FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0584, 626 aa
1>>>pF1KA0584 626 - 626 aa - 626 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3546+/-0.000906; mu= 18.8927+/- 0.055
mean_var=68.5085+/-13.425, 0's: 0 Z-trim(105.6): 21 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.154954
statistics sampled from 8490 (8500) to 8490 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.628), E-opt: 0.2 (0.261), width: 16
Scan time: 2.810
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1360.1 COLGALT2 gene_id:23127|Hs108|chr1 ( 626) 4265 962.9 0
CCDS12363.1 COLGALT1 gene_id:79709|Hs108|chr19 ( 622) 2812 638.0 1.1e-182
CCDS6901.2 CERCAM gene_id:51148|Hs108|chr9 ( 595) 2152 490.5 2.7e-138
CCDS69675.1 CERCAM gene_id:51148|Hs108|chr9 ( 517) 1874 428.3 1.2e-119
CCDS3131.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 ( 737) 304 77.4 7.4e-14
CCDS5715.1 PLOD3 gene_id:8985|Hs108|chr7 ( 738) 284 72.9 1.7e-12
CCDS142.1 PLOD1 gene_id:5351|Hs108|chr1 ( 727) 283 72.7 1.9e-12
CCDS3132.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 ( 758) 263 68.3 4.4e-11
>>CCDS1360.1 COLGALT2 gene_id:23127|Hs108|chr1 (626 aa)
initn: 4265 init1: 4265 opt: 4265 Z-score: 5148.8 bits: 962.9 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4265; 100.0% identity (100.0% similar) in 626 aa overlap (1-626:1-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAARPAATLAWSLLLLSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MAARPAATLAWSLLLLSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 ARNAAHTLPHFLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 ARNAAHTLPHFLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 MDEPESYPDEIGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MDEPESYPDEIGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LIAENKTIVAPMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 LIAENKTIVAPMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 IDLRKEASDKLTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IDLRKEASDKLTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 TLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRML
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 RTLYEQEIEVKIVEAVDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 RTLYEQEIEVKIVEAVDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 WKEVIDRELEKTLVIEDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 WKEVIDRELEKTLVIEDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 AVPNVANLVEADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVPNVANLVEADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 YYESRDLKAFSAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNETVATDWDRTHAWKSRKQSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 YYESRDLKAFSAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNETVATDWDRTHAWKSRKQSR
550 560 570 580 590 600
610 620
pF1KA0 IYSNAKNTEALPPPTSLDTVPSRDEL
::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 IYSNAKNTEALPPPTSLDTVPSRDEL
610 620
>>CCDS12363.1 COLGALT1 gene_id:79709|Hs108|chr19 (622 aa)
initn: 2796 init1: 2796 opt: 2812 Z-score: 3393.4 bits: 638.0 E(32554): 1.1e-182
Smith-Waterman score: 2812; 66.8% identity (88.5% similar) in 581 aa overlap (46-626:45-622)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 LSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCL
::::::.: ::.:.:::::::.:: :: :
CCDS12 LLALLLLLLAPLPPGAPPGADAYFPEERWSPESPLQAPRVLIALLARNAAHALPTTLGAL
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KA0 ERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKH
::: .:. : :.:.:::::.:::. ..:::: :. ::: ::::: .::.::::: ::::
CCDS12 ERLRHPRERTALWVATDHNMDNTSTVLREWLVAVKSLYHSVEWRPAEEPRSYPDEEGPKH
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 WPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLES
: ::. ::::::::::..::. :.:::::.:.::.. ::.::.::::::::.:::::.:
CCDS12 WSDSRYEHVMKLRQAALKSARDMWADYILFVDADNLILNPDTLSLLIAENKTVVAPMLDS
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 RGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYP
:. :::::::.: .:.::::: :. ::. : ::: :::::::::::::: :: .:.:::
CCDS12 RAAYSNFWCGMTSQGYYKRTPAYIPIRKRDRRGCFAVPMVHSTFLIDLRKAASRNLAFYP
200 210 220 230 240 250
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 PHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIE
:: ::::.:::::::::: .:: .:::.::.:.::.::.::. :.:::.. :...:::.:
CCDS12 PHPDYTWSFDDIIVFAFSCKQAEVQMYVCNKEEYGFLPVPLRAHSTLQDEAESFMHVQLE
260 270 280 290 300 310
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 AMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEA
.:. .:: :::...:. : ::::::::.:::::.::.:::.::::.: :::: ..:::
CCDS12 VMVKHPPAEPSRFISAPTKTPDKMGFDEVFMINLRRRQDRRERMLRALQAQEIECRLVEA
320 330 340 350 360 370
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 VDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVI
:::::.::::..::.:.::::::::: .::::.::.:::::::..::::.:: :.:.::.
CCDS12 VDGKAMNTSQVEALGIQMLPGYRDPYHGRPLTKGELGCFLSHYNIWKEVVDRGLQKSLVF
380 390 400 410 420 430
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 EDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSY
:::.::: ::..::.:: .... :::.:::.:::::::..:::::: : :::::::::
CCDS12 EDDLRFEIFFKRRLMNLMRDVEREGLDWDLIYVGRKRMQVEHPEKAVPRVRNLVEADYSY
440 450 460 470 480 490
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 WTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPL
:::.:::::.::.::..:.:..::::::::::::..::::.::: .. :.:.:::.:::
CCDS12 WTLAYVISLQGARKLLAAEPLSKMLPVDEFLPVMFDKHPVSEYKAHFSLRNLHAFSVEPL
500 510 520 530 540 550
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 LIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNETVATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
:::::::::. ::.::::::..:.:: : :::::... : :.:. . .:::...: :
CCDS12 LIYPTHYTGDDGYVSDTETSVVWNNEHVKTDWDRAKSQKMREQQALSREAKNSDVLQSP-
560 570 580 590 600 610
620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
::.. .::::
CCDS12 -LDSA-ARDEL
620
>>CCDS6901.2 CERCAM gene_id:51148|Hs108|chr9 (595 aa)
initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152 Z-score: 2596.3 bits: 490.5 E(32554): 2.7e-138
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)
20 30 40 50 60 70
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
:::: :.:..:.::::: :.:::.:: ::
CCDS69 MRAARAAPLLQLLLLLGPWLEAAGVAESPL--PAVVLAILARNAEHSLPHYLGALE
10 20 30 40 50
80 90 100 110 120 130
pF1KA0 RLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHW
:::::..:::.: :::::::::::...::: : : : ::: ::. :::: :::::
CCDS69 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
60 70 80 90 100 110
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
: .:.:.: :: ::. .::::: :.::.::: ::: ::.... .:::::.:.
CCDS69 TKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVAPMLDSQ
120 130 140 150 160 170
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 GLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPP
::::::::::.:.:.:: .: .. .: ::: ::::::::: .:: :..:.:.::::
CCDS69 TYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQLAFYPP
180 190 200 210 220 230
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 HQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEA
: .::: ::::::::.. . ::.....::...:::. .:.: :: :... :.::. .::
CCDS69 HPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFIHLILEA
240 250 260 270 280 290
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
..: : :. : .:. : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.:: ..:.::
CCDS69 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
300 310 320 330 340 350
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 DGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVIE
:: ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : : ..::.:
CCDS69 DGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLARVLVFE
360 370 380 390 400 410
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
:::::: .:. .: .::.... .:.:.:::.:::... : : :: .. .:: : ::::
CCDS69 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
420 430 440 450 460 470
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...:: .:: .. ::: ::::.:::
CCDS69 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
480 490 500 510 520 530
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
::::.:. .:::::::. ::... .: . . :. .. :. .... ..: :
CCDS69 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
540 550 560 570 580 590
620
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
: ::::
CCDS69 -----P-RDEL
>>CCDS69675.1 CERCAM gene_id:51148|Hs108|chr9 (517 aa)
initn: 1852 init1: 1468 opt: 1874 Z-score: 2261.3 bits: 428.3 E(32554): 1.2e-119
Smith-Waterman score: 1875; 50.7% identity (77.6% similar) in 527 aa overlap (101-626:1-517)
80 90 100 110 120 130
pF1KA0 FLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDE
...::: : : : ::: ::. ::::
CCDS69 MLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDE
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KA0 IGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVA
::::: : .:.:.: :: ::. .::::: :.::.::: ::: ::.... .::
CCDS69 EGPKHWTKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVA
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 PMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDK
:::.:. ::::::::::.:.:.:: .: .. .: ::: ::::::::: .:: :..:.
CCDS69 PMLDSQTYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQ
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 LTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLI
:.::::: .::: ::::::::.. . ::.....::...:::. .:.: :: :... :.:
CCDS69 LAFYPPHPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFI
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 HVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEV
:. .::..: : :. : .:. : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.::
CCDS69 HLILEALVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISG
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 KIVEAVDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELE
..:.:::: ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : :
CCDS69 RVVDAVDGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLA
280 290 300 310 320 330
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 KTLVIEDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVE
..::.::::::: .:. .: .::.... .:.:.:::.:::... : : :: .. .::
CCDS69 RVLVFEDDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVV
340 350 360 370 380
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 ADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAF
: ::::::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...:: .:: .. ::: ::
CCDS69 AGYSYWTLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAF
390 400 410 420 430 440
560 570 580 590 600
pF1KA0 SAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTE
::.::: ::::.:. .:::::::. ::... .:. .. :. .. :. .... .
CCDS69 SAQPLLAAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISWSGSQ--KTLRSPRLDLTGSSGH
450 460 470 480 490 500
610 620
pF1KA0 ALPPPTSLDTVPSRDEL
.: : : ::::
CCDS69 SLQPQ------P-RDEL
510
>>CCDS3131.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 (737 aa)
initn: 329 init1: 143 opt: 304 Z-score: 362.2 bits: 77.4 E(32554): 7.4e-14
Smith-Waterman score: 355; 29.4% identity (59.6% similar) in 272 aa overlap (29-292:268-515)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAARPAATLAWSLLLLSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQS----PT
.: . ..:.: : :.. :.
CCDS31 ARAKNTFYETLPVAINGNGPTKILLNYFGNYVPNSWTQDNGCTLCEFDTVDLSAVDVHPN
240 250 260 270 280 290
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 VLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYH
: ..:. .. . ::.:: : ::::: . .. :: :...: :... ..
CCDS31 VSIGVFIEQPTPFLPRFLDILLTLDYPKEALKLFI---HN----KEVYHE--KDIKVFFD
300 310 320 330 340
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 YVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTN
. : .. .::.. .. :. : . . :: :: . .:.: :::
CCDS31 ----KAKHEIKTIKI-VGPEENLSQAEARNMGMD---FCRQDEK-CDYYFSVDADVVLTN
350 360 370 380 390
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 PQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVP
:.::..:: .:. :.::.. .: :.:::: ...: :.: :. :::.: . .:.: . ::
CCDS31 PRTLKILIEQNRKIIAPLVTRHGKLWSNFWGALSPDGYYARSEDYVDIVQGNRVGVWNVP
400 410 420 430 440 450
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 MVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYG
.. ...:: ::.: ... : .: .: ... ..:. :. ::. ::...:
CCDS31 YMANVYLIKGKTLRSEMNERNYFV---RD---KLDPDMALCRNAREMGVFMYISNRHEFG
460 470 480 490 500 510
300 310 320 330 340 350
pF1KA0 YLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLK
:
CCDS31 RLLSTANYNTSHYNNDLWQIFENPVDWKEKYINRDYSKIFTENIVEQPCPDVFWFPIFSE
520 530 540 550 560 570
>>CCDS5715.1 PLOD3 gene_id:8985|Hs108|chr7 (738 aa)
initn: 265 init1: 129 opt: 284 Z-score: 338.0 bits: 72.9 E(32554): 1.7e-12
Smith-Waterman score: 356; 30.1% identity (57.8% similar) in 282 aa overlap (53-329:296-545)
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
: :..::.... . ::.:: : ::::
CCDS57 GNYVPNGWTPEGGCGFCNQDRRTLPGGQPPPRVFLAVFVEQPTPFLPRFLQRLLLLDYPP
270 280 290 300 310 320
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVE-WRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRF
.:.... :: .:.:.: : .. : ... : .::.. .
CCDS57 DRVTLFL---HN----NEVFHE--------PHIADSWPQLQDHFSAVKLVGPEEALSPGE
330 340 350 360 370
150 160 170 180 190
pF1KA0 AHVMKLRQAALRTAREK-WSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LY
: :. :. :. .. . .:.: ::: ::: .:: ::. ..:::: .: :.
CCDS57 A-----RDMAMDLCRQDPECEFYFSLDADAVLTNLQTLRILIEENRKVIAPMLSRHGKLW
380 390 400 410 420
200 210 220 230 240 250
pF1KA0 SNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPPHQD
:::: ...: .: :. :::.. . ::.: . ::.. ....: .: : . :..:
CCDS57 SNFWGALSPDEYYARSEDYVELVQRKRVGVWNVPYISQAYVIR-----GDTLRMELPQRD
430 440 450 460 470 480
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 -YTWT-FDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAM
.. . : ..: : :. :: ..: :....: : : . : :.: : .. .
CCDS57 VFSGSDTDPDMAFCKSFRDKGIFLHLSNQHEFGRL------LATSRYDTEHL-HPDLWQI
490 500 510 520 530
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 IDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAVD
.: : ::.
CCDS57 FDNPVDWKEQYIHENYSRALEGEGIVEQPCPDVYWFPLLSEQMCDELVAEMEHYGQWSGG
540 550 560 570 580 590
>>CCDS142.1 PLOD1 gene_id:5351|Hs108|chr1 (727 aa)
initn: 271 init1: 138 opt: 283 Z-score: 336.9 bits: 72.7 E(32554): 1.9e-12
Smith-Waterman score: 315; 28.8% identity (59.6% similar) in 260 aa overlap (53-306:286-520)
30 40 50 60 70 80
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
:::::.:. .. . . :. : :: ::.
CCDS14 YIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQ
260 270 280 290 300 310
90 100 110 120 130 140
pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFA
..: .. .:. . ... .:.: . :. :. .::. :.:
CCDS14 KHMRLFIH-NHEQHHKAQV-EEFLAQHGSEYQSVKL------------VGPE----VRMA
320 330 340 350
150 160 170 180 190 200
pF1KA0 HVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSN
.. ..: ... : . .:.: ::.:..: ::: .::...::.. .: :.::
CCDS14 NADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSN
360 370 380 390 400 410
210 220 230 240 250
pF1KA0 FWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQ
:: ... :.: :. :::.: . .:.: . ::.. . .:: :: : ... :. :.
CCDS14 FWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFH--HS
420 430 440 450 460 470
260 270 280 290 300 310
pF1KA0 DYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQT--LQEDIENLIHVQIEA
.: ..: . :: . :.: ::. :.: . : ..: :..:.
CCDS14 ----KLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHL-LSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDW
480 490 500 510 520 530
320 330 340 350 360 370
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
CCDS14 KEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQ
540 550 560 570 580 590
>>CCDS3132.1 PLOD2 gene_id:5352|Hs108|chr3 (758 aa)
initn: 329 init1: 143 opt: 263 Z-score: 312.5 bits: 68.3 E(32554): 4.4e-11
Smith-Waterman score: 322; 28.2% identity (56.1% similar) in 287 aa overlap (29-292:268-536)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MAARPAATLAWSLLLLSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQS----PT
.: . ..:.: : :.. :.
CCDS31 ARAKNTFYETLPVAINGNGPTKILLNYFGNYVPNSWTQDNGCTLCEFDTVDLSAVDVHPN
240 250 260 270 280 290
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 VLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYH
: ..:. .. . ::.:: : ::::: . .. :: :...: :... ..
CCDS31 VSIGVFIEQPTPFLPRFLDILLTLDYPKEALKLFI---HN----KEVYHE--KDIKVFFD
300 310 320 330 340
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 YVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTN
. : .. .::.. .. :. : . . :: :: . .:.: :::
CCDS31 ----KAKHEIKTIKI-VGPEENLSQAEARNMGMD---FCRQDEK-CDYYFSVDADVVLTN
350 360 370 380 390
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 PQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVP
:.::..:: .:. :.::.. .: :.:::: ...: :.: :. :::.: . .:.: . ::
CCDS31 PRTLKILIEQNRKIIAPLVTRHGKLWSNFWGALSPDGYYARSEDYVDIVQGNRVGVWNVP
400 410 420 430 440 450
240 250 260 270
pF1KA0 MVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQDYTWTF-------------DDII--VFAFSSR
.. ...:: ::.: ... : . : .. :. .: . :
CCDS31 YMANVYLIKGKTLRSEMNERNYFVRDKLDPDMALCRNAREMTLQREKDSPTPETFQMLSP
460 470 480 490 500 510
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 QAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKY
:. ::. ::...: :
CCDS31 PKGVFMYISNRHEFGRLLSTANYNTSHYNNDLWQIFENPVDWKEKYINRDYSKIFTENIV
520 530 540 550 560 570
626 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 19:21:12 2016 done: Wed Nov 2 19:21:12 2016
Total Scan time: 2.810 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]