Result of FASTA (omim) for
pF1KA0877
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0877, 552 aa
1>>>pF1KA0877 552 - 552 aa - 552 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0489+/-0.000512; mu= 20.2178+/- 0.032
mean_var=66.2421+/-13.867, 0's: 0 Z-trim(106.9): 67 B-trim: 909 in 1/48
Lambda= 0.157582
statistics sampled from 14940 (15004) to 14940 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.518), E-opt: 0.2 (0.176), width: 16
Scan time: 5.840
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_056098 (OMIM: 613892) probable C-mannosyltransf ( 675) 3685 847.5 0
XP_011513547 (OMIM: 613892) PREDICTED: probable C- ( 748) 3685 847.6 0
XP_016874686 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 587) 2582 596.7 6.4e-170
XP_011536517 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 587) 2582 596.7 6.4e-170
XP_006719415 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 615) 2582 596.7 6.7e-170
XP_016874684 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 615) 2582 596.7 6.7e-170
XP_016874683 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 637) 2582 596.8 6.9e-170
XP_016874682 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 657) 2582 596.8 7e-170
NP_776173 (OMIM: 613893,613958) probable C-mannosy ( 758) 2582 596.8 7.9e-170
XP_016874677 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 762) 2582 596.8 7.9e-170
XP_011513548 (OMIM: 613892) PREDICTED: probable C- ( 719) 2374 549.5 1.3e-155
XP_016874679 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 720) 2126 493.1 1.2e-138
XP_016874681 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 708) 1983 460.6 7.3e-129
XP_016874680 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 712) 1983 460.6 7.4e-129
XP_016874690 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 443) 1978 459.3 1.1e-128
XP_016874691 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 443) 1978 459.3 1.1e-128
XP_011536520 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 421) 1920 446.1 1e-124
XP_016874685 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 601) 1661 387.4 7e-107
XP_016874692 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 423) 1561 364.5 3.7e-100
XP_016874693 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 423) 1561 364.5 3.7e-100
XP_016874694 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 423) 1561 364.5 3.7e-100
XP_016874688 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 517) 1561 364.6 4.3e-100
XP_016874678 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 742) 1561 364.7 5.8e-100
XP_016874687 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 570) 1412 330.7 7.4e-90
XP_016874689 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: prob ( 449) 1019 241.3 4.8e-63
XP_011524828 (OMIM: 613894) PREDICTED: probable C- ( 716) 313 80.9 1.4e-14
NP_001166245 (OMIM: 613894) probable C-mannosyltra ( 716) 313 80.9 1.4e-14
NP_997208 (OMIM: 613894) probable C-mannosyltransf ( 716) 313 80.9 1.4e-14
XP_016881856 (OMIM: 613894) PREDICTED: probable C- ( 453) 309 79.9 1.9e-14
XP_006723108 (OMIM: 613894) PREDICTED: probable C- ( 520) 309 79.9 2.1e-14
XP_016881855 (OMIM: 613894) PREDICTED: probable C- ( 682) 309 80.0 2.6e-14
XP_016868846 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 574) 217 59.1 4.5e-08
XP_016868845 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 576) 217 59.1 4.5e-08
XP_016868844 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 587) 217 59.1 4.6e-08
XP_016868843 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 618) 217 59.1 4.8e-08
XP_005250952 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 618) 217 59.1 4.8e-08
XP_016868842 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 646) 217 59.1 4.9e-08
XP_016868841 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 651) 217 59.1 5e-08
XP_016868840 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 679) 217 59.1 5.1e-08
XP_011515286 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 681) 217 59.1 5.2e-08
XP_011515285 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 690) 217 59.1 5.2e-08
NP_861452 (OMIM: 613895) probable C-mannosyltransf ( 723) 217 59.1 5.4e-08
XP_005250951 (OMIM: 613895) PREDICTED: probable C- ( 797) 217 59.2 5.8e-08
>>NP_056098 (OMIM: 613892) probable C-mannosyltransferas (675 aa)
initn: 3685 init1: 3685 opt: 3685 Z-score: 4525.9 bits: 847.5 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3685; 100.0% identity (100.0% similar) in 552 aa overlap (1-552:124-675)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EYPLVINTLKRFNLYPEVILASWYRIYTKIMDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
160 170 180 190 200 210
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
220 230 240 250 260 270
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
280 290 300 310 320 330
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
340 350 360 370 380 390
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
400 410 420 430 440 450
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
460 470 480 490 500 510
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
520 530 540 550 560 570
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
580 590 600 610 620 630
520 530 540 550
pF1KA0 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_056 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
640 650 660 670
>>XP_011513547 (OMIM: 613892) PREDICTED: probable C-mann (748 aa)
initn: 3685 init1: 3685 opt: 3685 Z-score: 4525.3 bits: 847.6 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 3685; 100.0% identity (100.0% similar) in 552 aa overlap (1-552:197-748)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EYPLVINTLKRFNLYPEVILASWYRIYTKIMDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
170 180 190 200 210 220
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
230 240 250 260 270 280
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
290 300 310 320 330 340
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
350 360 370 380 390 400
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
410 420 430 440 450 460
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
470 480 490 500 510 520
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
530 540 550 560 570 580
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
590 600 610 620 630 640
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
650 660 670 680 690 700
520 530 540 550
pF1KA0 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
710 720 730 740
>>XP_016874686 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: probable (587 aa)
initn: 2579 init1: 1412 opt: 2582 Z-score: 3171.6 bits: 596.7 E(85289): 6.4e-170
Smith-Waterman score: 2582; 67.4% identity (89.6% similar) in 549 aa overlap (1-549:39-586)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
:.:.:..:: ::.::: : :. ..::::::
XP_016 EYPLIINAIKRFHLYPEVIIASWYCTFMGIMNLFGLETKTCWNVTRIEPLNEVQSCEGLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
:::::::.::::::::::.:::.::.::::..::::.::::::::::: :::::::::::
XP_016 DPACFYVGVIFILNGLMMGLFFMYGAYLSGTQLGGLITVLCFFFNHGEATRVMWTPPLRE
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
::::::::::: ..: :::... : .::::.::: ::::::::::.:.::::::: .:
XP_016 SFSYPFLVLQMCILTLILRTSSNDRRPFIALCLSNVAFMLPWQFAQFILFTQIASLFPMY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
:::::. :..::::..:::..: :.::::::: :.:::.:::.. :.:. . .. :..
XP_016 VVGYIEPSKFQKIIYMNMISVTLSFILMFGNSMYLSSYYSSSLLMTWAIILKRNEIQKLG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
::.:..:.::: : ::.:::.:::::.:..: ....:...... : :::::.::::
XP_016 VSKLNFWLIQGSAWWCGTIILKFLTSKILGVSDHIRLSDLIAARILRYTDFDTLIYTCAP
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KA0 EFDFMEKETPLRYTKTLLLPVVLVVFVAIVRKIISDMWGVLAKQQTHVRKHQFDHGELVY
::::::: ::::::::::::::.:. : .: . :. ::: . ..::. ..:.::..
XP_016 EFDFMEKATPLRYTKTLLLPVVMVITCFIFKKTVRDISYVLATN-IYLRKQLLEHSELAF
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KA0 HALQLLAYTALGILIMRLKLFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFCKVHPGAIVFAILAAMS
:.::::..:::.:::::::.::::::::::::::::::::::: .:. ..:.::..::
XP_016 HTLQLLVFTALAILIMRLKMFLTPHMCVMASLICSRQLFGWLFRRVRFEKVIFGILTVMS
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KA0 IQGSANLQTQWNIVGEFSNLPQEELIEWIKYSTKPDAVFAGAMPTMASVKLSALRPIVNH
::: :::..::.:.:::.:::::::..:::::: :::::::::::::.:::.:.:::::
XP_016 IQGYANLRNQWSIIGEFNNLPQEELLQWIKYSTTSDAVFAGAMPTMASIKLSTLHPIVNH
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KA0 PHYEDAGLRARTKIVYSMYSRKAAEEVKRELIKLKVNYYILEESWCVRRSKPGCSMPEIW
:::::: :::::::::: ::::.:.::. .:..:.::::.:::.::: :.:::::: :::
XP_016 PHYEDADLRARTKIVYSTYSRKSAKEVRDKLLELHVNYYVLEEAWCVVRTKPGCSMLEIW
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550
pF1KA0 DVEDPANAGKTPLCNLLVKDSKPHFTTVFQNSVYKVLEVVKE
:::::.::.. :::..:..:..:.::::::::::.::.:
XP_016 DVEDPSNAANPPLCSVLLEDARPYFTTVFQNSVYRVLKVN
550 560 570 580
>>XP_011536517 (OMIM: 613893,613958) PREDICTED: probable (587 aa)
initn: 2579 init1: 1412 opt: 2582 Z-score: 3171.6 bits: 596.7 E(85289): 6.4e-170
Smith-Waterman score: 2582; 67.4% identity (89.6% similar) in 549 aa overlap (1-549:39-586)
10 20 30
pF1KA0 MDLIGIQTKICWTVTRGEGLSPIESCEGLG
:.:.:..:: ::.::: : :. ..::::::
XP_011 EYPLIINAIKRFHLYPEVIIASWYCTFMGIMNLFGLETKTCWNVTRIEPLNEVQSCEGLG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KA0 DPACFYVAVIFILNGLMMALFFIYGTYLSGSRLGGLVTVLCFFFNHGECTRVMWTPPLRE
:::::::.::::::::::.:::.::.::::..::::.::::::::::: :::::::::::
XP_011 DPACFYVGVIFILNGLMMGLFFMYGAYLSGTQLGGLITVLCFFFNHGEATRVMWTPPLRE
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KA0 SFSYPFLVLQMLLVTHILRATKLYRGSLIALCISNVFFMLPWQFAQFVLLTQIASLFAVY
::::::::::: ..: :::... : .::::.::: ::::::::::.:.::::::: .:
XP_011 SFSYPFLVLQMCILTLILRTSSNDRRPFIALCLSNVAFMLPWQFAQFILFTQIASLFPMY
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KA0 VVGYIDICKLRKIIYIHMISLALCFVLMFGNSMLLTSYYASSLVIIWGILAMKPHFLKIN
:::::. :..::::..:::..: :.::::::: :.:::.:::.. :.:. . .. :..
XP_011 VVGYIEPSKFQKIIYMNMISVTLSFILMFGNSMYLSSYYSSSLLMTWAIILKRNEIQKLG
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KA0 VSELSLWVIQGCFWLFGTVILKYLTSKIFGIADDAHIGNLLTSKFFSYKDFDTLLYTCAA
::.:..:.::: : ::.:::.:::::.:..: ....:...... : :::::.::::
XP_011 VSKLNFWLIQGSAWWCGTIILKFLTSKILGVSDHIRLSDLIAARILRYTDFDTLIYTCAP
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XP_016 VSKLNFWLIQGSAWWCGTIILKFLTSKILGVSDHIRLSDLIAARILRYTDFDTLIYTCAP
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XP_016 DVEDPSNAANPPLCSVLLEDARPYFTTVFQNSVYRVLKVN
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>>NP_776173 (OMIM: 613893,613958) probable C-mannosyltra (758 aa)
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Smith-Waterman score: 2582; 67.4% identity (89.6% similar) in 549 aa overlap (1-549:210-757)
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NP_776 VVGYIEPSKFQKIIYMNMISVTLSFILMFGNSMYLSSYYSSSLLMTWAIILKRNEIQKLG
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NP_776 VSKLNFWLIQGSAWWCGTIILKFLTSKILGVSDHIRLSDLIAARILRYTDFDTLIYTCAP
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10 20 30
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]