLQKFLRRTQFLLFFLTAAYLMTGSLLLLQRVRVALP--QGPRAPGPLQTLPVA
       ::: .:..:...::    .: . : :: .:::..:.   :. :  .: .:       :. 
CCDS41 MAKLWFKFQRYFRRKPVRFFTFLALYLTAGSLVFLHSGFVGQPAVSGNQANPAAAGGPAE
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80        90       100       110        
pF1KA0 AVALGVGLLDSRALHDPRVSPELLLGVDMLQSPLTRPRPGPRWLRSRNSELRQLRRRWFH
       .. :.  : : .  .  : . :         : ..: : :: :....... :        
CCDS41 GAELSF-LGDMHLGRGFRDTGE--------ASSIAR-RYGP-WFKGKDGNERAK------
                70        80                 90        100         

      120         130       140       150       160       170      
pF1KA0 HFMSDSQGP--PALGPEAARPAIHSRGTYIGCFSDDGHERTLKGAVFYDLRKMTVSHCQD
         ..:  :    ::  ...:   . :. ::::. :: . :.:.:. :.: .:::. .:::
CCDS41 --LGDYGGAWSRALKGRVVREKEEERAKYIGCYLDDTQSRALRGVSFFDYKKMTIFRCQD
             110       120       130       140       150       160 

        180       190       200       210       220       230      
pF1KA0 ACAERSYVYAGLEAGAECYCGNRLPAVSVGLEECNHECKGEKGSVCGAVDRLSVYRVDEL
        ::::.:.:.::: :::::::... :..:.  ::. :::::.:::::...::::::..  
CCDS41 NCAERGYLYGGLEFGAECYCGHKIQATNVSEAECDMECKGERGSVCGGANRLSVYRLQLA
             170       180       190       200       210       220 

        240       250       260       270       280       290      
pF1KA0 QPGSRKRRTATYRGCFRLPENITHAFPSSLIQANVTVGTCSGFCSQKEFPLAILRGWECY
       : ..:.  .:..::::: :.:.. :.: .  . :..:  :  ::..::.::: : :  :.
CCDS41 QESARRYGSAVFRGCFRRPDNLSLALPVTAAMLNMSVDKCVDFCTEKEYPLAALAGTACH
             230       240       250       260       270       280 

        300       310       320             330       340       350
pF1KA0 CAYPTPRFNLRDAMDSSVCGQDPEAQRLAEYCE------VYQTPVQDTRCTDRRFLPNKS
       :..:: :: :.:  : ..:.:   :... : :       :::: :::.:: ::::::.::
CCDS41 CGFPTTRFPLHDREDEQLCAQKCSAEEF-ESCGTPSYFIVYQTQVQDNRCMDRRFLPGKS
             290       300        310       320       330       340

              360       370       380       390       400       410
pF1KA0 KVFVALSSFPGAGNTWARHLIEHATGFYTGSYYFDGTLYNKGFKGEKDHWRSRRTICVKT
       : ..::.::::::::::::::: :::::::::::::.:::::::::.::::: ::::.::
CCDS41 KQLIALASFPGAGNTWARHLIELATGFYTGSYYFDGSLYNKGFKGERDHWRSGRTICIKT
              350       360       370       380       390       400

              420       430       440       450       460       470
pF1KA0 HESGRREIEMFDSAILLIRNPYRSLVAEFNRKCAGHLGYAADRNWKSKEWPDFVNSYASW
       ::::..::: ::.:::::::::..:.:::::: .::.:.::  .::.::::.:: .:: :
CCDS41 HESGQKEIEAFDAAILLIRNPYKALMAEFNRKYGGHIGFAAHAHWKGKEWPEFVRNYAPW
              410       420       430       440       450       460

              480       490       500       510       520       530
pF1KA0 WSSHVLDWLKYGKRLLVVHYEELRRSLVPTLREMVAFLNVSVSEERLLCVENNKEGSFRR
       :..:.:::::.::..::::.:.:...:   : .::..:.:.: :.::::::..:.:.:.:
CCDS41 WATHTLDWLKFGKKVLVVHFEDLKQDLFVQLGRMVSLLGVAVREDRLLCVESQKDGNFKR
              470       480       490       500       510       520

              540       550       560       570     
pF1KA0 RGRRSHDPEPFTPEMKDLINGYIRTVDQALRDHNWTGLPREYVPR
        : :. . .:.: .:.  :..::. :: ::. .: ::.: .: ::
CCDS41 SGLRKLEYDPYTADMQKTISAYIKMVDAALKGRNLTGVPDDYYPR
              530       540       550       560     




575 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 19:12:09 2016 done: Wed Nov  2 19:12:10 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]