FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0743, 1061 aa 1>>>pF1KA0743 1061 - 1061 aa - 1061 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9117+/-0.000535; mu= 12.8864+/- 0.033 mean_var=106.5535+/-20.445, 0's: 0 Z-trim(109.0): 244 B-trim: 6 in 1/54 Lambda= 0.124248 statistics sampled from 16862 (17136) to 16862 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.532), E-opt: 0.2 (0.201), width: 16 Scan time: 13.470 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004787 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 1 [Hom (1061) 7080 1281.4 0 XP_011535675 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1446) 7080 1281.5 0 XP_016877296 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1449) 7064 1278.6 0 XP_016877291 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1541) 6444 1167.5 0 XP_016877289 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1553) 6444 1167.5 0 XP_016877288 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1654) 6444 1167.5 0 XP_011535669 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1657) 6444 1167.5 0 XP_016860816 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1466) 5646 1024.4 0 XP_006712200 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1481) 5646 1024.4 0 XP_011535679 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1323) 5634 1022.3 0 XP_016877294 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1464) 5634 1022.3 0 XP_016877292 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1468) 5634 1022.3 0 XP_011535674 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1476) 5634 1022.3 0 XP_011535673 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1479) 5634 1022.3 0 NP_001317124 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 5 [ (1571) 5634 1022.3 0 XP_011535672 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1575) 5634 1022.3 0 XP_011535671 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1583) 5634 1022.3 0 XP_011535670 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1586) 5634 1022.3 0 XP_016877286 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1667) 5634 1022.3 0 XP_016877284 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 5634 1022.3 0 XP_016877283 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1675) 5634 1022.3 0 XP_011535668 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1679) 5634 1022.3 0 XP_006720385 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1683) 5634 1022.3 0 XP_016877281 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1683) 5634 1022.3 0 XP_005268275 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1684) 5634 1022.3 0 XP_016877279 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1687) 5634 1022.3 0 XP_011535666 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1687) 5634 1022.3 0 XP_016877280 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1687) 5634 1022.3 0 XP_011535665 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1687) 5634 1022.3 0 XP_011535667 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 (1687) 5634 1022.3 0 XP_016860815 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1471) 5579 1012.4 0 NP_004792 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin-1 (1477) 5579 1012.4 0 XP_011531479 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1484) 5579 1012.4 0 NP_001317025 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1437) 5543 1006.0 0 NP_001317017 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1447) 5543 1006.0 0 NP_001317012 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1452) 5543 1006.0 0 XP_016860814 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1472) 5543 1006.0 0 NP_001317016 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1440) 5476 994.0 0 NP_001317024 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1460) 5476 994.0 0 XP_016860813 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1475) 5476 994.0 0 XP_016874067 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1488) 5394 979.3 0 XP_016874057 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1682) 4899 890.6 0 XP_016874056 (OMIM: 600566) PREDICTED: neurexin-2- (1685) 4883 887.7 0 XP_011531482 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1450) 4626 841.6 0 XP_011531477 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTE (1495) 4626 841.6 0 NP_001317011 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1496) 4626 841.6 0 NP_001317006 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1499) 4626 841.6 0 NP_001317023 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1500) 4626 841.6 0 NP_001317015 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1504) 4626 841.6 0 NP_001317022 (OMIM: 600565,614325,614332) neurexin (1506) 4626 841.6 0 >>NP_004787 (OMIM: 600567) neurexin 3 isoform 1 [Homo sa (1061 aa) initn: 7080 init1: 7080 opt: 7080 Z-score: 6862.2 bits: 1281.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7080; 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XP_016 LSHLMMSEQGRSKAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTWQRNGLILHT 250 260 270 280 290 300 770 780 790 800 810 pF1KA0 DSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGT--VDISIKEERTPVNDGKYHVVRFTRNGGNATL .. .:...: ...: ...:.:.:. . .. ::. .: :. ::: XP_016 GKS---ADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAIVEPVNGKFNDNAWHDVKVTRNLRQHSG 310 320 330 340 350 360 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 QVDNWPVNEHYPTGRQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLNMAAENNP XP_016 IGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEV 370 380 390 400 410 420 >>XP_016877291 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 isof (1541 aa) initn: 6444 init1: 6444 opt: 6444 Z-score: 6243.6 bits: 1167.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6444; 99.9% identity (100.0% similar) in 961 aa overlap (1-961:374-1334) 10 20 30 pF1KA0 MLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG 350 360 370 380 390 400 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 CLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETPEAYISLPKW 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XP_016 LSHLMMSEQGRSKAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTWQRNGLILHT 250 260 270 280 290 300 770 780 790 800 810 pF1KA0 DSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGT--VDISIKEERTPVNDGKYHVVRFTRNGGNATL .. .:...: ...: ...:.:.:. . .. ::. .: :. ::: XP_016 GKS---ADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAIVEPVNGKFNDNAWHDVKVTRNLRQHSG 310 320 330 340 350 360 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 QVDNWPVNEHYPTGRQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLNMAAENNP XP_016 IGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEV 370 380 390 400 410 420 >>XP_016877288 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 isof (1654 aa) initn: 6444 init1: 6444 opt: 6444 Z-score: 6243.1 bits: 1167.5 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6444; 99.9% identity (100.0% similar) in 961 aa overlap (1-961:386-1346) 10 20 30 pF1KA0 MLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 RQHSGIGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG 360 370 380 390 400 410 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 CLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETPEAYISLPKW 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TLPPTFRPLLTIIETTKDSLSMTSEAGLPCLSDQGSDGCDDDGLVISGYGSGETFDSNLP 1380 1390 1400 1410 1420 1430 >-- initn: 691 init1: 641 opt: 653 Z-score: 633.0 bits: 129.5 E(85289): 1.6e-28 Smith-Waterman score: 653; 66.3% identity (77.3% similar) in 172 aa overlap (900-1061:1486-1657) 870 880 890 900 910 920 pF1KA0 VLNMAAENNPNIKINGSVRLVGEVPSILGTTQTTSMPPEMSTTVMETTTTMATTTTRKNR : :::. ::. . ... :. . XP_011 TSIFEGGYKAHAPKWESKDFRPNKVSETSRTTTTSLSPELIRFTASSSSGMVPKLPAGKM 1460 1470 1480 1490 1500 1510 930 940 950 960 970 pF1KA0 STASIQPTSD----DLVSSAECSSDD-EDFVECEP-----STANPTEPGIRRVPGASEVI .. ...: : : .. : .: .. . : ::::::::::::::::::: XP_011 NNRDLKPQPDIVLLPLPTAYELDSTKLKSPLITSPMFRNVPTANPTEPGIRRVPGASEVI 1520 1530 1540 1550 1560 1570 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KA0 RESSSTTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYQVDETRNYISNSAQSNGTLMK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 RESSSTTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYQVDETRNYISNSAQSNGTLMK 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1040 1050 1060 pF1KA0 EKQQSSKSGHKKQKNKDREYYV :::::::::::::::::::::: XP_011 EKQQSSKSGHKKQKNKDREYYV 1640 1650 >-- initn: 263 init1: 117 opt: 253 Z-score: 245.5 bits: 57.8 E(85289): 6.2e-07 Smith-Waterman score: 358; 25.3% identity (56.2% similar) in 324 aa overlap (516-813:45-354) 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 LKARFGLRNIIADPVTFKTKSSYLSLATLQAYTSMHLFFQFKTTSPDGFILF-NSGDGND : : : :::::. :..:. ..: : XP_011 SILLGSLLGLCLGLEFMGLPNQWARYLRWDASTRSDLSFQFKTNVSTGLLLYLDDGGVCD 20 30 40 50 60 70 550 560 570 580 590 600 pF1KA0 FIAVELVKGYIHYVFDLGNGPNVIKGNSDRPLNDNQWHNVVITRDNSNTHSLKVDTKVVT :. . :: : .. :.. . ... .: . .::..:: ....:: : : .: . . XP_011 FLCLSLVDGRVQLRFSMDCAETAVLSN--KQVNDSSWHFLMVSRDRLRT-VLMLDGEGQS 80 90 100 110 120 130 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 QVINGAKN-LDLKGDLYMAGLAQGMYSNLPKL--VASRDGFQGCLASVDLNGRLPDLIND .. . .:. .::...:. . . : : . ::.: . .. .. : :.. XP_011 GELQPQRPYMDVVSDLFLGGVPTDIRPSALTLDGVQAMPGFKGLILDLKYGNSEPRLLG- 140 150 160 170 180 190 670 680 690 700 710 pF1KA0 ALHRSGQIKRGCEGPSTTCQEDSCANQGVCMQQWEGFTCDCSMTSYSGNQCN-----DPG : .. ::: : : : : :.:. ::::: :.:.:. :. ::: XP_011 ----SRGVQMDAEGP---CGERPCENGGICFLLDGHPTCDCSTTGYGGKLCSEDVSQDPG 200 210 220 230 240 720 730 740 750 760 pF1KA0 ATYIF----GKSG----------GLILYTWPANDRP-STRSDRLAVGFSTTVKDGILVRI .... :.: : . .. : .. ::.....:.: ..:.... XP_011 LSHLMMSEQGRSKAREENVATFRGSEYLCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTWQRNGLILHT 250 260 270 280 290 300 770 780 790 800 810 pF1KA0 DSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGT--VDISIKEERTPVNDGKYHVVRFTRNGGNATL .. .:...: ...: ...:.:.:. . .. ::. .: :. ::: XP_011 GKS---ADYVNLALKDGAVSLVINLGSGAFEAIVEPVNGKFNDNAWHDVKVTRNLRQHSG 310 320 330 340 350 360 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 QVDNWPVNEHYPTGRQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLNMAAENNP XP_011 IGHAMVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEV 370 380 390 400 410 420 >>XP_016860816 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTED: n (1466 aa) initn: 3091 init1: 2591 opt: 5646 Z-score: 5470.8 bits: 1024.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5646; 76.8% identity (92.3% similar) in 1068 aa overlap (1-1061:399-1466) 10 20 30 pF1KA0 MLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 DVKVTRNLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG 370 380 390 400 410 420 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 CLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETPEAYISLPKW :::::::::::.::::::::. .: ::::.: :.::::::::::::.:::::..:::::: XP_016 CLKEVVYKNNDVRLELSRLAKQGDPKMKIHGVVAFKCENVATLDPITFETPESFISLPKW 430 440 450 460 470 480 100 110 120 130 140 150 pF1KA0 NTKRMGSISFDFRTTEPNGLILFTHGKPQERKDARSQKNTKVDFFAVELLDGNLYLLLDM :.:. ::::::::::::::::::.::::...:::. . ::::::.:.:::.::::::: XP_016 NAKKTGSISFDFRTTEPNGLILFSHGKPRHQKDAKHPQMIKVDFFAIEMLDGHLYLLLDM 490 500 510 520 530 540 160 170 180 190 200 210 pF1KA0 GSGTIKVKATQKKANDGEWYHVDIQRDGRSGTISVNSRRTPFTASGESEILDLEGDMYLG ::::::.:: ::.:::::::::.::::::::::::. :::.:: ::::::::. ..::: XP_016 GSGTIKIKALLKKVNDGEWYHVDFQRDGRSGTISVNTLRTPYTAPGESEILDLDDELYLG 550 560 570 580 590 600 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 GLPENRAGLILPTELWTAMLNYGYVGCIRDLFIDGRSKNIRQLAEMQNAAGVKSSCSRMS :::::.:::..:::.:::.::::::::::::::::.::.:::.::.:..:::: :::. . 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XP_016 VLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVPSSMTTESTATAMQSEMSTSIMETTTTLATSTARRG 1270 1280 1290 1300 1310 1320 930 940 950 960 970 980 pF1KA0 R--STASIQPTSDD-LVSSAECSSDDEDFVECEPSTANPTEPGIRR-VPGASEVIRESSS . . :. :.:: ::.:::: :::::. ::::.::::. : :. ::..:::::::: XP_016 KPPTKEPISQTTDDILVASAECPSDDEDIDPCEPSSANPTRAGGREPYPGSAEVIRESSS 1330 1340 1350 1360 1370 1380 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KA0 TTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYQVDETRNYISNSAQSNGTLMKEKQQS ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::...:::: : XP_016 TTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYHVDESRNYISNSAQSNGAVVKEKQPS 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1050 1060 pF1KA0 S-KSGHKKQKNKDREYYV : ::..:..::::.:::: XP_016 SAKSSNKNKKNKDKEYYV 1450 1460 >-- initn: 276 init1: 102 opt: 263 Z-score: 256.0 bits: 59.5 E(85289): 1.6e-07 Smith-Waterman score: 310; 25.9% identity (56.8% similar) in 340 aa overlap (524-822:56-384) 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 NIIADPVTFKTKSSYLSLATLQAYTSMHLFFQFKTTSPDGFILFNSGDG-NDFIAVELVK ::.:: : :..:. . .: ::. . :.. XP_016 ELGSGLEFPGAEGQWTRFPKWNACCESEMSFQLKTRSARGLVLYFDDEGFCDFLELILTR 30 40 50 60 70 80 560 570 580 590 600 pF1KA0 G-YIHYVFDLGNG-PNVIKGNSDRPLNDNQWHNVVITRDNSNTHSL--KVDTKVVTQVIN : .. :.. . : .. .: :.::. ::.: : :. :: . .:..: : .: . XP_016 GGRLQLSFSIFCAEPATLL--ADTPVNDGAWHSVRIRRQFRNTTLFIDQVEAKWV-EVKS 90 100 110 120 130 140 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 GAKNLDLKGDLYMAGLAQGMYSNLPKL----VASRDGFQGCLASVDLNGRLPDLINDALH ... . . :...:: . . :: : :. :.: . .: .:. .. XP_016 KRRDMTVFSGLFVGGLPPELRAAALKLTLASVREREPFKGWIRDVRVNSSQVLPVD---- 150 160 170 180 190 670 680 690 700 710 pF1KA0 RSGQIKRGCEGPST----TCQ--EDS----CANQGVCMQQWEGFTCDCSMTSYSGNQC-- ::..: : :.. :. :.. : : ::: . .:::: :.. :..: XP_016 -SGEVKLDDEPPNSGGGSPCEAGEEGEGGVCLNGGVCSVVDDQAVCDCSRTGFRGKDCSQ 200 210 220 230 240 250 720 730 740 750 pF1KA0 ---NDPGATYIF----GKSGGLILYT----------WPANDRP-STRSDRLAVGFSTTVK : : .... ::: : : . .. : .. ::.....:.: . XP_016 EDNNVEGLAHLMMGDQGKSKGKEEYIATFKGSEYFCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTLQR 260 270 280 290 300 310 760 770 780 790 800 810 pF1KA0 DGILVRIDSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGT--VDISIKEERTPVNDGKYHVVRFTR .:.... .. .:...: ...: ...:.:.:. . .. ::. .: :. :: XP_016 NGLMLHTGKS---ADYVNLALKNGAVSLVINLGSGAFEALVEPVNGKFNDNAWHDVKVTR 320 330 340 350 360 370 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 NGGNATLQVDNWPVNEHYPTGRQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLN : ..:..:: XP_016 NLRQVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEVV 380 390 400 410 420 430 >>XP_006712200 (OMIM: 600565,614325,614332) PREDICTED: n (1481 aa) initn: 3091 init1: 2591 opt: 5646 Z-score: 5470.8 bits: 1024.4 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5646; 76.8% identity (92.3% similar) in 1068 aa overlap (1-1061:414-1481) 10 20 30 pF1KA0 MLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG :::::::::::::::::::::::::::::: XP_006 HAMVNKLHCSVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMG 390 400 410 420 430 440 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 CLKEVVYKNNDIRLELSRLARIADTKMKIYGEVVFKCENVATLDPINFETPEAYISLPKW :::::::::::.::::::::. .: ::::.: :.::::::::::::.:::::..:::::: XP_006 CLKEVVYKNNDVRLELSRLAKQGDPKMKIHGVVAFKCENVATLDPITFETPESFISLPKW 450 460 470 480 490 500 100 110 120 130 140 150 pF1KA0 NTKRMGSISFDFRTTEPNGLILFTHGKPQERKDARSQKNTKVDFFAVELLDGNLYLLLDM :.:. ::::::::::::::::::.::::...:::. . ::::::.:.:::.::::::: XP_006 NAKKTGSISFDFRTTEPNGLILFSHGKPRHQKDAKHPQMIKVDFFAIEMLDGHLYLLLDM 510 520 530 540 550 560 160 170 180 190 200 210 pF1KA0 GSGTIKVKATQKKANDGEWYHVDIQRDGRSGTISVNSRRTPFTASGESEILDLEGDMYLG ::::::.:: ::.:::::::::.::::::::::::. :::.:: ::::::::. ..::: XP_006 GSGTIKIKALLKKVNDGEWYHVDFQRDGRSGTISVNTLRTPYTAPGESEILDLDDELYLG 570 580 590 600 610 620 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 GLPENRAGLILPTELWTAMLNYGYVGCIRDLFIDGRSKNIRQLAEMQNAAGVKSSCSRMS :::::.:::..:::.:::.::::::::::::::::.::.:::.::.:..:::: :::. . 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XP_006 VLNMAAENDANIAIVGNVRLVGEVPSSMTTESTATAMQSEMSTSIMETTTTLATSTARRG 1290 1300 1310 1320 1330 1340 930 940 950 960 970 980 pF1KA0 R--STASIQPTSDD-LVSSAECSSDDEDFVECEPSTANPTEPGIRR-VPGASEVIRESSS . . :. :.:: ::.:::: :::::. ::::.::::. : :. ::..:::::::: XP_006 KPPTKEPISQTTDDILVASAECPSDDEDIDPCEPSSANPTRAGGREPYPGSAEVIRESSS 1350 1360 1370 1380 1390 1400 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KA0 TTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYQVDETRNYISNSAQSNGTLMKEKQQS ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::::...:::: : XP_006 TTGMVVGIVAAAALCILILLYAMYKYRNRDEGSYHVDESRNYISNSAQSNGAVVKEKQPS 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1050 1060 pF1KA0 S-KSGHKKQKNKDREYYV : ::..:..::::.:::: XP_006 SAKSSNKNKKNKDKEYYV 1470 1480 >-- initn: 300 init1: 102 opt: 248 Z-score: 241.4 bits: 56.8 E(85289): 1e-06 Smith-Waterman score: 297; 25.7% identity (56.2% similar) in 331 aa overlap (524-813:56-375) 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 NIIADPVTFKTKSSYLSLATLQAYTSMHLFFQFKTTSPDGFILFNSGDG-NDFIAVELVK ::.:: : :..:. . .: ::. . :.. XP_006 ELGSGLEFPGAEGQWTRFPKWNACCESEMSFQLKTRSARGLVLYFDDEGFCDFLELILTR 30 40 50 60 70 80 560 570 580 590 600 pF1KA0 G-YIHYVFDLGNG-PNVIKGNSDRPLNDNQWHNVVITRDNSNTHSL--KVDTKVVTQVIN : .. :.. . : .. .: :.::. ::.: : :. :: . .:..: : .: . XP_006 GGRLQLSFSIFCAEPATLL--ADTPVNDGAWHSVRIRRQFRNTTLFIDQVEAKWV-EVKS 90 100 110 120 130 140 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 GAKNLDLKGDLYMAGLAQGMYSNLPKL----VASRDGFQGCLASVDLNGRLPDLINDALH ... . . :...:: . . :: : :. :.: . .: .:. .. XP_006 KRRDMTVFSGLFVGGLPPELRAAALKLTLASVREREPFKGWIRDVRVNSSQVLPVD---- 150 160 170 180 190 670 680 690 700 710 pF1KA0 RSGQIKRGCEGPST----TCQ--EDS----CANQGVCMQQWEGFTCDCSMTSYSGNQC-- ::..: : :.. :. :.. : : ::: . .:::: :.. :..: XP_006 -SGEVKLDDEPPNSGGGSPCEAGEEGEGGVCLNGGVCSVVDDQAVCDCSRTGFRGKDCSQ 200 210 220 230 240 250 720 730 740 750 pF1KA0 ---NDPGATYIF----GKSGGLILYT----------WPANDRP-STRSDRLAVGFSTTVK : : .... ::: : : . .. : .. ::.....:.: . XP_006 EDNNVEGLAHLMMGDQGKSKGKEEYIATFKGSEYFCYDLSQNPIQSSSDEITLSFKTLQR 260 270 280 290 300 310 760 770 780 790 800 810 pF1KA0 DGILVRIDSAPGLGDFLQLHIEQGKIGVVFNIGT--VDISIKEERTPVNDGKYHVVRFTR .:.... .. .:...: ...: ...:.:.:. . .. ::. .: :. :: XP_006 NGLMLHTGKS---ADYVNLALKNGAVSLVINLGSGAFEALVEPVNGKFNDNAWHDVKVTR 320 330 340 350 360 370 820 830 840 850 860 870 pF1KA0 NGGNATLQVDNWPVNEHYPTGRQLTIFNTQAQIAIGGKDKGRLFQGQLSGLYYDGLKVLN : XP_006 NLRQHSGIGHAMVNKLHCSVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPG 380 390 400 410 420 430 >>XP_011535679 (OMIM: 600567) PREDICTED: neurexin 3 isof (1323 aa) initn: 6261 init1: 5634 opt: 5634 Z-score: 5459.9 bits: 1022.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6374; 96.9% identity (97.0% similar) in 991 aa overlap (1-961:22-1012) 10 20 30 pF1KA0 MLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEVVYKN ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_011 MVTISVDGILTTTGYTQEDYTMLGSDDFFYVGGSPSTADLPGSPVSNNFMGCLKEVVYKN 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KA0 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