Result of FASTA (ccds) for
pF1KA1086
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1086, 899 aa
1>>>pF1KA1086 899 - 899 aa - 899 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.2509+/-0.00111; mu= -6.4388+/- 0.067
mean_var=543.8839+/-112.375, 0's: 0 Z-trim(116.8): 22 B-trim: 459 in 1/54
Lambda= 0.054995
statistics sampled from 17463 (17483) to 17463 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.797), E-opt: 0.2 (0.537), width: 16
Scan time: 4.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45921.1 ZFR2 gene_id:23217|Hs108|chr19 ( 939) 6226 509.2 1.4e-143
CCDS34139.1 ZFR gene_id:51663|Hs108|chr5 (1074) 1480 132.8 3.4e-30
CCDS45966.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 ( 690) 988 93.5 1.4e-18
CCDS12247.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 ( 702) 988 93.5 1.4e-18
CCDS45967.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 ( 706) 988 93.5 1.4e-18
CCDS12246.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 ( 894) 988 93.6 1.7e-18
CCDS45965.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 ( 898) 988 93.6 1.7e-18
CCDS55337.1 STRBP gene_id:55342|Hs108|chr9 ( 658) 945 90.1 1.5e-17
CCDS6851.1 STRBP gene_id:55342|Hs108|chr9 ( 672) 945 90.1 1.5e-17
>>CCDS45921.1 ZFR2 gene_id:23217|Hs108|chr19 (939 aa)
initn: 6226 init1: 6226 opt: 6226 Z-score: 2691.3 bits: 509.2 E(32554): 1.4e-143
Smith-Waterman score: 6226; 99.9% identity (100.0% similar) in 899 aa overlap (1-899:41-939)
10 20 30
pF1KA1 MDPAVNPAFPPAAPAGYGGYQPHSGQDFAY
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QGGGPQYSAQPPTLPLPTVGASYTAQPTPGMDPAVNPAFPPAAPAGYGGYQPHSGQDFAY
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KA1 GSRPQEPVPTATTMATYQDSYSYGQSAAARSYEDRPYFQSAALQSGRMTAADSGQPGTQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GSRPQEPVPTATTMATYQDSYSYGQSAAARSYEDRPYFQSAALQSGRMTAADSGQPGTQE
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KA1 ACGQPSPHGSHSHAQPPQQAPIVESGQPASTLSSGYTYPTATGVQPESSASIMTSYPPPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS45 ACGQPSPHGSHSHAQPPQQAPIVESGQPASTLSSGYTYPTATGVQPESSASIVTSYPPPS
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KA1 YNPTCTAYTAPSYPNYDASVYSAASPFYPPAQPPPPPGPPQQLPPPPAPAGSGSSPRADS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YNPTCTAYTAPSYPNYDASVYSAASPFYPPAQPPPPPGPPQQLPPPPAPAGSGSSPRADS
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KA1 KPPLPSKLPRPKAGPRQLQLHYCDICKISCAGPQTYREHLGGQKHRKKEAAQKTGVQPNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KPPLPSKLPRPKAGPRQLQLHYCDICKISCAGPQTYREHLGGQKHRKKEAAQKTGVQPNG
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KA1 SPRGVQAQLHCDLCAVSCTGADAYAAHIRGSKHQKVFKLHAKLGKPIPTLEPALATESPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SPRGVQAQLHCDLCAVSCTGADAYAAHIRGSKHQKVFKLHAKLGKPIPTLEPALATESPP
320 330 340 350 360 370
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 GAEAKPTSPTGPSVCASSRPALAKRPVASKALCEGPPEPQAAGCRPQWGKPAQPKLEGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GAEAKPTSPTGPSVCASSRPALAKRPVASKALCEGPPEPQAAGCRPQWGKPAQPKLEGPG
380 390 400 410 420 430
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 APTQGGSKEAPAGCSDAQPVGPEYVEEVFSDEGRVLRFHCKLCECSFNDLNAKDLHVRGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 APTQGGSKEAPAGCSDAQPVGPEYVEEVFSDEGRVLRFHCKLCECSFNDLNAKDLHVRGR
440 450 460 470 480 490
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 RHRLQYRKKVNPDLPIATEPSSRARKVLEERMRKQRHLAEERLEQLRRWHAERRRLEEEP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RHRLQYRKKVNPDLPIATEPSSRARKVLEERMRKQRHLAEERLEQLRRWHAERRRLEEEP
500 510 520 530 540 550
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 PQDVPPHAPPDWAQPLLMGRPESPASAPLQPGRRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PQDVPPHAPPDWAQPLLMGRPESPASAPLQPGRRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAV
560 570 580 590 600 610
580 590 600 610 620 630
pF1KA1 QRAVSHAERALKLVSDTLAEEDRGRREEEGDKRSSVAPQTRVLKGVMRVGILAKGLLLRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QRAVSHAERALKLVSDTLAEEDRGRREEEGDKRSSVAPQTRVLKGVMRVGILAKGLLLRG
620 630 640 650 660 670
640 650 660 670 680 690
pF1KA1 DRNVRLALLCSEKPTHSLLRRIAQQLPRQLQMVTEDEYEVSSDPEANIVISSCEEPRMQV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DRNVRLALLCSEKPTHSLLRRIAQQLPRQLQMVTEDEYEVSSDPEANIVISSCEEPRMQV
680 690 700 710 720 730
700 710 720 730 740 750
pF1KA1 TISVTSPLMREDPSTDPGVEEPQADAGDVLSPKKCLESLAALRHARWFQARASGLQPCVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TISVTSPLMREDPSTDPGVEEPQADAGDVLSPKKCLESLAALRHARWFQARASGLQPCVI
740 750 760 770 780 790
760 770 780 790 800 810
pF1KA1 VIRVLRDLCRRVPTWGALPAWAMELLVEKAVSSAAGPLGPGDAVRRVLECVATGTLLTDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VIRVLRDLCRRVPTWGALPAWAMELLVEKAVSSAAGPLGPGDAVRRVLECVATGTLLTDG
800 810 820 830 840 850
820 830 840 850 860 870
pF1KA1 PGLQDPCERDQTDALEPMTLQEREDVTASAQHALRMLAFRQTHKVLGMDLLPPRHRLGAR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 PGLQDPCERDQTDALEPMTLQEREDVTASAQHALRMLAFRQTHKVLGMDLLPPRHRLGAR
860 870 880 890 900 910
880 890
pF1KA1 FRKRQRGPGEGEEGAGEKKRGRRGGEGLV
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FRKRQRGPGEGEEGAGEKKRGRRGGEGLV
920 930
>>CCDS34139.1 ZFR gene_id:51663|Hs108|chr5 (1074 aa)
initn: 1760 init1: 908 opt: 1480 Z-score: 655.6 bits: 132.8 E(32554): 3.4e-30
Smith-Waterman score: 2542; 47.1% identity (68.7% similar) in 937 aa overlap (51-890:143-1068)
30 40 50 60 70
pF1KA1 QPHSGQDFAYGSRPQEPVPTATTMATYQDSYSYGQSAA-ARSYEDRPYFQSAALQSGRMT
::: .:.: : .:... :.:. . .. ..
CCDS34 HTATDYGYTQRQQEAPPPPPPATTQNYQDSYSYVRSTAPAVAYDSKQYYQQPTATAAAVA
120 130 140 150 160 170
80 90 100 110 120 130
pF1KA1 AADSGQPGTQEACGQPSPHGSHSH-------AQPPQQAPIVESGQPASTLSSGYTYPTAT
:: . ::.. :. : .:....:. :: .:. .. . :. . .. ::...
CCDS34 AAAQPQPSVAETYYQTAPKAGYSQGATQYTQAQQTRQVTAIKPATPSPATTTFSIYPVSS
180 190 200 210 220 230
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 GVQP-ESSASIMTSYPPP-SYNPTCTAYTAPSYPNYDASVYSAASPFYPPAQPPPPPGPP
::: ..:... :: .:. : ..:.. :: .:.:.:::::: .: : .
CCDS34 TVQPVAAAATVVPSYTQSATYSTTAVTYSGTSYSGYEAAVYSAASSYYQQQQQQQKQAAA
240 250 260 270 280 290
200 210 220 230 240 250
pF1KA1 QQLPPPPAPAGSGSSPRADSKPPLPSKLPRPKAGPRQLQLHYCDICKISCAGPQTYREHL
. : .:.. .: :. .: .:: :. :.::::.:::::::::::.:::
CCDS34 AAAAAAATAAWTGTT--FTKKAPFQNKQLKPKQPPKPPQIHYCDVCKISCAGPQTYKEHL
300 310 320 330 340 350
260 270 280 290 300
pF1KA1 GGQKHRKKEAAQKTG---VQPNGSPRGVQAQLHCDLCAVSCTGADAYAAHIRGSKHQKVF
::::.::::: :.. . :.: ::.: ::.:.:: :::::::::::::::.:::::
CCDS34 EGQKHKKKEAALKASQNTSSSNSSTRGTQNQLRCELCDVSCTGADAYAAHIRGAKHQKVV
360 370 380 390 400 410
310 320 330 340 350
pF1KA1 KLHAKLGKPIPTLEPAL---ATESPPGAEAKPT-SPTG----------PSVCASSRPAL-
:::.:::::::. :: . :: : . .::: ::.. :: .:: .:
CCDS34 KLHTKLGKPIPSTEPNVVSQATSSTAVSASKPTASPSSIAANNCTVNTSSVATSSMKGLT
420 430 440 450 460 470
360 370 380
pF1KA1 -----------------------AKRPVASKALCEGPPEPQAAGCRPQWGK--------P
::. . : : . :..: . . : :
CCDS34 TTGNSSLNSTSNTKVSAVPTNMAAKKTSTPKINFVGGNKLQSTGNKAEDIKGTECVKSTP
480 490 500 510 520 530
390 400 410 420 430
pF1KA1 AQPKLEGPGAPTQGGSKEA-PAGC----SDAQPVGPEYVEEVFSDEGRVLRFHCKLCECS
. .. : . . :. . ::. ::.:::: .::::: .:::.:.::::::::::
CCDS34 VTSAVQIPEVKQDTVSEPVTPASLAALQSDVQPVGHDYVEEVRNDEGKVIRFHCKLCECS
540 550 560 570 580 590
440 450 460 470 480 490
pF1KA1 FNDLNAKDLHVRGRRHRLQYRKKVNPDLPIATEPSSRARKVLEERMRKQRHLAE--ERLE
::: :::..:..::::::::.::::::: . ..:: ::::. ::.:::: . : .: :
CCDS34 FNDPNAKEMHLKGRRHRLQYKKKVNPDLQVEVKPSIRARKIQEEKMRKQMQKEEYWRRRE
600 610 620 630 640 650
500 510 520 530
pF1KA1 QLRRWHAERRRLEE-------EPPQD-------VP----PHAPPDWAQPL-LMG-RPESP
. .::. : :: :: : : .: ::.:: :: :.: :: :
CCDS34 EEERWRMEMRRYEEDMYWRRMEEEQHHWDDRRRMPDGGYPHGPPG---PLGLLGVRPGMP
660 670 680 690 700
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 ASAPLQPG--RRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAVQRAVSHAERALKLVSDTLAEED
. : :. ::: :::::.:: :::::::::.:: :::. :: .:::::::::.:.:..
CCDS34 PQ-PQGPAPLRRPDSSDDRYVMTKHATIYPTEEELQAVQKIVSITERALKLVSDSLSEHE
710 720 730 740 750 760
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 RGRREEEGDKRSSVAPQTRVLKGVMRVGILAKGLLLRGDRNVRLALLCSEKPTHSLLRRI
... .: ::. . . :.::::.:::.::::::::::::: :.:::::::...:: ::
CCDS34 KNKNKEGDDKKEG--GKDRALKGVLRVGVLAKGLLLRGDRNVNLVLLCSEKPSKTLLSRI
770 780 790 800 810 820
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 AQQLPRQLQMVTEDEYEVSSD-PEANIVISSCEEPRMQVTISVTSPLMREDPSTDPGVEE
:..::.:: ... ..:... :: :...:: ::.:::::..:::..::. . :
CCDS34 AENLPKQLAVISPEKYDIKCAVSEAAIILNSCVEPKMQVTITLTSPIIREENMREGDVTS
830 840 850 860 870 880
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 PQA-DAGDVLSPKKCLESLAALRHARWFQARASGLQPCVIVIRVLRDLCRRVPTWGALPA
.. : :::. .:::..:::::::.::::::.::: :::.::.:::::.:::::. .:.
CCDS34 GMVKDPPDVLDRQKCLDALAALRHAKWFQARANGLQSCVIIIRILRDLCQRVPTWSDFPS
890 900 910 920 930 940
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 WAMELLVEKAVSSAAGPLGPGDAVRRVLECVATGTLLTDGPGLQDPCERDQTDALEPMTL
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CCDS34 WAMELLVEKAISSASSPQSPGDALRRVFECISSGIILKGSPGLLDPCEKDPFDTLATMTD
950 960 970 980 990 1000
840 850 860 870 880
pF1KA1 QEREDVTASAQHALRMLAFRQTHKVLGMDLLPPRHRLGARF-----RKRQRGPG--EGEE
:.:::.:.::: :::.::::: ::::::: :: ... :: :::.: .: :
CCDS34 QQREDITSSAQFALRLLAFRQIHKVLGMDPLP---QMSQRFNIHNNRKRRRDSDGVDGFE
1010 1020 1030 1040 1050 1060
890
pF1KA1 GAGEKKRGRRGGEGLV
. :.: .
CCDS34 AEGKKDKKDYDNF
1070
>>CCDS45966.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 (690 aa)
initn: 969 init1: 666 opt: 988 Z-score: 446.9 bits: 93.5 E(32554): 1.4e-18
Smith-Waterman score: 1144; 53.3% identity (76.3% similar) in 334 aa overlap (548-864:9-342)
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 APPDWAQPLLMGRPESPASAPLQPGRRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAVQRAVSHA
.:::::: ::...:::..:: ::: :::.
CCDS45 MRPMRIFVNDDRHVMAKHSSVYPTQEELEAVQNMVSHT
10 20 30
580 590 600 610 620
pF1KA1 ERALKLVSDTLAEEDRGRREE----------EGDKRSSVAPQ-----TRVLKGVMRVGIL
::::: ::: . :...: :. : :.. ... : ::.:.::::::..
CCDS45 ERALKAVSDWIDEQEKGSSEQAESDNMDVPPEDDSKEGAGEQKTEHMTRTLRGVMRVGLV
40 50 60 70 80 90
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 AKGLLLRGDRNVRLALLCSEKPTHSLLRRIAQQLPRQLQMVTEDEYEV-SSDPEANIVIS
::::::.:: ...:.:::.:::: .:: ..:..: :: ::::.::. .: .: :::.
CCDS45 AKGLLLKGDLDLELVLLCKEKPTTALLDKVADNLAIQLAAVTEDKYEILQSVDDAAIVIK
100 110 120 130 140 150
690 700 710 720 730 740
pF1KA1 SCEEPRMQVTISVTSPLMRED-PSTDPGVEEPQADAGDVLSPKKCLESLAALRHARWFQA
. .:: ...:: .:::..::. .. : : :::. .::: .::.::::.::::
CCDS45 NTKEPPLSLTIHLTSPVVREEMEKVLAGETLSVNDPPDVLDRQKCLAALASLRHAKWFQA
160 170 180 190 200 210
750 760 770 780 790 800
pF1KA1 RASGLQPCVIVIRVLRDLCRRVPTWGALPAWAMELLVEKAVSSAAGPLGPGDAVRRVLEC
::.::. :::::::::::: :::::: : .: .::: ::....: :.: :.:.::::::
CCDS45 RANGLKSCVIVIRVLRDLCTRVPTWGPLRGWPLELLCEKSIGTANRPMGAGEALRRVLEC
220 230 240 250 260 270
810 820 830 840 850 860
pF1KA1 VATGTLLTDGPGLQDPCERDQTDALEPMTLQEREDVTASAQHALRMLAFRQTHKVLGMDL
.:.: .. :: :. ::::.. :::. . :.:::.: :::::::. :: : :::::::
CCDS45 LASGIVMPDGSGIYDPCEKEATDAIGHLDRQQREDITQSAQHALRLAAFGQLHKVLGMDP
280 290 300 310 320 330
870 880 890
pF1KA1 LPPRHRLGARFRKRQRGPGEGEEGAGEKKRGRRGGEGLV
:: .
CCDS45 LPSKMPKKPKNENPVDYTVQIPPSTTYAITPMKRPMEEDGEEKSPSKKKKKIQKKEEKAE
340 350 360 370 380 390
>>CCDS12247.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 (702 aa)
initn: 969 init1: 666 opt: 988 Z-score: 446.8 bits: 93.5 E(32554): 1.4e-18
Smith-Waterman score: 1144; 53.3% identity (76.3% similar) in 334 aa overlap (548-864:9-342)
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 APPDWAQPLLMGRPESPASAPLQPGRRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAVQRAVSHA
.:::::: ::...:::..:: ::: :::.
CCDS12 MRPMRIFVNDDRHVMAKHSSVYPTQEELEAVQNMVSHT
10 20 30
580 590 600 610 620
pF1KA1 ERALKLVSDTLAEEDRGRREE----------EGDKRSSVAPQ-----TRVLKGVMRVGIL
::::: ::: . :...: :. : :.. ... : ::.:.::::::..
CCDS12 ERALKAVSDWIDEQEKGSSEQAESDNMDVPPEDDSKEGAGEQKTEHMTRTLRGVMRVGLV
40 50 60 70 80 90
630 640 650 660 670 680
pF1KA1 AKGLLLRGDRNVRLALLCSEKPTHSLLRRIAQQLPRQLQMVTEDEYEV-SSDPEANIVIS
::::::.:: ...:.:::.:::: .:: ..:..: :: ::::.::. .: .: :::.
CCDS12 AKGLLLKGDLDLELVLLCKEKPTTALLDKVADNLAIQLAAVTEDKYEILQSVDDAAIVIK
100 110 120 130 140 150
690 700 710 720 730 740
pF1KA1 SCEEPRMQVTISVTSPLMRED-PSTDPGVEEPQADAGDVLSPKKCLESLAALRHARWFQA
. .:: ...:: .:::..::. .. : : :::. .::: .::.::::.::::
CCDS12 NTKEPPLSLTIHLTSPVVREEMEKVLAGETLSVNDPPDVLDRQKCLAALASLRHAKWFQA
160 170 180 190 200 210
750 760 770 780 790 800
pF1KA1 RASGLQPCVIVIRVLRDLCRRVPTWGALPAWAMELLVEKAVSSAAGPLGPGDAVRRVLEC
::.::. :::::::::::: :::::: : .: .::: ::....: :.: :.:.::::::
CCDS12 RANGLKSCVIVIRVLRDLCTRVPTWGPLRGWPLELLCEKSIGTANRPMGAGEALRRVLEC
220 230 240 250 260 270
810 820 830 840 850 860
pF1KA1 VATGTLLTDGPGLQDPCERDQTDALEPMTLQEREDVTASAQHALRMLAFRQTHKVLGMDL
.:.: .. :: :. ::::.. :::. . :.:::.: :::::::. :: : :::::::
CCDS12 LASGIVMPDGSGIYDPCEKEATDAIGHLDRQQREDITQSAQHALRLAAFGQLHKVLGMDP
280 290 300 310 320 330
870 880 890
pF1KA1 LPPRHRLGARFRKRQRGPGEGEEGAGEKKRGRRGGEGLV
:: .
CCDS12 LPSKMPKKPKNENPVDYTVQIPPSTTYAITPMKRPMEEDGEEKSPSKKKKKIQKKEEKAE
340 350 360 370 380 390
>>CCDS45967.1 ILF3 gene_id:3609|Hs108|chr19 (706 aa)
initn: 969 init1: 666 opt: 988 Z-score: 446.8 bits: 93.5 E(32554): 1.4e-18
Smith-Waterman score: 1144; 53.3% identity (76.3% similar) in 334 aa overlap (548-864:9-342)
520 530 540 550 560 570
pF1KA1 APPDWAQPLLMGRPESPASAPLQPGRRPASSDDRHVMCKHATIYPTEQELLAVQRAVSHA
.:::::: ::...:::..:: ::: :::.
CCDS45 MRPMRIFVNDDRHVMAKHSSVYPTQEELEAVQNMVSHT
10 20 30
580 590 600 610 620
pF1KA1 ERALKLVSDTLAEEDRGRREE----------EGDKRSSVAPQ-----TRVLKGVMRVGIL
::::: ::: . :...: :. : :.. ... : ::.:.::::::..
CCDS45 ERALKAVSDWIDEQEKGSSEQAESDNMDVPPEDDSKEGAGEQKTEHMTRTLRGVMRVGLV
40 50 60 70 80 90
630 640 650 660 670 680
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:: .
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CCDS45 NTKEPPLSLTIHLTSPVVREEMEKVLAGETLSVNDPPDVLDRQKCLAALASLRHAKWFQA
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CCDS55 ELVLMCKDKPTETLLNTVKDNLPIQIQKLTEEKYQVEQCVNEASIIIRNTKEPTLTLKVI
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CCDS55 YSWSVTD-KEGAGSSALKRPFEDGLGDDKDPNKKMKRNLRKILDSKAIDLMNALMRLNQI
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CCDS68 GLLIKDDMDLELVLMCKDKPTETLLNTVKDNLPIQIQKLTEEKYQVEQCVNEASIIIRNT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]