FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0700, 1130 aa 1>>>pF1KA0700 1130 - 1130 aa - 1130 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8359+/-0.000389; mu= 7.5135+/- 0.025 mean_var=191.8444+/-38.906, 0's: 0 Z-trim(119.3): 10 B-trim: 921 in 1/56 Lambda= 0.092598 statistics sampled from 33062 (33072) to 33062 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.7), E-opt: 0.2 (0.388), width: 16 Scan time: 16.380 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001284524 (OMIM: 607777) paired amphipathic hel (1130) 7586 1026.6 0 NP_001284526 (OMIM: 607777) paired amphipathic hel ( 720) 4759 648.8 3.4e-185 NP_056075 (OMIM: 607777) paired amphipathic helix (1162) 4757 648.7 6e-185 XP_006722767 (OMIM: 607777) PREDICTED: paired amph ( 645) 4347 593.8 1.1e-168 NP_001138830 (OMIM: 607776,613406) paired amphipat (1273) 1885 265.0 2e-69 NP_001138829 (OMIM: 607776,613406) paired amphipat (1273) 1885 265.0 2e-69 XP_006720529 (OMIM: 607776,613406) PREDICTED: pair (1273) 1885 265.0 2e-69 XP_006720528 (OMIM: 607776,613406) PREDICTED: pair (1273) 1885 265.0 2e-69 XP_006720530 (OMIM: 607776,613406) PREDICTED: pair (1273) 1885 265.0 2e-69 NP_056292 (OMIM: 607776,613406) paired amphipathic (1273) 1885 265.0 2e-69 >>NP_001284524 (OMIM: 607777) paired amphipathic helix p (1130 aa) initn: 7586 init1: 7586 opt: 7586 Z-score: 5484.1 bits: 1026.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7586; 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100.0% identity (100.0% similar) in 645 aa overlap (486-1130:1-645) 460 470 480 490 500 510 pF1KA0 EDERFELDVVLETNLATIRVLESVQKKLSRMAPEDQEKFRLDDSLGGTSEVIQRRAIYRI :::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 MAPEDQEKFRLDDSLGGTSEVIQRRAIYRI 10 20 30 520 530 540 550 560 570 pF1KA0 YGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYEKAYLKSLDHQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 YGDKAPEIIESLKKNPVTAVPVVLKRLKAKEEEWREAQQGFNKIWREQYEKAYLKSLDHQ 40 50 60 70 80 90 580 590 600 610 620 630 pF1KA0 AVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYEDRQILEDAAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 AVNFKQNDTKALRSKSLLNEIESVYDEHQEQHSEGRSAPSSEPHLIFVYEDRQILEDAAA 100 110 120 130 140 150 640 650 660 670 680 690 pF1KA0 LISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDRDSPQGQTTDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 LISYYVKRQPAIQKEDQGTIHQLLHQFVPSLFFSQQLDLGASEESADEDRDSPQGQTTDP 160 170 180 190 200 210 700 710 720 730 740 750 pF1KA0 SERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFANNNWYFFLRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 SERKKPAPGPHSSPPEEKGAFGDAPATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFANNNWYFFLRL 220 230 240 250 260 270 760 770 780 790 800 810 pF1KA0 HQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLKQPSEVELEEY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 HQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYRTEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLKQPSEVELEEY 280 290 300 310 320 330 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 YPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQLHHLVSDDVCL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 YPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYEDTLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQLHHLVSDDVCL 340 350 360 370 380 390 880 890 900 910 920 930 pF1KA0 KVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMFLQRKGQVIMT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 KVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRCVRAARETSYQWKAERCMADENCFKVMFLQRKGQVIMT 400 410 420 430 440 450 940 950 960 970 980 990 pF1KA0 IELLDTEEAQTEDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQRNLKKFRRRWQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 IELLDTEEAQTEDPVEVQHLARYVEQYVGTEGASSSPTEGFLLKPVFLQRNLKKFRRRWQ 460 470 480 490 500 510 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KA0 SEQARALRGEARSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYRRGTLCRAKQV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 SEQARALRGEARSSWKRLVGVESACDVDCRFKLSTHKMVFIVNSEDYMYRRGTLCRAKQV 520 530 540 550 560 570 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KA0 QPLVLLRHHQHFEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTLCETVHVHGLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 QPLVLLRHHQHFEEWHSRWLEDNVTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTLCETVHVHGLP 580 590 600 610 620 630 1120 1130 pF1KA0 VTRYRVQYSRRPASP ::::::::::::::: XP_006 VTRYRVQYSRRPASP 640 >>NP_001138830 (OMIM: 607776,613406) paired amphipathic (1273 aa) initn: 3914 init1: 1503 opt: 1885 Z-score: 1367.3 bits: 265.0 E(85289): 2e-69 Smith-Waterman score: 3851; 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NP_001 KVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRPSQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPKLLNLKDSSMADA 400 410 420 430 440 450 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 GKYGTLQEFSFFDKVRRVLKSQEVYENFLRCIALFNQELVSGSELLQLVSPFLGKFPELF .:.: : ::::::..:.: :.:::::::...::::..: .::.:::::::::::::: NP_001 SKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAYENFLRCLVIFNQEVISRAELVQLVSPFLGKFPELF 460 470 480 490 500 510 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 AQFKSFLGVKE-LSFAPPMSDRSGDGISREIDYASCKRIGSSYRALPKTYQQPKCSGRTA ::.::: :: . . ..:. .::. :::::::::.:::::::::.::::::.::: NP_001 NWFKNFLGYKESVHLETYPKERATEGIAMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTP 520 530 540 550 560 570 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 ICKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTPYEEQLHRCEDERFELDVVLETNLATIRVLES .::::::::::::::::::::::::::: :::...::::::::::::::::::::::::. 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NP_001 MHHFIPDLLFAQRGDLSDVEEEEEEEMDVDEA--TGAVKKHNGVGG---SPPKSKLLFSN 820 830 840 850 860 870 720 730 740 750 760 770 pF1KA0 APATEQPPLPPPAPHKPLDDVYSLFFANNNWYFFLRLHQTLCSRLLKIYRQAQKQLLEYR . : . . .:.::.::..:::::.:.:::: :: :::.: ::..:. : NP_001 TAAQKL---------RGMDEVYNLFYVNNNWYIFMRLHQILCLRLLRICSQAERQIEEEN 880 890 900 910 920 780 790 800 810 820 830 pF1KA0 TEKEREKLLCEGRREKGSDPAMELRLKQPSEVELEEYYPAFLDMVRSLLEGSIDPTQYED :.: :. . .:.:...::..::::.: .:..:.:::::::::::::.:.:: .:::: NP_001 REREWEREVLGIKRDKSDSPAIQLRLKEPMDVDVEDYYPAFLDMVRSLLDGNIDSSQYED 930 940 950 960 970 980 840 850 860 870 880 890 pF1KA0 TLREMFTIHAYVGFTMDKLVQNIARQLHHLVSDDVCLKVVELYLNEKKRGAAGGNLSSRC .::::::::::..::::::.:.:.:::.:.:::..:..:..::: :.. ::.::.:... 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NP_001 LDKLECRFKLNSYKMVYVIKSEDYMYRRTALLRAHQSHERVSKRLHQRFQAWVDKWTKEH 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KA0 VTVEAASLVQDWLMGEEDEDMVPCKTLCETVHVHGLPVTRYRVQYSRRPASP : : :. .. ::::: : .::: : :.: .: . ...:::.:. .: NP_001 VPREMAAETSKWLMGEGLEGLVPCTTTCDTETLHFVSINKYRVKYGTVFKAP 1230 1240 1250 1260 1270 >>XP_006720529 (OMIM: 607776,613406) PREDICTED: paired a (1273 aa) initn: 3914 init1: 1503 opt: 1885 Z-score: 1367.3 bits: 265.0 E(85289): 2e-69 Smith-Waterman score: 3851; 52.7% identity (75.8% similar) in 1162 aa overlap (44-1130:126-1273) 20 30 40 50 60 70 pF1KA0 GGPAGRGLSGARWGRSGSAGHEKLPVHVEDALTYLDQVKIRFGSDPATYNGFLEIMKEFK ::.::::::..:::.: .:: ::.:::::: XP_006 GQVVQSHAHPAPPVAPVQGQQQFQRLKVEDALSYLDQVKLQFGSQPQVYNDFLDIMKEFK 100 110 120 130 140 150 80 90 100 110 120 pF1KA0 SQSIDTPGVIRRVSQLFHEHPDLIVGFNAFLPLGYRIDIPKNGKLNIQSP---------- :::::::::: ::::::. :::::.:::.::: ::.:.. : .:. .: XP_006 SQSIDTPGVISRVSQLFKGHPDLIMGFNTFLPPGYKIEVQTNDMVNVTTPGQVHQIPTHG 160 170 180 190 200 210 130 140 150 pF1KA0 ----------LTSQENSHNHGDGAEDFKQQVPYKEDKP-----------QVP-------- :: .... :. : : : .:: :.: XP_006 IQPQPQPPPQHPSQPSAQSAPAPAQPAPQPPPAKVSKPSQLQAHTPASQQTPPLPPYASP 220 230 240 250 260 270 160 170 180 190 pF1KA0 --------------------LESDS-VEFNNAISYVNKIKTRFLDHPEIYRSFLEILHTY :.... ::::.::.::::::.:: .:.::..:::::::: XP_006 RSPPVQPHTPVTISLGTAPSLQNNQPVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPDIYKAFLEILHTY 280 290 300 310 320 330 200 210 220 230 240 250 pF1KA0 QKEQLNTR---GRPFRGMSEEEVFTEVANLFRGQEDLLSEFGQFLPEAKRSLFTGNGPCE :::: :.. : ...:.::...:: ::..:::::::::::::.:. :.. .. : XP_006 QKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYAQVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDANSSVLLSKTTAE 340 350 360 370 380 390 260 270 280 290 pF1KA0 MHSVQKNEHD---KTPEHSRKRSRPSL----LR--PV--SAPAKKKMKLRGTKDLSIAAV . .:.: : :. . : .::: .: :. . :.::: :: . :: :.: . XP_006 KVDSVRNDHGGTVKKPQLNNKPQRPSQNGCQIRRHPTGTTPPVKKKPKLLNLKDSSMADA 400 410 420 430 440 450 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 GKYGTLQEFSFFDKVRRVLKSQEVYENFLRCIALFNQELVSGSELLQLVSPFLGKFPELF .:.: : ::::::..:.: :.:::::::...::::..: .::.:::::::::::::: XP_006 SKHGGGTESLFFDKVRKALRSAEAYENFLRCLVIFNQEVISRAELVQLVSPFLGKFPELF 460 470 480 490 500 510 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 AQFKSFLGVKE-LSFAPPMSDRSGDGISREIDYASCKRIGSSYRALPKTYQQPKCSGRTA ::.::: :: . . ..:. .::. :::::::::.:::::::::.::::::.::: XP_006 NWFKNFLGYKESVHLETYPKERATEGIAMEIDYASCKRLGSSYRALPKSYQQPKCTGRTP 520 530 540 550 560 570 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 ICKEVLNDTWVSFPSWSEDSTFVSSKKTPYEEQLHRCEDERFELDVVLETNLATIRVLES .::::::::::::::::::::::::::: :::...::::::::::::::::::::::::. 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