Result of FASTA (omim) for
pF1KA0560
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0560, 1485 aa
1>>>pF1KA0560 1485 - 1485 aa - 1485 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9750+/-0.000521; mu= 15.1712+/- 0.032
mean_var=108.5748+/-21.370, 0's: 0 Z-trim(109.9): 33 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.123086
statistics sampled from 18162 (18186) to 18162 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.549), E-opt: 0.2 (0.213), width: 16
Scan time: 12.380
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_055506 (OMIM: 610548) intron-binding protein aq (1485) 9917 1773.4 0
NP_002902 (OMIM: 601430) regulator of nonsense tra (1118) 324 69.9 1.3e-10
XP_016882595 (OMIM: 601430) PREDICTED: regulator o (1126) 324 69.9 1.3e-10
NP_001284478 (OMIM: 601430) regulator of nonsense (1129) 324 69.9 1.3e-10
XP_016882594 (OMIM: 601430) PREDICTED: regulator o (1137) 324 69.9 1.3e-10
XP_016869985 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE ( 857) 312 67.7 4.6e-10
XP_011516706 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2706) 312 67.9 1.2e-09
XP_005272229 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2706) 312 67.9 1.2e-09
XP_005272228 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2706) 312 67.9 1.2e-09
XP_011516707 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2706) 312 67.9 1.2e-09
XP_005272230 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2706) 312 67.9 1.2e-09
XP_016869986 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE ( 828) 284 62.7 1.4e-08
XP_016869984 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2677) 284 62.9 3.8e-08
NP_055861 (OMIM: 602433,606002,608465) probable he (2677) 284 62.9 3.8e-08
XP_011516708 (OMIM: 602433,606002,608465) PREDICTE (2413) 238 54.8 1e-05
>>NP_055506 (OMIM: 610548) intron-binding protein aquari (1485 aa)
initn: 9917 init1: 9917 opt: 9917 Z-score: 9515.9 bits: 1773.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 9917; 100.0% identity (100.0% similar) in 1485 aa overlap (1-1485:1-1485)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAAPAQPKKIVAPTVSQINAEFVTQLACKYWAPHIKKKSPFDIKVIEDIYEKEIVKSRFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MAAPAQPKKIVAPTVSQINAEFVTQLACKYWAPHIKKKSPFDIKVIEDIYEKEIVKSRFA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 IRKIMLLEFSQYLENYLWMNYSPEVSSKAYLMSICCMVNEKFRENVPAWEIFKKKPDHFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IRKIMLLEFSQYLENYLWMNYSPEVSSKAYLMSICCMVNEKFRENVPAWEIFKKKPDHFP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 FFFKHILKAALAETDGEFSLHEQTVLLLFLDHCFNSLEVDLIRSQVQQLISLPMWMGLQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FFFKHILKAALAETDGEFSLHEQTVLLLFLDHCFNSLEVDLIRSQVQQLISLPMWMGLQL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 ARLELELKKTPKLRKFWNLIKKNDEKMDPEAREQAYQERRFLSQLIQKFISVLKSVPLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ARLELELKKTPKLRKFWNLIKKNDEKMDPEAREQAYQERRFLSQLIQKFISVLKSVPLSE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 PVTMDKVHYCERFIELMIDLEALLPTRRWFNTILDDSHLLVHCYLSNLVRREEDGHLFSQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PVTMDKVHYCERFIELMIDLEALLPTRRWFNTILDDSHLLVHCYLSNLVRREEDGHLFSQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 LLDMLKFYTGFEINDQTGNALTENEMTTIHYDRITSLQRAAFAHFPELYDFALSNVAEVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LLDMLKFYTGFEINDQTGNALTENEMTTIHYDRITSLQRAAFAHFPELYDFALSNVAEVD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 TRESLVKFFGPLSSNTLHQVASYLCLLPTLPKNEDTTFDKEFLLELLVSRHERRISQIQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 TRESLVKFFGPLSSNTLHQVASYLCLLPTLPKNEDTTFDKEFLLELLVSRHERRISQIQQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 LNQMPLYPTEKIIWDENIVPTEYYSGEGCLALPKLNLQFLTLHDYLLRNFNLFRLESTYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LNQMPLYPTEKIIWDENIVPTEYYSGEGCLALPKLNLQFLTLHDYLLRNFNLFRLESTYE
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 IRQDIEDSVSRMKPWQSEYGGVVFGGWARMAQPIVAFTVVEVAKPNIGENWPTRVRADVT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IRQDIEDSVSRMKPWQSEYGGVVFGGWARMAQPIVAFTVVEVAKPNIGENWPTRVRADVT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 INLNVRDHIKDEWEGLRKHDVCFLITVRPTKPYGTKFDRRRPFIEQVGLVYVRGCEIQGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 INLNVRDHIKDEWEGLRKHDVCFLITVRPTKPYGTKFDRRRPFIEQVGLVYVRGCEIQGM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 LDDKGRVIEDGPEPRPNLRGESRTFRVFLDPNQYQQDMTNTIQNGAEDVYETFNIIMRRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LDDKGRVIEDGPEPRPNLRGESRTFRVFLDPNQYQQDMTNTIQNGAEDVYETFNIIMRRK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 PKENNFKAVLETIRNLMNTDCVVPDWLHDIILGYGDPSSAHYSKMPNQIATLDFNDTFLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PKENNFKAVLETIRNLMNTDCVVPDWLHDIILGYGDPSSAHYSKMPNQIATLDFNDTFLS
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 IEHLKASFPGHNVKVTVEDPALQIPPFRITFPVRSGKGKKRKDADVEDEDTEEAKTLIVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 IEHLKASFPGHNVKVTVEDPALQIPPFRITFPVRSGKGKKRKDADVEDEDTEEAKTLIVE
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 PHVIPNRGPYPYNQPKRNTIQFTHTQIEAIRAGMQPGLTMVVGPPGTGKTDVAVQIISNI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PHVIPNRGPYPYNQPKRNTIQFTHTQIEAIRAGMQPGLTMVVGPPGTGKTDVAVQIISNI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 YHNFPEQRTLIVTHSNQALNQLFEKIMALDIDERHLLRLGHGEEELETEKDFSRYGRVNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YHNFPEQRTLIVTHSNQALNQLFEKIMALDIDERHLLRLGHGEEELETEKDFSRYGRVNY
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 VLARRIELLEEVKRLQKSLGVPGDASYTCETAGYFFLYQVMSRWEEYISKVKNKGSTLPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VLARRIELLEEVKRLQKSLGVPGDASYTCETAGYFFLYQVMSRWEEYISKVKNKGSTLPD
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 VTEVSTFFPFHEYFANAPQPIFKGRSYEEDMEIAEGCFRHIKKIFTQLEEFRASELLRSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 VTEVSTFFPFHEYFANAPQPIFKGRSYEEDMEIAEGCFRHIKKIFTQLEEFRASELLRSG
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 LDRSKYLLVKEAKIIAMTCTHAALKRHDLVKLGFKYDNILMEEAAQILEIETFIPLLLQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LDRSKYLLVKEAKIIAMTCTHAALKRHDLVKLGFKYDNILMEEAAQILEIETFIPLLLQN
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 PQDGFSRLKRWIMIGDHHQLPPVIKNMAFQKYSNMEQSLFTRFVRVGVPTVDLDAQGRAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 PQDGFSRLKRWIMIGDHHQLPPVIKNMAFQKYSNMEQSLFTRFVRVGVPTVDLDAQGRAR
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 ASLCNLYNWRYKNLGNLPHVQLLPEFSTANAGLLYDFQLINVEDFQGVGESEPNPYFYQN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ASLCNLYNWRYKNLGNLPHVQLLPEFSTANAGLLYDFQLINVEDFQGVGESEPNPYFYQN
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 LGEAEYVVALFMYMCLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LGEAEYVVALFMYMCLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 DRFQGQQNDYILLSLVRTRAVGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DRFQGQQNDYILLSLVRTRAVGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAF
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 SQLTARPLHLHIIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQMANFVYNMYMHLIQTTHHYH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SQLTARPLHLHIIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQMANFVYNMYMHLIQTTHHYH
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 QTLLQLPPAMVEEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADIIPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QTLLQLPPAMVEEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADIIPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPS
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480
pF1KA0 ETGATSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTPQDATSAPEETK
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ETGATSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTPQDATSAPEETK
1450 1460 1470 1480
>>NP_002902 (OMIM: 601430) regulator of nonsense transcr (1118 aa)
initn: 269 init1: 133 opt: 324 Z-score: 311.4 bits: 69.9 E(85289): 1.3e-10
Smith-Waterman score: 354; 24.2% identity (52.4% similar) in 492 aa overlap (1013-1481:590-1048)
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA0 KGRSYEEDMEIAEGCFRHIKKIFTQLEEFRASELLRSGLDRS-KYLLVKEAKIIAMTCTH
:.: .: :. . :. .: .: ::.
NP_002 ALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVG
560 570 580 590 600 610
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KA0 AALKRHDLVKLGFKYDNILMEEAAQILEIETFIPLLLQNPQDGFSRLKRWIMIGDHHQLP
:. : :.:. :. .::..:..: : : ..:..: :. :..::: ::
NP_002 AGDPR--LAKMQFR--SILIDESTQATEPECMVPVVLGA--------KQLILVGDHCQLG
620 630 640 650 660
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA0 PVIKNMAFQKYSNMEQSLFTRFVRVGVPTVDLDAQGRARASLCNL-YNWRYKNLGNLPHV
::. : ... :::: :.: .:. . :..: : . .: . : :. :.: .
NP_002 PVVMCKKAAK-AGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYE--GSLQN-
670 680 690 700 710 720
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KA0 QLLPEFSTANAGLLYDFQLINVED--F----QGVGESEPNPYFYQNLGEAEYVVALFMYM
. . .. : .::: . . : :: : . : : :: : . .
NP_002 -GVTAADRVKKG--FDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAANVEKITTKL
730 740 750 760 770 780
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KA0 CLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTVDRFQGQQNDYILLS
: :.:.:.: :.::. . . .. . . . . ....:: :::...:.:.::
NP_002 LKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKDFIILS
790 800 810 820 830 840
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KA0 LVRT---RAVGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAFSQLTARPLHLH
::. ...: : : ::: ::..::: :. : . . ... : ...: . .
NP_002 CVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSK----QPLWNHLLNYYKEQK
850 860 870 880 890
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KA0 IIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQMANFVYNMYMHLIQTTHHYHQTLLQLPPAMV
.. :. . :.. . :. ...... : :. :: : .: ..
NP_002 VLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFM---------TTAMYDAREAIIPGSVY
900 910 920 930 940
1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 EEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADI-------IPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPSETGA
... . . . ..:... ..: :: : . : . . ...
NP_002 DRSSQGRPSSMYFQTHDQIGMISAGPSHVAAMNIPIPFNLVMPPMPPPGYFGQANGPAAG
950 960 970 980 990 1000
1450 1460 1470 1480
pF1KA0 TSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTP-----QDATSAPEETK
.::.. . . . : . .:...: : ::..: :
NP_002 RGTPKGKTGRGGRQKNRFG-LPGPSQTNLPNSQASQDVASQPFSQGALTQGYISMSQPSQ
1010 1020 1030 1040 1050 1060
NP_002 MSQPGLSQPELSQDSYLGDEFKSQIDVALSQDSTYQGERAYQHGGVTGLSQY
1070 1080 1090 1100 1110
>>XP_016882595 (OMIM: 601430) PREDICTED: regulator of no (1126 aa)
initn: 269 init1: 133 opt: 324 Z-score: 311.4 bits: 69.9 E(85289): 1.3e-10
Smith-Waterman score: 354; 24.2% identity (52.4% similar) in 492 aa overlap (1013-1481:598-1056)
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA0 KGRSYEEDMEIAEGCFRHIKKIFTQLEEFRASELLRSGLDRS-KYLLVKEAKIIAMTCTH
:.: .: :. . :. .: .: ::.
XP_016 ALHNQIRNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVG
570 580 590 600 610 620
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KA0 AALKRHDLVKLGFKYDNILMEEAAQILEIETFIPLLLQNPQDGFSRLKRWIMIGDHHQLP
:. : :.:. :. .::..:..: : : ..:..: :. :..::: ::
XP_016 AGDPR--LAKMQFR--SILIDESTQATEPECMVPVVLGA--------KQLILVGDHCQLG
630 640 650 660 670
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA0 PVIKNMAFQKYSNMEQSLFTRFVRVGVPTVDLDAQGRARASLCNL-YNWRYKNLGNLPHV
::. : ... :::: :.: .:. . :..: : . .: . : :. :.: .
XP_016 PVVMCKKAAK-AGLSQSLFERLVVLGIRPIRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYE--GSLQN-
680 690 700 710 720 730
1170 1180 1190 1200 1210
pF1KA0 QLLPEFSTANAGLLYDFQLINVED--F----QGVGESEPNPYFYQNLGEAEYVVALFMYM
. . .. : .::: . . : :: : . : : :: : . .
XP_016 -GVTAADRVKKG--FDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASSGTSYLNRTEAANVEKITTKL
740 750 760 770 780
1220 1230 1240 1250 1260 1270
pF1KA0 CLLGYPADKISILTTYNGQKHLIRDIINRRCGNNPLIGRPNKVTTVDRFQGQQNDYILLS
: :.:.:.: :.::. . . .. . . . . ....:: :::...:.:.::
XP_016 LKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIASVDAFQGREKDFIILS
790 800 810 820 830 840
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KA0 LVRT---RAVGHLRDVRRLVVAMSRARLGLYIFARVSLFQNCFELTPAFSQLTARPLHLH
::. ...: : : ::: ::..::: :. : . . ... : ...: . .
XP_016 CVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSK----QPLWNHLLNYYKEQK
850 860 870 880 890 900
1340 1350 1360 1370 1380 1390
pF1KA0 IIPTEPFPTTRKNGERPSHEVQIIKNMPQMANFVYNMYMHLIQTTHHYHQTLLQLPPAMV
.. :. . :.. . :. ...... : :. :: : .: ..
XP_016 VLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFM---------TTAMYDAREAIIPGSVY
910 920 930 940 950
1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 EEGEEVQNQETELETEEEAMTVQADI-------IPSPTDTSCRQETPAFQTDTTPSETGA
... . . . ..:... ..: :: : . : . . ...
XP_016 DRSSQGRPSSMYFQTHDQIGMISAGPSHVAAMNIPIPFNLVMPPMPPPGYFGQANGPAAG
960 970 980 990 1000 1010
1450 1460 1470 1480
pF1KA0 TSTPEAIPALSETTPTVVGAVSAPAEANTP-----QDATSAPEETK
.::.. . . . : . .:...: : ::..: :
XP_016 RGTPKGKTGRGGRQKNRFG-LPGPSQTNLPNSQASQDVASQPFSQGALTQGYISMSQPSQ
1020 1030 1040 1050 1060 1070
XP_016 MSQPGLSQPELSQDSYLGDEFKSQIDVALSQDSTYQGERAYQHGGVTGLSQY
1080 1090 1100 1110 1120
>>NP_001284478 (OMIM: 601430) regulator of nonsense tran (1129 aa)
initn: 269 init1: 133 opt: 324 Z-score: 311.4 bits: 69.9 E(85289): 1.3e-10
Smith-Waterman score: 354; 24.2% identity (52.4% similar) in 492 aa overlap (1013-1481:601-1059)
990 1000 1010 1020 1030 1040
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. . .. : .::: . . : :: : . : : :: : . .
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: :.:.:.: :.::. . . .. . . . . ....:: :::...:.:.::
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