FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0571, 638 aa
1>>>pF1KA0571 638 - 638 aa - 638 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0799+/-0.000901; mu= -1.8895+/- 0.055
mean_var=198.1203+/-39.417, 0's: 0 Z-trim(113.2): 19 B-trim: 7 in 1/50
Lambda= 0.091119
statistics sampled from 13858 (13871) to 13858 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16
Scan time: 3.850
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8260.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 ( 638) 4292 576.6 3.5e-164
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CCDS42976.1 GAB4 gene_id:128954|Hs108|chr22 ( 574) 801 117.7 4.5e-26
>>CCDS8260.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 (638 aa)
initn: 4292 init1: 4292 opt: 4292 Z-score: 3061.0 bits: 576.6 E(32554): 3.5e-164
Smith-Waterman score: 4292; 100.0% identity (100.0% similar) in 638 aa overlap (1-638:1-638)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQVDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQVDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLV
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 AETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSLRNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SAPSHSSQPTLFTFEPPVSNHMQPTLSTSAPQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SAPSHSSQPTLFTFEPPVSNHMQPTLSTSAPQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRAS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 FLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISGQVHGFYSLPKPSRHNTEFRDSTYDLPRSLASHGHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KGSLTGSETDNEDVYTFKTPSNTLCREFGDLLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KGSLTGSETDNEDVYTFKTPSNTLCREFGDLLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 MTVATPGDSAIAPPPRPPKPSQAETPRWGSPQQRPPISENSRSVAATIPRRNTLPAMDNS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RLHRASSCETYEYPQRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RLHRASSCETYEYPQRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 SSTLLAMERAGDNSQSVYIPMSPGAHHFDSLGYPSTTLPVHRGPSRGSEIQPPPVNRNLK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 PDRKAKPTPLDLRNNTVIDELPFKSPITKSWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PDRKAKPTPLDLRNNTVIDELPFKSPITKSWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 DSEENYVPMQNPVSASPVPSGTNSPAPKKSTGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTSSVTSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 DSEENYVPMQNPVSASPVPSGTNSPAPKKSTGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTSSVTSD
550 560 570 580 590 600
610 620 630
pF1KA0 EKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSSEPSKGAKL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 EKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSSEPSKGAKL
610 620 630
>>CCDS8259.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 (676 aa)
initn: 4292 init1: 4292 opt: 4292 Z-score: 3060.6 bits: 576.6 E(32554): 3.7e-164
Smith-Waterman score: 4292; 100.0% identity (100.0% similar) in 638 aa overlap (1-638:39-676)
10 20 30
pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 CTGWLRKSPPEKKLRRYAWKKRWFILRSGRMSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSL
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 RNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPPVSNHMQPTLSTSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 RNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPPVSNHMQPTLSTSA
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 PQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISGQVHGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISGQVHGF
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 YSLPKPSRHNTEFRDSTYDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSNTLCREFGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 YSLPKPSRHNTEFRDSTYDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSNTLCREFGD
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 LLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPSQAETPRWGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPSQAETPRWGS
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 PQQRPPISENSRSVAATIPRRNTLPAMDNSRLHRASSCETYEYPQRGGESAGRSAESMSD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 PQQRPPISENSRSVAATIPRRNTLPAMDNSRLHRASSCETYEYPQRGGESAGRSAESMSD
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400 410 420 430 440 450
pF1KA0 GVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNSQSVYIPMSPGAHHFDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 GVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNSQSVYIPMSPGAHHFDS
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 LGYPSTTLPVHRGPSRGSEIQPPPVNRNLKPDRKAKPTPLDLRNNTVIDELPFKSPITKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LGYPSTTLPVHRGPSRGSEIQPPPVNRNLKPDRKAKPTPLDLRNNTVIDELPFKSPITKS
490 500 510 520 530 540
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pF1KA0 WSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSGDSEENYVPMQNPVSASPVPSGTNSPAPKKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 WSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSGDSEENYVPMQNPVSASPVPSGTNSPAPKKS
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 TGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTSSVTSDEKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTSSVTSDEKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSS
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 EPSKGAKL
::::::::
CCDS82 EPSKGAKL
670
>>CCDS3759.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 (694 aa)
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Smith-Waterman score: 1285; 38.5% identity (62.5% similar) in 683 aa overlap (1-637:38-694)
10 20 30
pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ
..:::::::::::::.:::.:::.::.:.:
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10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSL
:::::::::::...:..:::.: .: :::::..::.:::::. ::.::::: .:: : .
CCDS37 VDAGLTFNKKEFENSYIFDINTIDRIFYLVADSEEEMNKWVRCICDICGFNPTEE--DPV
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100 110 120 130 140
pF1KA0 RNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPP-----VSNHMQPT
. .:. ..: . : .. .. :: ... . :. :: : :..
CCDS37 KPPGSSLQAPADLPLAIN-----------TAPPSTQADSSSATLPPPYQLINVPPHLETL
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 LSTSAPQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISG
::.:: : .: :.. : .:. . : . .: .:.. .. .... .:..:
CCDS37 GIQEDPQDYLLLINCQSKKPEPTRTHADSAKSTSSETDCNDNVPSHKNPASSQSKHGMNG
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 --QVHGFYSLPKPSRHNTEFRDST-YDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSN
: . .:. : ::: . ::. :.:::: . : : ...:.:.: .:.:.:::.
CCDS37 FFQQQMIYDSP-PSRAPSASVDSSLYNLPRSYSHDVLPKVSPSSTEADGE-LYVFNTPSG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 TLCREFGDLLVD-NMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPS
: : :. ..:.: :: ..::::::: .. . : : ::::::::
CCDS37 TSSVETQMRHVSISYDIPPTPGNTYQIPRTFPEGTLGQTSKLDTIPD---IPPPRPPKPH
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KA0 QAE--TPRWGSPQQRPPISENSR---SVAATIPRR-NTLPAMDNSRLHR-ASSCETYEYP
:. .: : . .: .:. : : ::. ..: ..:.. ::: . :. :
CCDS37 PAHDRSPVETCSIPRTASDTDSSYCIPTAGMSPSRSNTISTVDLNKLRKDASSQDCYDIP
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 QRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNS
. . . : :.. . . . . :: .: . ..:::::::.: .
CCDS37 RAFPSDRSSSLEGFHNHFK--VKNVLTVGSVSSEELDENYVPMNPNSPPRQHSSSFTEPI
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KA0 QSV-YIPMSPGAHHFDSLGYPSTTLPVHRG--------PSRGSEI---QPPPVNRNLKPD
: . :.::.::. :.:.:. :.: : : : . .::::.::::::
CCDS37 QEANYVPMTPGTFDFSSFGMQVPP-PAHMGFRSSPKTPPRRPVPVADCEPPPVDRNLKPD
470 480 490 500 510 520
490 500 510 520 530
pF1KA0 RKAKPTPLDLRNNTVIDEL--PFKSPITKSWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITST-DS
::.::.::... .:: : .::::.:..: . : : :: :..: ::. ::
CCDS37 RKVKPAPLEIKPLPEWEELQAPVRSPITRSFARDSSRFPMSP----RPDSVHSTTSSSDS
530 540 550 560 570 580
540 550 560 570 580 590
pF1KA0 GDSEENYVPMQNPVSASPVPS--GTNS------PAPK-KSTGSVDYLALDFQPSSPSPHR
::::::::: :: .: :. :.:: : : :. .:.:: ::.. .. .: :
CCDS37 HDSEENYVPM-NPNLSSEDPNLFGSNSLDGGSSPMIKPKGDKQVEYLDLDLDSGKSTPPR
590 600 610 620 630 640
600 610 620 630
pF1KA0 KPSTS---SVTSDEKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSSE---PSKGAKL
: ..: : ..::.:::: ::..:: ::..: . ::: :::.: :.:..:
CCDS37 KQKSSGSGSSVADERVDYVVVDQQKTLALKSTREAWTDGRQSTESETPAKSVK
650 660 670 680 690
>>CCDS3760.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 (724 aa)
initn: 1000 init1: 458 opt: 921 Z-score: 665.2 bits: 133.5 E(32554): 9.9e-31
Smith-Waterman score: 1172; 36.5% identity (59.5% similar) in 696 aa overlap (1-623:38-707)
10 20 30
pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ
..:::::::::::::.:::.:::.::.:.:
CCDS37 CSGWLRKSPPEKKLKRYAWKRRWFVLRSGRLTGDPDVLEYYKNDHAKKPIRIIDLNLCQQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSL
:::::::::::...:..:::.: .: :::::..::.:::::. ::.::::: .:: : .
CCDS37 VDAGLTFNKKEFENSYIFDINTIDRIFYLVADSEEEMNKWVRCICDICGFNPTEE--DPV
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KA0 RNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPP-----VSNHMQPT
. .:. ..: . : .... :: ... . :. :: : :..
CCDS37 KPPGSSLQAPADLPLAINTAP-----------PSTQADSSSATLPPPYQLINVPPHLETL
130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 LSTSAPQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISG
::.:: : .: :.. : .:. . : . .: .:.. .. .... .:..:
CCDS37 GIQEDPQDYLLLINCQSKKPEPTRTHADSAKSTSSETDCNDNVPSHKNPASSQSKHGMNG
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 --QVHGFYSLPKPSRHNTEFRDST-YDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSN
: . .:. : ::: . ::. :.:::: . : : ...:.:.: .:.:.:::.
CCDS37 FFQQQMIYDSP-PSRAPSASVDSSLYNLPRSYSHDVLPKVSPSSTEADGE-LYVFNTPSG
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 TLCREFGDLLVD-NMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPS
: : :. ..:.: :: ..::::::: .. . : : ::::::::
CCDS37 TSSVETQMRHVSISYDIPPTPGNTYQIPRTFPEGTLGQTSKLDTIPD---IPPPRPPKPH
300 310 320 330 340
330 340 350 360 370
pF1KA0 QAE--TPRWGSPQQRPPISENSR---SVAATIPRR-NTLPAMDNSRLHR-ASSCETYEYP
:. .: : . .: .:. : : ::. ..: ..:.. ::: . :. :
CCDS37 PAHDRSPVETCSIPRTASDTDSSYCIPTAGMSPSRSNTISTVDLNKLRKDASSQDCYDIP
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 QRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNS
. . . : :.. . . . . :: .: . ..:::::::.: .
CCDS37 RAFPSDRSSSLEGFHNHFK--VKNVLTVGSVSSEELDENYVPMNPNSPPRQHSSSFTEPI
410 420 430 440 450 460
440 450 460 470 480
pF1KA0 QSV-YIPMSPGAHHFDSLGYPSTTLPVHRG--------PSRGSEI---QPPPVNRNLKPD
: . :.::.::. :.:.:. :.: : : : . .::::.::::::
CCDS37 QEANYVPMTPGTFDFSSFGMQVPP-PAHMGFRSSPKTPPRRPVPVADCEPPPVDRNLKPD
470 480 490 500 510 520
490 500 510
pF1KA0 RKA------------------------------KPTPLDLRNNTVIDEL--PFKSPITKS
::. ::.::... .:: : .::::.:
CCDS37 RKGQSPKILRLKPHGLERTDSQTIGDFATRRKVKPAPLEIKPLPEWEELQAPVRSPITRS
530 540 550 560 570 580
520 530 540 550 560
pF1KA0 WSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITST-DSGDSEENYVPMQNPVSASPVPS--GTNS---
..: . : : :: :..: ::. :: ::::::::: :: .: :. :.::
CCDS37 FARDSSRFPMSP----RPDSVHSTTSSSDSHDSEENYVPM-NPNLSSEDPNLFGSNSLDG
590 600 610 620 630 640
570 580 590 600 610
pF1KA0 ---PAPK-KSTGSVDYLALDFQPSSPSPHRKPSTS---SVTSDEKVDYVQVDKEKTQALQ
: : :. .:.:: ::.. .. .: :: ..: : ..::.:::: ::..:: ::.
CCDS37 GSSPMIKPKGDKQVEYLDLDLDSGKSTPPRKQKSSGSGSSVADERVDYVVVDQQKTLALK
650 660 670 680 690 700
620 630
pF1KA0 NTMQEWTDVRQSSEPSKGAKL
.: . :
CCDS37 STREAWTDGRQSTESETPAKSVK
710 720
>>CCDS42976.1 GAB4 gene_id:128954|Hs108|chr22 (574 aa)
initn: 1782 init1: 577 opt: 801 Z-score: 581.6 bits: 117.7 E(32554): 4.5e-26
Smith-Waterman score: 1746; 51.2% identity (64.6% similar) in 639 aa overlap (2-638:73-574)
10 20 30
pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ-
:.::::::::::: :::::: ::::.:::
CCDS42 SGWLRKSPPEKKLRLFAWRKRWFILRRGQTSSDPDVLEYYKNDGSKKPLRTINLNLCEQL
50 60 70 80 90 100
40 50 60 70 80
pF1KA0 -VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDS
::. :.:::::.: ...::::::::::::::::.::::.::::::::::: : ::::
CCDS42 DVDVTLNFNKKEIQKGYMFDIKTSERTFYLVAETREDMNEWVQSICQICGFRQ-EESTGF
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 LRNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPPVSNHMQPTLSTS
: :.:::.:: ::::: : : ::: .:. .:: :::::. . ::
CCDS42 LGNISSASHGLCSSPAEPSCSHQHLPQEQ---------EPTS---EPPVSHCVPPTWPIP
170 180 190 200
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 APQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISGQVHG
:: : :: :.:::.:::::::::..: :.:: .::.:.::: .:. :.:.::..::
CCDS42 APPGCLRSHQHASQRAEHARSASFSQGSEAPFIMRRNTAMQNLAQHSGYSVDGVSGHIHG
210 220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KA0 FYSLPKPSRHNTEFRDSTYDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSNTLCREFG
:.:: :::.::.::: ::. .: ::::::::.:::::::.:::
CCDS42 FHSLSKPSQHNAEFRGSTHRIPWSLASHGHTRGSLTGSEADNE-----------------
270 280 290 300 310
270 280 290 300 310 320
pF1KA0 DLLVDNMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPSQAETPRWG
:. :
CCDS42 ----------------------------------ASSG----------------------
330 340 350 360 370 380
pF1KA0 SPQQRPPISENSRSVAATIPRRNTLPAMDNSRLHRASSCETYEYPQRGGESAGRSAESMS
.: :.:: .:.: ::::
CCDS42 ------------------------------------------KYTQHGGGNASRPAESMH
320 330
390 400 410 420 430 440
pF1KA0 DGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNSQSVYIPMSPGAHHFD
.:: :::::. .:: ::: :: . ::::::: :: :...:::.::.: ::.. .::
CCDS42 EGVCSFLPGRTLVGLSDSIASEGSCVPMNPGSPTLPAVKQAGDDSQGVCIPVGSCLVRFD
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pF1KA0 SLGYPSTTLPVHRGPSRGSEIQPPPVNRNLKPDRKAKPTPLDLRNNTVIDELPFKSPITK
:: : : : .:. :.: :.: :::::.:::..::.::: .:::: ::.:: :: :.:.
CCDS42 LLGSPLTELSMHQDLSQGHEVQLPPVNRSLKPNQKANPTPPNLRNNRVINELSFKPPVTE
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pF1KA0 SWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITSTDSGDSEENYVPMQNPVSASPVPSGTNSPAPKK
:: ..:::.:::::. ::::::::.::: :: : :. . ::.:: :: .::.: :: .
CCDS42 PWSGTSHTFDSSSSQH--PISTQSITNTDSEDSGERYL-FPNPASAFPVSGGTSSSAPPR
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:::.. : ::::::: ::: .:::: .:::::::: :::::::.::.: .:::
CCDS42 STGNIHYAALDFQPS------KPSIGSVTSGKKVDYVQVDLEKTQALQKTMHEQMCLRQS
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::: .::::
CCDS42 SEPPRGAKL
570
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]