Result of FASTA (ccds) for
pF1KA0877
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0877, 552 aa
1>>>pF1KA0877 552 - 552 aa - 552 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4332+/-0.00112; mu= 17.6920+/- 0.067
mean_var=64.7756+/-13.633, 0's: 0 Z-trim(101.2): 29 B-trim: 0 in 0/46
Lambda= 0.159356
statistics sampled from 6396 (6404) to 6396 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.546), E-opt: 0.2 (0.197), width: 16
Scan time: 2.730
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43567.1 DPY19L1 gene_id:23333|Hs108|chr7 ( 675) 3685 856.7 0
CCDS31851.1 DPY19L2 gene_id:283417|Hs108|chr12 ( 758) 2582 603.1 3.8e-172
CCDS12422.1 DPY19L3 gene_id:147991|Hs108|chr19 ( 716) 313 81.5 3.9e-15
>>CCDS43567.1 DPY19L1 gene_id:23333|Hs108|chr7 (675 aa)
initn: 3685 init1: 3685 opt: 3685 Z-score: 4575.3 bits: 856.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3685; 100.0% identity (100.0% similar) in 552 aa overlap (1-552:124-675)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
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CCDS43 EYPLVINTLKRFNLYPEVILASWYRIYTKIMDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
160 170 180 190 200 210
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
460 470 480 490 500 510
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
520 530 540 550 560 570
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
580 590 600 610 620 630
520 530 540 550
pF1KA0 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
640 650 660 670
>>CCDS31851.1 DPY19L2 gene_id:283417|Hs108|chr12 (758 aa)
initn: 2579 init1: 1412 opt: 2582 Z-score: 3204.1 bits: 603.1 E(32554): 3.8e-172
Smith-Waterman score: 2582; 67.4% identity (89.6% similar) in 549 aa overlap (1-549:210-757)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
:.:.:..:: ::.::: : :. ..::::::
CCDS31 EYPLIINAIKRFHLYPEVIIASWYCTFMGIMNLFGLETKTCWNVTRIEPLNEVQSCEGLG
180 190 200 210 220 230
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
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CCDS31 DPACFYVGVIFILNGLMMGLFFMYGAYLSGTQLGGLITVLCFFFNHGEATRVMWTPPLRE
240 250 260 270 280 290
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
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CCDS31 SFSYPFLVLQMCILTLILRTSSNDRRPFIALCLSNVAFMLPWQFAQFILFTQIASLFPMY
300 310 320 330 340 350
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
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CCDS31 VVGYIEPSKFQKIIYMNMISVTLSFILMFGNSMYLSSYYSSSLLMTWAIILKRNEIQKLG
360 370 380 390 400 410
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
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CCDS31 VSKLNFWLIQGSAWWCGTIILKFLTSKILGVSDHIRLSDLIAARILRYTDFDTLIYTCAP
420 430 440 450 460 470
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
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CCDS31 EFDFMEKATPLRYTKTLLLPVVMVITCFIFKKTVRDISYVLATN-IYLRKQLLEHSELAF
480 490 500 510 520 530
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
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CCDS31 HTLQLLVFTALAILIMRLKMFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFRRVRFEKVIFGILTVMS
540 550 560 570 580 590
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
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CCDS31 IQGYANLRNQWSIIGEFNNLPQEELLQWIKYSTTSDAVFAGAMPTMASIKLSTLHPIVNH
600 610 620 630 640 650
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
:::::: :::::::::: ::::.:.::. .:..:.::::.:::.::: :.:::::: :::
CCDS31 PHYEDADLRARTKIVYSTYSRKSAKEVRDKLLELHVNYYVLEEAWCVVRTKPGCSMLEIW
660 670 680 690 700 710
520 530 540 550
pF1KA0 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
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CCDS31 DVEDPSNAANPPLCSVLLEDARPYFTTVFQNSVYRVLKVN
720 730 740 750
>>CCDS12422.1 DPY19L3 gene_id:147991|Hs108|chr19 (716 aa)
initn: 725 init1: 280 opt: 313 Z-score: 385.2 bits: 81.5 E(32554): 3.9e-15
Smith-Waterman score: 788; 30.1% identity (61.9% similar) in 562 aa overlap (31-551:154-714)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLGDPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSG
.:. ::. ..: :...... ..: . :::
CCDS12 KTINLLQRMNIYQEVFLSILYRVLPIQKYLEPVYFYIYTLFGLQAIYVTALYITSWLLSG
130 140 150 160 170 180
70 80 90 100 110
pF1KA0 SRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRESFSYPFLVLQMLLVTHILRATKL---YRGS
. :.::.... . :. . ::: .: ::::... ::...:. .:..:: . : .
CCDS12 TWLSGLLAAFWYVTNRIDTTRVEFTIPLRENWALPFFAIQIAAITYFLRPNLQPLSERLT
190 200 210 220 230 240
120 130 140 150 160 170
pF1KA0 LIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVYVVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVL
:.:. ::. .: : ::: ::..: : ::.. . .. : . :.. :: : .:
CCDS12 LLAIFISTFLFSLTWQFNQFMMLMQALVLFTLDSLDMLPAVKATWLYGIQITSLLLVCIL
250 260 270 280 290 300
180 190 200 210 220 230
pF1KA0 MFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN--VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLT
.: :::.: : : . .. .. . :: . ...:. ... . : :..:. .
CCDS12 QFFNSMILGSLLISFNLSVFIARKLQKN-LKTGSFLNRLGKLLLHLFMVLCLTLFLNNII
310 320 330 340 350 360
240 250 260 270 280 290
pF1KA0 SKIFGIADDAHIGNLLTSKFF--SYKDFDTLLYTCAAEFDFMEKETPLRYTKTLLL-PVV
.::... .: :: ..: .:: . .:::. :: : : .. .: : . :::. .
CCDS12 KKILNLKSDEHIFKFLKAKFGLGATRDFDANLYLCEEAFGLLPFNTFGRLSDTLLFYAYI
370 380 390 400 410 420
300 310 320 330 340
pF1KA0 LVVFVAIVRKIISDMWGVL--AKQQT--HVRKHQFD-HGELVYHALQLLAYTALGILIMR
.:. .... .. . .. ..::. ...: : . : .:. .. . . :.. ::
CCDS12 FVLSITVIVAFVVAFHNLSDSTNQQSVGKMEKGTVDLKPETAYNLIHTILFGFLALSTMR
430 440 450 460 470 480
350 360 370 380 390
pF1KA0 LKLFLTPHMCVMASL-ICSRQLFGWLFCKVH---PGAIVFA-------ILAAMSIQGSAN
.: . : ::::.::. .:: ... :. .:: : : . :: . . .
CCDS12 MKYLWTSHMCVFASFGLCSPEIWELLLKSVHLYNPKRICIMRYSVPILILLYLCYKFWPG
490 500 510 520 530 540
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 LQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNHPHYEDA
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CCDS12 MMDELSELREFYDPDTVELMNWINSNTPRKAVFAGSMQLLAGVKLCTGRTLTNHPHYEDS
550 560 570 580 590 600
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 GLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCV-RRSKPGCSMPEIWDV---
.:: ::. ::..:...: :::. : .. ..: :::.: : :: . :: . .. :.
CCDS12 SLRERTRAVYQIYAKRAPEEVHALLRSFGTDYVILEDSICYERRHRRGCRLRDLLDIANG
610 620 630 640 650 660
520 530 540 550
pF1KA0 --------EDP--ANAGKTPLCNLLVKDSKPH---FTTVFQNSVYKVLEVVKE
.:: : . .:. . .. :. :: ::::....: .. .
CCDS12 HMMDGPGENDPDLKPADHPRFCEEIKRNLPPYVAYFTRVFQNKTFHVYKLSRNK
670 680 690 700 710
552 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 19:52:50 2016 done: Wed Nov 2 19:52:50 2016
Total Scan time: 2.730 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]