FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0835, 1121 aa 1>>>pF1KA0835 1121 - 1121 aa - 1121 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7906+/-0.00118; mu= -6.3046+/- 0.071 mean_var=435.3465+/-87.372, 0's: 0 Z-trim(113.2): 64 B-trim: 0 in 0/55 Lambda= 0.061469 statistics sampled from 13800 (13853) to 13800 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.719), E-opt: 0.2 (0.426), width: 16 Scan time: 6.120 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS13558.1 MYT1 gene_id:4661|Hs108|chr20 (1121) 7463 677.4 5e-194 CCDS77378.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1186) 2665 251.9 6.4e-66 CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184) 2645 250.1 2.2e-65 CCDS6149.1 ST18 gene_id:9705|Hs108|chr8 (1047) 2484 235.8 4e-61 >>CCDS13558.1 MYT1 gene_id:4661|Hs108|chr20 (1121 aa) initn: 7463 init1: 7463 opt: 7463 Z-score: 3596.8 bits: 677.4 E(32554): 5e-194 Smith-Waterman score: 7463; 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CCDS77 NYVMLGKPMNNGLMEKMVEESDEEVCLSSLECLRNQCFDLARKLSETNPQERNPQQNMNI 300 310 320 330 340 350 310 320 330 340 350 pF1KA0 EEEAAPDVIFQEDTSHTSAQKAPEL-RGPESPSPKPEYSVIVEVRSDD---DKDEDTHSR .... :. : : . . .: : :. ::. . :.. ..: ..:.:: : CCDS77 RQHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLSPRSR--VFASCAKEDGCHERDDDTTSV 360 370 380 390 400 410 360 370 380 390 400 pF1KA0 KSTVTDESEMQDMMTRGNLGLLEQAIALKAEQVRTVCEPGCPPA----------EQSQLG .: :.:: ::.::: :::.::::..:..... : : .:: CCDS77 NS---DRSEEVFDMTKGNLTLLEKAIALETERAKAMREKMAMEAGRRDNMRSYEDQSPRQ 420 430 440 450 460 470 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 LGEPGKAAKPLDT---VRKSYYSKDPSRAEKREIKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGC : ::. :: .. :.: ::.:::::.::.: :::::::::::::::::::::::::: CCDS77 L--PGEDRKPKSSDSHVKKPYYGKDPSRTEKKESKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGC 480 490 500 510 520 530 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 PHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQ :::::.:::::::::.:::::::::::.::::::::.:::::::::::::::::..::.: CCDS77 PHKDRVPPEILAMHESVLKCPTPGCTGRGHVNSNRNSHRSLSGCPIAAAEKLAKAQEKHQ 540 550 560 570 580 590 530 540 550 560 570 580 pF1KA0 PQTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGSYRPNVAPATPRANLAKELEKFSKVTFD . : ::::. :::.:::::::::::.: :: :: :: .:::.::::::::.::..:. 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CCDS77 MEADMIKLRTQITTMESNLKTIEEENKVIEQQNESLLHELANLSQSLIHSLANIQLPHMD 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1090 1100 1110 1120 pF1KA0 PICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVRGIQV :: ::::::::.:::.::.::: :::: :::.:::::::::: CCDS77 PINEQNFDAYVTTLTEMYTNQDRYQSPENKALLENIKQAVRGIQV 1150 1160 1170 1180 >>CCDS46222.1 MYT1L gene_id:23040|Hs108|chr2 (1184 aa) initn: 2422 init1: 1572 opt: 2645 Z-score: 1287.4 bits: 250.1 E(32554): 2.2e-65 Smith-Waterman score: 3212; 47.6% identity (68.0% similar) in 1217 aa overlap (28-1121:29-1184) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MSLENEDKRARTRSKALRGPPETTAADLSCPTPGCTGSGHVRGKYSRHRSLQSCPLAKK .::::::: ::::: :::.::::. .:::::: CCDS46 MEVDTEEKRHRTRSKGVRVPVEPAIQELFSCPTPGCDGSGHVSGKYARHRSVYGCPLAKK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 pF1KA0 RKLEGAEAEHLVSKRKSHPLKL--------------------ALDEG--YGVDSD--GSE :: . . .. . ::: .: ::: :. :.: :.: CCDS46 RKTQDKQPQEPAPKRKPFAVKADSSSVDECDDSDGTEDMDEKEEDEGEEYSEDNDEPGDE 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 pF1KA0 DTEVKDASVSDESEGTLEGAEAETSGQD------EIHRPETAEGRSPVKSH---FGSNPI : : .... .: : : . . .:.: : .. : : . ..: .. : CCDS46 DEEDEEGDREEEEEIEEEDEDDDEDGEDVEDEEEEEEEEEEEEEEEENEDHQMNCHNTRI 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 pF1KA0 GSATASSKGS---YSSYQGIIATSLLNLGQIAEETLVEEDLGQAAKPGPGIVHLLQEAAE . : .. .. :..:. ..: ::::::.:::.. . .. . . . :.. .. CCDS46 MQDTEKDDNNNDEYDNYDELVAKSLLNLGKIAEDAAYRART--ESEMNSNTSNSLEDDSD 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 pF1KA0 GAASEEGEKGLFIQPEDAEEVVE-VTTER----------SQDLCPQSLEDAASEESSKQK . :.:. . :.. : : : . . :... .. :. :...:.. CCDS46 -KNENLGRKSELSLDLDSDVVRETVDSLKLLAQGHGVVLSENMNDRNYADSMSQQDSRNM 240 250 260 270 280 290 260 270 280 290 300 pF1KA0 GILSHEEEDEEEEEEEEEEEEDEE---------EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE . . . .. :. :: ::: ... . .. : . .:.. ... . 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