Result of FASTA (ccds) for pF1KA0906
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0906, 1887 aa
  1>>>pF1KA0906 1887 - 1887 aa - 1887 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5443+/-0.00111; mu= 18.8213+/- 0.067
 mean_var=88.0692+/-17.594, 0's: 0 Z-trim(103.8): 15  B-trim: 4 in 1/48
 Lambda= 0.136667
 statistics sampled from 7591 (7596) to 7591 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.571), E-opt: 0.2 (0.233), width:  16
 Scan time:  5.330

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3        (1887) 12180 2412.8       0
CCDS41399.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1       (1888) 5298 1055.8       0
CCDS53370.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1       (1736) 5002 997.5       0


>>CCDS33704.1 NUP210 gene_id:23225|Hs108|chr3             (1887 aa)
 initn: 12180 init1: 12180 opt: 12180  Z-score: 12967.5  bits: 2412.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 12180; 99.7% identity (99.8% similar) in 1887 aa overlap (1-1887:1-1887)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA0 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MAARGRGLLLLTLSVLLAAGPSAAAAKLNIPKVLLPFTRATRVNFTLEASEGCYRWLSTR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA0 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PEVASIEPLGLDEQQCSQKAVVQARLTQPARLTSIIFAEDITTGQVLRCDAIVDLIHDIQ
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA0 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IVSTTRELYLEDSPLELKIQALDSEGNTFSTLAGLVFEWTIVKDSEADRFSDSHNALRIL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA0 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TFLESTYIPPSYISEMEKAAKQGDTILVSGMKTGSSKLKARIQEAVYKNVRPAEVRLLIL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA0 ENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNSIPGPEGDPTRPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS33 ENILLNPAYDVYLMVGTSIHYKVQKIRQGKITELSMPSDQYELQLQNSIPGPEGDPARPV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA0 AVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYLGFTVHPGDRWVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AVLAQDTSMVTALQLGQSSLVLGHRSIRMQGASRLPNSTIYVVEPGYLGFTVHPGDRWVL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA0 ETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSYHRIRALKRGQTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ETGRLYEITIEVFDKFSNKVYVSDNIRIETVLPAEFFEVLSSSQNGSYHRIRALKRGQTA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA0 IDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPKTGAYQYTIRAHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IDAALTSVVDQDGGVHILQVPVWNQQEVEIHIPITLYPSILTFPWQPKTGAYQYTIRAHG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA0 GSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEMKVYVIEPHSMEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSGNFSWSSSSHLVATVTVKGVMTTGSDIGFSVIQAHDVQNPLHFGEMKVYVIEPHSMEF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA0 APCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQGVFQPLPGRLPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 APCQVEARVGQALELPLRISGLMPGGASEVVTLSDCSHFDLAVEVENQGVFQPLPGRLPP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA0 GSEHCSGVRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVDPSSVALVTLGSSK
       :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSEHCSGIRVKAEAQGSTTLLVSYRHGHVHLSAKITIAAYLPLKAVDPSSVALVTLGSSK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA0 EMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHWILVTCQALGEQVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EMLFEGGPRPWILEPSKFFQNVTAEDTDSIGLALFAPHSSRNYQQHWILVTCQALGEQVI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA0 ALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSCPLLQQNKQVVPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ALSVGNKPSLTNPFPAVEPAVVKFVCAPPSRLTLAPVYTSPQLDMSCPLLQQNKQVVPVS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KA0 SHRNPLLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEAELPMQLVSQDDESGQKKLH
       ::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS33 SHRNPRLDLAAYDQEGRRFDNFSSLSIQWESTRPVLASIEPELPMQLVSQDDESGQKKLH
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KA0 GLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHDPLVPLSASIELILVEDVRVSPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GLQAILVHEASGTTAITATATGYQESHLSSARTKQPHDPLVPLSASIELILVEDVRVSPE
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KA0 EVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMVHPLLPGSSTIMIHD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EVTIYNHPGIQAELRIREGSGYFFLNTSTADVVKVAYQEARGVAMVHPLLPGSSTIMIHD
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KA0 LCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHKKPFLAKYFPFMDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LCLVFPAPAKAVVYVSDIQELYIRVVDKVEIGKTVKAYVRVLDLHKKPFLAKYFPFMDLK
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KA0 LRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQRINSAPQQIEVFPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LRAASPIITLVALDEALDNYTITFLIRGVAIGQTSLTASVTNKAGQRINSAPQQIEVFPP
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KA0 FRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAGLVQGLAIGNGTVSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FRLMPRKVTLLIGATMQVTSEGGPQPQSNILFSISNESVALVSAAGLVQGLAIGNGTVSG
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KA0 LVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMPIYVTGITNHQNPFS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LVQAVDAETGKVVIISQDLVQVEVLLLRAVRIRAPIMRMRTGTQMPIYVTGITNHQNPFS
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KA0 FGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGRVKGRTGLRVVVKAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FGNAVPGLTFHWSVTKRDVLDLRGRHHEASIRLPSQYNFAMNVLGRVKGRTGLRVVVKAV
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KA0 DPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYIKLQTNRDGAASLSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DPTSGQLYGLARELSDEIQVQVFEKLQLLNPEIEAEQILMSPNSYIKLQTNRDGAASLSY
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KA0 RVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTIIVAVKVSPVSYLRVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RVLDGPEKVPVVHVDEKGFLASGSMIGTSTIEVIAQEPFGANQTIIVAVKVSPVSYLRVS
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KA0 MSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFATNRDDFVQIGKGPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MSPVLHTQNKEALVAVPLGMTVTFTVHFHDNSGDVFHAHSSVLNFATNRDDFVQIGKGPT
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KA0 NNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAMVVGDVLCLATVLTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 NNTCVVRTVSVGLTLLRVWDAEHPGLSDFMPLPVLQAISPELSGAMVVGDVLCLATVLTS
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KA0 LEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTYKEVVVSVPQRIMAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LEGLSGTWSSSANSILHIDPKTGVAVARAVGSVTVYYEVAGHLRTYKEVVVSVPQRIMAR
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KA0 HLHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVIQALHPETLISCQSQFKPAVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HLHPIQTSFQEATASKVIVAVGDRSSNLRGECTPTQREVIQALHPETLISCQSQFKPAVF
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640      1650      1660      1670      1680
pF1KA0 DFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTALVVSASLSSSHFSTEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DFPSQDVFTVEPQFDTALGQYFCSITMHRLTDKQRKHLSMKKTALVVSASLSSSHFSTEQ
             1630      1640      1650      1660      1670      1680

             1690      1700      1710      1720      1730      1740
pF1KA0 VGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLEVKSGSPAVLAFAKEKSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 VGAEVPFSPGLFADQAEILLSNHYTSSEIRVFGAPEVLENLEVKSGSPAVLAFAKEKSFG
             1690      1700      1710      1720      1730      1740

             1750      1760      1770      1780      1790      1800
pF1KA0 WPSFITYTVGVSDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVTVAFVVDRRGPGPYGASLF
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 WPSFITYTVGVLDPAAGSQGPLSTTLTFSSPVTNQAIAIPVTVAFVVDRRGPGPYGASLF
             1750      1760      1770      1780      1790      1800

             1810      1820      1830      1840      1850      1860
pF1KA0 QHFLDSYQVMFFTLFALLAGTAVMIIAYHTVCTPRDLAVPAALTPRASPGHSPHYFAASS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QHFLDSYQVMFFTLFALLAGTAVMIIAYHTVCTPRDLAVPAALTPRASPGHSPHYFAASS
             1810      1820      1830      1840      1850      1860

             1870      1880       
pF1KA0 PTSPNALPPARKASPPSGLWSPAYASH
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTSPNALPPARKASPPSGLWSPAYASH
             1870      1880       

>>CCDS41399.1 NUP210L gene_id:91181|Hs108|chr1            (1888 aa)
 initn: 4273 init1: 2034 opt: 5298  Z-score: 5634.2  bits: 1055.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5300; 44.9% identity (75.1% similar) in 1891 aa overlap (4-1881:11-1885)

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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