FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0623, 1036 aa 1>>>pF1KA0623 1036 - 1036 aa - 1036 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.4153+/-0.00119; mu= -6.7295+/- 0.070 mean_var=360.4801+/-77.390, 0's: 0 Z-trim(112.4): 634 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.067551 statistics sampled from 12464 (13196) to 12464 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.405), width: 16 Scan time: 5.590 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS11213.1 ULK2 gene_id:9706|Hs108|chr17 (1036) 6936 691.1 3.3e-198 CCDS9274.1 ULK1 gene_id:8408|Hs108|chr12 (1050) 2334 242.6 3.4e-63 CCDS76779.1 ULK3 gene_id:25989|Hs108|chr15 ( 470) 655 78.7 3.3e-14 CCDS45305.1 ULK3 gene_id:25989|Hs108|chr15 ( 472) 655 78.7 3.3e-14 CCDS3735.1 PLK4 gene_id:10733|Hs108|chr4 ( 970) 603 73.8 1.9e-12 CCDS73254.1 STK33 gene_id:65975|Hs108|chr11 ( 473) 543 67.8 6.4e-11 CCDS7789.1 STK33 gene_id:65975|Hs108|chr11 ( 514) 543 67.8 6.8e-11 >>CCDS11213.1 ULK2 gene_id:9706|Hs108|chr17 (1036 aa) initn: 6936 init1: 6936 opt: 6936 Z-score: 3672.0 bits: 691.1 E(32554): 3.3e-198 Smith-Waterman score: 6936; 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CCDS45 RGSPLYMAPEMVCQRQYDARVDLWSMGVILYEALFGQPPFASRSFSELEEKIRSNRVIEL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 PSIPRETSPYLANLLLGLLQRNQKDRMDFEAFFSHPF--LEQGPVKKSCPVPVPMYSGSV : : : .:: ::.:. . :..:. ::.::. ::. : .: . . .: CCDS45 PLRPL-LSRDCRDLLQRLLERDPSRRISFQDFFAHPWVDLEHMPSGESLGRATALVVQAV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 SGSSCGSSPSCRFASPPSLPDMQHIQEENLSSPPLGPPNYLQVSKDSASTSSKNSSCDTD . .. :.: CCDS45 KKDQEGDSAAALSLYCKALDFFVPALHYEVDAQRKEAIKAKVGQYVSRAEELKAIVSSSN 300 310 320 330 340 350 >>CCDS3735.1 PLK4 gene_id:10733|Hs108|chr4 (970 aa) initn: 426 init1: 165 opt: 603 Z-score: 336.8 bits: 73.8 E(32554): 1.9e-12 Smith-Waterman score: 604; 27.2% identity (58.9% similar) in 569 aa overlap (2-547:7-542) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MEVVGDFEYSKRDLVGHGAFAVVFRGRHRQKTDWEVAIKSINKKNLSKSQIL--L : . ::. . .:.:.:.:: :.:.. . : ::::: :.:: . :. .. . 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