FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0901, 1215 aa 1>>>pF1KA0901 1215 - 1215 aa - 1215 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3309+/-0.000909; mu= 18.6706+/- 0.055 mean_var=112.9332+/-22.770, 0's: 0 Z-trim(108.9): 51 B-trim: 2 in 1/53 Lambda= 0.120688 statistics sampled from 10455 (10502) to 10455 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16 Scan time: 4.870 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX (1215) 8196 1438.9 0 CCDS14088.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 669) 1378 251.6 4.8e-66 CCDS54545.1 HDAC10 gene_id:83933|Hs108|chr22 ( 649) 997 185.3 4.4e-46 CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084) 774 146.6 3.2e-34 CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 954) 738 140.3 2.2e-32 CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 ( 974) 738 140.3 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CCDS54 IAAAHAKQKHGLHRILVVDWDVHHGQGIQYLFEDDPSVLYFSWHRYEHGRFWPFLRESDA 160 170 180 190 200 210 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 STTGFGQGQGYTINVPWNQVGMRDADYIAAFLHVLLPVALEFQPQLVLVAAGFDALQGDP ...: ::: :.:.:.::::::: .:::.:::::.:::.:.: CCDS54 DAVGRGQGLGFTVNLPWNQVGMGNADYVAAFLHLLLPLAFE------------------- 220 230 240 250 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 KGEMAATPAGFAQLTHLLMGLAGGKLILSLEGGYNLRALAEGVSASLHTLLGDPCPMLES :.: ::: ::.::.::. ::::.. :::::.:..:::.: ...:::::: : : . CCDS54 -GQMQATPECFAHLTQLLQVLAGGRVCAVLEGGYHLESLAESVCMTVQTLLGDPAPPLSG 260 270 280 290 300 310 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 PGAPCRSAQASVSCALEALEPFWEVLVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPIL : :::.:: :.. : : : :. : .. :. . . .: : : ::.:: CCDS54 PMAPCQSALESIQSARAAQAPHWKSLQQQDVTA----VPMSPSSHSPEGRP--PPLLP-- 320 330 340 350 360 480 490 500 510 520 pF1KA0 TWPVLQ---SRTGLVYDQNMMNHCNLWDSHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPR :: . : . . :: . : : .: : .. :.: : CCDS54 GGPVCKAAASAPSSLLDQPCL--C----------PAPSVRTAVALTTPDIT---LVLPPD 370 380 390 400 530 540 550 560 570 580 pF1KA0 PAT-EAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTRELHRESSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACR :: : .. .. : :.. .: : : : CCDS54 VIQQEASALREETEAWA---RPHESLAREE--------------------ALTALGKLLY 410 420 430 440 590 600 610 620 630 640 pF1KA0 LVEAVLSGEVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDW :....:.:.: .: :.. :. : :: .. ::.:.. .: : :.: : CCDS54 LLDGMLDGQVNSGIAAT--PASAA---AA-------TLDVAVRRG--LSHGAQRLLCVA- 450 460 470 480 490 650 660 670 680 690 700 pF1KA0 DVHHGNGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNGP . . . . .: : :..... : :.:. .. : :.. : CCDS54 -LGQLDRPPDLAHDGRS-LWLNIR----------GKEAAALSM-------FHVSTPL--P 500 510 520 710 720 730 740 750 760 pF1KA0 RMGDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDPLGGCQVSPEGYAHLTHLLMG : . .:. ::::.:: :.:.::::. : : : : .:.. : :. .: : CCDS54 VM-TGGFLSCILGLVLPLAYGFQPDLVLVALG-------PGHGLQ-GPHA-ALLAAMLRG 530 540 550 560 570 770 780 790 800 810 820 pF1KA0 LASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLGDPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHR ::.::.. .:: .: . . .: : :. :: : CCDS54 LAGGRVLALLE----ENSTPQLAGILARVLNGEAPPSLGPSSVASPEDVQALMYLRGQLE 580 590 600 610 620 630 830 840 850 860 870 880 pF1KA0 RYWRSLRVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSASFG CCDS54 PQWKMLQCHPHLVA 640 >>CCDS2529.1 HDAC4 gene_id:9759|Hs108|chr2 (1084 aa) initn: 860 init1: 430 opt: 774 Z-score: 728.0 bits: 146.6 E(32554): 3.2e-34 Smith-Waterman score: 1030; 45.8% identity (69.2% similar) in 400 aa overlap (465-835:645-1032) 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 WEVLVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-C :::. : .: :::::: :..: : CCDS25 AGIPVSFGGHRPLSRAQSSPASATFPVSVQEPPTKPRFT-------TGLVYDTLMLKHQC 620 630 640 650 660 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 NLWDSH-HPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATE . .: ::: :: : ::.: :: :.: . : :: :: : :: .. : .:. CCDS25 TCGSSSSHPEHAGRIQSIWSRLQETGLRGKCECIRGRKATLEELQTVHSEAHT-LLYGTN 670 680 690 700 710 720 560 570 580 590 pF1KA0 KMKTRELHRES--SNFDSIYI---CPS-------------TFACAQLATGAACRLVEAVL .. ..: .. ... :... : . . . :.::.: . .:: : CCDS25 PLNRQKLDSKKLLGSLASVFVRLPCGGVGVDSDTIWNEVHSAGAARLAVGCVVELVFKVA 730 740 750 760 770 780 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 SGEVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARH-AQTISGHALRILIVDWDVHHG .::. :: :::::::::::... :::.::::::::. : .: . .::::::::::: CCDS25 TGELKNGFAVVRPPGHHAEESTPMGFCYFNSVAVAAKLLQQRLS--VSKILIVDWDVHHG 790 800 810 820 830 840 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 NGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRM ::::. : .::::::.:::::: :.::: :: ...: . :.::.::.:..: : : CCDS25 NGTQQAFYSDPSVLYMSLHRYDDGNFFP--GSGAPDEVGTGPGVGFNVNMAFTGGLDPPM 850 860 870 880 890 900 720 730 740 750 760 pF1KA0 GDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDP--LGGCQVSPEGYAHLTHLLMG :::.::::.. .:.::: :: :..::::.::::..: : ::: ..: . ...::. ::: CCDS25 GDAEYLAAFRTVVMPIASEFAPDVVLVSSGFDAVEGHPTPLGGYNLSARCFGYLTKQLMG 910 920 930 940 950 960 770 780 790 800 810 820 pF1KA0 LASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLG---DPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQ ::.:::.: ::::..::.: .. ::. .::: :: : .: . : ..:. :. .... CCDS25 LAGGRIVLALEGGHDLTAICDASEACVSALLGNELDPLPEKVLQQRPNANAVRSMEKVME 970 980 990 1000 1010 1020 830 840 850 860 870 880 pF1KA0 VHRRYWRSLRVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSA .: .::: :. CCDS25 IHSKYWRCLQRTTSTAGRSLIEAQTCENEEAETVTAMASLSVGVKPAEKRPDEEPMEEEP 1030 1040 1050 1060 1070 1080 >>CCDS41776.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (954 aa) initn: 1025 init1: 434 opt: 738 Z-score: 694.8 bits: 140.3 E(32554): 2.2e-32 Smith-Waterman score: 983; 44.6% identity (65.5% similar) in 406 aa overlap (470-845:514-912) 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 RSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-CNLWD- : : : :::.::. :..: :. : CCDS41 SRAQSSPAAPASLSAPEPASQARVLSSSETPARTLPFT---TGLIYDSVMLKHQCSCGDN 490 500 510 520 530 540 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 SHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTR :.::: :: : ::.: :: ..: : : :. :: . :: ..: : .:. .. CCDS41 SRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLRSQCECLRGRKASLEELQSVHSERHV-LLYGTNPLSRL 550 560 570 580 590 560 570 580 590 pF1KA0 EL----------HRE---------SSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACRLVEAVLSGEV .: .: . . :.:. . :. :.:.. :. : : :. CCDS41 KLDNGKLAGLLAQRMFVMLPCGGVGVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASREL 600 610 620 630 640 650 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 LNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDWDVHHGNGTQH :: ::::::::::....: :::::::::.: :. : : .: .:::::::::::::::. CCDS41 KNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCFFNSVAIACRQLQQQS-KASKILIVDWDVHHGNGTQQ 660 670 680 690 700 710 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 MFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRMGDADY : .::::::.::::.: :.::: :: ...: ..: ::.::::: : : ::: .: CCDS41 TFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFP--GSGAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEY 720 730 740 750 760 770 720 730 740 750 760 770 pF1KA0 LAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDP--LGGCQVSPEGYAHLTHLLMGLASGR :::.. .:.::: ::.:.:::::::::::.: : ::: .:: . ....:. ::.::.: CCDS41 LAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFDAAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGA 780 790 800 810 820 830 780 790 800 810 820 830 pF1KA0 IILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLG---DPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHRRY ..: ::::..::.: .. ::. .::: :: . : .:. :. .:.:: .: CCDS41 VVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLGNRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKY 840 850 860 870 880 890 840 850 860 870 880 pF1KA0 WRSL-RVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSASFGE : . :. . : : CCDS41 WGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVEAVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL 900 910 920 930 940 950 >>CCDS81685.1 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (974 aa) initn: 1066 init1: 434 opt: 738 Z-score: 694.7 bits: 140.3 E(32554): 2.2e-32 Smith-Waterman score: 983; 44.6% identity (65.5% similar) in 406 aa overlap (470-845:534-932) 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 RSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-CNLWD- : : : :::.::. :..: :. : CCDS81 SRAQSSPAAPASLSAPEPASQARVLSSSETPARTLPFT---TGLIYDSVMLKHQCSCGDN 510 520 530 540 550 560 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 SHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTR :.::: :: : ::.: :: ..: : : :. :: . :: ..: : .:. .. CCDS81 SRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLRSQCECLRGRKASLEELQSVHSERHV-LLYGTNPLSRL 570 580 590 600 610 560 570 580 590 pF1KA0 EL----------HRE---------SSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACRLVEAVLSGEV .: .: . . :.:. . :. :.:.. :. : : :. CCDS81 KLDNGKLAGLLAQRMFVMLPCGGVGVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASREL 620 630 640 650 660 670 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 LNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDWDVHHGNGTQH :: ::::::::::....: :::::::::.: :. : : .: .:::::::::::::::. CCDS81 KNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCFFNSVAIACRQLQQQS-KASKILIVDWDVHHGNGTQQ 680 690 700 710 720 730 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 MFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRMGDADY : .::::::.::::.: :.::: :: ...: ..: ::.::::: : : ::: .: CCDS81 TFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFP--GSGAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEY 740 750 760 770 780 790 720 730 740 750 760 770 pF1KA0 LAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDP--LGGCQVSPEGYAHLTHLLMGLASGR :::.. .:.::: ::.:.:::::::::::.: : ::: .:: . ....:. ::.::.: CCDS81 LAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFDAAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGA 800 810 820 830 840 850 780 790 800 810 820 830 pF1KA0 IILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLG---DPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHRRY ..: ::::..::.: .. ::. .::: :: . : .:. :. .:.:: .: CCDS81 VVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLGNRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKY 860 870 880 890 900 910 840 850 860 870 880 pF1KA0 WRSL-RVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSASFGE : . :. . : : CCDS81 WGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVEAVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL 920 930 940 950 960 970 >>CCDS8756.2 HDAC7 gene_id:51564|Hs108|chr12 (991 aa) initn: 1025 init1: 434 opt: 738 Z-score: 694.6 bits: 140.3 E(32554): 2.3e-32 Smith-Waterman score: 983; 44.6% identity (65.5% similar) in 406 aa overlap (470-845:551-949) 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 RSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-CNLWD- : : : :::.::. :..: :. : CCDS87 SRAQSSPAAPASLSAPEPASQARVLSSSETPARTLPFT---TGLIYDSVMLKHQCSCGDN 530 540 550 560 570 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 SHHPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTR :.::: :: : ::.: :: ..: : : :. :: . :: ..: : .:. .. CCDS87 SRHPEHAGRIQSIWSRLQERGLRSQCECLRGRKASLEELQSVHSERHV-LLYGTNPLSRL 580 590 600 610 620 630 560 570 580 590 pF1KA0 EL----------HRE---------SSNFDSIYICPSTFACAQLATGAACRLVEAVLSGEV .: .: . . :.:. . :. :.:.. :. : : :. CCDS87 KLDNGKLAGLLAQRMFVMLPCGGVGVDTDTIWNELHSSNAARWAAGSVTDLAFKVASREL 640 650 660 670 680 690 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 LNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDWDVHHGNGTQH :: ::::::::::....: :::::::::.: :. : : .: .:::::::::::::::. CCDS87 KNGFAVVRPPGHHADHSTAMGFCFFNSVAIACRQLQQQS-KASKILIVDWDVHHGNGTQQ 700 710 720 730 740 750 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 MFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRMGDADY : .::::::.::::.: :.::: :: ...: ..: ::.::::: : : ::: .: CCDS87 TFYQDPSVLYISLHRHDDGNFFP--GSGAVDEVGAGSGEGFNVNVAWAGGLDPPMGDPEY 760 770 780 790 800 810 720 730 740 750 760 770 pF1KA0 LAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDP--LGGCQVSPEGYAHLTHLLMGLASGR :::.. .:.::: ::.:.:::::::::::.: : ::: .:: . ....:. ::.::.: CCDS87 LAAFRIVVMPIAREFSPDLVLVSAGFDAAEGHPAPLGGYHVSAKCFGYMTQQLMNLAGGA 820 830 840 850 860 870 780 790 800 810 820 830 pF1KA0 IILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLG---DPPPLLTLPRPPLSGALASITETIQVHRRY ..: ::::..::.: .. ::. .::: :: . : .:. :. .:.:: .: CCDS87 VVLALEGGHDLTAICDASEACVAALLGNRVDPLSEEGWKQKPNLNAIRSLEAVIRVHSKY 880 890 900 910 920 930 840 850 860 870 880 pF1KA0 WRSL-RVMKVEDREGPSSSKLVTKKAPQPAKPRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSASFGE : . :. . : : CCDS87 WGCMQRLASCPDSWVPRVPGADKEEVEAVTALASLSVGILAEDRPSEQLVEEEEPMNL 940 950 960 970 980 990 >>CCDS45696.1 HDAC5 gene_id:10014|Hs108|chr17 (1122 aa) initn: 939 init1: 395 opt: 720 Z-score: 676.9 bits: 137.2 E(32554): 2.2e-31 Smith-Waterman score: 985; 39.5% identity (65.6% similar) in 453 aa overlap (408-831:617-1058) 380 390 400 410 420 430 pF1KA0 LILSLEGGYNLRALAEGVSASLHTLLGDPCPMLESPGAPCRSAQASVSCALEALEPFWEV : :: ::: .. .... :. :. . CCDS45 EEEDEEDDGEEEEDCIQVKDEEGESGAEEGPDLEEPGAGYKKLFSDAQ-PLQPLQVYQAP 590 600 610 620 630 640 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 LVRSTETVERDNMEEDNVEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNH-CNLW : : :: .. . . . . : :: :. ::.::: :..: : CCDS45 L--SLATVPHQALGRTQSSPAAPGGMKSPPDQPVKHL----FTTGVVYDTFMLKHQCMCG 650 660 670 680 690 500 510 520 530 540 550 pF1KA0 DSH-HPEVPQRILRIMCRLEELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRAT---- ..: ::: :: : ::.: :: ..: . : :: :. : :: :: : .: CCDS45 NTHVHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLSKCERIRGRKATLDEIQTVHS-EYHTLLYGTSPLN 700 710 720 730 740 750 560 570 580 590 pF1KA0 -EKMKTRELHRESS--------------NFDSIYICPSTFACAQLATGAACRLVEAVLSG .:. ...: : . :... . . ...:.: .:. : .: CCDS45 RQKLDSKKLLGPISQKMYAVLPCGGIGVDSDTVWNEMHSSSAVRMAVGCLLELAFKVAAG 760 770 780 790 800 810 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 EVLNGAAVVRPPGHHAEQDAACGFCFFNSVAVAARHAQTISGHALRILIVDWDVHHGNGT :. :: :..::::::::...: :::::::::..:. : . .. ..::::::.:::::: CCDS45 ELKNGFAIIRPPGHHAEESTAMGFCFFNSVAITAKLLQQ-KLNVGKVLIVDWDIHHGNGT 820 830 840 850 860 870 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 QHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQIGRAAGTGFTVNVAWNG---PRMGDA :. : .::::::.::::::.:.::: :: ..: . :.:..:::::.: : .::. 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