Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1080
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1080, 613 aa
1>>>pF1KA1080 613 - 613 aa - 613 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3648+/-0.000793; mu= 11.0928+/- 0.048
mean_var=147.1650+/-29.151, 0's: 0 Z-trim(113.4): 31 B-trim: 56 in 1/54
Lambda= 0.105724
statistics sampled from 13982 (14010) to 13982 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.77), E-opt: 0.2 (0.43), width: 16
Scan time: 3.590
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10611.1 GGA2 gene_id:23062|Hs108|chr16 ( 613) 4116 639.5 3.9e-183
CCDS13951.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 639) 1242 201.1 3.7e-51
CCDS11717.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 723) 1184 192.3 1.9e-48
CCDS33643.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 552) 1106 180.3 5.7e-45
CCDS54526.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 ( 566) 985 161.9 2.1e-39
CCDS54164.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 651) 912 150.8 5.3e-36
CCDS11716.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 690) 763 128.1 3.8e-29
CCDS58597.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 ( 592) 675 114.6 3.7e-25
CCDS42270.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 ( 507) 393 71.5 2.9e-12
>>CCDS10611.1 GGA2 gene_id:23062|Hs108|chr16 (613 aa)
initn: 4116 init1: 4116 opt: 4116 Z-score: 3401.4 bits: 639.5 E(32554): 3.9e-183
Smith-Waterman score: 4116; 99.8% identity (99.8% similar) in 613 aa overlap (1-613:1-613)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
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CCDS10 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPPPSPWP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPPPSPWP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 KSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVRS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 HVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQAN
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 DLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDLEVDNGPAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDLEVDNGPAQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 MGTVVPSLLHQDLAALGISDAPVTGMVSGQNCCEEKRNPSSSTLPGGGVQNPSADRNLLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MGTVVPSLLHQDLAALGISDAPVTGMVSGQNCCEEKRNPSSSTLPGGGVQNPSADRNLLD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 LLSPQPAPCPLNYVSQKSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAPSPSSQNTPLAQVFVPLES
::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LLSAQPAPCPLNYVSQKSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAPSPSSQNTPLAQVFVPLES
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 VKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVPK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 SMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSEVGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSEVGE
550 560 570 580 590 600
610
pF1KA1 VKDFPDLAVLGAA
:::::::::::::
CCDS10 VKDFPDLAVLGAA
610
>>CCDS13951.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 (639 aa)
initn: 1570 init1: 932 opt: 1242 Z-score: 1032.0 bits: 201.1 E(32554): 3.7e-51
Smith-Waterman score: 1760; 47.8% identity (73.3% similar) in 630 aa overlap (19-601:3-627)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
: .:: .:.::.: .: ::..:..::::.: : .::
CCDS13 MEPAMEPETLEARINRATNPLNKELDWASINGFCEQLNEDFEGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
: ::::::::::: ::. :::::: ::. ::..::.::.:::::::::::.::::::
CCDS13 PLATRLLAHKIQSPQEWEAIQALTVLETCMKSCGKRFHDEVGKFRFLNELIKVVSPKYLG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPPPSPWP
: .. :::....:.:.:::: .::..:: .::::::::::.:.::::: : .: : : :
CCDS13 SRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKSDPKLPDDTTFPLPPPRP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 KSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVRS
:. ::. ::::::.:.:::::.:::::.:::.:::..:.:.:.. ::.::::.:.::: .
CCDS13 KNVIFE-DEEKSKMLARLLKSSHPEDLRAANKLIKEMVQEDQKRMEKISKRVNAIEEVNN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KA1 HVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEAL-QVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQA
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CCDS13 NVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRLASDTEDNDEALAEILQA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 NDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSL-GD----IPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDLEV
:: ::: . ::::...:. . :. ...:. :. . .: . ::: : : . .
CCDS13 NDNLTQVINLYKQLVRGEEVNGDATAGSIPGSTSALLDLSGLDLPPAGT--TYPAMPTRP
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390
pF1KA1 DN--GPAQMGTVVPSLLHQDLAALGISD-APVTGMV---SGQNCCE--------------
. .: : .. : ::: ..: .::.:: .: .: .: : .
CCDS13 GEQASPEQPSASV-SLLDDELMSLGLSDPTPPSGPSLDGTGWNSFQSSDATEPPAPALAQ
350 360 370 380 390 400
400 410 420 430 440
pF1KA1 ----EKRNPSSSTLPGG-GVQNPSA-DRNLLDLLSPQPAPCPLNYVSQKSVPK------E
:.: :....::.. :... . ..::. : : . . .:. .:. .
CCDS13 APSMESRPPAQTSLPASSGLDDLDLLGKTLLQQSLP-PESQQVRWEKQQPTPRLTLRDLQ
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490
pF1KA1 VPPGTKSSPGWSWEA-----GPLAPSPSSQNTP----LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVYD
.. :::. : . .: : : .: .: ::.. :::::.:::.. :. :::
CCDS13 NKSSSCSSPSSSATSLLHTVSPEPPRPPQQPVPTELSLASITVPLESIKPSNILPVTVYD
460 470 480 490 500 510
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 RNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSSK
..:::::.::.. ::. .: :....:.::::::. .:.:: :::: :.::::: :...
CCDS13 QHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRNIVFQSAVPKVMKVKLQPPSGTE
520 530 540 550 560 570
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 LPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSEVGEVKDFPDLAVLGAA
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CCDS13 LPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMGDQTYNEMGDVDQFPPPETWGSL
580 590 600 610 620 630
>>CCDS11717.1 GGA3 gene_id:23163|Hs108|chr17 (723 aa)
initn: 1624 init1: 1088 opt: 1184 Z-score: 983.5 bits: 192.3 E(32554): 1.9e-48
Smith-Waterman score: 1188; 39.2% identity (60.0% similar) in 628 aa overlap (25-518:8-628)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
::: ::::::.:: ..:: : .::.:.: . .::
CCDS11 MAEAEGESLESWLNKATNPSNRQEDWEYIIGFCDQINKELEGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
: ::::::::::: ::: :::::: ::..::..::.::.:::::::::::.::::::
CCDS11 QIAVRLLAHKIQSPQEWEALQALTVLEACMKNCGRRFHNEVGKFRFLNELIKVVSPKYLG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170
pF1KA1 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKIL-PPPSPW
. .. ::: .:::.:.:::. .::. ::.:::.:::.:::...:: .:::. : : : :
CCDS11 DRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPPR
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 PKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVR
::. .:: ::::::::..::::..:.::: ::.:::..:::.. . .::.::. ..:::
CCDS11 PKNPVFD-DEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVTKRLHTLEEVN
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQA
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CCDS11 NNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRELMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDNDNSLGDILQA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 NDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDL-EVD---
.: :.. . :: ..::.: :. .: .: : .. . : . :::: :.:
CCDS11 SDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDS------EGNSQCSNQGTLIDLAELDTTN
290 300 310 320 330
360 370
pF1KA1 --------------------------NGPAQM-------GTVVPS-------LLHQDLAA
.:: . .:. :: : ..:
CCDS11 SLSSVLAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNALSWLDEELLC
340 350 360 370 380 390
380 390 400
pF1KA1 LGISD-AP-VTGMVS-----------------------GQNCCE-------EKRNPSSST
::..: :: : : : : . ::::.
CCDS11 LGLADPAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLLQPSAPSSSS
400 410 420 430 440 450
410 420 430
pF1KA1 ----LPG--------GGVQNPSADRNLLDL-----LSPQPAPC-P--------------L
:: ..: ::: .:.. :.:. : : :
CCDS11 SQAPLPPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHHL
460 470 480 490 500 510
440 450 460 470
pF1KA1 NYVSQ-------------KSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAP-----SPSSQNTP---
. ..: .. .: : . : . .:: .: : .::..:
CCDS11 DALDQLLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPKG
520 530 540 550 560 570
480 490 500 510 520
pF1KA1 ----LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAP
::.. :::::.:::: :. .::.::::::.::.. ::.:.: :..
CCDS11 PELSLASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVVVVSMLNTAP
580 590 600 610 620 630
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 QPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKL
CCDS11 LPVKSIVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLKEKVRLRYKL
640 650 660 670 680 690
>>CCDS33643.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 (552 aa)
initn: 1432 init1: 831 opt: 1106 Z-score: 920.8 bits: 180.3 E(32554): 5.7e-45
Smith-Waterman score: 1625; 46.4% identity (71.1% similar) in 595 aa overlap (19-612:3-551)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
: .:: .:.::.: .: ::..:..::::.: : .::
CCDS33 MEPAMEPETLEARINRATNPLNKELDWASINGFCEQLNEDFEGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
: ::::::::::: ::. :::::: ::. ::..::.::.:::::::::::.::::::
CCDS33 PLATRLLAHKIQSPQEWEAIQALTVLETCMKSCGKRFHDEVGKFRFLNELIKVVSPKYLG
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPPPSPWP
: .. :::....:.:.:::: .::..:: .::::::::::.:.::::: : .: : : :
CCDS33 SRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKSDPKLPDDTTFPLPPPRP
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 KSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVRS
:. ::. ::::::.:.:::::.:::::.:::.:::..:.:.:.. ::.::::.:.::: .
CCDS33 KNVIFE-DEEKSKMLARLLKSSHPEDLRAANKLIKEMVQEDQKRMEKISKRVNAIEEVNN
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290
pF1KA1 HVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEAL-QVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQA
.::.: ::. . . : : ..: : . .:.:::..::::::::::: :.:.::.
CCDS33 NVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRLASDTEDNDEALG-----
230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 NDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDLEVDNGPA
:.. . ..: . ... .:. . :. . : :. :.. : ::
CCDS33 ---LSDPTPPSGPSLDG-TGWNSFQSSDATEPPAPALAQAPS--MESRP---------PA
280 290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 QMGTVVPSLLHQDLAALGISDAPVTGMVSGQNCCEEKRNPSSSTLPGGGVQNPSADRNLL
: : .: :. :..: . : .. ... : :. . :.:. .:
CCDS33 Q--TSLP-------ASSGLDDLDLLG----KTLLQQSLPPESQQVRWEK-QQPTPRLTLR
330 340 350 360
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 DLLSPQPAPCPLNYVSQKSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAPSPSSQNTPLAQVFVPLE
:: . . . : : :. . : : : : : :. . ::.. ::::
CCDS33 DLQN-KSSSCSSPSSSATSLLHTVSP-EPPRP-------PQQPVPT--ELSLASITVPLE
370 380 390 400 410
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 SVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVP
:.:::.. :. :::..:::::.::.. ::. .: :....:.::::::. .:.:: :::
CCDS33 SIKPSNILPVTVYDQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRNIVFQSAVP
420 430 440 450 460 470
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 KSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSEVG
: :.::::: :...::::.:.. :..:.:.::: ::.:: .::::::::..: : ..:.:
CCDS33 KVMKVKLQPPSGTELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMGDQTYNEMG
480 490 500 510 520 530
600 610
pF1KA1 EVKDFPDLAVLGAA
.: .:: . :.
CCDS33 DVDQFPPPETWGSL
540 550
>>CCDS54526.1 GGA1 gene_id:26088|Hs108|chr22 (566 aa)
initn: 1316 init1: 678 opt: 985 Z-score: 820.9 bits: 161.9 E(32554): 2.1e-39
Smith-Waterman score: 1503; 46.7% identity (73.3% similar) in 559 aa overlap (90-601:1-554)
60 70 80 90 100 110
pF1KA1 PTHAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYL
:. ::..::.::.:::::::::::.:::::
CCDS54 MKSCGKRFHDEVGKFRFLNELIKVVSPKYL
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 GSWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPPPSPW
:: .. :::....:.:.:::: .::..:: .::::::::::.:.::::: : .: : :
CCDS54 GSRTSEKVKNKILELLYSWTVGLPEEVKIAEAYQMLKKQGIVKSDPKLPDDTTFPLPPPR
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 PKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVR
::. ::. ::::::.:.:::::.:::::.:::.:::..:.:.:.. ::.::::.:.:::
CCDS54 PKNVIFE-DEEKSKMLARLLKSSHPEDLRAANKLIKEMVQEDQKRMEKISKRVNAIEEVN
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEAL-QVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQ
..::.: ::. . . : : ..: : . .:.:::..::::::::::: :.:.:::::::
CCDS54 NNVKLLTEMVMSHSQGGAAAGSSEDLMKELYQRCERMRPTLFRLASDTEDNDEALAEILQ
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 ANDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSL-GD----IPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDLE
::: ::: . ::::...:. . :. ...:. :. . .: . ::: : : . .
CCDS54 ANDNLTQVINLYKQLVRGEEVNGDATAGSIPGSTSALLDLSGLDLPPAGT--TYPAMPTR
210 220 230 240 250 260
360 370 380 390
pF1KA1 VDN--GPAQMGTVVPSLLHQDLAALGISD-APVTGMV---SGQNCCE-------------
. .: : .. : ::: ..: .::.:: .: .: .: : .
CCDS54 PGEQASPEQPSASV-SLLDDELMSLGLSDPTPPSGPSLDGTGWNSFQSSDATEPPAPALA
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440
pF1KA1 -----EKRNPSSSTLPGG-GVQNPSA-DRNLLDLLSPQPAPCPLNYVSQKSVPK------
:.: :....::.. :... . ..::. : : . . .:. .:.
CCDS54 QAPSMESRPPAQTSLPASSGLDDLDLLGKTLLQQSLP-PESQQVRWEKQQPTPRLTLRDL
330 340 350 360 370 380
450 460 470 480 490
pF1KA1 EVPPGTKSSPGWSWEA-----GPLAPSPSSQNTP----LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVY
. .. :::. : . .: : : .: .: ::.. :::::.:::.. :. ::
CCDS54 QNKSSSCSSPSSSATSLLHTVSPEPPRPPQQPVPTELSLASITVPLESIKPSNILPVTVY
390 400 410 420 430 440
500 510 520 530 540 550
pF1KA1 DRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSS
:..:::::.::.. ::. .: :....:.::::::. .:.:: :::: :.::::: :..
CCDS54 DQHGFRILFHFARDPLPGRSDVLVVVVSMLSTAPQPIRNIVFQSAVPKVMKVKLQPPSGT
450 460 470 480 490 500
560 570 580 590 600 610
pF1KA1 KLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKLTFNQGGQPFSEVGEVKDFPDLAVLGA
.::::.:.. :..:.:.::: ::.:: .::::::::..: : ..:.:.:
CCDS54 ELPAFNPIVHPSAITQVLLLANPQKEKVRLRYKLTFTMGDQTYNEMGDVDQFPPPETWGS
510 520 530 540 550 560
pF1KA1 A
CCDS54 L
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60 70 80 90 100 110
pF1KA1 PTHAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYL
:..::..::.::.:::::::::::.:::::
CCDS54 MKNCGRRFHNEVGKFRFLNELIKVVSPKYL
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 GSWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKIL-PPPSP
:. .. ::: .:::.:.:::. .::. ::.:::.:::.:::...:: .:::. : : : :
CCDS54 GDRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPP
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 WPKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEV
::. .:: ::::::::..::::..:.::: ::.:::..:::.. . .::.::. ..:::
CCDS54 RPKNPVFD-DEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVTKRLHTLEEV
100 110 120 130 140
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 RSHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQ
..:..:.::: : . .. :.: .. ....::. : :::.:::.: :.:..:..:::
CCDS54 NNNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRELMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDNDNSLGDILQ
150 160 170 180 190 200
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 ANDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDL-EVD--
:.: :.. . :: ..::.: :. .: .: : .. . : . :::: :.:
CCDS54 ASDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDS------EGNSQCSNQGTLIDLAELDTT
210 220 230 240 250 260
360 370
pF1KA1 ---------------------------NGPAQM-------GTVVPS-------LLHQDLA
.:: . .:. :: : ..:
CCDS54 NSLSSVLAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNALSWLDEELL
270 280 290 300 310 320
380 390 400
pF1KA1 ALGISD-AP-VTGMVS-----------------------GQNCCE-------EKRNPSSS
::..: :: : : : : . ::::
CCDS54 CLGLADPAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLLQPSAPSSS
330 340 350 360 370 380
410 420 430
pF1KA1 T----LPG--------GGVQNPSADRNLLDL-----LSPQPAPC-P--------------
. :: ..: ::: .:.. :.:. : :
CCDS54 SSQAPLPPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHH
390 400 410 420 430 440
440 450 460 470
pF1KA1 LNYVSQ-------------KSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAP-----SPSSQNTP--
:. ..: .. .: : . : . .:: .: : .::..:
CCDS54 LDALDQLLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPK
450 460 470 480 490 500
480 490 500 510 520
pF1KA1 -----LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTA
::.. :::::.:::: :. .::.::::::.::.. ::.:.: :..
CCDS54 GPELSLASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVVVVSMLNTA
510 520 530 540 550 560
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 PQPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYK
CCDS54 PLPVKSIVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLKEKVRLRYK
570 580 590 600 610 620
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10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
::: ::::::.:: ..:: : .::.:.: . .::
CCDS11 MAEAEGESLESWLNKATNPSNRQEDWEYIIGFCDQINKELEGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQEKEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNELIKVLSPKYLG
: ::::::::::: ::: ::: :::
CCDS11 QIAVRLLAHKIQSPQEWEALQALT---------------------------------YLG
50 60 70
130 140 150 160 170
pF1KA1 SWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKIL-PPPSPW
. .. ::: .:::.:.:::. .::. ::.:::.:::.:::...:: .:::. : : : :
CCDS11 DRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPPR
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180 190 200 210 220 230
pF1KA1 PKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSKRVSAVEEVR
::. .:: ::::::::..::::..:.::: ::.:::..:::.. . .::.::. ..:::
CCDS11 PKNPVFD-DEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVTKRLHTLEEVN
140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 SHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDDDALAEILQA
..:..:.::: : . .. :.: .. ....::. : :::.:::.: :.:..:..::::
CCDS11 NNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRELMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDNDNSLGDILQA
190 200 210 220 230 240
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 NDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLIDL-EVD---
.: :.. . :: ..::.: :. .: .: : .. . : . :::: :.:
CCDS11 SDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDS------EGNSQCSNQGTLIDLAELDTTN
250 260 270 280 290 300
360 370
pF1KA1 --------------------------NGPAQM-------GTVVPS-------LLHQDLAA
.:: . .:. :: : ..:
CCDS11 SLSSVLAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNALSWLDEELLC
310 320 330 340 350 360
380 390 400
pF1KA1 LGISD-AP-VTGMVS-----------------------GQNCCE-------EKRNPSSST
::..: :: : : : : . ::::.
CCDS11 LGLADPAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLLQPSAPSSSS
370 380 390 400 410 420
410 420 430
pF1KA1 ----LPG--------GGVQNPSADRNLLDL-----LSPQPAPC-P--------------L
:: ..: ::: .:.. :.:. : : :
CCDS11 SQAPLPPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLALGNSALHHL
430 440 450 460 470 480
440 450 460 470
pF1KA1 NYVSQ-------------KSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAP-----SPSSQNTP---
. ..: .. .: : . : . .:: .: : .::..:
CCDS11 DALDQLLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSFQSQGSPPKG
490 500 510 520 530 540
480 490 500 510 520
pF1KA1 ----LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVLLLTMMSTAP
::.. :::::.:::: :. .::.::::::.::.. ::.:.: :..
CCDS11 PELSLASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVVVVSMLNTAP
550 560 570 580 590 600
530 540 550 560 570 580
pF1KA1 QPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHKEPIRLRYKL
CCDS11 LPVKSIVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLKEKVRLRYKL
610 620 630 640 650 660
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120 130 140 150 160 170
pF1KA1 KVLSPKYLGSWATGKVKGRVIEILFSWTVWFPEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDK
.::. ::.:::.:::.:::...:: .:::.
CCDS58 MALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDR
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 IL-PPPSPWPKSSIFDADEEKSKLLTRLLKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVSK
: : : : ::. .:: ::::::::..::::..:.::: ::.:::..:::.. . .::.:
CCDS58 TLIPSPPPRPKNPVFD-DEEKSKLLAKLLKSKNPDDLQEANKLIKSMVKEDEARIQKVTK
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KA1 RVSAVEEVRSHVKVLQEMLSMYRRPGQAPPDQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTDDD
:. ..::: ..:..:.::: : . .. :.: .. ....::. : :::.:::.: :.:
CCDS58 RLHTLEEVNNNVRLLSEMLLHYSQEDSSDGDRELMKELFDQCENKRRTLFKLASETEDND
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KA1 DALAEILQANDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCPLI
..:..::::.: :.. . :: ..::.: :. .: .: : .. . : . ::
CCDS58 NSLGDILQASDNLSRVINSYKTIIEGQVINGEVATLTLPDS------EGNSQCSNQGTLI
160 170 180 190 200
360
pF1KA1 DL-EVD-----------------------------NGPAQM-------GTVVPS------
:: :.: .:: . .:. ::
CCDS58 DLAELDTTNSLSSVLAPAPTPPSSGIPILPPPPQASGPPRSRSSSQAEATLGPSSTSNAL
210 220 230 240 250 260
370 380 390
pF1KA1 -LLHQDLAALGISD-AP-VTGMVS-----------------------GQNCCE-------
: ..: ::..: :: : : : :
CCDS58 SWLDEELLCLGLADPAPNVPPKESAGNSQWHLLQREQSDLDFFSPRPGTAACGASDAPLL
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430
pF1KA1 EKRNPSSST----LPG--------GGVQNPSADRNLLDL-----LSPQPAPC-P------
. ::::. :: ..: ::: .:.. :.:. : :
CCDS58 QPSAPSSSSSQAPLPPPFPAPVVPASVPAPSAGSSLFSTGVAPALAPKVEPAVPGHHGLA
330 340 350 360 370 380
440 450 460
pF1KA1 --------LNYVSQ-------------KSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAP-----SP
:. ..: .. .: : . : . .:: .: :
CCDS58 LGNSALHHLDALDQLLEEAKVTSGLVKPTTSPLIPTTTPARPLLPFSTGPGSPLFQPLSF
390 400 410 420 430 440
470 480 490 500 510
pF1KA1 SSQNTP-------LAQVFVPLESVKPSSLPPLIVYDRNGFRILLHFSQTGAPGHPEVQVL
.::..: ::.. :::::.:::: :. .::.::::::.::.. ::.:.: :.
CCDS58 QSQGSPPKGPELSLASIHVPLESIKPSSALPVTAYDKNGFRILFHFAKECPPGRPDVLVV
450 460 470 480 490 500
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 LLTMMSTAPQPVWDIMFQVAVPKSMRVKLQPASSSKLPAFSPLMPPAVISQMLLLDNPHK
.
CCDS58 VVSMLNTAPLPVKSIVLQAAVPKSMKVKLQPPSGTELSPFSPIQPPAAITQVMLLANPLK
510 520 530 540 550 560
>>CCDS42270.1 TOM1L2 gene_id:146691|Hs108|chr17 (507 aa)
initn: 331 init1: 102 opt: 393 Z-score: 333.6 bits: 71.5 E(32554): 2.9e-12
Smith-Waterman score: 393; 26.6% identity (57.6% similar) in 384 aa overlap (30-396:17-381)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MAATAVAAAVAGTESAQGPPGPAASLELWLNKATDPSMSEQDWSAIQNFCEQVNTDPNGP
:.:::: :.. .::. ...:. .: .::
CCDS42 MEFLLGNPFSTPVGQCLEKATDGSLQSEDWTLNMEICDIINETEEGP
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KA1 THAPWLLAHKIQSPQE-KEALYALTVLEMCMNHCGEKFHSEVAKFRFLNE-LIKVLSPKY
: : ..... .. .:.. :::::: :...::..:: ::. :.. :.:..:::
CCDS42 KDAIRALKKRLNGNRNYREVMLALTVLETCVKNCGHRFHILVANRDFIDSVLVKIISPK-
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 LGSWATGKVKGRVIEILFSWTVWF---PEDIKIRDAYQMLKKQGIIKQDPKLPVDKILPP
. :. .:. .. .:. : :. . :. ::..:. . : .: . :
CCDS42 --NNPPTIVQDKVLALIQAWADAFRSSPDLTGVVHIYEELKRKGV--EFPMADLDALSPI
110 120 130 140 150 160
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pF1KA1 PSPWPKSSIFD--ADEEKSKLLTRL----LKSNHPEDLQAANRLIKNLVKEEQEKSEKVS
.: . : : .:. : .: : .: . ... .::...
CCDS42 HTPQRSVPEVDPAATMPRSQSQQRTSAGSYSSPPPAPYSAPQAPALSVTGPITANSEQIA
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KA1 KRVSAVEEVRSHVKVLQEMLSMYRRPGQAPP-DQEALQVVYERCEKLRPTLFRLASDTTD
. : .. ::...::..:::. . ::: : : :: . . :. .. . .: : ...
CCDS42 RLRSELDVVRGNTKVMSEMLTEMV-PGQEDSSDLELLQELNRTCRAMQQRIVELISRVSN
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330 340
pF1KA1 DDDALAEILQANDLLTQGVLLYKQVMEGRVTFGNRVTSSLGDIPVSRVFQNPAGCMKTCP
.. . :.:..:: :.. : :.. . : : : .. . . ...: ..
CCDS42 EE-VTEELLHVNDDLNNVFLRYERFERYRS--GRSVQNASNGV-LNEVTEDN--------
290 300 310 320
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pF1KA1 LIDLEVDNGPAQMGTVV-----PSLLHQDLAALGISDAPVTGMVSGQNCCEEKRNPSSST
:::: ..:: .. .: :: : ..::.: .. :.: .:. . :. .
CCDS42 LIDLG-PGSPAVVSPMVGNTAPPSSLSSQLAGLDLGTESVSGTLSSLQQCNPRDGFDMFA
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KA1 LPGGGVQNPSADRNLLDLLSPQPAPCPLNYVSQKSVPKEVPPGTKSSPGWSWEAGPLAPS
CCDS42 QTRGNSLAEQRKTVTYEDPQAVGGLASALDNRKQSSEGIPVAQPSVMDDIEVWLRTDLKG
390 400 410 420 430 440
613 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Wed Nov 2 20:25:01 2016 done: Wed Nov 2 20:25:02 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]