FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0571, 638 aa 1>>>pF1KA0571 638 - 638 aa - 638 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0799+/-0.000901; mu= -1.8895+/- 0.055 mean_var=198.1203+/-39.417, 0's: 0 Z-trim(113.2): 19 B-trim: 7 in 1/50 Lambda= 0.091119 statistics sampled from 13858 (13871) to 13858 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.742), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16 Scan time: 3.850 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8260.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 ( 638) 4292 576.6 3.5e-164 CCDS8259.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 ( 676) 4292 576.6 3.7e-164 CCDS3759.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 ( 694) 1061 151.9 2.8e-36 CCDS3760.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 ( 724) 921 133.5 9.9e-31 CCDS42976.1 GAB4 gene_id:128954|Hs108|chr22 ( 574) 801 117.7 4.5e-26 >>CCDS8260.1 GAB2 gene_id:9846|Hs108|chr11 (638 aa) initn: 4292 init1: 4292 opt: 4292 Z-score: 3061.0 bits: 576.6 E(32554): 3.5e-164 Smith-Waterman score: 4292; 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CCDS37 FFQQQMIYDSP-PSRAPSASVDSSLYNLPRSYSHDVLPKVSPSSTEADGE-LYVFNTPSG 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KA0 TLCREFGDLLVD-NMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPS : : :. ..:.: :: ..::::::: .. . : : :::::::: CCDS37 TSSVETQMRHVSISYDIPPTPGNTYQIPRTFPEGTLGQTSKLDTIPD---IPPPRPPKPH 300 310 320 330 340 330 340 350 360 370 pF1KA0 QAE--TPRWGSPQQRPPISENSR---SVAATIPRR-NTLPAMDNSRLHR-ASSCETYEYP :. .: : . .: .:. : : ::. ..: ..:.. ::: . :. : CCDS37 PAHDRSPVETCSIPRTASDTDSSYCIPTAGMSPSRSNTISTVDLNKLRKDASSQDCYDIP 350 360 370 380 390 400 380 390 400 410 420 430 pF1KA0 QRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNS . . . : :.. . . . . :: .: . ..:::::::.: . CCDS37 RAFPSDRSSSLEGFHNHFK--VKNVLTVGSVSSEELDENYVPMNPNSPPRQHSSSFTEPI 410 420 430 440 450 460 440 450 460 470 480 pF1KA0 QSV-YIPMSPGAHHFDSLGYPSTTLPVHRG--------PSRGSEI---QPPPVNRNLKPD : . :.::.::. :.:.:. :.: : : : . .::::.:::::: CCDS37 QEANYVPMTPGTFDFSSFGMQVPP-PAHMGFRSSPKTPPRRPVPVADCEPPPVDRNLKPD 470 480 490 500 510 520 490 500 510 520 530 pF1KA0 RKAKPTPLDLRNNTVIDEL--PFKSPITKSWSRANHTFNSSSSQYCRPISTQSITST-DS ::.::.::... .:: : .::::.:..: . : : :: :..: ::. :: CCDS37 RKVKPAPLEIKPLPEWEELQAPVRSPITRSFARDSSRFPMSP----RPDSVHSTTSSSDS 530 540 550 560 570 580 540 550 560 570 580 590 pF1KA0 GDSEENYVPMQNPVSASPVPS--GTNS------PAPK-KSTGSVDYLALDFQPSSPSPHR ::::::::: :: .: :. :.:: : : :. .:.:: ::.. .. .: : CCDS37 HDSEENYVPM-NPNLSSEDPNLFGSNSLDGGSSPMIKPKGDKQVEYLDLDLDSGKSTPPR 590 600 610 620 630 640 600 610 620 630 pF1KA0 KPSTS---SVTSDEKVDYVQVDKEKTQALQNTMQEWTDVRQSSE---PSKGAKL : ..: : ..::.:::: ::..:: ::..: . ::: :::.: :.:..: CCDS37 KQKSSGSGSSVADERVDYVVVDQQKTLALKSTREAWTDGRQSTESETPAKSVK 650 660 670 680 690 >>CCDS3760.1 GAB1 gene_id:2549|Hs108|chr4 (724 aa) initn: 1000 init1: 458 opt: 921 Z-score: 665.2 bits: 133.5 E(32554): 9.9e-31 Smith-Waterman score: 1172; 36.5% identity (59.5% similar) in 696 aa overlap (1-623:38-707) 10 20 30 pF1KA0 MSGDPDVLEYYKNDHSKKPLRIINLNFCEQ ..:::::::::::::.:::.:::.::.:.: CCDS37 CSGWLRKSPPEKKLKRYAWKRRWFVLRSGRLTGDPDVLEYYKNDHAKKPIRIIDLNLCQQ 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 VDAGLTFNKKELQDSFVFDIKTSERTFYLVAETEEDMNKWVQSICQICGFNQAEESTDSL :::::::::::...:..:::.: .: :::::..::.:::::. ::.::::: .:: : . CCDS37 VDAGLTFNKKEFENSYIFDINTIDRIFYLVADSEEEMNKWVRCICDICGFNPTEE--DPV 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 pF1KA0 RNVSSAGHGPRSSPAELSSSSQHLLRERKSSAPSHSSQPTLFTFEPP-----VSNHMQPT . .:. ..: . : .... :: ... . :. :: : :.. CCDS37 KPPGSSLQAPADLPLAINTAP-----------PSTQADSSSATLPPPYQLINVPPHLETL 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KA0 LSTSAPQEYLYLHQCISRRAENARSASFSQGTRASFLMRSDTAVQKLAQGNGHCVNGISG ::.:: : .: :.. : .:. . : . .: .:.. .. .... .:..: CCDS37 GIQEDPQDYLLLINCQSKKPEPTRTHADSAKSTSSETDCNDNVPSHKNPASSQSKHGMNG 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 pF1KA0 --QVHGFYSLPKPSRHNTEFRDST-YDLPRSLASHGHTKGSLTGSETDNEDVYTFKTPSN : . .:. : ::: . ::. :.:::: . : : ...:.:.: .:.:.:::. CCDS37 FFQQQMIYDSP-PSRAPSASVDSSLYNLPRSYSHDVLPKVSPSSTEADGE-LYVFNTPSG 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KA0 TLCREFGDLLVD-NMDVPATPLSAYQIPRTFTLDKNHNAMTVATPGDSAIAPPPRPPKPS : : :. ..:.: :: ..::::::: .. . : : :::::::: CCDS37 TSSVETQMRHVSISYDIPPTPGNTYQIPRTFPEGTLGQTSKLDTIPD---IPPPRPPKPH 300 310 320 330 340 330 340 350 360 370 pF1KA0 QAE--TPRWGSPQQRPPISENSR---SVAATIPRR-NTLPAMDNSRLHR-ASSCETYEYP :. .: : . .: .:. : : ::. ..: ..:.. ::: . :. : CCDS37 PAHDRSPVETCSIPRTASDTDSSYCIPTAGMSPSRSNTISTVDLNKLRKDASSQDCYDIP 350 360 370 380 390 400 380 390 400 410 420 430 pF1KA0 QRGGESAGRSAESMSDGVGSFLPGKMIVGRSDSTNSEDNYVPMNPGSSTLLAMERAGDNS . . . : :.. . . . . :: .: . ..:::::::.: . 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