Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0806
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0806, 1065 aa
1>>>pF1KA0806 1065 - 1065 aa - 1065 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8350+/-0.00151; mu= 5.1010+/- 0.089
mean_var=287.7867+/-61.430, 0's: 0 Z-trim(105.3): 289 B-trim: 4 in 1/50
Lambda= 0.075603
statistics sampled from 8057 (8366) to 8057 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.6), E-opt: 0.2 (0.257), width: 16
Scan time: 4.240
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065) 7102 790.3 0
CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119) 3833 433.7 1.1e-120
CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059) 3746 424.2 7.3e-118
CCDS33783.1 LRIG1 gene_id:26018|Hs108|chr3 (1093) 2776 318.4 5.3e-86
>>CCDS30808.1 LRIG2 gene_id:9860|Hs108|chr1 (1065 aa)
initn: 7102 init1: 7102 opt: 7102 Z-score: 4207.7 bits: 790.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7102; 100.0% identity (100.0% similar) in 1065 aa overlap (1-1065:1-1065)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAPAPLGVPEEQLLGCRSRVLSRLLFIAQTALLLLPAAGAGLCPAPCSCRIPLLDCSRRK
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CCDS30 MAPAPLGVPEEQLLGCRSRVLSRLLFIAQTALLLLPAAGAGLCPAPCSCRIPLLDCSRRK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 LPAPSWRALSGLLPPDTAILDFSHNRLSNWNISLESQTLQEVKMNYNELTEIPYFGEPTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LPAPSWRALSGLLPPDTAILDFSHNRLSNWNISLESQTLQEVKMNYNELTEIPYFGEPTS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 NITLLSLVHNIIPEINAQALQFYPALESLDLSSNIISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 NITLLSLVHNIIPEINAQALQFYPALESLDLSSNIISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRIT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLPHLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLPHLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 LRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNLTRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNLTRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 RISPDAWEFCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 RISPDAWEFCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSN
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LQTLDLRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LQTLDLRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNN
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 AIMSIQENAFSQTHLKELILNTSSLLCDCHLKWLLQWLVDNNFQHSVNVSCAHPEWLAGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AIMSIQENAFSQTHLKELILNTSSLLCDCHLKWLLQWLVDNNFQHSVNVSCAHPEWLAGQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 SILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMNVTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMNVTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEIL
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 YDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 YDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNE
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 MPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVF
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 FIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSANASLTVLETPSFIRPLEDKTVTRGETAVLQCIAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 FIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSANASLTVLETPSFIRPLEDKTVTRGETAVLQCIAG
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 GSPAPRLNWTKDDGPLLVTERHFFAAANQLLIIVDAGLEDAGKYTCIMSNTLGTERGHIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GSPAPRLNWTKDDGPLLVTERHFFAAANQLLIIVDAGLEDAGKYTCIMSNTLGTERGHIY
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LNVISSPNCDSSQSSIGHEDDGWTTVGIVIIVVVCCVVGTSLIWVIVIYHMRRKNEDYSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LNVISSPNCDSSQSSIGHEDDGWTTVGIVIIVVVCCVVGTSLIWVIVIYHMRRKNEDYSI
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 TNTEELNLPADIPSYLSSQGTLSEPQEGYSNSEAGSHQQLMPPANGYIHKGTDGGTGTRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TNTEELNLPADIPSYLSSQGTLSEPQEGYSNSEAGSHQQLMPPANGYIHKGTDGGTGTRV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 ICSDCYDNANIYSRTREYCPYTYIAEEDVLDQTLSSLMVQMPKETYLVHPPQDTTALESL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ICSDCYDNANIYSRTREYCPYTYIAEEDVLDQTLSSLMVQMPKETYLVHPPQDTTALESL
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 IPSANREPSAFPTNHERISEKKLPSTQMSGETLQRPVWNINRELGLPHPPFSQQPVHESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IPSANREPSAFPTNHERISEKKLPSTQMSGETLQRPVWNINRELGLPHPPFSQQPVHESP
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060
pF1KA0 QLHQNEGLAGREPDCSASSMSCHRLQDHAFDFSRTRNIQDGSEGT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QLHQNEGLAGREPDCSASSMSCHRLQDHAFDFSRTRNIQDGSEGT
1030 1040 1050 1060
>>CCDS8960.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1119 aa)
initn: 3241 init1: 1847 opt: 3833 Z-score: 2280.5 bits: 433.7 E(32554): 1.1e-120
Smith-Waterman score: 3833; 61.8% identity (82.9% similar) in 946 aa overlap (43-975:47-975)
20 30 40 50 60
pF1KA0 LLGCRSRVLSRLLFIAQTALLLLPAAGAGLCPAPCSCRIPLLDCSRRKL-----PAPSWR
::. : : ::::::..: : :::
CCDS89 LCAVLGRAGRSDSGGRGELGQPSGVAAERPCPTTCRCLGDLLDCSRKRLARLPEPLPSW-
20 30 40 50 60 70
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 ALSGLLPPDTAILDFSHNRLSNWNISLES--QTLQEVKMNYNELTEIPYFGEPTSNITLL
.: ::.:::::: . : : :.:.:::.: ::: :: .: ..:::::
CCDS89 ---------VARLDLSHNRLSFIKASSMSHLQSLREVKLNNNELETIPNLGPVSANITLL
80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 SLVHNIIPEINAQALQFYPALESLDLSSNIISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRITTLEAG
::. : : :: . :. . .::.:::::: :::..:. :: .::::: :..::.:..: :
CCDS89 SLAGNRIVEILPEHLKEFQSLETLDLSSNNISELQTA-FPALQLKYLYLNSNRVTSMEPG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 CFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLPHLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDSLRSLK
::::...:::.::::::.: ::::.::::.:: :::.::.:: :.::::::: .:.:::
CCDS89 YFDNLANTLLVLKLNRNRISAIPPKMFKLPQLQHLELNRNKIKNVDGLTFQGLGALKSLK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 MQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNLTRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIERISPD
:::::..:: ::::.::.::: :.:.:::::...::::::: :::.:..:::::.:::::
CCDS89 MQRNGVTKLMDGAFWGLSNMEILQLDHNNLTEITKGWLYGLLMLQELHLSQNAINRISPD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 AWEFCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSNLQTLD
::::::.::::::..:.:.:::.:.:.:::::. :..:.:::..::: .:: ::.:.:::
CCDS89 AWEFCQKLSELDLTFNHLSRLDDSSFLGLSLLNTLHIGNNRVSYIADCAFRGLSSLKTLD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 LRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNNAIMSI
:.::::::.::: . ::.:: .: .::::::.:.::::::: ::..::::::..:::::.
CCDS89 LKNNEISWTIEDMNGAFSGLDKLRRLILQGNRIRSITKKAFTGLDALEHLDLSDNAIMSL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 QENAFSQTH-LKELILNTSSLLCDCHLKWLLQWLVDNNFQHSVNVSCAHPEWLAGQSILN
: ::::: . :..: ::::::::::.:::: ::...:::: ::.:::::. : :.::.
CCDS89 QGNAFSQMKKLQQLHLNTSSLLCDCQLKWLPQWVAENNFQSFVNASCAHPQLLKGRSIFA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMNVTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEILYDVD
:. :::::: :::: ..::: :..: :... :.:.:::::::. .:.::.:.:.:..
CCDS89 VSPDGFVCDDFPKPQITVQPETQSAIKGSNLSFICSAASSSDSPMTFAWKKDNELLHDAE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 TENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNEMPSF
::... :.::..:::.::.: .:.:..::::::...:::::.:: ::::::: .:::
CCDS89 MENYAHLRAQGGEVMEYTTILRLREVEFASEGKYQCVISNHFGSSYSVKAKLTVNMLPSF
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 LKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVFFIAN
:::::::::.:::::::::: :::::::.::::::::::::::::::::::::::::..
CCDS89 TKTPMDLTIRAGAMARLECAAVGHPAPQIAWQKDGGTDFPAARERRMHVMPEDDVFFIVD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 VKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSANASLTVLETPSFIRPLEDKTVTRGETAVLQCIAGGSPA
:::::.:.::: :::.::..::::.:::::::::.::: :.:::.::::::::::::::
CCDS89 VKIEDIGVYSCTAQNSAGSISANATLTVLETPSFLRPLLDRTVTKGETAVLQCIAGGSPP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 PRLNWTKDDGPLLVTERHFFAAANQLLIIVDAGLEDAGKYTCIMSNTLGTERGHIYLNVI
:.:::::::.::.:::::::::.::::::::. . ::::::: ::::::::::.. :.::
CCDS89 PKLNWTKDDSPLVVTERHFFAAGNQLLIIVDSDVSDAGKYTCEMSNTLGTERGNVRLSVI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 SSPNCDSSQ-SSIGHEDDGWTTVGIVIIVVVCCVVGTSLIWVIVIYHMRRKNEDYSITNT
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CCDS89 PTPTCDSPQMTAPSLDDDGWATVGVVIIAVVCCVVGTSLVWVVIIYHTRRRNEDCSITNT
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 EELNLPADIPSYLSSQGTLSEPQEGYSNSEAGSHQQLMPPANGYIHKGTDGGTGTRVICS
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CCDS89 DETNLPADIPSYLSSQGTLADRQDGYVSSESGSHHQFVTSSGAGFFLPQHDSSGT---CH
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950
pF1KA0 -DCYDNANIYSRTREY-CPYTYIAEEDVLDQTLSSLMVQMPKETYLV--HPPQDTTALES
: ..:.. . : . ::. . : .... . : ::: . : :. ..
CCDS89 IDNSSEADVEAATDLFLCPFLGSTGPMYLK---GNVYGSDPFETYHTGCSPDPRTVLMDH
910 920 930 940 950
960 970 980 990 1000 1010
pF1KA0 LIPSANREPSAFPTNHERISEKKLPSTQMSGETLQRPVWNINRELGLPHPPFSQQPVHES
:: .. .: .:
CCDS89 YEPSYIKKKECYPCSHPSEESCERSFSNISWPSHVRKLLNTSYSHNEGPGMKNLCLNKSS
960 970 980 990 1000 1010
>>CCDS44933.1 LRIG3 gene_id:121227|Hs108|chr12 (1059 aa)
initn: 3113 init1: 1847 opt: 3746 Z-score: 2229.5 bits: 424.2 E(32554): 7.3e-118
Smith-Waterman score: 3746; 62.9% identity (84.5% similar) in 903 aa overlap (81-975:20-915)
60 70 80 90 100
pF1KA0 IPLLDCSRRKLPAPSWRALSGLLPPDTAILDFSHNRLSNWNISLES--QTLQEVKMNYNE
:.:::::: . : : :.:.:::.: ::
CCDS44 MVDVLLLFSLCLLFHISRPDLSHNRLSFIKASSMSHLQSLREVKLNNNE
10 20 30 40
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 LTEIPYFGEPTSNITLLSLVHNIIPEINAQALQFYPALESLDLSSNIISEIKTSSFPRMQ
: :: .: ..:::::::. : : :: . :. . .::.:::::: :::..:. :: .:
CCDS44 LETIPNLGPVSANITLLSLAGNRIVEILPEHLKEFQSLETLDLSSNNISELQTA-FPALQ
50 60 70 80 90 100
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 LKYLNLSNNRITTLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLPHLQFLELKRNRIK
:::: :..::.:..: : ::::...:::.::::::.: ::::.::::.:: :::.::.::
CCDS44 LKYLYLNSNRVTSMEPGYFDNLANTLLVLKLNRNRISAIPPKMFKLPQLQHLELNRNKIK
110 120 130 140 150 160
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 IVEGLTFQGLDSLRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNLTRVNKGWLYGLRM
:.::::::: .:.::::::::..:: ::::.::.::: :.:.:::::...::::::: :
CCDS44 NVDGLTFQGLGALKSLKMQRNGVTKLMDGAFWGLSNMEILQLDHNNLTEITKGWLYGLLM
170 180 190 200 210 220
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 LQQLYVSQNAIERISPDAWEFCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGLSLLERLNLGDNRVT
::.:..:::::.:::::::::::.::::::..:.:.:::.:.:.:::::. :..:.:::.
CCDS44 LQELHLSQNAINRISPDAWEFCQKLSELDLTFNHLSRLDDSSFLGLSLLNTLHIGNNRVS
230 240 250 260 270 280
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 HIADGVFRFLSNLQTLDLRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQGNQIKSITKKAFIG
.::: .:: ::.:.::::.::::::.::: . ::.:: .: .::::::.:.::::::: :
CCDS44 YIADCAFRGLSSLKTLDLKNNEISWTIEDMNGAFSGLDKLRRLILQGNRIRSITKKAFTG
290 300 310 320 330 340
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 LESLEHLDLNNNAIMSIQENAFSQTH-LKELILNTSSLLCDCHLKWLLQWLVDNNFQHSV
:..::::::..:::::.: ::::: . :..: ::::::::::.:::: ::...:::: :
CCDS44 LDALEHLDLSDNAIMSLQGNAFSQMKKLQQLHLNTSSLLCDCQLKWLPQWVAENNFQSFV
350 360 370 380 390 400
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 NVSCAHPEWLAGQSILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMNVTLTCTAVSSSDS
:.:::::. : :.::. :. :::::: :::: ..::: :..: :... :.:.:::::
CCDS44 NASCAHPQLLKGRSIFAVSPDGFVCDDFPKPQITVQPETQSAIKGSNLSFICSAASSSDS
410 420 430 440 450 460
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 PMSTVWRKDSEILYDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNHFG
::. .:.::.:.:.:.. ::... :.::..:::.::.: .:.:..::::::...::::
CCDS44 PMTFAWKKDNELLHDAEMENYAHLRAQGGEVMEYTTILRLREVEFASEGKYQCVISNHFG
470 480 490 500 510 520
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 SNYSQKAKLTVNEMPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKDGGTDFPAAR
:.:: ::::::: .::: :::::::::.:::::::::: :::::::.:::::::::::::
CCDS44 SSYSVKAKLTVNMLPSFTKTPMDLTIRAGAMARLECAAVGHPAPQIAWQKDGGTDFPAAR
530 540 550 560 570 580
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 ERRMHVMPEDDVFFIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSANASLTVLETPSFIRPLEDKTV
:::::::::::::::..:::::.:.::: :::.::..::::.:::::::::.::: :.::
CCDS44 ERRMHVMPEDDVFFIVDVKIEDIGVYSCTAQNSAGSISANATLTVLETPSFLRPLLDRTV
590 600 610 620 630 640
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 TRGETAVLQCIAGGSPAPRLNWTKDDGPLLVTERHFFAAANQLLIIVDAGLEDAGKYTCI
:.:::::::::::::: :.:::::::.::.:::::::::.::::::::. . :::::::
CCDS44 TKGETAVLQCIAGGSPPPKLNWTKDDSPLVVTERHFFAAGNQLLIIVDSDVSDAGKYTCE
650 660 670 680 690 700
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 MSNTLGTERGHIYLNVISSPNCDSSQ-SSIGHEDDGWTTVGIVIIVVVCCVVGTSLIWVI
::::::::::.. :.:: .:.::: : .. . .::::.:::.:::.::::::::::.::.
CCDS44 MSNTLGTERGNVRLSVIPTPTCDSPQMTAPSLDDDGWATVGVVIIAVVCCVVGTSLVWVV
710 720 730 740 750 760
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 VIYHMRRKNEDYSITNTEELNLPADIPSYLSSQGTLSEPQEGYSNSEAGSHQQLMPPANG
.::: ::.::: :::::.: ::::::::::::::::.. :.:: .::.:::.:.. ...
CCDS44 IIYHTRRRNEDCSITNTDETNLPADIPSYLSSQGTLADRQDGYVSSESGSHHQFVTSSGA
770 780 790 800 810 820
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 YIHKGTDGGTGTRVICS-DCYDNANIYSRTREY-CPYTYIAEEDVLDQTLSSLMVQMPKE
. ..:: : : ..:.. . : . ::. . : .... . : :
CCDS44 GFFLPQHDSSGT---CHIDNSSEADVEAATDLFLCPFLGSTGPMYLK---GNVYGSDPFE
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