Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0740
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0740, 696 aa
1>>>pF1KA0740 696 - 696 aa - 696 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1352+/-0.000899; mu= 16.9344+/- 0.055
mean_var=101.5372+/-20.272, 0's: 0 Z-trim(109.0): 74 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.127280
statistics sampled from 10514 (10588) to 10514 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.325), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7261.1 RHOBTB1 gene_id:9886|Hs108|chr10 ( 696) 4743 881.8 0
CCDS6034.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 727) 1814 344.0 4.7e-94
CCDS55211.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 734) 1814 344.0 4.7e-94
CCDS55210.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 ( 749) 1814 344.0 4.8e-94
CCDS2795.1 RHOA gene_id:387|Hs108|chr3 ( 193) 379 80.0 3.5e-15
CCDS5349.1 RAC1 gene_id:5879|Hs108|chr7 ( 211) 366 77.7 2e-14
CCDS11798.1 RAC3 gene_id:5881|Hs108|chr17 ( 192) 365 77.5 2.1e-14
CCDS5348.1 RAC1 gene_id:5879|Hs108|chr7 ( 192) 365 77.5 2.1e-14
CCDS4077.1 RHOBTB3 gene_id:22836|Hs108|chr5 ( 611) 370 78.8 2.7e-14
CCDS13945.1 RAC2 gene_id:5880|Hs108|chr22 ( 192) 352 75.1 1.1e-13
CCDS854.1 RHOC gene_id:389|Hs108|chr1 ( 193) 348 74.4 1.8e-13
CCDS7748.1 RHOG gene_id:391|Hs108|chr11 ( 191) 338 72.5 6.4e-13
CCDS1699.1 RHOB gene_id:388|Hs108|chr2 ( 196) 330 71.1 1.8e-12
CCDS8155.1 RHOD gene_id:29984|Hs108|chr11 ( 210) 327 70.5 2.8e-12
CCDS222.1 CDC42 gene_id:998|Hs108|chr1 ( 191) 326 70.3 3e-12
CCDS221.1 CDC42 gene_id:998|Hs108|chr1 ( 191) 325 70.1 3.4e-12
CCDS33191.1 RHOQ gene_id:23433|Hs108|chr2 ( 205) 304 66.3 5.1e-11
>>CCDS7261.1 RHOBTB1 gene_id:9886|Hs108|chr10 (696 aa)
initn: 4743 init1: 4743 opt: 4743 Z-score: 4709.1 bits: 881.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4743; 100.0% identity (100.0% similar) in 696 aa overlap (1-696:1-696)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
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CCDS72 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHVKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHVKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 MWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVAKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVAKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 PVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFLMEC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFLMEC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 EESPNGSEGACEKEKQSRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIPQADQWKSSNKSLVEALGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 EESPNGSEGACEKEKQSRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIPQADQWKSSNKSLVEALGLE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 AEGAVPETQTLTGWSKGFIGMHREMQVNPISKRMGPMTVVRMDASVQPGPFRTLLQFLYT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AEGAVPETQTLTGWSKGFIGMHREMQVNPISKRMGPMTVVRMDASVQPGPFRTLLQFLYT
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 GQLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEAFMNQEITKAFHVRKANRIKECLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GQLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEAFMNQEITKAFHVRKANRIKECLS
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 KGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMAAMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 KGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMAAMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 DYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHLVALAEQHAVQELTKAATSGVGIDGEVLSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHLVALAEQHAVQELTKAATSGVGIDGEVLSY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 LELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSKFRKEIKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSKFRKEIKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEE
610 620 630 640 650 660
670 680 690
pF1KA0 DHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWNSSPAVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWNSSPAVA
670 680 690
>>CCDS6034.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (727 aa)
initn: 3279 init1: 1811 opt: 1814 Z-score: 1802.1 bits: 344.0 E(32554): 4.7e-94
Smith-Waterman score: 3282; 68.0% identity (85.3% similar) in 715 aa overlap (1-694:1-711)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::
CCDS60 MDSDMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNATLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHVKS
::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.
CCDS60 VCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLHHVKT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 MWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVAKE
::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: ..:::::::::::::
CCDS60 MWYPEIKHFCPRAPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKPNEILPPEKGREVAKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 LGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPP
::.::::::: :::::::::::::::::::::::::::::..::.::::::::::: ::
CCDS60 LGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLRNVQRPLLQAPFLPPKPPP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 PVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFLMEC
:.: .:. :: . . : ::..::::::...::.. .::::.:::.::::::::::::.
CCDS60 PIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQERVRIFAHKIYLSTSSSKFYDLFLMDL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KA0 EES-------PNGS-----EGACEKEKQ------SRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIPQ
:. :.:. .: ..... .::: : : : : .:. :
CCDS60 SEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHHGRDFLLRAASFDVCESVDEAGGSGP-
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 ADQWKSSNKSLVEALGLEAEGAVP-ETQTLTGWSKGFIGMHREMQVNPISKRMGPMTVVR
: :.. ..... : : .: . ..:..::..:.....:: .:.. . :.::.
CCDS60 AGLRASTSDGILRGNGT---GYLPGRGRVLSSWSRAFVSIQEEMAEDPLTYKSRLMVVVK
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 MDASVQPGPFRTLLQFLYTGQLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEAFMNQ
::.:.::::::..:..::::.:::.:.::. .:.:::.::.::::::: ::.:.::::::
CCDS60 MDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIAELLEVFDLRMMVANILNNEAFMNQ
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 EITKAFHVRKANRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMAAMFGGSFVES
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CCDS60 EITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTISAHKPLLISSCDWMAAMFGGPFVES
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 ANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHLVALAEQHAVQ
.. :: .: .: :.:::.:::: ... . ::: ..:: ::::.::::::::.::..:
CCDS60 STREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKLIILANRLCLPHLVALTEQYTVT
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 ELTKAATSGVGIDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSKFRKEIKSKSAD
: .:. : :::.:: .::::::: :.::: :::::::::::.:: :: ...:. : .
CCDS60 GLMEATQMMVDIDGDVLVFLELAQFHCAYQLADWCLHHICTNYNNVCRKFPRDMKAMSPE
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690
pF1KA0 NQEYFERHRWPPVWYLKEEDHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWNS--SPAVA
::::::.:::::::::::::::::...:::::: :.. .:.: :::: ::.
CCDS60 NQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQRARKEREKEDYLHLKRQPKRRWLFWNSPSSPSSSAAS
660 670 680 690 700 710
CCDS60 SSSPSSSSAVV
720
>>CCDS55211.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (734 aa)
initn: 3279 init1: 1811 opt: 1814 Z-score: 1802.0 bits: 344.0 E(32554): 4.7e-94
Smith-Waterman score: 3282; 68.0% identity (85.3% similar) in 715 aa overlap (1-694:8-718)
10 20 30 40 50
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTV
::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS55 MKARSRLMDSDMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNATLTQYQLLATHVPTV
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KA0 WAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPN
:::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 WAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 SLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEK
::.:::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: ..::::::
CCDS55 SLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKPNEILPPEK
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 GREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPF
:::::::::.::::::: :::::::::::::::::::::::::::::..::.:::::::
CCDS55 GREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLRNVQRPLLQAPF
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 LPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFY
:::: :::.: .:. :: . . : ::..::::::...::.. .::::.:::.:::::::
CCDS55 LPPKPPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQERVRIFAHKIYLSTSSSKFY
250 260 270 280 290 300
300 310 320 330
pF1KA0 DLFLMECEES-------PNGS-----EGACEKEKQ------SRDFQGRILSVDPEEEREE
:::::. :. :.:. .: ..... .::: : : : : .:
CCDS55 DLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHHGRDFLLRAASFDVCESVDE
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 GPPRIPQADQWKSSNKSLVEALGLEAEGAVP-ETQTLTGWSKGFIGMHREMQVNPISKRM
. : : :.. ..... : : .: . ..:..::..:.....:: .:.. .
CCDS55 AGGSGP-AGLRASTSDGILRGNGT---GYLPGRGRVLSSWSRAFVSIQEEMAEDPLTYKS
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 GPMTVVRMDASVQPGPFRTLLQFLYTGQLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMN
:.::.::.:.::::::..:..::::.:::.:.::. .:.:::.::.::::::: ::.:
CCDS55 RLMVVVKMDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIAELLEVFDLRMMVANILN
420 430 440 450 460 470
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 KEAFMNQEITKAFHVRKANRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAISAHKPLLICSCEWMAAMF
.:::::::::::::::..::.::::.::::::::: ::::.::::::::: ::.::::::
CCDS55 NEAFMNQEITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTISAHKPLLISSCDWMAAMF
480 490 500 510 520 530
520 530 540 550 560 570
pF1KA0 GGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPLELIALANRFCLPHLVAL
:: ::::.. :: .: .: :.:::.:::: ... . ::: ..:: ::::.::::::::
CCDS55 GGPFVESSTREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKLIILANRLCLPHLVAL
540 550 560 570 580 590
580 590 600 610 620 630
pF1KA0 AEQHAVQELTKAATSGVGIDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSKFRKE
.::..: : .:. : :::.:: .::::::: :.::: :::::::::::.:: :: ..
CCDS55 TEQYTVTGLMEATQMMVDIDGDVLVFLELAQFHCAYQLADWCLHHICTNYNNVCRKFPRD
600 610 620 630 640 650
640 650 660 670 680 690
pF1KA0 IKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEEDHYQRVKREREKEDIALNKHRSRRKWCFWNS--S
.:. : .::::::.:::::::::::::::::...:::::: :.. .:.: :::: :
CCDS55 MKAMSPENQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQRARKEREKEDYLHLKRQPKRRWLFWNSPSS
660 670 680 690 700 710
pF1KA0 PAVA
:.
CCDS55 PSSSAASSSSPSSSSAVV
720 730
>>CCDS55210.1 RHOBTB2 gene_id:23221|Hs108|chr8 (749 aa)
initn: 3279 init1: 1811 opt: 1814 Z-score: 1801.9 bits: 344.0 E(32554): 4.8e-94
Smith-Waterman score: 3282; 68.0% identity (85.3% similar) in 715 aa overlap (1-694:23-733)
10 20 30
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNT
::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.
CCDS55 MQAWRKGPDGPQKTSSDSMSRLMDSDMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNA
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 TLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::
CCDS55 TLTQYQLLATHVPTVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDDVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYG
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 RSDVVVLCFSIANPNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRP
:::::::::::::::::.:::.::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::
CCDS55 RSDVVVLCFSIANPNSLHHVKTMWYPEIKHFCPRAPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRP
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 LARPIKRGDILPPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWK
:::::: ..:::::::::::::::.::::::: ::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 LARPIKPNEILPPEKGREVAKELGIPYYETSVVAQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWK
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 SHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHI
:::..::.::::::::::: :::.: .:. :: . . : ::..::::::...::.. .:
CCDS55 SHLRNVQRPLLQAPFLPPKPPPPIIVVPDPPSSSEECPAHLLEDPLCADVILVLQERVRI
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320
pF1KA0 FAHRIYLATSSSKFYDLFLMECEES-------PNGS-----EGACEKEKQ------SRDF
:::.:::.::::::::::::. :. :.:. .: ..... .:::
CCDS55 FAHKIYLSTSSSKFYDLFLMDLSEGELGGPSEPGGTHPEDHQGHSDQHHHHHHHHHGRDF
310 320 330 340 350 360
330 340 350 360 370
pF1KA0 QGRILSVDPEEEREEGPPRIPQADQWKSSNKSLVEALGLEAEGAVP-ETQTLTGWSKGFI
: : : : .:. : : :.. ..... : : .: . ..:..::..:.
CCDS55 LLRAASFDVCESVDEAGGSGP-AGLRASTSDGILRGNGT---GYLPGRGRVLSSWSRAFV
370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KA0 GMHREMQVNPISKRMGPMTVVRMDASVQPGPFRTLLQFLYTGQLDEKEKDLVGLAQIAEV
....:: .:.. . :.::.::.:.::::::..:..::::.:::.:.::. .:.:::.
CCDS55 SIQEEMAEDPLTYKSRLMVVVKMDSSIQPGPFRAVLKYLYTGELDENERDLMHIAHIAEL
420 430 440 450 460 470
440 450 460 470 480 490
pF1KA0 LEMFDLRMMVENIMNKEAFMNQEITKAFHVRKANRIKECLSKGTFSDVTFKLDDGAISAH
::.::::::: ::.:.:::::::::::::::..::.::::.::::::::: ::::.::::
CCDS55 LEVFDLRMMVANILNNEAFMNQEITKAFHVRRTNRVKECLAKGTFSDVTFILDDGTISAH
480 490 500 510 520 530
500 510 520 530 540 550
pF1KA0 KPLLICSCEWMAAMFGGSFVESANSEVYLPNINKISMQAVLDYLYTKQLSPNLDLDPLEL
::::: ::.:::::::: ::::.. :: .: .: :.:::.:::: ... . ::: ..:
CCDS55 KPLLISSCDWMAAMFGGPFVESSTREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKL
540 550 560 570 580 590
560 570 580 590 600 610
pF1KA0 IALANRFCLPHLVALAEQHAVQELTKAATSGVGIDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHH
: ::::.::::::::.::..: : .:. : :::.:: .::::::: :.::: :::::
CCDS55 IILANRLCLPHLVALTEQYTVTGLMEATQMMVDIDGDVLVFLELAQFHCAYQLADWCLHH
600 610 620 630 640 650
620 630 640 650 660 670
pF1KA0 ICTNYNSVCSKFRKEIKSKSADNQEYFERHRWPPVWYLKEEDHYQRVKREREKEDIALNK
::::::.:: :: ...:. : .::::::.:::::::::::::::::...:::::: :
CCDS55 ICTNYNNVCRKFPRDMKAMSPENQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQRARKEREKEDYLHLK
660 670 680 690 700 710
680 690
pF1KA0 HRSRRKWCFWNS--SPAVA
.. .:.: :::: ::.
CCDS55 RQPKRRWLFWNSPSSPSSSAASSSSPSSSSAVV
720 730 740
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
: :.:::.: ::: :. .... :. ..::::. ..:
CCDS27 MAAIRKKLVIVGDGACGKTCLL------IVFSKDQFPEVYVPTVF--ENYV
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFG--DHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHV
. :: : .: : :::: : :. . : ..: .::...:::: .:.::...
CCDS27 ADIEV--------DGKQVELALWDTAGQEDYDRLRPLSYPDTDVILMCFSIDSPDSLENI
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 KSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVA
: ::.::::: .:.:::: . ::: . ..:: ::. .:. . ::.::..:
CCDS27 PEKWTPEVKHFCPNVPIILVGNKKDLRNDE-----HTRRELAK-MKQEPV-KPEEGRDMA
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180 190 200 210 220 230
pF1KA0 KELG-LPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPK
...: . :.: :. . :...::. : :::: .::
CCDS27 NRIGAFGYMECSAKTKDGVREVFEMATRAALQARRGKKKSGCLVL
150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 APPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFL
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
...::::::::.::::: :. . . :. .: .:::. :.:
CCDS53 MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEY------IPTVF--DNYS
10 20 30 40
70 80 90
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRF----------AYGR-----------
. .:. :: :.: :::: :.. :: .::.
CCDS53 A--NVM------VDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTVGETYGKDITSRGKDKPI
50 60 70 80 90
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SDVVVLCFSIANPNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPL
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CCDS53 ADVFLICFSLVSPASFENVRAKWYPEVRHHCPNTPIILVGTKLDLR-DDKDTIEKLKEKK
100 110 120 130 140 150
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 ARPIKRGDILPPEKGREVAKELG-LPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWK
:: : .: .:::.: . : : :.. : :.: :::.::::.:
CCDS53 LTPITY----P--QGLAMAKEIGAVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKRKR
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220 230 240 250 260 270
pF1KA0 SHLKKVQKPLLQAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHI
CCDS53 KCLLL
210
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10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
...::::::::.::::: :. . . :. .: .:::. :.:
CCDS11 MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEY------IPTVF--DNYS
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFG--DHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHV
. .:. :: :.: :::: : :. . : ..: ..:: ..:::...: :...:
CCDS11 A--NVM------VDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENV
50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 KSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVA
.. ::::..: ::.::..::: .:::: : ....: : :: : .: .:
CCDS11 RAKWYPEVRHHCPHTPILLVGTKLDLR-DDKDTIERLRDKKLAPITY----P--QGLAMA
100 110 120 130 140
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pF1KA0 KELG-LPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPK
.:.: . : : :.. : :.: :::.::::.:
CCDS11 REIGSVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKPGKKCTVF
150 160 170 180 190
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 APPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFL
>>CCDS5348.1 RAC1 gene_id:5879|Hs108|chr7 (192 aa)
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Smith-Waterman score: 436; 41.0% identity (67.0% similar) in 200 aa overlap (12-208:1-177)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDADMDYERPNVETIKCVVVGDNAVGKTRLICARACNTTLTQYQLLATHVPTVWAIDQYR
...::::::::.::::: :. . . :. .: .:::. :.:
CCDS53 MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEY------IPTVF--DNYS
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KA0 VCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFG--DHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIANPNSLNHV
. .:. :: :.: :::: : :. . : ..: ..:: ..:::...: :...:
CCDS53 A--NVM------VDGKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENV
50 60 70 80 90
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pF1KA0 KSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVA
.. ::::..: :: ::.:::: .:::: : ..... .. :: : .: .:
CCDS53 RAKWYPEVRHHCPNTPIILVGTKLDLR-DDKDTIEKLKEKKLTPITY----P--QGLAMA
100 110 120 130 140
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pF1KA0 KELG-LPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPK
::.: . : : :.. : :.: :::.::::.:
CCDS53 KEIGAVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKRKRKCLLL
150 160 170 180 190
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pF1KA0 APPPVIKIPECPSMGTNEAACLLDNPLCADVLFILQDQEHIFAHRIYLATSSSKFYDLFL
>>CCDS4077.1 RHOBTB3 gene_id:22836|Hs108|chr5 (611 aa)
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pF1KA0 TVWAIDQYRVCQEVLERSRDVVDEVSVSLRLWDTFGDHHKDRRFAYGRSDVVVLCFSIAN
.:: : . : : .:..:. ... .
CCDS40 NAASTVARPVFTEYQASAFGNVKLVVHDCPVWDIFDSDWYTSRNLIGGADIIVIKYNVND
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pF1KA0 PNSLNHVKSMWYPEIKHFCPRTPVIL--VGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDIL
:...::. . : ::. .:::. :: . . .: . :: ::. .
CCDS40 KFSFHEVKDNYIPVIKRALNSVPVIIAAVGTRQN---EELPCTC----PLCTS-DRGSCV
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pF1KA0 PPEKGREVAKELGLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLL
.: ..::::: : : .:.: : : .... .:. . .. .:..: .
CCDS40 STTEGIQLAKELGATYLELHSLDDFYIGKYFGGVLEYFMIQALN----QKTSEKMKKRKM
160 170 180 190 200 210
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pF1KA0 QAPFLPPKAPPPVIKIPECPSMGTNEAACL---LDNPL----CADVLFILQDQEHIF-AH
. : . :: .. :: . ::. :.: : :.::.: . ... ::
CCDS40 SNSFHGIR--PPQLEQPEKMPVLKAEASHYNSDLNNLLFCCQCVDVVFYNPNLKKVVEAH
220 230 240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 RIYLATSSSKFYDLFLMECEESPNGSEGACEKEKQSRDFQGRILSVDPEEEREEGPPRIP
.: : . : :. :: .. ::. :.:
CCDS40 KIVLCAVSHVFMLLFNVK---SPT-------------DIQ--------------------
280 290
350 360 370 380 390
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..:.... :: : . .. .: : .: . :: :. :
CCDS40 --------DSSIIRT-----------TQDLFAINRDTAFPGASHESSGNP------PLRV
300 310 320
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pF1KA0 VRMDASVQPGPFRTLLQFLYTG--QLDEKEKDLVGLAQIAEVLEMFDLRMMVENIMNKEA
. :: . .:.:.:.: : .: :.:. .. . .. .. :. :.. .
CCDS40 IVKDALFCSC-LSDILRFIYSGAFQWEELEEDI--RKKLKDSGDVSNVIEKVKCILKTPG
330 340 350 360 370 380
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.: . :....:: . .: :.: ..::.:... .. ::. .:. :: ::
CCDS40 KINCLRNCKTYQARKPLWFYNTSLKFFLNKPMLADVVFEIQGTTVPAHRAILVARCEVMA
390 400 410 420 430 440
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:::.:...:. . . . ...: .. . :.:::: . : .. . :. :. . . .:
CCDS40 AMFNGNYMEAKSVLIPVYGVSKETFLSFLEYLYTDSCCPAGIFQAMCLLICAEMYQVSRL
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pF1KA0 VALAEQHAVQELTKAATSGVG-IDGEVLSYLELAQFHNAHQLAAWCLHHICTNYNSVCSK
. : . .: . . .. .. .... :. :.::.. :..: :: : ::: . :.
CCDS40 QHICELFIITQLQSMPSRELASMNLDIVDLLKKAKFHHSDCLSTWLLHFIATNY-LIFSQ
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. :... :.... . :.:::: :::. .:.. . :.
CCDS40 -KPEFQDLSVEERSFVEKHRWPSNMYLKQLAEYRKYIHSRKCRCLVM
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CCDS13 MQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEY------IPTVF--DNYS
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CCDS13 A--NVM------VDSKPVNLGLWDTAGQEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASYENV
50 60 70 80 90
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pF1KA0 KSMWYPEIKHFCPRTPVILVGCQLDLRYADLEAVNRARRPLARPIKRGDILPPEKGREVA
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CCDS13 RAKWFPEVRHHCPSTPIILVGTKLDLR-DDKDTIEKLKEKKLAPITY----P--QGLALA
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pF1KA0 KEL-GLPYYETSVFDQFGIKDVFDNAIRAALISRRHLQFWKSHLKKVQKPLLQAPFLPPK
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CCDS13 KEIDSVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPQPTRQQKRACSLL
150 160 170 180 190
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]