FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0906, 1887 aa
1>>>pF1KA0906 1887 - 1887 aa - 1887 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5443+/-0.00111; mu= 18.8213+/- 0.067
mean_var=88.0692+/-17.594, 0's: 0 Z-trim(103.8): 15 B-trim: 4 in 1/48
Lambda= 0.136667
statistics sampled from 7591 (7596) to 7591 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.571), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 5.330
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3 (1887) 12180 2412.8 0
CCDS41399.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1888) 5298 1055.8 0
CCDS53370.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1736) 5002 997.5 0
>>CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3 (1887 aa)
initn: 12180 init1: 12180 opt: 12180 Z-score: 12967.5 bits: 2412.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 12180; 99.7% identity (99.8% similar) in 1887 aa overlap (1-1887:1-1887)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 ENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNSIPGPEGDPTRPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS33 ENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNSIPGPEGDPARPV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 AVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYLGFTVHPGDRWVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYLGFTVHPGDRWVL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 ETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSYHRIRALKRGQTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSYHRIRALKRGQTA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 IDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPKTGAYQYTIRAHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPKTGAYQYTIRAHG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 GSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEMKVYVIEPHSMEF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEMKVYVIEPHSMEF
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 APCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQGVFQPLPGRLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 APCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQGVFQPLPGRLPP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 GSEHCSGVRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVDPSSVALVTLGSSK
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSEHCSGIRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVDPSSVALVTLGSSK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 EMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHWILVTCQALGEQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHWILVTCQALGEQVI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 ALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSCPLLQQNKQVVPVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSCPLLQQNKQVVPVS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 SHRNPLLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEAELPMQLVSQDDESGQKKLH
::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS33 SHRNPRLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEPELPMQLVSQDDESGQKKLH
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 GLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHDPLVPLSASIELILVEDVRVSPE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHDPLVPLSASIELILVEDVRVSPE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 EVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMVHPLLPGSSTIMIHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMVHPLLPGSSTIMIHD
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 LCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHKKPFLAKYFPFMDLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHKKPFLAKYFPFMDLK
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 LRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQRINSAPQQIEVFPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQRINSAPQQIEVFPP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 FRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAGLVQGLAIGNGTVSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAGLVQGLAIGNGTVSG
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 LVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMPIYVTGITNHQNPFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMPIYVTGITNHQNPFS
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 FGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGRVKGRTGLRVVVKAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGRVKGRTGLRVVVKAV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 DPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYIKLQTNRDGAASLSY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYIKLQTNRDGAASLSY
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 RVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTIIVAVKVSPVSYLRVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTIIVAVKVSPVSYLRVS
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 MSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFATNRDDFVQIGKGPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFATNRDDFVQIGKGPT
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA0 NNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAMVVGDVLCLATVLTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAMVVGDVLCLATVLTS
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA0 LEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTYKEVVVSVPQRIMAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTYKEVVVSVPQRIMAR
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA0 HLHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVIQALHPETLISCQSQFKPAVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HLHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVIQALHPETLISCQSQFKPAVF
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA0 DFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTALVVSASLSSSHFSTEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTALVVSASLSSSHFSTEQ
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA0 VGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLEVKSGSPAVLAFAKEKSFG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLEVKSGSPAVLAFAKEKSFG
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KA0 WPSFITYTVGVSDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVTVAFVVDRRGPGPYGASLF
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WPSFITYTVGVLDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVTVAFVVDRRGPGPYGASLF
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KA0 QHFLDSYQVMFFTLFALLAGTAVMIIAYHTVCTPRDLAVPAALTPRASPGHSPHYFAASS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QHFLDSYQVMFFTLFALLAGTAVMIIAYHTVCTPRDLAVPAALTPRASPGHSPHYFAASS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880
pF1KA0 PTSPNALPPARKASPPSGLWSPAYASH
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTSPNALPPARKASPPSGLWSPAYASH
1870 1880
>>CCDS41399.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1888 aa)
initn: 4273 init1: 2034 opt: 5298 Z-score: 5634.2 bits: 1055.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5300; 44.9% identity (75.1% similar) in 1891 aa overlap (4-1881:11-1885)
10 20 30 40
pF1KA0 MAARGRGLLLLT----LSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRAT-RVNFTLE
:: ::... : .:. . .. : :::.:.::::: : :: : ::
CCDS41 MTGCPASSRRRGFGLFFFLRLHRLLLLFLVLRGTLANKLNVPQVLLPFGREPGRVPFLLE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 ASEGCYRWLSTRPEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLR
:..::: : ::. .....::: . ::::::. :. ::: ::.:::.:..:.: . ::
CCDS41 AQRGCYTWHSTHHDAVTVEPLYENGTLCSQKAVLIAESTQPIRLSSIILAREIVTDHELR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 CDAIVDLIHDIQIVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEAD
::. ::.:..:.::: .::::..:::::: ..:::.::::::.:::..:::.:..:.:.
CCDS41 CDVKVDVINSIEIVSRARELYVDDSPLELMVRALDAEGNTFSSLAGMMFEWSIAQDNESA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 RFSDSHNALRILTFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYK
: . . .::: . :. : :: ::.:::: ::::.:::::..::.. .:.::.: ::
CCDS41 R-EELSSKIRILKYSEAEYAPPIYIAEMEKEEKQGDVILVSGIRTGAAVVKVRIHEPFYK
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 NVRPAEVRLLILENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNS
.: : .:::.::::.: :..:.::.::: :.:.: :. ::..::...: ..: :.::.
CCDS41 KVAAALIRLLVLENIFLIPSHDIYLLVGTYIKYQVAKMVQGRVTEVKFPLEHYILELQDH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 IPGPEGDPTRPVAVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYL
. .:. .. ::.: . :.:::: ::::..::. :....:...: ::: ::::::::.:
CCDS41 RVALNGSHSEKVAILDDKTAMVTASQLGQTNLVFVHKNVHMRSVSGLPNCTIYVVEPGFL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 GFTVHPGDRWVLETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSY
::::.::.:: ::.:..: ::..:::: :.:::.:::.:: .: :.:: .. ::::
CCDS41 GFTVQPGNRWSLEVGQVYVITVDVFDKSSTKVYISDNLRITYDFPKEYFEEQLTTVNGSY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 HRIRALKRGQTAIDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPK
: ..::: : ..:.:.:::.. :. .. .. . .::::.:..:: : :..:.:: .:
CCDS41 HIVKALKDGVVVINASLTSIIYQNKDIQPIKFLIKHQQEVKIYFPIMLTPKFLAFPHHPM
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 TGAYQYTIRAHGGSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEM
:.: ....::::::.:.::.. :. ::.:::.:.:. : :.. :.:::::...::.
CCDS41 GMLYRYKVQVEGGSGNFTWTSSNETVVIVTTKGVVTAGQVRGNSTVLARDVQNPFRYGEI
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 KVYVIEPHSMEFAPCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQ
:..:.. ..::. : ......:: .:.:. . . ..:.....::::..: .....:
CCDS41 KIHVLKLNKMELLPFHADVEIGQIIEIPIAMYHINKE-TKEAMAFTDCSHLSLDLNMDKQ
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 GVFQPLP-GRLPPGSEHCSGVRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVD
::: : : :: :::.... :.. : : . :: . .: .. :.::: ::::..
CCDS41 GVFTLLKEGIQRPGPMHCSSTHIAAKSLGHTLVTVSVNECDKYLESSATFAAYEPLKALN
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 PSSVALVTLGSSKEMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHW
: ::::: : :::.:::::::::::::.:: ...:: :..::.: :.:. .:.
CCDS41 PVEVALVTWQSVKEMVFEGGPRPWILEPSRFFLELNAEKTEKIGIAQVWLPSKRKQNQYI
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 ILVTCQALGEQVIALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSC
. : :::::... .::.:.. :: :::: :.:.:: :. ....::: : . :
CCDS41 YRIQCLDLGEQVLTFRIGNHPGVLNPSPAVEVLQVRFICAHPASMSVTPVYKVPAGAQPC
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 PLLQQNKQVVPVSSHRNPLLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEAELPMQL
:: :.:: ..::: :. .:.::..::. :.::::::: ..:.:. .:: .: ...
CCDS41 PLPQHNKWLIPVSRLRDTVLELAVFDQHRRKFDNFSSLMLEWKSSNETLAHFEDYKSVEM
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 VSQDDESGQKKLHGLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHD-PLVPLSAS
:..:: ::: .::: : . ::. .::. : .. .::.:. :.:.. .: :..
CCDS41 VAKDDGSGQTRLHGHQILKVHQIKGTVLIGVNFVGYSEK-------KSPKEISNLPRSVD
840 850 860 870 880 890
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 IELILVEDVRVSPEEVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMV
.::.::.:: : ::..:::::: .. . . ::::::..:.: :: ..:.::.. . .
CCDS41 VELLLVDDVTVVPENATIYNHPDVKETFSLVEGSGYFLVNSSEQGVVTITYMEAESSVEL
900 910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KA0 HPLLPGSSTIMIHDLCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHK
:: :: :. ..::::.: .:: : . ::::::: . ..::::: ::: . :::: :
CCDS41 VPLHPGFFTLEVYDLCLAFLGPATAHLRVSDIQELELDLIDKVEIDKTVLVTVRVLGSSK
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA0 KPFLAKYFPFMDLKLRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQ
.:: ::: :.:::. :: :.::. ... :.:. ....:...::::.:.: . .: :.
CCDS41 RPFQNKYFRNMELKLQLASAIVTLTPMEQQ-DEYSENYILRATTIGQTTLVAIAKDKMGR
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA0 RINSAPQQIEVFPPFRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAG
. .:.:..:::::::::.:.:.::. ::: ::::::::: . :::::..::.:. :
CCDS41 KYTSTPRHIEVFPPFRLLPEKMTLIPMNMMQVMSEGGPQPQSIVHFSISNQTVAVVNRRG
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA0 LVQGLAIGNGTVSGLVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMP
: : .:...: : .:.:. .::::...::: ::.::. :::::: : :. :.:.::
CCDS41 QVTGKIVGTAVVHGTIQTVNEDTGKVIVFSQDEVQIEVVQLRAVRILAAATRLITATKMP
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA0 IYVTGITNHQNPFSFGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGR
.:: :.:. :.::::.:: ::::::::..::::::: :: :. ..:: ..:::: : .
CCDS41 VYVMGVTSTQTPFSFSNANPGLTFHWSMSKRDVLDLVPRHSEVFLQLPVEHNFAMVVHTK
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA0 VKGRTGLRVVVKAVDPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYI
. :::...:.:. .. .:::. : :::::.:. :::::::. :: . ::::: :: .
CCDS41 AAGRTSIKVTVHCMNSSSGQFEGNLLELSDEVQILVFEKLQLFYPECQPEQILMPINSQL
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KA0 KLQTNRDGAASLSYRVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTII
::.:::.::: .: ::: . :.. : .:.: .::. ::...:: . ::::.::: :
CCDS41 KLHTNREGAAFVSSRVLKCFPNSSVIEEDGEGLLKAGSIAGTAVLEVTSIEPFGVNQTTI
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KA0 VAVKVSPVSYLRVSMSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFA
..:.:.::.::::: .: :.: . ..: : ::::..::::.:... :. ::.:.. : .:
CCDS41 TGVQVAPVTYLRVSSQPKLYTAQGRTLSAFPLGMSLTFTVQFYNSIGEKFHTHNTQLYLA
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA0 TNRDDFVQIGKGPTNNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAM
::::...:: : : : ....:. ::::. .:: .:::..:..:. : .:: :. .
CCDS41 LNRDDLLHIGPGNKNYTYMAQAVNRGLTLVGLWDRRHPGMADYIPVAVEHAIEPD-TKLT
1440 1450 1460 1470 1480
1490 1500 1510 1520 1530 1540
pF1KA0 VVGDVLCLATVLTSLEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTY
:::..:..: :.: .: : : :::.::. : :::.:::. :.. ..... : ..::
CCDS41 FVGDIICFSTHLVSQHGEPGIWMISANNILQTDIVTGVGVARSPGTAMIFHDIPGVVKTY
1490 1500 1510 1520 1530 1540
1550 1560 1570 1580 1590 1600
pF1KA0 KEVVVSVPQRIMARH-LHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVI-QALH
.::::.. .:.: . :. :. ..:. :.....: . ::.: :::.: .: ..:
CCDS41 REVVVNASSRLMLSYDLKTYLTNTLNSTVFKLFITTGRNGVNLKGFCTPNQALAITKVLL
1550 1560 1570 1580 1590 1600
1610 1620 1630 1640 1650 1660
pF1KA0 PETLISCQSQFKPAVFDFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTA
: ::. :. ::. ...:.:.. :: :. .:. : : : : .. ... . ::. :.
CCDS41 PATLMLCHVQFSNTLLDIPASKVFQVHSDFSMEKGVYVCIIKVRPQSEELLQALSVADTS
1610 1620 1630 1640 1650 1660
1670 1680 1690 1700 1710 1720
pF1KA0 LVVSASLSSSHFSTEQVGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLEVK
. :.: : . .. . .:: :... .:.:..::.. .::::.:. .::..:::
CCDS41 VYGWATLVSERSKNGMQRILIPFIPAFYINQSELVLSHKQDIGEIRVLGVDRVLRKLEVI
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1730 1740 1750 1760 1770 1780
pF1KA0 SGSPAVLAFAKEKSFGWPSFITYTVGVSDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVTVA
:.::.... .. .: :.. :.: : . .. .: . ...: .:.:. : :.:
CCDS41 SSSPVLVVAGHSHSPLTPGLAIYSVRVVNFTSFQQMASPVFINISCVLTSQSEA--VVVR
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1790 1800 1810 1820 1830 1840
pF1KA0 FVVDRRGPGP-YGASLFQHFLDSYQVMFFTLFALLAGTAVMIIAYHTVCTPRDLAVPAAL
. :. : ......: :::....::::.::.:: ...::.. . . .::..
CCDS41 AMKDKLGADHCEDSAILKRFTGSYQILLLTLFAVLASTASIFLAYNAFLN-KIQTVPVVY
1790 1800 1810 1820 1830 1840
1850 1860 1870 1880
pF1KA0 TPR-ASPGHSPHYF-AASSPTSPNAL-PPARKASPPSGLWSPAYASH
.: ..: .: .: ..::: .: :: .. :::
CCDS41 VPTLGTP--QPGFFNSTSSPPHFMSLQPPLAQSRLQHWLWSIRH
1850 1860 1870 1880
>>CCDS53370.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1 (1736 aa)
initn: 4376 init1: 2034 opt: 5002 Z-score: 5319.3 bits: 997.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 5002; 46.4% identity (75.8% similar) in 1703 aa overlap (4-1695:11-1702)
10 20 30 40
pF1KA0 MAARGRGLLLLT----LSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRAT-RVNFTLE
:: ::... : .:. . .. : :::.:.::::: : :: : ::
CCDS53 MTGCPASSRRRGFGLFFFLRLHRLLLLFLVLRGTLANKLNVPQVLLPFGREPGRVPFLLE
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 ASEGCYRWLSTRPEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLR
:..::: : ::. .....::: . ::::::. :. ::: ::.:::.:..:.: . ::
CCDS53 AQRGCYTWHSTHHDAVTVEPLYENGTLCSQKAVLIAESTQPIRLSSIILAREIVTDHELR
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KA0 CDAIVDLIHDIQIVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEAD
::. ::.:..:.::: .::::..:::::: ..:::.::::::.:::..:::.:..:.:.
CCDS53 CDVKVDVINSIEIVSRARELYVDDSPLELMVRALDAEGNTFSSLAGMMFEWSIAQDNESA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KA0 RFSDSHNALRILTFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYK
: . . .::: . :. : :: ::.:::: ::::.:::::..::.. .:.::.: ::
CCDS53 R-EELSSKIRILKYSEAEYAPPIYIAEMEKEEKQGDVILVSGIRTGAAVVKVRIHEPFYK
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KA0 NVRPAEVRLLILENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNS
.: : .:::.::::.: :..:.::.::: :.:.: :. ::..::...: ..: :.::.
CCDS53 KVAAALIRLLVLENIFLIPSHDIYLLVGTYIKYQVAKMVQGRVTEVKFPLEHYILELQDH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KA0 IPGPEGDPTRPVAVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYL
. .:. .. ::.: . :.:::: ::::..::. :....:...: ::: ::::::::.:
CCDS53 RVALNGSHSEKVAILDDKTAMVTASQLGQTNLVFVHKNVHMRSVSGLPNCTIYVVEPGFL
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KA0 GFTVHPGDRWVLETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSY
::::.::.:: ::.:..: ::..:::: :.:::.:::.:: .: :.:: .. ::::
CCDS53 GFTVQPGNRWSLEVGQVYVITVDVFDKSSTKVYISDNLRITYDFPKEYFEEQLTTVNGSY
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KA0 HRIRALKRGQTAIDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPK
: ..::: : ..:.:.:::.. :. .. .. . .::::.:..:: : :..:.:: .:
CCDS53 HIVKALKDGVVVINASLTSIIYQNKDIQPIKFLIKHQQEVKIYFPIMLTPKFLAFPHHPM
420 430 440 450 460 470
470 480 490 500 510 520
pF1KA0 TGAYQYTIRAHGGSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEM
:.: ....::::::.:.::.. :. ::.:::.:.:. : :.. :.:::::...::.
CCDS53 GMLYRYKVQVEGGSGNFTWTSSNETVVIVTTKGVVTAGQVRGNSTVLARDVQNPFRYGEI
480 490 500 510 520 530
530 540 550 560 570 580
pF1KA0 KVYVIEPHSMEFAPCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQ
:..:.. ..::. : ......:: .:.:. . . ..:.....::::..: .....:
CCDS53 KIHVLKLNKMELLPFHADVEIGQIIEIPIAMYHINKE-TKEAMAFTDCSHLSLDLNMDKQ
540 550 560 570 580 590
590 600 610 620 630 640
pF1KA0 GVFQPLP-GRLPPGSEHCSGVRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVD
::: : : :: :::.... :.. : : . :: . .: .. :.::: ::::..
CCDS53 GVFTLLKEGIQRPGPMHCSSTHIAAKSLGHTLVTVSVNECDKYLESSATFAAYEPLKALN
600 610 620 630 640 650
650 660 670 680 690 700
pF1KA0 PSSVALVTLGSSKEMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHW
: ::::: : :::.:::::::::::::.:: ...:: :..::.: :.:. .:.
CCDS53 PVEVALVTWQSVKEMVFEGGPRPWILEPSRFFLELNAEKTEKIGIAQVWLPSKRKQNQYI
660 670 680 690 700 710
710 720 730 740 750 760
pF1KA0 ILVTCQALGEQVIALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSC
. : :::::... .::.:.. :: :::: :.:.:: :. ....::: : . :
CCDS53 YRIQCLDLGEQVLTFRIGNHPGVLNPSPAVEVLQVRFICAHPASMSVTPVYKVPAGAQPC
720 730 740 750 760 770
770 780 790 800 810 820
pF1KA0 PLLQQNKQVVPVSSHRNPLLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEAELPMQL
:: :.:: ..::: :. .:.::..::. :.::::::: ..:.:. .:: .: ...
CCDS53 PLPQHNKWLIPVSRLRDTVLELAVFDQHRRKFDNFSSLMLEWKSSNETLAHFEDYKSVEM
780 790 800 810 820 830
830 840 850 860 870 880
pF1KA0 VSQDDESGQKKLHGLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHD-PLVPLSAS
:..:: ::: .::: : . ::. .::. : .. .::.:. :.:.. .: :..
CCDS53 VAKDDGSGQTRLHGHQILKVHQIKGTVLIGVNFVGYSEK-------KSPKEISNLPRSVD
840 850 860 870 880 890
890 900 910 920 930 940
pF1KA0 IELILVEDVRVSPEEVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMV
.::.::.:: : ::..:::::: .. . . ::::::..:.: :: ..:.::.. . .
CCDS53 VELLLVDDVTVVPENATIYNHPDVKETFSLVEGSGYFLVNSSEQGVVTITYMEAESSVEL
900 910 920 930 940 950
950 960 970 980 990 1000
pF1KA0 HPLLPGSSTIMIHDLCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHK
:: :: :. ..::::.: .:: : . ::::::: . ..::::: ::: . :::: :
CCDS53 VPLHPGFFTLEVYDLCLAFLGPATAHLRVSDIQELELDLIDKVEIDKTVLVTVRVLGSSK
960 970 980 990 1000 1010
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA0 KPFLAKYFPFMDLKLRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQ
.:: ::: :.:::. :: :.::. ... :.:. ....:...::::.:.: . .: :.
CCDS53 RPFQNKYFRNMELKLQLASAIVTLTPMEQQ-DEYSENYILRATTIGQTTLVAIAKDKMGR
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KA0 RINSAPQQIEVFPPFRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAG
. .:.:..:::::::::.:.:.::. ::: ::::::::: . :::::..::.:. :
CCDS53 KYTSTPRHIEVFPPFRLLPEKMTLIPMNMMQVMSEGGPQPQSIVHFSISNQTVAVVNRRG
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KA0 LVQGLAIGNGTVSGLVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMP
: : .:...: : .:.:. .::::...::: ::.::. :::::: : :. :.:.::
CCDS53 QVTGKIVGTAVVHGTIQTVNEDTGKVIVFSQDEVQIEVVQLRAVRILAAATRLITATKMP
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KA0 IYVTGITNHQNPFSFGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGR
.:: :.:. :.::::.:: ::::::::..::::::: :: :. ..:: ..:::: : .
CCDS53 VYVMGVTSTQTPFSFSNANPGLTFHWSMSKRDVLDLVPRHSEVFLQLPVEHNFAMVVHTK
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1250 1260 1270 1280 1290 1300
pF1KA0 VKGRTGLRVVVKAVDPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYI
. :::...:.:. .. .:::. : :::::.:. :::::::. :: . ::::: :: .
CCDS53 AAGRTSIKVTVHCMNSSSGQFEGNLLELSDEVQILVFEKLQLFYPECQPEQILMPINSQL
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1310 1320 1330 1340 1350 1360
pF1KA0 KLQTNRDGAASLSYRVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTII
::.:::.::: .: ::: . :.. : .:.: .::. ::...:: . ::::.::: :
CCDS53 KLHTNREGAAFVSSRVLKCFPNSSVIEEDGEGLLKAGSIAGTAVLEVTSIEPFGVNQTTI
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1370 1380 1390 1400 1410 1420
pF1KA0 VAVKVSPVSYLRVSMSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFA
..:.:.::.::::: .: :.: . ..: : ::::..::::.:... :. ::.:.. : .:
CCDS53 TGVQVAPVTYLRVSSQPKLYTAQGRTLSAFPLGMSLTFTVQFYNSIGEKFHTHNTQLYLA
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1430 1440 1450 1460 1470 1480
pF1KA0 TNRDDFVQIGKGPTNNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAM
::::...:: : : : ....:. ::::. .:: .:::..:..:. : .:: :. .
CCDS53 LNRDDLLHIGPGNKNYTYMAQAVNRGLTLVGLWDRRHPGMADYIPVAVEHAIEPD-TKLT
1440 1450 1460 1470 1480
1490 1500 1510 1520 1530 1540
pF1KA0 VVGDVLCLATVLTSLEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTY
:::..:..: :.: .: : : :::.::. : :::.:::. :.. ..... : ..::
CCDS53 FVGDIICFSTHLVSQHGEPGIWMISANNILQTDIVTGVGVARSPGTAMIFHDIPGVVKTY
1490 1500 1510 1520 1530 1540
1550 1560 1570 1580 1590 1600
pF1KA0 KEVVVSVPQRIMARH-LHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVI-QALH
.::::.. .:.: . :. :. ..:. :.....: . ::.: :::.: .: ..:
CCDS53 REVVVNASSRLMLSYDLKTYLTNTLNSTVFKLFITTGRNGVNLKGFCTPNQALAITKVLL
1550 1560 1570 1580 1590 1600
1610 1620 1630 1640 1650 1660
pF1KA0 PETLISCQSQFKPAVFDFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTA
: ::. :. ::. ...:.:.. :: :. .:. . : ..:.: . . : ..
CCDS53 PATLMLCHVQFSNTLLDIPASKVFQVHSDFSMEKDHCEDSAILKRFTGSYQILLLTLFAV
1610 1620 1630 1640 1650 1660
1670 1680 1690 1700 1710 1720
pF1KA0 LVVSAS--LSSSHFSTEQVGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLE
:. .:: :. . : .. . : . : : . :
CCDS53 LASTASIFLAYNAFLNKIQTVPVVYVPTLGTPQPGFFNSTSSPPHFMSLQPPLAQSRLQH
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1730 1740 1750 1760 1770 1780
pF1KA0 VKSGSPAVLAFAKEKSFGWPSFITYTVGVSDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVT
CCDS53 WLWSIRH
1730
1887 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 19:56:13 2016 done: Wed Nov 2 19:56:14 2016
Total Scan time: 5.330 Total Display time: 0.450
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]