Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0577
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0577, 1041 aa
1>>>pF1KA0577 1041 - 1041 aa - 1041 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5170+/-0.00132; mu= 3.5752+/- 0.078
mean_var=329.6306+/-65.556, 0's: 0 Z-trim(108.7): 67 B-trim: 86 in 1/53
Lambda= 0.070642
statistics sampled from 10348 (10397) to 10348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.319), width: 16
Scan time: 5.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4685.1 DHX16 gene_id:8449|Hs108|chr6 (1041) 6778 706.2 9.1e-203
CCDS11464.1 DHX8 gene_id:1659|Hs108|chr17 (1220) 2590 279.5 3.1e-74
CCDS77040.1 DHX8 gene_id:1659|Hs108|chr17 (1181) 2422 262.3 4.3e-69
CCDS10907.1 DHX38 gene_id:9785|Hs108|chr16 (1227) 2331 253.1 2.7e-66
CCDS33966.1 DHX15 gene_id:1665|Hs108|chr4 ( 795) 2076 226.9 1.4e-58
CCDS11072.1 DHX33 gene_id:56919|Hs108|chr17 ( 707) 1852 204.0 9.4e-52
CCDS54463.1 DHX35 gene_id:60625|Hs108|chr20 ( 672) 1426 160.5 1.1e-38
CCDS13310.1 DHX35 gene_id:60625|Hs108|chr20 ( 703) 1426 160.6 1.1e-38
CCDS12700.1 DHX34 gene_id:9704|Hs108|chr19 (1143) 1131 130.7 1.7e-29
CCDS7652.1 DHX32 gene_id:55760|Hs108|chr10 ( 743) 1096 127.0 1.5e-28
CCDS1949.2 DQX1 gene_id:165545|Hs108|chr2 ( 717) 985 115.6 3.8e-25
CCDS54150.1 DHX40 gene_id:79665|Hs108|chr17 ( 702) 876 104.5 8.2e-22
CCDS11617.1 DHX40 gene_id:79665|Hs108|chr17 ( 779) 876 104.6 8.8e-22
CCDS3171.1 DHX36 gene_id:170506|Hs108|chr3 (1008) 644 81.0 1.4e-14
CCDS1800.1 DHX57 gene_id:90957|Hs108|chr2 (1386) 636 80.4 3e-14
CCDS54657.1 DHX36 gene_id:170506|Hs108|chr3 ( 994) 574 73.9 1.9e-12
CCDS4113.1 YTHDC2 gene_id:64848|Hs108|chr5 (1430) 545 71.1 1.9e-11
>>CCDS4685.1 DHX16 gene_id:8449|Hs108|chr6 (1041 aa)
initn: 6778 init1: 6778 opt: 6778 Z-score: 3753.8 bits: 706.2 E(32554): 9.1e-203
Smith-Waterman score: 6778; 100.0% identity (100.0% similar) in 1041 aa overlap (1-1041:1-1041)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MATPAGLERWVQDELHSVLGLSERHVAQFLIGTAQRCTSAEEFVQRLRDTDTLDLSGPAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 MATPAGLERWVQDELHSVLGLSERHVAQFLIGTAQRCTSAEEFVQRLRDTDTLDLSGPAR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 DFALRLWNKVPRKAVVEKPARAAEREARALLEKNRSYRLLEDSEESSEETVSRAGSSLQK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DFALRLWNKVPRKAVVEKPARAAEREARALLEKNRSYRLLEDSEESSEETVSRAGSSLQK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 KRKKRKHLRKKREEEEEEEASEKGKKKTGGSKQQTEKPESEDEWERTERERLQDLEERDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 KRKKRKHLRKKREEEEEEEASEKGKKKTGGSKQQTEKPESEDEWERTERERLQDLEERDA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 FAERVRQRDKDRTRNVLERSDKKAYEEAQKRLKMAEEDRKAMVPELRKKSRREYLAKRER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 FAERVRQRDKDRTRNVLERSDKKAYEEAQKRLKMAEEDRKAMVPELRKKSRREYLAKRER
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 EKLEDLEAELADEEFLFGDVELSRHERQELKYKRRVRDLAREYRAAGEQEKLEATNRYHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EKLEDLEAELADEEFLFGDVELSRHERQELKYKRRVRDLAREYRAAGEQEKLEATNRYHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 PKETRGQPARAVDLVEEESGAPGEEQRRWEEARLGAASLKFGARDAASQEPKYQLVLEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 PKETRGQPARAVDLVEEESGAPGEEQRRWEEARLGAASLKFGARDAASQEPKYQLVLEEE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 ETIEFVRATQLQGDEEPSAPPTSTQAQQKESIQAVRRSLPVFPFREELLAAIANHQVLII
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 ETIEFVRATQLQGDEEPSAPPTSTQAQQKESIQAVRRSLPVFPFREELLAAIANHQVLII
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 EGETGSGKTTQIPQYLFEEGYTNKGMKIACTQPRRVAAMSVAARVAREMGVKLGNEVGYS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EGETGSGKTTQIPQYLFEEGYTNKGMKIACTQPRRVAAMSVAARVAREMGVKLGNEVGYS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 IRFEDCTSERTVLRYMTDGMLLREFLSEPDLASYSVVMVDEAHERTLHTDILFGLIKDVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IRFEDCTSERTVLRYMTDGMLLREFLSEPDLASYSVVMVDEAHERTLHTDILFGLIKDVA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 RFRPELKVLVASATMDTARFSTFFDDAPVFRIPGRRFPVDIFYTKAPEADYLEACVVSVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RFRPELKVLVASATMDTARFSTFFDDAPVFRIPGRRFPVDIFYTKAPEADYLEACVVSVL
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 QIHVTQPPGDILVFLTGQEEIEAACEMLQDRCRRLGSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QIHVTQPPGDILVFLTGQEEIEAACEMLQDRCRRLGSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 QPTPPGARKVVVATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFCKQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QPTPPGARKVVVATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFCKQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASAN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 QRAGRAGRVAAGKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEIQRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QRAGRAGRVAAGKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEIQRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDF
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LDPPPYETLLLALEQLYALGALNHLGELTTSGRKMAELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LDPPPYETLLLALEQLYALGALNHLGELTTSGRKMAELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 LTVAAMLSVNNSIFYRPKDKVVHADNARVNFFLPGGDHLVLLNVYTQWAESGYSSQWCYE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 LTVAAMLSVNNSIFYRPKDKVVHADNARVNFFLPGGDHLVLLNVYTQWAESGYSSQWCYE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 NFVQFRSMRRARDVREQLEGLLERVEVGLSSCQGDYIRVRKAITAGYFYHTARLTRSGYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NFVQFRSMRRARDVREQLEGLLERVEVGLSSCQGDYIRVRKAITAGYFYHTARLTRSGYR
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 TVKQQQTVFIHPNSSLFEQQPRWLLYHELVLTTKEFMRQVLEIESSWLLEVAPHYYKAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 TVKQQQTVFIHPNSSLFEQQPRWLLYHELVLTTKEFMRQVLEIESSWLLEVAPHYYKAKE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040
pF1KA0 LEDPHAKKMPKKIGKTREELG
:::::::::::::::::::::
CCDS46 LEDPHAKKMPKKIGKTREELG
1030 1040
>>CCDS11464.1 DHX8 gene_id:1659|Hs108|chr17 (1220 aa)
initn: 2652 init1: 1960 opt: 2590 Z-score: 1446.2 bits: 279.5 E(32554): 3.1e-74
Smith-Waterman score: 2604; 48.7% identity (75.0% similar) in 855 aa overlap (189-1039:383-1199)
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 ESEDEWERTERERLQDLEERDAFAERVRQRDKDRTRNVLER-SDKKAYEEAQKRLKMAEE
: . :. : : :: . .: :.. :.
CCDS11 NLVGETNEETSMRNPDRPTHLSLVSAPEVEDDSLERKRLTRISDPEKWE--IKQMIAANV
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 DRKAMVPELRKKSRREYLAKREREKLEDLEAELADEEFLFGDVELSRHERQELKYK--RR
: :.. ... : : . :. :::: ::..:: : : : .: . .. .
CCDS11 LSKEEFPDFDEET--GILPKVDDEEDEDLEIELVEEEPPF----LRGHTKQSMDMSPIKI
420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 VRDLAREYRAAGEQEKLEATNRYHMPKETRGQPARAVDLVEEESGAPGEEQRRWEEARLG
:.. :. ... : .: .. . : : .. : ...: .
CCDS11 VKNPDGSLSQAAMMQSALAKERRELKQAQREA---------EMDSIPMGLNKHWVDPLPD
470 480 490 500 510
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 AASLKFGARDAASQEPKYQLVLEEEETIEFVRATQLQGDEEPSAPPTSTQAQQKESIQAV
: : . ::... .. . : . . :.. .: . . ::
CCDS11 AE----GRQIAANMRGIGMM----PNDIPEWKKHAFGGNK------ASYGKKTQMSILEQ
520 530 540 550 560
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 RRSLPVFPFREELLAAIANHQVLIIEGETGSGKTTQIPQYLFEEGYTNKGMKIACTQPRR
:.:::.. ..:.:. :. ..:.::. ::::::::::: ::: : :::..: ::.::::::
CCDS11 RESLPIYKLKEQLVQAVHDNQILIVIGETGSGKTTQITQYLAEAGYTSRG-KIGCTQPRR
570 580 590 600 610 620
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 VAAMSVAARVAREMGVKLGNEVGYSIRFEDCTSERTVLRYMTDGMLLREFLSEPDLASYS
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CCDS11 VAAMSVAKRVSEEFGCCLGQEVGYTIRFEDCTSPETVIKYMTDGMLLRECLIDPDLTQYA
630 640 650 660 670 680
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 VVMVDEAHERTLHTDILFGLIKDVARFRPELKVLVASATMDTARFSTFFDDAPVFRIPGR
..:.:::::::.:::.::::.: ... : ..:..:.:::.:...:: .: .::.: ::::
CCDS11 IIMLDEAHERTIHTDVLFGLLKKTVQKRQDMKLIVTSATLDAVKFSQYFYEAPIFTIPGR
690 700 710 720 730 740
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 RFPVDIFYTKAPEADYLEACVVSVLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIEAACEMLQDRCRRL
.::.:.::: ::.:::.: ...:.:::.:.:::::::::::::::..:::.: .: . :
CCDS11 TYPVEILYTKEPETDYLDASLITVMQIHLTEPPGDILVFLTGQEEIDTACEILYERMKSL
750 760 770 780 790 800
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 GSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIFQPTPPGARKVVVATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFC
: . ::..::.:. :::.::.:::.:.:::.::::.:::::::::::.:: ::.::::
CCDS11 GPDVPELIILPVYSALPSEMQTRIFDPAPPGSRKVVIATNIAETSLTIDGIYYVVDPGFV
810 820 830 840 850 860
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 KQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASANQRAGRAGRVAAGKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEI
::: :: .::...:.::: :.:.:.::::::::.. :::.:::: ::. :. :.::::
CCDS11 KQKVYNSKTGIDQLVVTPISQAQAKQRAGRAGRTGPGKCYRLYTERAYRDEMLTTNVPEI
870 880 890 900 910 920
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 QRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDFLDPPPYETLLLALEQLYALGALNHLGELTTSGRKM
:::.:...:: ::..::.::. :::.: ::.:::. :.::::.::::. : :: ::.:
CCDS11 QRTNLASTVLSLKAMGINDLLSFDFMDAPPMETLITAMEQLYTLGALDDEGLLTRLGRRM
930 940 950 960 970 980
820 830 840 850 860 870
pF1KA0 AELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEILTVAAMLSVNNSIFYRPKDKVVHADNARVNFFLPG
::.:..::: ::.. : . .::::.::...::::.: .::::::: . ::. ...:
CCDS11 AEFPLEPMLCKMLIMSVHLGCSEEMLTIVSMLSVQN-VFYRPKDKQALADQKKAKFHQTE
990 1000 1010 1020 1030
880 890 900 910 920 930
pF1KA0 GDHLVLLNVYTQWAESGYSSQWCYENFVQFRSMRRARDVREQLEGLLERVEVGLSSCQGD
::::.:: ::..: .. .:. ::::::.: ::.:::.:.:.:. :...: .. . :: .
CCDS11 GDHLTLLAVYNSWKNNKFSNPWCYENFIQARSLRRAQDIRKQMLGIMDRHKLDVVSCGKS
1040 1050 1060 1070 1080 1090
940 950 960 970 980 990
pF1KA0 YIRVRKAITAGYFYHTARLT-RSGYRTVKQQQTVFIHPNSSLFEQQPRWLLYHELVLTTK
.::.::: .:.: ..:. . ::::. .::.:.:::.:.::..::.:..:::::::::
CCDS11 TVRVQKAICSGFFRNAAKKDPQEGYRTLIDQQVVYIHPSSALFNRQPEWVVYHELVLTTK
1100 1110 1120 1130 1140 1150
1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA0 EFMRQVLEIESSWLLEVAPHYYKAKELEDPHAKKMPKKIGKTREELG
:.::.: :. ::.: :: ..:.. :: :. :. . : :
CCDS11 EYMREVTTIDPRWLVEFAPAFFKVS---DP--TKLSKQKKQQRLEPLYNRYEEPNAWRIS
1160 1170 1180 1190 1200 1210
CCDS11 RAFRRR
1220
>>CCDS77040.1 DHX8 gene_id:1659|Hs108|chr17 (1181 aa)
initn: 2099 init1: 1799 opt: 2422 Z-score: 1353.9 bits: 262.3 E(32554): 4.3e-69
Smith-Waterman score: 2436; 48.8% identity (75.3% similar) in 797 aa overlap (189-981:383-1146)
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 ESEDEWERTERERLQDLEERDAFAERVRQRDKDRTRNVLER-SDKKAYEEAQKRLKMAEE
: . :. : : :: . .: :.. :.
CCDS77 NLVGETNEETSMRNPDRPTHLSLVSAPEVEDDSLERKRLTRISDPEKWE--IKQMIAANV
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 DRKAMVPELRKKSRREYLAKREREKLEDLEAELADEEFLFGDVELSRHERQELKYK--RR
: :.. ... : : . :. :::: ::..:: : : : .: . .. .
CCDS77 LSKEEFPDFDEETG--ILPKVDDEEDEDLEIELVEEEPPF----LRGHTKQSMDMSPIKI
420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 VRDLAREYRAAGEQEKLEATNRYHMPKETRGQPARAVDLVEEESGAPGEEQRRWEEARLG
:.. :. ... : .: .. . : : .. : ...: .
CCDS77 VKNPDGSLSQAAMMQSALAKERRELKQAQREA---------EMDSIPMGLNKHWVDPLPD
470 480 490 500 510
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 AASLKFGARDAASQEPKYQLVLEEEETIEFVRATQLQGDEEPSAPPTSTQAQQKESIQAV
: : . ::... .. . : . . :.. .: . . ::
CCDS77 AE----GRQIAANMRGIGMM----PNDIPEWKKHAFGGNK------ASYGKKTQMSILEQ
520 530 540 550 560
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 RRSLPVFPFREELLAAIANHQVLIIEGETGSGKTTQIPQYLFEEGYTNKGMKIACTQPRR
:.:::.. ..:.:. :. ..:.::. ::::::::::: ::: : :::..: ::.::::::
CCDS77 RESLPIYKLKEQLVQAVHDNQILIVIGETGSGKTTQITQYLAEAGYTSRG-KIGCTQPRR
570 580 590 600 610 620
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 VAAMSVAARVAREMGVKLGNEVGYSIRFEDCTSERTVLRYMTDGMLLREFLSEPDLASYS
::::::: ::..:.: ::.::::.:::::::: .::..:::::::::: : .:::..:.
CCDS77 VAAMSVAKRVSEEFGCCLGQEVGYTIRFEDCTSPETVIKYMTDGMLLRECLIDPDLTQYA
630 640 650 660 670 680
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 VVMVDEAHERTLHTDILFGLIKDVARFRPELKVLVASATMDTARFSTFFDDAPVFRIPGR
..:.:::::::.:::.::::.: ... : ..:..:.:::.:...:: .: .::.: ::::
CCDS77 IIMLDEAHERTIHTDVLFGLLKKTVQKRQDMKLIVTSATLDAVKFSQYFYEAPIFTIPGR
690 700 710 720 730 740
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 RFPVDIFYTKAPEADYLEACVVSVLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIEAACEMLQDRCRRL
.::.:.::: ::.:::.: ...:.:::.:.:::::::::::::::..:::.: .: . :
CCDS77 TYPVEILYTKEPETDYLDASLITVMQIHLTEPPGDILVFLTGQEEIDTACEILYERMKSL
750 760 770 780 790 800
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 GSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIFQPTPPGARKVVVATNIAETSLTIEGIIYVLDPGFC
: . ::..::.:. :::.::.:::.:.:::.::::.:::::::::::.:: ::.::::
CCDS77 GPDVPELIILPVYSALPSEMQTRIFDPAPPGSRKVVIATNIAETSLTIDGIYYVVDPGFV
810 820 830 840 850 860
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 KQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASANQRAGRAGRVAAGKCFRLYTAWAYQHELEETTVPEI
::: :: .::...:.::: :.:.:.::::::::.. :::.:::: ::. :. :.::::
CCDS77 KQKVYNSKTGIDQLVVTPISQAQAKQRAGRAGRTGPGKCYRLYTERAYRDEMLTTNVPEI
870 880 890 900 910 920
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 QRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDFLDPPPYETLLLALEQLYALGALNHLGELTTSGRKM
:::.:...:: ::..::.::. :::.: ::.:::. :.::::.::::. : :: ::.:
CCDS77 QRTNLASTVLSLKAMGINDLLSFDFMDAPPMETLITAMEQLYTLGALDDEGLLTRLGRRM
930 940 950 960 970 980
820 830 840 850 860 870
pF1KA0 AELPVDPMLSKMILASEKYSCSEEILTVAAMLSVNNSIFYRPKDKVVHADNARVNFFLPG
::.:..::: ::.. : . .::::.::...::::.: .::::::: . ::. ...:
CCDS77 AEFPLEPMLCKMLIMSVHLGCSEEMLTIVSMLSVQN-VFYRPKDKQALADQKKAKFHQTE
990 1000 1010 1020 1030
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pF1KA0 GDHLVLLNVYTQWAESGYSSQWCYENFVQFRSMRRARDVREQLEGLLERVEVGLSSCQGD
::::.:: ::..: .. .:. ::::::.: ::.:::.:.:.:. :...: .. . :: .
CCDS77 GDHLTLLAVYNSWKNNKFSNPWCYENFIQARSLRRAQDIRKQMLGIMDRHKLDVVSCGKS
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pF1KA0 YIRVRKAITAGYFYHTARLT-RSGYRTVKQQQTVFIHPNSSLFEQQPRWLLYHELVLTTK
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CCDS77 TVRVQKAICSGFFRNAAKKDPQEGYRTLIDQQVVYIHPSSALFNRQPECPKHFLPVVAVA
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CCDS77 VSLEQCLSKFEDLNKELGLVTC
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CCDS10 SVR----GKYSDDTPLPTPSYKYNEWADDRRHLGST-----PRLSRGRGRREEGEEGISF
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CCDS10 AQRRQINEDNERWETNRMLTSGVVHRLEVDEDFEEDNAAKVHLMVHNLVPPFLDGRIVFT
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270 280 290 300 310 320
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.. . . : . ::: : : : : : : .. : .
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....:: :. :.: ....: . . .. :. ... :. : .:. .:
CCDS10 -QHKHWE-----LAGTKLGDIMGVKKEEEPDKAVTEDGKVDY-RTEQKFADHMKRKSEAS
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.. .:.:: :. ::.: ..:::. : .....:. ::::::::::. ::: :.:::.
CCDS10 SEFAKKKSILEQRQYLPIFAVQQELLTIIRDNSIVIVVGETGSGKTTQLTQYLHEDGYTD
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CCDS10 YGM-IGCTQPRRVAAMSVAKRVSEEMGGNLGEEVGYAIRFEDCTSENTLIKYMTDGILLR
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: : : :: ::....::::::.:.::.::::...:. : .::..:.:::::. .:..:
CCDS10 ESLREADLDHYSAIIMDEAHERSLNTDVLFGLLREVVARRSDLKLIVTSATMDAEKFAAF
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: ..:.:.:::: :::::...:.:. ::.:: : . ::.:.. :::::.:. :::.::.
CCDS10 FGNVPIFHIPGRTFPVDILFSKTPQEDYVEAAVKQSLQVHLSGAPGDILIFMPGQEDIEV
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pF1KA0 ACEMLQDRCRRLGSKIRELLVLPIYANLPSDMQARIFQPTPPGARKVVVATNIAETSLTI
. ... .. ..: . : :::::..::::.::.::: .: :.:: .:::::::::::.
CCDS10 TSDQIVEHLEEL-ENAPALAVLPIYSQLPSDLQAKIFQKAPDGVRKCIVATNIAETSLTV
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CCDS10 DGIMFVIDSGYCKLKVFNPRIGMDALQIYPISQANANQRSGRAGRTGPGQCFRLYTQSAY
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CCDS10 KNELLTTTVPEIQRTNLANVVLLLKSLGVQDLLQFHFMDPPPEDNMLNSMYQLWILGALD
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CCDS10 NTGGLTSTGRLMVEFPLDPALSKMLIVSCDMGCSSEILLIVSMLSVP-AIFYRPKGREEE
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CCDS10 SDQIREKFAVPESDHLTYLNVYLQWKNNNYSTIWCNDHFIHAKAMRKVREVRAQLKDIMV
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pF1KA0 RVEVGLSSCQGDYIRVRKAITAGYFYHTARLTRSG-YRTVKQQQTVFIHPNSSLFEQ--Q
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CCDS10 QQRMSLASCGTDWDIVRKCICAAYFHQAAKLKGIGEYVNIRTGMPCHLHPTSSLFGMGYT
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pF1KA0 G
CCDS10 EEMALAEEQLRARRQEQEKRSPLGSVRSTKIYTPGRKEQGEPMTPRRTPARFGL
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CCDS33 SGKTTQIPQWCVEYMRSLPGPKRGVACTQPRRVAAMSVAQRVADEMDVMLGQEVGYSIRF
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CCDS33 EDCSSAKTILKYMTDGMLLREAMNDPLLERYGVIILDEAHERTLATDILMGVLKEVVRQR
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CCDS33 MCEEEEGDLLLFLTGQEEIDEACKRIKREVDDLGPEVGDIKIIPLYSTLPPQQQQRIFEP
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CCDS33 ASAQQRAGRAGRTRPGKCFRLYTEKAYKTEMQDNTYPEILRSNLGSVVLQLKKLGIDDLV
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CCDS33 HFDFMDPPAPETLMRALELLNYLAALNDDGDLTELGSMMAEFPLDPQLAKMVIASCDYNC
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CCDS33 SNEVLSITAMLSVPQC-FVRPTEAKKAADEAKMRFAHIDGDHLTLLNVYHAFKQNHESVQ
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pF1KA0 WCYENFVQFRSMRRARDVREQLEGLLERVEVGLSSC----QGDYIRVRKAITAGYFYHTA
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CCDS33 WCYDNFINYRSLMSADNVRQQLSRIMDRFNLPRRSTDFTSRDYYINIRKALVTGYFMQVA
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CCDS33 HLERTGHYLTVKDNQVVQLHP-STVLDHKPEWVLYNEFVLTTKNYIRTCTDIKPEWLVKI
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pF1KA0 APHYYKAKELEDPHAKKMPKKIGKTREELG
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CCDS33 APQYYDMSNFPQCEAKRQLDRIIAKLQSKEYSQY
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CCDS11 RAGSFPPGRQVVMLLTAGSGGRGGGGGRRQQPPLAQPSAS--PYPEAVELQRRSLPIFQA
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: .::: . : . .. :::::::::::::::.: : . .:. :: ::::::::.:.:.:
CCDS11 RGQLLAQLRNLDNAVLIGETGSGKTTQIPQYLYEGGISRQGI-IAVTQPRRVAAISLATR
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CCDS11 VSDEKRTELGKLVGYTVRFDDVTSEDTRIKFLTDGMLLREAISDSLLRKYSCVILDEAHE
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CCDS11 RTIHTDVLFGVVKAAQKRRKELGKLPLKVIVMSATMDVDLFSQYFNGAPVLYLEGRQHPI
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CCDS11 QVFYTKQPQNDYLHAALVSVFQIHQEAPSSQDILVFLTGQEEIEAMSKTCRDIAKHLPDG
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CCDS11 CPAMLVLPLYASLPYAQQLRVFQGAPKGYRKVIISTNIAETSITITGIKYVVDTGMVKAK
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CCDS11 KYNPDSGLEVLAVQRVSKTQAWQRTGRAGREDSGICYRLYTEDEFE-KFDKMTVPEIQRC
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CCDS11 NLASVMLQLLAMKVPNVLTFDFMSKPSPDHIQAAIAQLDLLGALEHKDDQLTLTPMGRKM
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CCDS11 AAFPLEPKFAKTILMSPKFHCTEEILTIVSLLSVD-SVLHNPPSRREEVQGVRKKFISSE
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CCDS11 GDHMTLLNIYRTFKNLGGNKDWCKENFVNSKNMTLVAEVRAQLRDICLKMSMPIASSRGD
560 570 580 590 600 610
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CCDS11 VESVRRCLAHSLFMSTAELQPDGTYATTDTHQPVAIHPSSVLFHCKPACVVYTELLYTNK
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CCDS11 CYMRDLCVIDAQWLYEAAPEYFRRKLRTARN
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CCDS54 SLAENSGTTVVYNPYAALSIEQQRQKLPVFKYLAEAGWTAEGRVVGVTQPRRVAAVTVAG
30 40 50 60 70 80
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CCDS54 RVAEERGAVLGHEVGYCIRFDDCTDQLATRIKFLTDGMLVREMMVDPLLTKYSVIMLDEA
90 100 110 120 130 140
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CCDS54 HERTLYTDIAIGLLKKIQKKRGDLRLIVASATLDADKFRDFFNQNETSDPARDTCVILTV
150 160 170 180 190 200
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pF1KA0 PGRRFPVDIFYTKAPEADYLEACVVSVLQIHVTQPPGDILVFLTGQEEIEAACEMLQDRC
:: ::::::: ..: ::... : .:..:: :. ::.:.:::::::.:.. :: ..
CCDS54 EGRTFPVDIFYLQSPVPDYIKSTVETVVKIHQTEGDGDVLAFLTGQEEVETVVSMLIEQA
210 220 230 240 250 260
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CCDS54 RALARTGMK-RHLRVLPMYAGLPSFEQMKVFERVSRSVRKVIVATNVAETSITISGIVYV
270 280 290 300 310 320
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pF1KA0 LDPGFCKQKSYNPRTGMESLTVTPCSKASANQRAGRAGRVAAGKCFRLYTAWAYQHELEE
.: :: : ..:::::..: :.:.: :.:::::::::.:: .:::.:::: :.. .: .
CCDS54 IDCGFVKLRAYNPRTAIECLVVVPVSQASANQRAGRGGRSRSGKCYRLYTEEAFD-KLPQ
330 340 350 360 370 380
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pF1KA0 TTVPEIQRTSLGNVVLLLKSLGIHDLMHFDFLDPPPYETLLLALEQLYALGALNHLGELT
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CCDS54 STVPEMQRSNLAPVILQLKALGIDNVLRFHFMSPPPAQSMVQALELLYALGGLDKDCRLT
390 400 410 420 430 440
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CCDS54 EPLGMRIAEFPLNPMFAKMLLESGNFGCSQEILSIAAMMQIQN-IFVVPPNQKSHAIRVH
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CCDS13 ESAWLLELAPHFYQQGTHLSLKAKRAKVQDP
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CCDS12 ETRRLLEDAFF----REE-DYIRQGSEECQKFWTFFERLQRFQNLKTSRKEEKDPGQPKH
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CCDS12 SIPALADLP-RTYDPRYRINLSVLGPATR--GSQGLGRHLPA-------ERVAEFRRALL
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CCDS76 CGKSAQVPQWCAEYCLSIHYQHGG--VICTQVHKQTVVQLALRVADEMDVNIGHEVGYVI
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CCDS76 SQSQAEIRKQILGSSSSGKFFCLYTEEFASKDMTPLKPAEMQEANLTSMVLFMKRIDIAG
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]