FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0709, 1479 aa
1>>>pF1KA0709 1479 - 1479 aa - 1479 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7452+/-0.000876; mu= 22.7578+/- 0.053
mean_var=106.2708+/-21.068, 0's: 0 Z-trim(110.2): 142 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.124413
statistics sampled from 11266 (11428) to 11266 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 6.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11634.1 MRC2 gene_id:9902|Hs108|chr17 (1479) 10670 1927.0 0
CCDS42767.1 PLA2R1 gene_id:22925|Hs108|chr2 (1324) 2994 549.1 3.1e-155
CCDS33309.1 PLA2R1 gene_id:22925|Hs108|chr2 (1463) 2994 549.2 3.4e-155
CCDS2211.1 LY75 gene_id:4065|Hs108|chr2 (1722) 2507 461.8 7.8e-129
CCDS56140.1 CD302 gene_id:100526664|Hs108|chr2 (1817) 2507 461.9 8.1e-129
CCDS56141.1 CD302 gene_id:100526664|Hs108|chr2 (1873) 2507 461.9 8.3e-129
CCDS7123.2 MRC1 gene_id:4360|Hs108|chr10 (1456) 2268 418.9 5.7e-116
CCDS12397.1 NCAN gene_id:1463|Hs108|chr19 (1321) 429 88.7 1.2e-16
CCDS53970.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2530) 412 86.0 1.6e-15
CCDS47242.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 ( 655) 394 82.2 5.8e-15
CCDS53971.1 ACAN gene_id:176|Hs108|chr15 (2431) 398 83.4 9e-15
CCDS54875.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (1642) 394 82.6 1.1e-14
CCDS54876.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (2409) 394 82.7 1.5e-14
CCDS4060.1 VCAN gene_id:1462|Hs108|chr5 (3396) 394 82.9 1.9e-14
CCDS1149.1 BCAN gene_id:63827|Hs108|chr1 ( 911) 382 80.2 3.3e-14
>>CCDS11634.1 MRC2 gene_id:9902|Hs108|chr17 (1479 aa)
initn: 10670 init1: 10670 opt: 10670 Z-score: 10345.8 bits: 1927.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10670; 99.9% identity (100.0% similar) in 1479 aa overlap (1-1479:1-1479)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MGPGRPAPAPWPRHLLRCVLLLGCLHLGRPGAPGDAALPEPNVFLIFSHGLQGCLEAQGG
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CCDS11 MGPGRPAPAPWPRHLLRCVLLLGCLHLGRPGAPGDAALPEPNVFLIFSHGLQGCLEAQGG
10 20 30 40 50 60
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pF1KA0 QVRVTPACNTSLPAQRWKWVSRNRLFNLGTMQCLGTGWPGTNTTASLGMYECDREALNLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QVRVTPACNTSLPAQRWKWVSRNRLFNLGTMQCLGTGWPGTNTTASLGMYECDREALNLR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 WHCRTLGDQLSLLLGARTSNISKPGTLERGDQTRSGQWRIYGSEEDLCALPYHEVYTIQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 WHCRTLGDQLSLLLGARTSNISKPGTLERGDQTRSGQWRIYGSEEDLCALPYHEVYTIQG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 NSHGKPCTIPFKYDNQWFHGCTSTGREDGHLWCATTQDYGKDERWGFCPIKSNDCETFWD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NSHGKPCTIPFKYDNQWFHGCTSTGREDGHLWCATTQDYGKDERWGFCPIKSNDCETFWD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 KDQLTDSCYQFNFQSTLSWREAWASCEQQGADLLSITEIHEQTYINGLLTGYSSTLWIGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KDQLTDSCYQFNFQSTLSWREAWASCEQQGADLLSITEIHEQTYINGLLTGYSSTLWIGL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 NDLDTSGGWQWSDNSPLKYLNWESDQPDNPSEENCGVIRTESSGGWQNRDCSIALPYVCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NDLDTSGGWQWSDNSPLKYLNWESDQPDNPSEENCGVIRTESSGGWQNRDCSIALPYVCK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 KKPNATAEPTPPDRWANVKVECEPSWQPFQGHCYRLQAEKRSWQESKKACLRGGGDLVSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KKPNATAEPTPPDRWANVKVECEPSWQPFQGHCYRLQAEKRSWQESKKACLRGGGDLVSI
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 HSMAELEFITKQIKQEVEELWIGLNDLKLQMNFEWSDGSLVSFTHWHPFEPNNFRDSLED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HSMAELEFITKQIKQEVEELWIGLNDLKLQMNFEWSDGSLVSFTHWHPFEPNNFRDSLED
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 CVTIWGPEGRWNDSPCNQSLPSICKKAGQLSQGAAEEDHGCRKGWTWHSPSCYWLGEDQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CVTIWGPEGRWNDSPCNQSLPSICKKAGQLSQGAAEEDHGCRKGWTWHSPSCYWLGEDQV
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 TYSEARRLCTDHGSQLVTITNRFEQAFVSSLIYNWEGEYFWTALQDLNSTGSFFWLSGDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TYSEARRLCTDHGSQLVTITNRFEQAFVSSLIYNWEGEYFWTALQDLNSTGSFFWLSGDE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 VMYTHWNRDQPGYSRGGCVALATGSAMGLWEVKNCTSFRARYICRQSLGTPVTPELPGPD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VMYTHWNRDQPGYSRGGCVALATGSAMGLWEVKNCTSFRARYICRQSLGTPVTPELPGPD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 PTPSLTGSCPQGWASDTKLRYCYKVFSSERLQDKKSWVQAQGACQELGAQLLSLASYEEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PTPSLTGSCPQGWASDTKLRYCYKVFSSERLQDKKSWVQAQGACQELGAQLLSLASYEEE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 HFVANMLNKIFGESEPEIHEQHWFWIGLNRRDPRGGQSWRWSDGVGFSYHNFDRSRHDDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 HFVANMLNKIFGESEPEIHEQHWFWIGLNRRDPRGGQSWRWSDGVGFSYHNFDRSRHDDD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 DIRGCAVLDLASLQWVAMQCDTQLDWICKIPRGTDVREPDDSPQGRREWLRFQEAEYKFF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DIRGCAVLDLASLQWVAMQCDTQLDWICKIPRGTDVREPDDSPQGRREWLRFQEAEYKFF
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 EHHSTWAQAQRICTWFQAELTSVHSQAELDFLSHNLQKFSRAQEQHWWIGLHTSESDGRF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EHHSTWAQAQRICTWFQAELTSVHSQAELDFLSHNLQKFSRAQEQHWWIGLHTSESDGRF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 RWTDGSIINFISWAPGKPRPVGKDKKCVYMTASREDWGDQRCLTALPYICKRSNVTKETQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RWTDGSIINFISWAPGKPRPVGKDKKCVYMTASREDWGDQRCLTALPYICKRSNVTKETQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 PPDLPTTALGGCPSDWIQFLNKCFQVQGQEPQSRVKWSEAQFSCEQQEAQLVTITNPLEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PPDLPTTALGGCPSDWIQFLNKCFQVQGQEPQSRVKWSEAQFSCEQQEAQLVTITNPLEQ
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 AFITASLPNVTFDLWIGLHASQRDFQWVEQEPLMYANWAPGEPSGPSPAPSGNKPTSCAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AFITASLPNVTFDLWIGLHASQRDFQWVEQEPLMYANWAPGEPSGPSPAPSGNKPTSCAV
1030 1040 1050 1060 1070 1080
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pF1KA0 VLHSPSAHFTGRWDDRSCTEETHGFICQKGTDPSLSPSPAALPPAPGTELSYLNGTFRLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VLHSPSAHFTGRWDDRSCTEETHGFICQKGTDPSLSPSPAALPPAPGTELSYLNGTFRLL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 QKPLRWHDALLLCESHNASLAYVPDPYTQAFLTQAARGLRTPLWIGLAGEEGSRRYSWVS
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QKPLRWHDALLLCESRNASLAYVPDPYTQAFLTQAARGLRTPLWIGLAGEEGSRRYSWVS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 EEPLNYVGWQDGEPQQPGGCTYVDVDGAWRTTSCDTKLQGAVCGVSSGPPPPRRISYHGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EEPLNYVGWQDGEPQQPGGCTYVDVDGAWRTTSCDTKLQGAVCGVSSGPPPPRRISYHGS
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 CPQGLADSAWIPFREHCYSFHMELLLGHKEARQRCQRAGGAVLSILDEMENVFVWEHLQS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 CPQGLADSAWIPFREHCYSFHMELLLGHKEARQRCQRAGGAVLSILDEMENVFVWEHLQS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 YEGQSRGAWLGMNFNPKGGTLVWQDNTAVNYSNWGPPGLGPSMLSHNSCYWIQSNSGLWR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YEGQSRGAWLGMNFNPKGGTLVWQDNTAVNYSNWGPPGLGPSMLSHNSCYWIQSNSGLWR
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 PGACTNITMGVVCKLPRAEQSSFSPSALPENPAALVVVLMAVLLLLALLTAALILYRRRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PGACTNITMGVVCKLPRAEQSSFSPSALPENPAALVVVLMAVLLLLALLTAALILYRRRQ
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470
pF1KA0 SIERGAFEGARYSRSSSSPTEATEKNILVSDMEMNEQQE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SIERGAFEGARYSRSSSSPTEATEKNILVSDMEMNEQQE
1450 1460 1470
>>CCDS42767.1 PLA2R1 gene_id:22925|Hs108|chr2 (1324 aa)
initn: 1223 init1: 353 opt: 2994 Z-score: 2900.3 bits: 549.1 E(32554): 3.1e-155
Smith-Waterman score: 3135; 35.9% identity (63.3% similar) in 1358 aa overlap (21-1335:7-1320)
10 20 30 40
pF1KA0 MGPGRPAPAPWPRHLLRCVLLLGCLHLGRP-G-APGDAA--LPE-------PNVFLIFSH
:: : :: : : : : :: :: ..:.: :.
CCDS42 MLLSPSLLLLLLLGAPRGCAEGVAAALTPERLLEWQDKGIFVIQSE
10 20 30 40
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 GLQGCLEAQGGQVRVTPACNTSLPAQRWKWVSRNRLFNLGTMQCLGTGWPGTNTTASLGM
.:. :..: : .: . :. . . ::::: . :::.: ::: .. . :..
CCDS42 SLKKCIQA-GKSVLTLENCKQANKHMLWKWVSNHGLFNIGGSGCLGLNF--SAPEQPLSL
50 60 70 80 90 100
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 YECDREALNLRWHCRTLGDQLSLLLGA--RTSNISKPGTLERGDQTRSGQWRIYGSEE-D
:::: ..:::.: ... : . .... .:. ... .: ::: :
CCDS42 YECDSTLVSLRWRCNR-----KMITGPLQYSVQVAHDNTVV-ASRKYIHKWISYGSGGGD
110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 LCALPYHEVYTIQGNSHGKPCTIPFKYDNQWFHGCTSTGREDGHLWCATTQDYGKDERWG
.: .....::.::.:: :: .::.:..:: : :: :::: ::::::. : .::.::
CCDS42 ICEYLHKDLHTIKGNTHGMPCMFPFQYNHQWHHECTREGREDDLLWCATTSRYERDEKWG
160 170 180 190 200 210
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 FCPIKSN---DCETFWDKDQLTDSCYQFNFQSTLSWREAWASCEQQGADLLSITEIHEQT
::: .. :.:.:.:: . :::::. :.::: :: .::..::. :::::. :..
CCDS42 FCPDPTSAEVGCDTIWEKDLNSHICYQFNLLSSLSWSEAHSSCQMQGGTLLSITDETEEN
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 YINGLLTGYSSTLWIGLNDLDTSGGWQWSDNSPLKYLNWESDQPDNP-SEENCGVIRTES
.: ... . .:.:::.:: .::::::..::.:::: . .: :..::.. .
CCDS42 FIREHMSSKTVEVWMGLNQLDEHAGWQWSDGTPLNYLNWSPEVNFEPFVEDHCGTFSSFM
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 SGGWQNRDCSIALPYVCKKKPN-ATAEPTPPDRWANVKVECEPSWQPFQGHCYRLQAEKR
..:..::: .:::.::: : : . : : ..:::.:.:.. .::.:: :..
CCDS42 PSAWRSRDCESTLPYICKKYLNHIDHEIVEKDAWKYYATHCEPGWNPYNRNCYKLQKEEK
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 SWQESKKACLRGGGDLVSIHSMAELEFITKQIKQE-VEELWIGLNDLKLQMNFEWSDGSL
.:.:. ..: .. :..: :.::.::.. . .: . : ::::.. :. ..::::. :
CCDS42 TWHEALRSCQADNSALIDITSLAEVEFLVTLLGDENASETWIGLSSNKIPVSFEWSNDSS
400 410 420 430 440 450
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 VSFTHWHPFEPNNFRDSLEDCVTIWGPEGRWNDSPCNQSLPSICKKAGQLSQGAAEEDHG
: ::.:: .::. : . . ::. ::.:. . :.. : ::::::.. . : . :
CCDS42 VIFTNWHTLEPHIFPNRSQLCVSAEQSEGHWKVKNCEERLFYICKKAGHVLSDA---ESG
460 470 480 490 500 510
530 540 550 560 570
pF1KA0 CRKGWTWHSPSCYWLGEDQVTYSEARR--LCTDHGSQLVTITNRFEQAFVSSLIYN---W
:..:: :. :: . ....: : ::::::::::::..::: .
CCDS42 CQEGWERHGGFCYKIDTVLRSFDQASSGYYCP---PALVTITNRFEQAFITSLISSVVKM
520 530 540 550 560 570
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 EGEYFWTALQDLNSTGSFFW----LSGDEVMYTHWNRDQPGYSRGGCVALATGSAMGLWE
. ::: :::: :.:: . : . . :.::::: :: :: :::::. .: ::
CCDS42 KDSYFWIALQDQNDTGEYTWKPVGQKPEPVQYTHWNTHQPRYS-GGCVAMRGRHPLGRWE
580 590 600 610 620 630
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 VKNCTSFRARYICRQSLGTPVTPELPGPDPTPSLTGSCPQGWASDTKLRYCYKVFSSERL
::.: :.: .:.: . . : : : : :. : :.::: ::..
CCDS42 VKHCRHFKAMSLCKQPVENQEKAEYEERWPF----HPCYLDWESEPGLASCFKVFHSEKV
640 650 660 670 680
700 710 720 730 740 750
pF1KA0 QDKKSWVQAQGACQELGAQLLSLASYEEEHFVANMLNKIFGESEPEIHEQHWFWIGLNRR
:..: .:.. :.:.::.: :.: :::.:: ..:.. :. .: .. ::::.:.:
CCDS42 LMKRTWREAEAFCEEFGAHLASFAHIEEENFVNELLHSKFNWTE-----ERQFWIGFNKR
690 700 710 720 730 740
760 770 780 790 800 810
pF1KA0 DPRGGQSWRWSDGVGFSYHNFDRSRHDDDDIRGCAVLDLASLQWVAMQCDTQLDWICKIP
.: .. ::.::: . .: . .: :.::: :. . ..: .. .::::::
CCDS42 NPLNAGSWEWSDRTPVVSSFLDNTYFGED-ARNCAVYK-ANKTLLPLHCGSKREWICKIP
750 760 770 780 790
820 830 840 850 860
pF1KA0 RGTDVREP----DDSPQGRREWLRFQEAEYKFFEHHSTWAQAQRICTWFQAELTSVHSQA
: . . : : : :: .:.::: : : : . . .:.:....: ..::
CCDS42 RDVKPKIPFWYQYDVP-----WLFYQDAEYLFHTFASEWLNFEFVCSWLHSDLLTIHSAH
800 810 820 830 840 850
870 880 890 900 910 920
pF1KA0 ELDFLSHNLQKFSRAQEQHWWIGLHTSESDGRFRWTDGSIINFISWAPGKPRPVG-KDKK
: .:. ... .:. . :::::. ... .::: ::. . . .: :. : :. ....
CCDS42 EQEFIHSKIKALSKYGAS-WWIGLQEERANDEFRWRDGTPVIYQNWDTGRERTVNNQSQR
860 870 880 890 900 910
930 940 950 960 970 980
pF1KA0 CVYMTASREDWGDQRCLTALPYICKRSNVTKETQPPDLPTTALGGCPSDWIQFLNKCFQV
: .... ::...: ...: ::::..: . : : : ::. :. : ::. .
CCDS42 CGFISSITGLWGSEECSVSMPSICKRKKVWLIEKKKDTPKQH-GTCPKGWLYFNYKCLLL
920 930 940 950 960 970
990 1000 1010 1020 1030 1040
pF1KA0 Q-GQEPQSRVKWSEAQFSCEQQEAQLVTITNPLEQAFITASLPNVTFDLWIGLHASQRDF
. ..:.: .:..:: : .. . ::.: . .:::::: .: . : ..::::. .. .
CCDS42 NIPKDPSSWKNWTHAQHFCAEEGGTLVAIESEVEQAFITMNLFGQTTSVWIGLQNDDYE-
980 990 1000 1010 1020 1030
1050 1060 1070 1080 1090 1100
pF1KA0 QWVEQEPLMYANWAPGE----PSGPSPAPSGNKPTSCAVVLHSPSAHFTGRWDDRSCTEE
:.. .:..:.::.: . :: . . . : ::.. .:. ::::.: ..: .:
CCDS42 TWLNGKPVVYSNWSPFDIINIPSHNTTEVQKHIPL-CALLSSNPNFHFTGKWYFEDCGKE
1040 1050 1060 1070 1080 1090
1110 1120 1130 1140 1150 1160
pF1KA0 THGFICQKGTDPS-LSPSPAALPPAPGTELSYLNGTFRLLQKPLRWHDALLLCESHNASL
.::.:.: : : . . . . : :.: : : : :..... . :. :. : :.:.:
CCDS42 GYGFVCEKMQDTSGHGVNTSDMYPMPNT-LEYGNRTYKIINANMTWYAAIKTCLMHKAQL
1100 1110 1120 1130 1140
1170 1180 1190 1200 1210 1220
pF1KA0 AYVPDPYTQAFLTQAARGLRTPLWIGLAGEEGSRRYSWVSEEPLNYVGWQDGEPQQPGGC
. . : : :.::: . : :::: ... ..: . ... :.: : . : :
CCDS42 VSITDQYHQSFLTVVLNRLGYAHWIGLFTTDNGLNFDWSDGTKSSFTFWKDEESSLLGDC
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1230 1240 1250 1260 1270
pF1KA0 TYVDVDGAWRTTSCDTKLQGAVCGVSSGPPPPRRISYHGSCPQGLADSA--WIPFREHCY
...: .: :..:.:.. ::::.: : :: : : : :. .... :: :. .::
CCDS42 VFADSNGRWHSTACESFLQGAICHV----PPETRQSEH---PELCSETSIPWIKFKSNCY
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1280 1290 1300 1310 1320 1330
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CCDS12 RRSGHLTSVHSPEEHSFINSFGH---ENTWIGLNDRIVERDFQWTDNTGLQFENWRENQP
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CCDS12 DNFFAGGEDCVVMVAHESGRWNDVPCNYNLPYVCKK-GTVLCGPPPAVENASLIGARKAK
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