FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0906, 1887 aa 1>>>pF1KA0906 1887 - 1887 aa - 1887 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5443+/-0.00111; mu= 18.8213+/- 0.067 mean_var=88.0692+/-17.594, 0's: 0 Z-trim(103.8): 15 B-trim: 4 in 1/48 Lambda= 0.136667 statistics sampled from 7591 (7596) to 7591 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.571), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16 Scan time: 5.330 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3 (1887) 12180 2412.8 0 CCDS41399.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1888) 5298 1055.8 0 CCDS53370.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1736) 5002 997.5 0 >>CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3 (1887 aa) initn: 12180 init1: 12180 opt: 12180 Z-score: 12967.5 bits: 2412.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 12180; 99.7% identity (99.8% similar) in 1887 aa overlap (1-1887:1-1887) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 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NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1888 aa) initn: 4273 init1: 2034 opt: 5298 Z-score: 5634.2 bits: 1055.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5300; 44.9% identity (75.1% similar) in 1891 aa overlap (4-1881:11-1885) 10 20 30 40 pF1KA0 MAARGRGLLLLT----LSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRAT-RVNFTLE :: ::... : .:. . .. : :::.:.::::: : :: : :: CCDS41 MTGCPASSRRRGFGLFFFLRLHRLLLLFLVLRGTLANKLNVPQVLLPFGREPGRVPFLLE 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KA0 ASEGCYRWLSTRPEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLR :..::: : ::. .....::: . ::::::. :. ::: ::.:::.:..:.: . :: CCDS41 AQRGCYTWHSTHHDAVTVEPLYENGTLCSQKAVLIAESTQPIRLSSIILAREIVTDHELR 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KA0 CDAIVDLIHDIQIVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEAD ::. ::.:..:.::: .::::..:::::: ..:::.::::::.:::..:::.:..:.:. CCDS41 CDVKVDVINSIEIVSRARELYVDDSPLELMVRALDAEGNTFSSLAGMMFEWSIAQDNESA 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KA0 RFSDSHNALRILTFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYK : . . .::: . :. : :: ::.:::: ::::.:::::..::.. .:.::.: :: CCDS41 R-EELSSKIRILKYSEAEYAPPIYIAEMEKEEKQGDVILVSGIRTGAAVVKVRIHEPFYK 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KA0 NVRPAEVRLLILENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNS .: : .:::.::::.: :..:.::.::: :.:.: :. ::..::...: ..: :.::. CCDS41 KVAAALIRLLVLENIFLIPSHDIYLLVGTYIKYQVAKMVQGRVTEVKFPLEHYILELQDH 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KA0 IPGPEGDPTRPVAVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYL . .:. .. ::.: . :.:::: ::::..::. :....:...: ::: ::::::::.: CCDS41 RVALNGSHSEKVAILDDKTAMVTASQLGQTNLVFVHKNVHMRSVSGLPNCTIYVVEPGFL 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KA0 GFTVHPGDRWVLETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSY ::::.::.:: ::.:..: ::..:::: :.:::.:::.:: .: :.:: .. :::: CCDS41 GFTVQPGNRWSLEVGQVYVITVDVFDKSSTKVYISDNLRITYDFPKEYFEEQLTTVNGSY 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 HRIRALKRGQTAIDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPK : ..::: : ..:.:.:::.. :. .. .. . .::::.:..:: : :..:.:: .: CCDS41 HIVKALKDGVVVINASLTSIIYQNKDIQPIKFLIKHQQEVKIYFPIMLTPKFLAFPHHPM 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 TGAYQYTIRAHGGSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEM :.: ....::::::.:.::.. :. ::.:::.:.:. : :.. :.:::::...::. CCDS41 GMLYRYKVQVEGGSGNFTWTSSNETVVIVTTKGVVTAGQVRGNSTVLARDVQNPFRYGEI 480 490 500 510 520 530 530 540 550 560 570 580 pF1KA0 KVYVIEPHSMEFAPCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQ :..:.. ..::. : ......:: .:.:. . . ..:.....::::..: .....: CCDS41 KIHVLKLNKMELLPFHADVEIGQIIEIPIAMYHINKE-TKEAMAFTDCSHLSLDLNMDKQ 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KA0 GVFQPLP-GRLPPGSEHCSGVRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVD ::: : : :: :::.... :.. : : . :: . .: .. :.::: ::::.. CCDS41 GVFTLLKEGIQRPGPMHCSSTHIAAKSLGHTLVTVSVNECDKYLESSATFAAYEPLKALN 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 690 700 pF1KA0 PSSVALVTLGSSKEMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHW : ::::: : :::.:::::::::::::.:: ...:: :..::.: :.:. .:. CCDS41 PVEVALVTWQSVKEMVFEGGPRPWILEPSRFFLELNAEKTEKIGIAQVWLPSKRKQNQYI 660 670 680 690 700 710 710 720 730 740 750 760 pF1KA0 ILVTCQALGEQVIALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSC . : :::::... .::.:.. :: :::: :.:.:: :. ....::: : . : CCDS41 YRIQCLDLGEQVLTFRIGNHPGVLNPSPAVEVLQVRFICAHPASMSVTPVYKVPAGAQPC 720 730 740 750 760 770 770 780 790 800 810 820 pF1KA0 PLLQQNKQVVPVSSHRNPLLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEAELPMQL :: :.:: ..::: :. .:.::..::. :.::::::: ..:.:. .:: .: ... CCDS41 PLPQHNKWLIPVSRLRDTVLELAVFDQHRRKFDNFSSLMLEWKSSNETLAHFEDYKSVEM 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KA0 VSQDDESGQKKLHGLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHD-PLVPLSAS :..:: ::: .::: : . ::. .::. : .. .::.:. :.:.. .: :.. CCDS41 VAKDDGSGQTRLHGHQILKVHQIKGTVLIGVNFVGYSEK-------KSPKEISNLPRSVD 840 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 940 pF1KA0 IELILVEDVRVSPEEVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMV .::.::.:: : ::..:::::: .. . . ::::::..:.: :: ..:.::.. . . CCDS41 VELLLVDDVTVVPENATIYNHPDVKETFSLVEGSGYFLVNSSEQGVVTITYMEAESSVEL 900 910 920 930 940 950 950 960 970 980 990 1000 pF1KA0 HPLLPGSSTIMIHDLCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHK :: :: :. ..::::.: .:: : . ::::::: . ..::::: ::: . :::: : CCDS41 VPLHPGFFTLEVYDLCLAFLGPATAHLRVSDIQELELDLIDKVEIDKTVLVTVRVLGSSK 960 970 980 990 1000 1010 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KA0 KPFLAKYFPFMDLKLRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQ .:: ::: :.:::. :: :.::. ... :.:. ....:...::::.:.: . .: :. 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CCDS41 AMKDKLGADHCEDSAILKRFTGSYQILLLTLFAVLASTASIFLAYNAFLN-KIQTVPVVY 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 pF1KA0 TPR-ASPGHSPHYF-AASSPTSPNAL-PPARKASPPSGLWSPAYASH .: ..: .: .: ..::: .: :: .. ::: CCDS41 VPTLGTP--QPGFFNSTSSPPHFMSLQPPLAQSRLQHWLWSIRH 1850 1860 1870 1880 >>CCDS53370.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1736 aa) initn: 4376 init1: 2034 opt: 5002 Z-score: 5319.3 bits: 997.5 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5002; 46.4% identity (75.8% similar) in 1703 aa overlap (4-1695:11-1702) 10 20 30 40 pF1KA0 MAARGRGLLLLT----LSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRAT-RVNFTLE :: ::... : .:. . .. : :::.:.::::: : :: : :: CCDS53 MTGCPASSRRRGFGLFFFLRLHRLLLLFLVLRGTLANKLNVPQVLLPFGREPGRVPFLLE 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KA0 ASEGCYRWLSTRPEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLR :..::: : ::. .....::: . ::::::. :. ::: ::.:::.:..:.: . :: CCDS53 AQRGCYTWHSTHHDAVTVEPLYENGTLCSQKAVLIAESTQPIRLSSIILAREIVTDHELR 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KA0 CDAIVDLIHDIQIVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEAD ::. ::.:..:.::: .::::..:::::: ..:::.::::::.:::..:::.:..:.:. 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