FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0802, 1545 aa 1>>>pF1KA0802 1545 - 1545 aa - 1545 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1390+/-0.000406; mu= 6.3717+/- 0.025 mean_var=268.1754+/-54.931, 0's: 0 Z-trim(119.7): 63 B-trim: 388 in 2/57 Lambda= 0.078319 statistics sampled from 33961 (34037) to 33961 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.718), E-opt: 0.2 (0.399), width: 16 Scan time: 17.870 The best scores are: opt bits E(85289) XP_005258156 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1905) 10379 1187.8 0 XP_005258155 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1970) 10302 1179.2 0 NP_056025 (OMIM: 615766) microtubule cross-linking (1586) 6287 725.4 8.8e-208 XP_011523943 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1946) 6287 725.5 1e-207 XP_016881164 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule (1689) 4856 563.8 4.4e-159 XP_016881161 (OMIM: 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(1-73:1-73) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNCRILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNCRILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 LEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKES ::::::::::::: XP_016 LEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKES 70 80 90 100 110 120 >>XP_016881162 (OMIM: 615766) PREDICTED: microtubule cro (1715 aa) initn: 8073 init1: 4852 opt: 4856 Z-score: 2977.0 bits: 563.8 E(85289): 4.4e-159 Smith-Waterman score: 9604; 92.8% identity (92.9% similar) in 1574 aa overlap (74-1542:74-1647) 50 60 70 80 90 100 pF1KA0 SLKVAETGQVDGELIRSLEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEV :::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 SLKVAETGQVDGELIRSLEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEV 50 60 70 80 90 100 110 120 130 pF1KA0 EISKQALQNELERLKESSLKRRSTREMYKEKKTFNQ------------------------ 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 SVSRDSPIGNLGKELGPDLQSRLKEQLEWQLGPARGDERESLRLRAARELHRRADGDTGS 590 600 610 620 630 640 620 630 pF1KA0 HGLGGQTCFSLE-----------------------------------------MEEEHLY :::::::::::: ::::::: XP_016 HGLGGQTCFSLELRGPPVLPEQSVSIEELQGQLVQAARLHQEETETFTNKIHKMEEEHLY 650 660 670 680 690 700 640 650 660 670 680 690 pF1KA0 ALRWKELEMHSLALQNTLHERTWSDEKNLMQQELRSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 ALRWKELEMHSLALQNTLHERTWSDEKNLMQQELRSLKQNIFLFYVKLRWLLKHWRQGKQ 710 720 730 740 750 760 700 710 720 730 740 750 pF1KA0 MEEEGEEFTEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGPDHDSDRSCGFPVGEHSPHSRVQIGDH ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: XP_016 MEEEGEEFTEGEHPETLSRLGELGVQGGHQADGPDHDSDRGCGFPVGEHSPHSRVQIGDH 770 780 790 800 810 820 760 770 780 790 800 810 pF1KA0 SLRLQTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFRAELREDERARLRLQQQYASDKAAWDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 SLRLQTADRGQPHKQVVENQQLFSAFKALLEDFRAELREDERARLRLQQQYASDKAAWDV 830 840 850 860 870 880 820 830 pF1KA0 EWAVLKCRLEQ--------------------------------------LEEKTENKLGE ::::::::::: ::::::::::: XP_016 EWAVLKCRLEQNCCGYPRINIEEETLGFTRLPAGSTVKTLKSLGLQRLELEEKTENKLGE 890 900 910 920 930 940 840 850 860 870 880 890 pF1KA0 LGSSAESKGALKKEREVHQKLLADSHSLVMDLRWQIHHSEKNWNREKVELLDRLDRDRQE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 LGSSAESKGALKKEREVHQKLLADSHSLVMDLRWQIHHSEKNWNREKVELLDRLDRDRQE 950 960 970 980 990 1000 900 910 920 930 940 950 pF1KA0 WERQKKEFLWRIEQLQKENSPRRGGSFLCDQKDGNVRPFPHQGSLRMPRPVAMWPCADAD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 WERQKKEFLWRIEQLQKENSPRRGGSFLCDQKDGNVRPFPHQGSLRMPRPVAMWPCADAD 1010 1020 1030 1040 1050 1060 960 970 980 990 1000 1010 pF1KA0 SIPFEDRPLSKLKESDRCSASENLYLDALSLDDEPEEPPAHRPEREFRNRLPEEEENHKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 SIPFEDRPLSKLKESDRCSASENLYLDALSLDDEPEEPPAHRPEREFRNRLPEEEENHKG 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 GPGQETGTNSRGRSPSPIGVGSEMCREEGGEGTPVKQDLSAPPGYTLTENVARILNKKLL 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KA0 EHALKEERRQAAHGPPGLHSDSHSLGDTAEPGPMENQTVLLTAPWGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::. :: XP_016 EHALKEERRQAAHGPPGLHSDSHSLGDTAEPGPMEELPCSALAPSLEPCFSRPERPANRR 1610 1620 1630 1640 1650 1660 XP_016 PPSRWAPHSPTASQPQSPGDPTSLEEHGGEEPPEEQPHRDASLHGLSQYNSL 1670 1680 1690 1700 1710 >-- initn: 458 init1: 458 opt: 458 Z-score: 291.4 bits: 66.8 E(85289): 1.7e-09 Smith-Waterman score: 458; 100.0% identity (100.0% similar) in 73 aa overlap (1-73:1-73) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNCRILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 MEEMRDSYLEEDVYQLQELRRELDRANKNCRILQYRLRKAEQKSLKVAETGQVDGELIRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 LEQDLKVAKDVSVRLHHELKTVEEKRAKAEDENETLRQQMIEVEISKQALQNELERLKES ::::::::::::: XP_016 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