Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1047
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1047, 2337 aa
1>>>pF1KA1047 2337 - 2337 aa - 2337 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7990+/-0.00105; mu= -2.3793+/- 0.064
mean_var=339.2463+/-68.906, 0's: 0 Z-trim(114.3): 33 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.069633
statistics sampled from 14806 (14829) to 14806 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16
Scan time: 7.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS54095.1 NCOR1 gene_id:9611|Hs108|chr17 (2337) 15543 1576.8 0
CCDS11175.1 NCOR1 gene_id:9611|Hs108|chr17 (2440) 7525 771.4 0
CCDS54094.1 NCOR1 gene_id:9611|Hs108|chr17 ( 914) 5821 599.9 1.8e-170
CCDS41857.2 NCOR2 gene_id:9612|Hs108|chr12 (2458) 3013 318.1 3.3e-85
CCDS55892.1 NCOR2 gene_id:9612|Hs108|chr12 (2504) 3013 318.1 3.3e-85
CCDS41858.2 NCOR2 gene_id:9612|Hs108|chr12 (2514) 2808 297.5 5.3e-79
>>CCDS54095.1 NCOR1 gene_id:9611|Hs108|chr17 (2337 aa)
initn: 15543 init1: 15543 opt: 15543 Z-score: 8446.5 bits: 1576.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 15543; 100.0% identity (100.0% similar) in 2337 aa overlap (1-2337:1-2337)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
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CCDS54 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RVSAAVLPLVHPLPEGLRASADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
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CCDS54 RVSAAVLPLVHPLPEGLRASADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
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CCDS54 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
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CCDS54 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
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CCDS54 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
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CCDS54 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
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CCDS54 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 ENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
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CCDS54 ENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
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CCDS54 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
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CCDS54 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
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CCDS54 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
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CCDS54 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 EVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGT
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CCDS54 EVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGT
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 YLTSHNQASYTQETPKPSVGSISLGLPRQQESAKSATLPYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLV
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CCDS54 YLTSHNQASYTQETPKPSVGSISLGLPRQQESAKSATLPYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 RAQHEGVVRGTAGAIQEGSITRGTPTSKISVESIPSLRGSITQGTPALPQTGIPTEALVK
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CCDS54 RAQHEGVVRGTAGAIQEGSITRGTPTSKISVESIPSLRGSITQGTPALPQTGIPTEALVK
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 GSISRMPIEDSSPEKGREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEISLK
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CCDS54 GSISRMPIEDSSPEKGREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEISLK
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 RSYESVEGNIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRAT
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CCDS54 RSYESVEGNIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRAT
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 TESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQES
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CCDS54 TESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQES
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 RKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLSRGMPPLEIVP
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CCDS54 RKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLSRGMPPLEIVP
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA1 ENIKVVERGKYEDVKAGETVRSRHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGIYDDTSARRT
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CCDS54 ENIKVVERGKYEDVKAGETVRSRHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGIYDDTSARRT
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA1 PVSYQNTMSRGSPMMNRTSDVTISSNKSTNHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPVVSH
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CCDS54 PVSYQNTMSRGSPMMNRTSDVTISSNKSTNHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPVVSH
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA1 SPFDPHHRGSTAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAAYLFQRQLSPTPGYPSQYQLY
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CCDS54 SPFDPHHRGSTAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAAYLFQRQLSPTPGYPSQYQLY
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA1 AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVARGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILV
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CCDS54 AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVARGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILV
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA1 PHPGGTSTPPMDRITYIPGTQITFPPRPYNSASMSPGHPTHLAAAASAEREREREREKER
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CCDS54 PHPGGTSTPPMDRITYIPGTQITFPPRPYNSASMSPGHPTHLAAAASAEREREREREKER
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KA1 ERERIAAASSDLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETMLQQRPSVFQGTNGTSVI
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CCDS54 ERERIAAASSDLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETMLQQRPSVFQGTNGTSVI
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KA1 TPLDPTAQLRIMPLPAGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKEISS
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CCDS54 TPLDPTAQLRIMPLPAGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKEISS
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KA1 HRYETPSDAIEVISPASSPAPPQEKLQTYQPEVVKANQAENDPTRQYEGPLHHYRPQQES
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CCDS54 HRYETPSDAIEVISPASSPAPPQEKLQTYQPEVVKANQAENDPTRQYEGPLHHYRPQQES
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KA1 PSPQQQLPPSSQAEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVSSQTPQQPPTSTFQN
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CCDS54 PSPQQQLPPSSQAEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVSSQTPQQPPTSTFQN
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KA1 SPSALVSTPVRTKTSNRYSPESQAQSVHHQRPGSRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHVS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SPSALVSTPVRTKTSNRYSPESQAQSVHHQRPGSRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHVS
1990 2000 2010 2020 2030 2040
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KA1 SEPYEPISPPQVPVVHEKQDSLLLLSQRGAEPAEQRNDARSPGSISYLPSFFTKLENTSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SEPYEPISPPQVPVVHEKQDSLLLLSQRGAEPAEQRNDARSPGSISYLPSFFTKLENTSP
2050 2060 2070 2080 2090 2100
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KA1 MVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGSVSSRGHSFADPASNLGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MVKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGSVSSRGHSFADPASNLGL
2110 2120 2130 2140 2150 2160
2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KA1 EDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSQPMGVVPGTANTSVVTSGETRREEGDPSPHSGGVCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EDIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSQPMGVVPGTANTSVVTSGETRREEGDPSPHSGGVCK
2170 2180 2190 2200 2210 2220
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KA1 PKLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PKLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQF
2230 2240 2250 2260 2270 2280
2290 2300 2310 2320 2330
pF1KA1 PYNPLTMRMLSSTPPTPIACAPSAVNQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PYNPLTMRMLSSTPPTPIACAPSAVNQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD
2290 2300 2310 2320 2330
>>CCDS11175.1 NCOR1 gene_id:9611|Hs108|chr17 (2440 aa)
initn: 8164 init1: 7374 opt: 7525 Z-score: 4093.0 bits: 771.4 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 14529; 94.3% identity (94.3% similar) in 2369 aa overlap (1-2250:1-2353)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 RVSAAVLPLVHPLPEGLRASADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RVSAAVLPLVHPLPEGLRASADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 ENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ENPEDSE----------------VEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
730 740 750 760
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
770 780 790 800 810 820
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
830 840 850 860 870 880
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
890 900 910 920 930 940
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pF1KA1 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
950 960 970 980 990 1000
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 EVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGT
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 YLTSHNQASYTQETPKPSVGSISLGLPRQQESAKSATLPYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 YLTSHNQASYTQETPKPSVGSISLGLPRQQESAKSATLPYIKQEEFSPRSQNSQPEGLLV
1070 1080 1090 1100 1110 1120
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 RAQHEGVVRGTAGAIQEGSITRGTPTSKISVESIPSLRGSITQGTPALPQTGIPTEALVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RAQHEGVVRGTAGAIQEGSITRGTPTSKISVESIPSLRGSITQGTPALPQTGIPTEALVK
1130 1140 1150 1160 1170 1180
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 GSISRMPIEDSSPEKGREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEISLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GSISRMPIEDSSPEKGREEAASKGHVIYEGKSGHILSYDNIKNAREGTRSPRTAHEISLK
1190 1200 1210 1220 1230 1240
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 RSYESVEGNIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RSYESVEGNIKQGMSMRESPVSAPLEGLICRALPRGSPHSDLKERTVLSGSIMQGTPRAT
1250 1260 1270 1280 1290 1300
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 TESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TESFEDGLKYPKQIKRESPPIRAFEGAITKGKPYDGITTIKEMGRSIHEIPRQDILTQES
1310 1320 1330 1340 1350 1360
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 RKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLSRGMPPLEIVP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RKTPEVVQSTRPIIEGSISQGTPIKFDNNSGQSAIKHNVKSLITGPSKLSRGMPPLEIVP
1370 1380 1390 1400 1410 1420
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA1 ENIKVVERGKYEDVKAGETVRSRHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGIYDDTSARRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ENIKVVERGKYEDVKAGETVRSRHTSVVSSGPSVLRSTLHEAPKAQLSPGIYDDTSARRT
1430 1440 1450 1460 1470 1480
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA1 PVSYQNTMSRGSPMMNRTSDVTISSNKSTNHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPVVSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PVSYQNTMSRGSPMMNRTSDVTISSNKSTNHERKSTLTPTQRESIPAKSPVPGVDPVVSH
1490 1500 1510 1520 1530 1540
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA1 SPFDPHHRGSTAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAAYLFQRQLSPTPGYPSQYQLY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPFDPHHRGSTAGEVYRSHLPTHLDPAMPFHRALDPAAAAYLFQRQLSPTPGYPSQYQLY
1550 1560 1570 1580 1590 1600
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA1 AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVARGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AMENTRQTILNDYITSQQMQVNLRPDVARGLSPREQPLGLPYPATRGIIDLTNMPPTILV
1610 1620 1630 1640 1650 1660
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA1 PHPGGTSTPPMDRITYIPGTQITFPPRPYNSASMSPGHPTHLAAAASAEREREREREKER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PHPGGTSTPPMDRITYIPGTQITFPPRPYNSASMSPGHPTHLAAAASAEREREREREKER
1670 1680 1690 1700 1710 1720
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KA1 ERERIAAASSDLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETMLQQRPSVFQGTNGTSVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 ERERIAAASSDLYLRPGSEQPGRPGSHGYVRSPSPSVRTQETMLQQRPSVFQGTNGTSVI
1730 1740 1750 1760 1770 1780
1810 1820 1830 1840 1850
pF1KA1 TPLDPTAQLRIMPLPAGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKE---
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TPLDPTAQLRIMPLPAGGPSISQGLPASRYNTAADALAALVDAAASAPQMDVSKTKESKH
1790 1800 1810 1820 1830 1840
pF1KA1 ------------------------------------------------------------
CCDS11 EAARLEENLRSRSAAVSEQQQLEQKTLEVEKRSVQCLYTSSAFPSGKPQPHSSVVYSEAG
1850 1860 1870 1880 1890 1900
1860
pF1KA1 --------------------------------------------------------ISSH
.:::
CCDS11 KDKGPPPKSRYEEELRTRGKTTITAANFIDVIITRQIASDKDARERGSQSSDSSSSLSSH
1910 1920 1930 1940 1950 1960
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KA1 RYETPSDAIEVISPASSPAPPQEKLQTYQPEVVKANQAENDPTRQYEGPLHHYRPQQESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RYETPSDAIEVISPASSPAPPQEKLQTYQPEVVKANQAENDPTRQYEGPLHHYRPQQESP
1970 1980 1990 2000 2010 2020
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KA1 SPQQQLPPSSQAEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVSSQTPQQPPTSTFQNS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SPQQQLPPSSQAEGMGQVPRTHRLITLADHICQIITQDFARNQVSSQTPQQPPTSTFQNS
2030 2040 2050 2060 2070 2080
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KA1 PSALVSTPVRTKTSNRYSPESQAQSVHHQRPGSRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHVSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PSALVSTPVRTKTSNRYSPESQAQSVHHQRPGSRVSPENLVDKSRGSRPGKSPERSHVSS
2090 2100 2110 2120 2130 2140
2050 2060 2070 2080 2090 2100
pF1KA1 EPYEPISPPQVPVVHEKQDSLLLLSQRGAEPAEQRNDARSPGSISYLPSFFTKLENTSPM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EPYEPISPPQVPVVHEKQDSLLLLSQRGAEPAEQRNDARSPGSISYLPSFFTKLENTSPM
2150 2160 2170 2180 2190 2200
2110 2120 2130 2140 2150 2160
pF1KA1 VKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGSVSSRGHSFADPASNLGLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 VKSKKQEIFRKLNSSGGGDSDMAAAQPGTEIFNLPAVTTSGSVSSRGHSFADPASNLGLE
2210 2220 2230 2240 2250 2260
2170 2180 2190 2200 2210 2220
pF1KA1 DIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSQPMGVVPGTANTSVVTSGETRREEGDPSPHSGGVCKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DIIRKALMGSFDDKVEDHGVVMSQPMGVVPGTANTSVVTSGETRREEGDPSPHSGGVCKP
2270 2280 2290 2300 2310 2320
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KA1 KLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQFP
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQFP
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>--
initn: 616 init1: 616 opt: 616 Z-score: 341.9 bits: 77.3 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 616; 100.0% identity (100.0% similar) in 87 aa overlap (2251-2337:2354-2440)
2230 2240 2250 2260 2270 2280
pF1KA1 PKLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQF
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PKLISKSNSRKSKSPIPGQGYLGTERPSSVSSVHSEGDYHRQTPGWAWEDRPSSTGSTQF
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pF1KA1 PYNPLTMRMLSSTPPTPIACAPSAVNQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PYNPLTMRMLSSTPPTPIACAPSAVNQAAPHQQNRIWEREPAPLLSAQYETLSDSDD
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pF1KA1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQ------------------------
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pF1KA1 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQERRTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSHFQ
CCDS54 ------------------------------------------------------------
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pF1KA1 RVSAAVLPLVHPLPEGLRASADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 -------------------------DPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPSKLSKEE
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pF1KA1 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRSIVQIIY
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pF1KA1 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFKRRNHAR
140 150 160 170 180 190
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQREQQERFQ
200 210 220 230 240 250
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pF1KA1 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRRVKFINM
260 270 280 290 300 310
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pF1KA1 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDCVLYYYL
320 330 340 350 360 370
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pF1KA1 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEEDKAEKTEKKEEEKKDEEEKDE
380 390 400 410 420 430
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pF1KA1 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KEDSKENTKEKDKIDGTAEETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRSMTNEAAAASAAA
440 450 460 470 480 490
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pF1KA1 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 AAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWAAIAKMVGTKSEA
500 510 520 530 540 550
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QCKNFYFNYKRRHNLDNLLQQHKQKTSRKPREERDVSQCESVASTVSAQEDEDIEASNEE
560 570 580 590 600 610
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pF1KA1 ENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ENPEDSEGAENSSDTESAPSPSPVEAVKPSEDSPENATSRGNTEPAVELEPTTETAPSTS
620 630 640 650 660 670
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PSLAVPSTKPAEDESVETQVNDSISAETAEQMDVDQQEHSAEEGSVCDPPPATKADSVDV
680 690 700 710 720 730
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EVRVPENHASKVEGDNTKERDLDRASEKVEPRDEDLVVAQQINAQRPEPQSDNDSSATCS
740 750 760 770 780 790
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ADEDVDGEPERQRMFPMDSKPSLLNPTGSILVSSPLKPNPLDLPQLQHRAAVIPPMVSCT
800 810 820 830 840 850
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PCNIPIGTPVSGYALYQRHIKAMHESALLEEQRQRQEQIDLECRSSTSPCGTSKSPNREW
860 870 880 890 900 910
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 EVLQPAPHQVITNLPEGVRLPTTRPTRPPPPLIPSSKTTVASEKPSFIMGGSISQGTPGT
:
CCDS54 EGR
>>CCDS41857.2 NCOR2 gene_id:9612|Hs108|chr12 (2458 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MSSSGYPPNQGAFSTEQSRYPPHSVQYTFPNTRHQQEFAVPDYRSSHLEVSQASQLLQQQ
::.: : : .:: ::::::..: .: . . .. .:. : . ::.: .
CCDS41 MSGSTQPVAQTWRATEP-RYPPHSLSYPVQIARTHTDVGLLEYQ--HHSRDYASHLSPGS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KA1 QQQQLRRRPSLLSEFHPGSDRPQER--RTSYEPFHPGPSPVDHDSLESKRPRLEQVSDSH
: ::::::::::.::..: :: : . . : . . . .:::::::: . :
CCDS41 IIQPQRRRPSLLSEFQPGNERSQELHLRPESHSYLPELGKSEMEFIESKRPRLELLPD--
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 FQRVSAAVLPLVHPLP---EGLRA-SADAKKDPAFGGKHEAPSSPISGQPCGDDQNASPS
::..: : : : : : :: .. :: : : :: : . . :
CCDS41 ---------PLLRPSPLLATGQPAGSEDLTKDRSLTGKLE-PVSPPSPPHTDPELELVPP
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 KLSKEELIQSMDRVDREIAKVEQQILKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPVEQKHRS
.::::::::.::::::::. ::::: :::::::::::::::::::::::::::.:.::::
CCDS41 RLSKEELIQNMDRVDREITMVEQQISKLKKKQQQLEEEAAKPPEPEKPVSPPPIESKHRS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 IVQIIYDENRKKAEEAHKIFEGLGPKVELPLYNQPSDTKVYHENIKTNQVMRKKLILFFK
.::::::::::::: ::.:.:::::.::::::::::::. :::::: ::.:::::::.::
CCDS41 LVQIIYDENRKKAEAAHRILEGLGPQVELPLYNQPSDTRQYHENIKINQAMRKKLILYFK
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 RRNHARKQREQKICQRYDQLMEAWEKKVDRIENNPRRKAKESKTREYYEKQFPEIRKQRE
:::::::: :::.:::::::::::::::.::::::::.:::::.::::::::::::::::
CCDS41 RRNHARKQWEQKFCQRYDQLMEAWEKKVERIENNPRRRAKESKVREYYEKQFPEIRKQRE
290 300 310 320 330 340
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pF1KA1 QQERFQRVGQRGAGLSATIARSEHEISEIIDGLSEQENNEKQMRQLSVIPPMMFDAEQRR
:::.:::::::.::: . ::::::.:::::::::::: :::::::.:::::..::.:.:
CCDS41 LQERMQRVGQRGSGLSMSAARSEHEVSEIIDGLSEQENLEKQMRQLAVIPPMLYDADQQR
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 VKFINMNGLMEDPMKVYKDRQFMNVWTDHEKEIFKDKFIQHPKNFGLIASYLERKSVPDC
.::::::::: :::::::::: ::.:...::: :..::.:::::::::::.::::.: .:
CCDS41 IKFINMNGLMADPMKVYKDRQVMNMWSEQEKETFREKFMQHPKNFGLIASFLERKTVAEC
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 VLYYYLTKKNENYKALVRRNYGKRRGRNQQIARPSQEEKVEEKEED--KAEKTEKKEEEK
::::::::::::::.::::.: .:::..:: . .:... ..... .. . :: :.::
CCDS41 VLYYYLTKKNENYKSLVRRSY-RRRGKSQQQQQQQQQQQQQQQQQPMPRSSQEEKDEKEK
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580
pF1KA1 KDEEEKDEKEDSKENTKE---KDKIDGTA-EETEEREQATPRGRKTANSQGRRKGRITRS
. : ::.:.. :: :: :.: : :. :...:.: .. .::::::::::::::::::
CCDS41 EKEAEKEEEKPEVENDKEDLLKEKTDDTSGEDNDEKEAVASKGRKTANSQGRRKGRITRS
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KA1 MTNEAAAASAAAAAATEEPPPPLPPPPEPISTEPVETSRWTEEEMEVAKKGLVEHGRNWA
:.::: .:: : : : : :.:::::::::.:::::.::::::.
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CCDS41 TQGTPLKYDTGASTTGSKKHDVRSLIGSPGRTFPPVHPLDVMADA-RALERACYE-----
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CCDS41 TTREPTPRLQEGSLSSSKAS-QDRKLTSTPREIAKSP-HSTVPEHHP---HPISPYEHLL
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CCDS41 RGVSGVDLYRSHIPLAFDPTSIPRGIPLD-AAAAYYLPRHLAPNPTYPHLYPPYLIRGYP
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CCDS41 HAHQHSPISPRTQDA-LQQRPSVLHNTGMKGIITAVEPSTPTVLRSTSTSSPVRPAATFP
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CCDS41 PATHCPLGGTLDGVYPTLMEPVLLPKEAPRVARPERPRADTGHAFLAKPPARSGLEPASS
1910 1920 1930 1940 1950 1960
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CCDS41 PSKGSEPRPLVPPVSGHATIARTPAKNLAPHHASP-DPPAPPASASDPHREKTQSKPFSI
1970 1980 1990 2000 2010 2020
1890 1900 1910 1920
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