FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0953, 728 aa 1>>>pF1KA0953 728 - 728 aa - 728 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8011+/-0.000989; mu= 16.7849+/- 0.059 mean_var=63.4507+/-12.486, 0's: 0 Z-trim(102.8): 16 B-trim: 3 in 1/49 Lambda= 0.161011 statistics sampled from 7114 (7120) to 7114 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.578), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16 Scan time: 2.340 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46231.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 ( 817) 4627 1084.1 0 CCDS82425.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 ( 782) 4367 1023.7 0 CCDS34942.2 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 ( 821) 3003 706.8 3.2e-203 CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 ( 785) 2795 658.5 1.1e-188 >>CCDS46231.1 EFR3B gene_id:22979|Hs108|chr2 (817 aa) initn: 4627 init1: 4627 opt: 4627 Z-score: 5800.7 bits: 1084.1 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4627; 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CCDS34 MALVAAYLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKD 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 LLFRQSKISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEK : : .::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : : CCDS34 LYFLTNKIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSD 660 670 680 690 700 710 720 pF1KA0 EEVSVRATVLGQPHLL . :: CCDS34 DVVSNTEEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDR 720 730 740 750 760 770 >>CCDS83328.1 EFR3A gene_id:23167|Hs108|chr8 (785 aa) initn: 2762 init1: 1094 opt: 2795 Z-score: 3501.1 bits: 658.5 E(32554): 1.1e-188 Smith-Waterman score: 2795; 62.2% identity (84.7% similar) in 688 aa overlap (36-716:1-685) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 GCCGALRPRYKRLVDNIFPEDPEDGLVKTNMEKLTFYALSAPEKLDRIGAYLSERLIRDV ::::::::.::::::::::.::.::: ::: CCDS83 MEKLTFYAVSAPEKLDRIGSYLAERLSRDV 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 GRHRYGYVCIAMEALDQLLMACHCQSINLFVESFLKMVAKLLESEKPNLQILGTNSFVKF ::: ::: :::::::::::::: :::. ::::::.:::::::: .:.::.::::::::: CCDS83 VRHRSGYVLIAMEALDQLLMACHSQSIKPFVESFLHMVAKLLESGEPKLQVLGTNSFVKF 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 ANIEEDTPSYHRSYDFFVSRFSEMCHSSHDDLEIKTKIRMSGIKGLQGVVRKTVNDELQA :::::::::::: ::::::::: :::: :.: ::.:.::..::.:.::::::::::::.: CCDS83 ANIEEDTPSYHRRYDFFVSRFSAMCHSCHSDPEIRTEIRIAGIRGIQGVVRKTVNDELRA 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KA0 NIWDPQHMDKIVPSLLFNLQHVEEAESR--SPSPLQAPEKEKESPAELAERCLRELLGRA .::.::::::::::::::.:..::..:: :: .: .:: :.:: ::: :.::::::: CCDS83 TIWEPQHMDKIVPSLLFNMQKIEEVDSRIGPPSSPSATDKE-ENPAVLAENCFRELLGRA 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 300 pF1KA0 AFGNIKNAIKPVLIHLDNHSLWEPKVFAIRCFKIIMYSIQPQHSHLVIQQLLGHLDANSR .:::..::..::. :::.:.::.:. ::..:::::::::: :.:: :::..:::::: .. CCDS83 TFGNMNNAVRPVFAHLDHHKLWDPNEFAVHCFKIIMYSIQAQYSHHVIQEILGHLDARKK 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 pF1KA0 SAATVRAGIVEVLSEAAVIAATGSVGPTVLEMFNTLLRQLRLSIDYA---LTGSYDGAVS .: :::::..:: ::..::: ::.::::::.:::::..::::... : :. :.:. CCDS83 DAPRVRAGIIQVLLEAVAIAAKGSIGPTVLEVFNTLLKHLRLSVEFEANDLQGGSVGSVN 270 280 290 300 310 320 370 380 390 400 410 pF1KA0 LGTKIIKEHEERMFQEAVIKTVGSFASTLPTYQRSEVILFIMSKVPR--PSLHQAVDTGR :.:. :...:.. :.:.:.:.: :.:.:: :::::...:::.::: : : ..: .. CCDS83 LNTSS-KDNDEKIVQNAIIQTIGFFGSNLPDYQRSEIMMFIMGKVPVFGTSTH-TLDISQ 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 TGENRNRLTQIMLLKSLLQVSTGFQCNNMMSALPSNFLDRLLSTALMEDAEIRLFVLEIL :. .: :::::.:::.:..:.. .....:::..::: ::: .:::: :.: .:::.. CCDS83 LGDLGTRRIQIMLLRSLLMVTSGYKAKTIVTALPGSFLDPLLSPSLMEDYELRQLVLEVM 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KA0 ISFIDRHGNRHKFSTISTLSDISVLKLKVDKCSRQDTVFMKKHSQQLYRHIYLSCKEETN ...::: :: :. : . :.. ::.: .: :::: ::::..:::::::::.:::: : CCDS83 HNLMDRHDNRAKLRGIRIIPDVADLKIKREKICRQDTSFMKKNGQQLYRHIYLGCKEEDN 450 460 470 480 490 500 540 550 560 570 580 590 pF1KA0 VQKHYEALYGLLALISIELANEEVVVDLIRLVLAVQDVAQVNEENLPVYNRCALYALGAA :::.:: :: ::::.:::::::::.:::::..:.:: : .::.:::...::...:: :: CCDS83 VQKNYELLYTSLALITIELANEEVVIDLIRLAIALQDSAIINEDNLPMFHRCGIMALVAA 510 520 530 540 550 560 600 610 620 630 640 650 pF1KA0 YLNLISQLTTVPAFCQHIHEVIETRKKEAPYMLPEDVFVERPRLSQNLDGVVIELLFRQS :::..::. .:::::::. .::: : ::::.::: .: .. : ..:. .: : . CCDS83 YLNFVSQMIAVPAFCQHVSKVIEIRTMEAPYFLPEHIFRDKCMLPKSLEKHEKDLYFLTN 570 580 590 600 610 620 660 670 680 690 700 710 pF1KA0 KISEVLGGSGYNSDRLCLPYIPQLTDEDRLSKRRSIGETISLQVEVESRNSPEKEEVSVR ::.: ::::::. .:: .::.::.:::::::.:.:: .:.:.::.. : : : . :: CCDS83 KIAESLGGSGYSVERLSVPYVPQVTDEDRLSRRKSIVDTVSIQVDILSNNVPSDDVVSNT 630 640 650 660 670 680 720 pF1KA0 ATVLGQPHLL CCDS83 EEITFEALKKAIDTSGMEEQEKEKRRLVIEKFQKAPFEEIAAQCESKANLLHDRLAQILE 690 700 710 720 730 740 728 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Wed Nov 2 20:08:28 2016 done: Wed Nov 2 20:08:28 2016 Total Scan time: 2.340 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]