FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0866, 1972 aa 1>>>pF1KA0866 1972 - 1972 aa - 1972 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 23.7940+/-0.000754; mu= -68.5620+/- 0.047 mean_var=1006.4401+/-205.855, 0's: 0 Z-trim(115.1): 764 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.040428 statistics sampled from 24695 (25413) to 24695 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.573), E-opt: 0.2 (0.298), width: 16 Scan time: 17.430 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002465 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1972) 12441 743.6 4.9e-213 NP_001035203 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isofo (1979) 12417 742.2 1.3e-212 XP_011520804 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1929) 12163 727.3 3.6e-208 NP_074035 (OMIM: 132900,160745) myosin-11 isoform (1938) 12163 727.3 3.6e-208 XP_016878739 (OMIM: 132900,160745) PREDICTED: myos (1945) 12139 725.9 9.6e-208 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XP_016 VSTLKNRLRRGGPISF-SSSRSGRRQLHLEGASLELSDDDTESKTSDVNETQPPQSE 1930 1940 1950 1960 1970 >>XP_016880170 (OMIM: 160776) PREDICTED: myosin-10 isofo (1976 aa) initn: 9813 init1: 9813 opt: 9842 Z-score: 3126.5 bits: 592.0 E(85289): 2.1e-167 Smith-Waterman score: 9842; 76.3% identity (93.5% similar) in 1972 aa overlap (1-1969:1-1971) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MAQKGQLSDDEKFLFVDKNFINSPVAQADWAAKRLVWVPSEKQGFEAASIKEEKGDEVVV :::. : : :..::::. : .:..::::.::.:::.:::..::::::::::.::::.: XP_016 MAQRTGLEDPERYLFVDRAVIYNPATQADWTAKKLVWIPSERHGFEAASIKEERGDEVMV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 ELVENGKKVTVGKDDIQKMNPPKFSKVEDMAELTCLNEASVLHNLRERYFSGLIYTYSGL ::.:::::. :.:::::::::::::::::::::::::::::::::..::.:::::::::: XP_016 ELAENGKKAMVNKDDIQKMNPPKFSKVEDMAELTCLNEASVLHNLKDRYYSGLIYTYSGL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 FCVVVNPYKHLPIYSEKIVDMYKGKKRHEMPPHIYAIADTAYRSMLQDREDQSILCTGES ::::.::::.::::::.:..::.::::::::::::::...::: :::::::::::::::: XP_016 FCVVINPYKNLPIYSENIIEMYRGKKRHEMPPHIYAISESAYRCMLQDREDQSILCTGES 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 GAGKTENTKKVIQYLAVVASSHKGKKDTSITGELEKQLLQANPILEAFGNAKTVKNDNSS :::::::::::::::: :::::::.:: .: ::::.::::::::::.::::::::::::: XP_016 GAGKTENTKKVIQYLAHVASSHKGRKDHNIPGELERQLLQANPILESFGNAKTVKNDNSS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 RFGKFIRINFDVTGYIVGANIETYLLEKSRAIRQARDERTFHIFYYMIAGAKEKMRSDLL :::::::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::: ...:: :...:::: XP_016 RFGKFIRINFDVTGYIVGANIETYLLEKSRAVRQAKDERTFHIFYQLLSGAGEHLKSDLL 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 LEGFNNYTFLSNGFVPIPAAQDDEMFQETVEAMAIMGFSEEEQLSILKVVSSVLQLGNIV ::::::: :::::..:::. :: . ::::.::: :::::.:: ::.:::::::::.::: XP_016 LEGFNNYRFLSNGYIPIPGQQDKDNFQETMEAMHIMGFSHEEILSMLKVVSSVLQFGNIS 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KA0 FKKERNTDQASMPDNTAAQKVCHLMGINVTDFTRSILTPRIKVGRDVVQKAQTKEQADFA :::::::::::::.::.:::.:::.:.:: .:::.::::::::::: ::::::::::::: XP_016 FKKERNTDQASMPENTVAQKLCHLLGMNVMEFTRAILTPRIKVGRDYVQKAQTKEQADFA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KA0 VEALAKATYERLFRWILTRVNKALDKTHRQGASFLGILDIAGFEIFEVNSFEQLCINYTN :::::::::::::::.. :.:::::.:.::::::.::::::::::::.:::::::::::: XP_016 VEALAKATYERLFRWLVHRINKALDRTKRQGASFIGILDIAGFEIFELNSFEQLCINYTN 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 EKLQQLFNHTMFILEQEEYQREGIEWNFIDFGLDLQPCIELIERPNNPPGVLALLDEECW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: :::::::::::::: XP_016 EKLQQLFNHTMFILEQEEYQREGIEWNFIDFGLDLQPCIDLIERPANPPGVLALLDEECW 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KA0 FPKATDKSFVEKLCTEQGSHPKFQKPKQLKDKTEFSIIHYAGKVDYNASAWLTKNMDPLN :::::::.::::: ::::: :::::.:::::..: ::::::::::.:. :: ::::::: XP_016 FPKATDKTFVEKLVQEQGSHSKFQKPRQLKDKADFCIIHYAGKVDYKADEWLMKNMDPLN 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KA0 DNVTSLLNASSDKFVADLWKDVDRIVGLDQMAKMTESSLPSASKTKKGMFRTVGQLYKEQ :::..::. :::.:::.:::::::::::::.. :::... :: ::::::::::::::::. 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